Protein trafficking through the endosomal system prepares intracellular parasites for a home invasion

Toxoplasma (toxoplasmosis) and Plasmodium (malaria) use unique secretory organelles for migration, cell invasion, manipulation of host cell functions, and cell egress. In particular, the apical secretory micronemes and rhoptries of apicomplexan parasites are essential for successful host infection. New findings reveal that the contents of these organelles, which are transported through the endoplasmic reticulum (ER) and Golgi, also require the parasite endosome-like system to access their respective organelles. In this review, we discuss recent findings that demonstrate that these parasites reduced their endosomal system and modified classical regulators of this pathway for the biogenesis of apical organelles

Identification of a Novel Gene Product That Promotes Survival of Mycobacterium smegmatis in Macrophages

BACKGROUND: Bacteria of the suborder Corynebacterineae include significant human pathogens such as Mycobacterium tuberculosis and M. leprae. Drug resistance in mycobacteria is increasingly common making identification of new antimicrobials a priority. Mycobacteria replicate intracellularly, most commonly within the phagosomes of macrophages, and bacterial proteins essential for intracellular survival and persistence are particularly attractive targets for intervention with new generations of anti-mycobacterial drugs. METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: We have identified a novel gene that, when inactivated, leads to accelerated death of M. smegmatis within a macrophage cell line in the first eight hours following infection. Complementation of the mutant with an intact copy of the gene restored survival to near wild type levels. Gene disruption did not affect growth compared to wild type M. smegmatis in axenic culture or in the presence of low pH or reactive oxygen intermediates, suggesting the growth defect is not related to increased susceptibility to these stresses. The disrupted gene, MSMEG_5817, is conserved in all mycobacteria for which genome sequence information is available, and designated Rv0807 in M. tuberculosis. Although homology searches suggest that MSMEG_5817 is similar to the serine:pyruvate aminotransferase of Brevibacterium linens suggesting a possible role in glyoxylate metabolism, enzymatic assays comparing activity in wild type and mutant strains demonstrated no differences in the capacity to metabolize glyoxylate. CONCLUSIONS/SIGNIFICANCE: MSMEG_5817 is a previously uncharacterized gene that facilitates intracellular survival of mycobacteria. Interference with the function of MSMEG_5817 may provide a novel therapeutic approach for control of mycobacterial pathogens by assisting the host immune system in clearance of persistent intracellular bacteria

Gene-Specific Signatures of Elevated Non-Synonymous Substitution Rates Correlate Poorly across the Plasmodium Genus

BACKGROUND: Comparative genome analyses of parasites allow large scale investigation of selective pressures shaping their evolution. An acute limitation to such analysis of Plasmodium falciparum is that there is only very partial low-coverage genome sequence of the most closely related species, the chimpanzee parasite P. reichenowi. However, if orthologous genes have been under similar selective pressures throughout the Plasmodium genus then positive selection on the P. falciparum lineage might be predicted to some extent by analysis of other lineages. PRINCIPAL FINDINGS: Here, three independent pairs of closely related species in different sub-generic clades (P. falciparum and P. reichenowi; P. vivax and P. knowlesi; P. yoelii and P. berghei) were compared for a set of 43 candidate ligand genes considered likely to be under positive directional selection and a set of 102 control genes for which there was no selective hypothesis. The ratios of non-synonymous to synonymous substitutions (dN/dS) were significantly elevated in the candidate ligand genes compared to control genes in each of the three clades. However, the rank order correlation of dN/dS ratios for individual candidate genes was very low, less than the correlation for the control genes. SIGNIFICANCE: The inability to predict positive selection on a gene in one lineage by identifying elevated dN/dS ratios in the orthologue within another lineage needs to be noted, as it reflects that adaptive mutations are generally rare events that lead to fixation in individual lineages. Thus it is essential to complete the genome sequences of particular species of phylogenetic importance, such as P. reichenowi

Determination of risk planning a route with the use of a probability model

Niniejsza praca ma na celu przybliżyć pojęcia z zakresu metod probabilistycznych w zadaniu planowania trasy przejazdu w systemach telematycznych. W zadaniu klasyfikacji zastosowano model bazujący na probabilistycznym klasyfikatorze Bayesa i funkcji gęstości prawdopodobieństwa. W części pierwszej pracy zostały opisane problemy planowania tras przejazdów we współczesnych systemach telematycznych. Część druga zawiera teoretyczne podstawy klasyfikatorów bazujących na twardych metodach matematycznych. Aby taki model miał jakikolwiek sens, należy uwzględnić pomniejsze rodzaje ryzyka związane z procesem transportu. Artykuł prezentuje metodę doboru najbardziej optymalnych parametrów do zadania planowania transportu. Tutaj niewątpliwie autor artykułu zwraca uwagę na metodę redukcji zmiennych niezbędnych do planowania z zastosowaniem metody analizy czynnikowej składowych głównych z metoda rotacji czynników Varimax znormalizowaną metodą Kaisera dla cech ilościowych. Rozdział trzeci poświęcony jest procesowi planowania tras przejazdu, ryzyku jakie jest z tym planowaniem związane.This paper aims to familiarize readers with notions related to probabilistic methods used for planning routes in telematics systems. The classification task made use of the model based on probabilistic Bayes’ classifier and the probability density function. The first part of the paper describes problems with planning routing in contemporary telematics systems. The second part covers a theoretical basis of classifiers based on hard mathematical methods. If such a model is to make sense, it should account for smaller kinds of risk related to a transport process. This paper presents a method of selecting the most optimal parameters in transport planning. Its author draws attention to the variable reduction method necessary for planning supported by a factor analysis of principal components together with Varimax rotation normalized with Kaiser’s method for quantitative features. The third part is devoted to the process of planning routes and the related risk

Metoda oceny zarządzania zużyciem granicznym obiektów technicznych z wykorzystaniem fuzji klasyfikatorów rozmytych i heurystycznych

Planowanie zarządzania matematycznymi modelami systemów technicznych opiera się na różnych modelach. Najprostsze z nich modeli zaliczane są do twardych metod obliczeniowych tj. statystyka i probabilistyka. Do miękkich bardziej złożonych metod obliczeniowych zaliczyć można sztuczne sieci neuronowe, algorytmy genetyczne, zbory rozmyte. Stosowanie tej drugiej grupy modeli staje się coraz bardziej powszechne. Zaliczane są one do metod sztucznej inteligencji. Sieci neuronowe i algorytmy genetyczne ze względu na swoje mechanizmy uczenia, stosowane są w celach optymalizacyjnych. Pozwalają one opisać różne nieliniowe struktury danych, jak i poprawnie je klasyfikować. Bardzo złożone problemy decyzyjne z jakimi mamy coraz częściej do czynienia często nie dają się efektywnie zoptymalizować. Są to problemy. Wtedy bardzo przydatne stają się metody heurystyczne, którym poświęcony jest niniejszy artykuł. Wykorzystywane w inteligentnych systemach metody wieloagentowe pozwalają na dokładne symulowanie rzeczywistości z dużą liczbą obiektów, o różnym poziomie abstrakcji. Stanowią one metodę pozwalającą opisać różne związki między uczestnikami ruchu na drogach. Artykuł prezentuje zadanie optymalizacyjne pozwalające dokonać obserwacji cech obiektu w wielowymiarowej przestrzeni cech go opisujących

Model of a telematic system in the internal transport management of the enterprise

W artykule zostaną przestawione technologie stosowane w informatyce jako jeden z najważniejszych instrumentów wpływających również na zarządzanie transportem w przedsiębiorstwie. Dodatkowo zastosowanie narzędzi telematycznych umożliwi optymalizację łańcucha dostaw wewnątrz przedsiębiorstwa. Opracowany zostanie model matematyczny bazuje na fuzji klasyfikatorów rozmytych z teorią probabilistyki i teorii ewidencji matematycznej. W badaniach udowodniono, że miękkie metody obliczeniowe bazujące min. na zbiorach rozmytych i sztucznych sieciach neuronowych są odpowiednie dla zadania sterowania łańcuchem logistycznym, a wspomaganie narzędziami telematycznymi usprawni zarządzanie w przedsiębiorstwie.The purpose of the research is to provide telematics system architecture. The technologies used in computer science are one of the most important instruments also affecting transport management in an enterprise. They may assist the utility of the system, its accessibility, the level of integration and substantially influence the performance of a company. The use of telematics tools will make it possible to optimize the supply chain within the company. This optimization applies to sales forecasting, which affects the material demand, production, etc. A mathematical model has been developed, which is based on the fusion of fuzzy classifiers with the theory of probability and the theory of mathematical evidence. The data affecting sales are, amongst other: delivery lead time, sales records, customer satisfaction, delivery compliance rate, delivery speed ratio, supply excellence ratio, lead times between order taking and delivery, etc. The study has proven that soft calculation methods based on fuzzy sets and artificial neural networks are appropriate for the tasks of the logistics chain control, and the support of telematics tools will improve the management of an enterprise

Model probabilistyczny wyznaczania ryzyka planowania trasy przejazdu w systemach telematycznych

This paper aims to familiarize readers with notions related to probabilistic methods used for planning routes in telematics systems. The classification task made use of the model based on probabilistic Bayes’ classifier and the probability density function. The first part of the paper describes problems with planning routing in contemporary telematics systems. The second part covers a theoretical basis of classifiers based on hard mathematical methods. If such a model is to make sense, it should account for smaller kinds of risk related to a transport process. This paper presents a method of selecting the most optimal parameters in transport planning. Its author draws attention to the variable reduction method necessary for planning supported by a factor analysis of principal components together with Varimax rotation normalized with Kaiser’s method for quantitative features. The third part is devoted to the process of planning routes and the related risk.Praca ma na celu przybliżyć pojęcia z zakresu metod probabilistycznych w zadaniu planowania trasy przejazdu w systemach telematycznych. W zadaniu klasyfikacji zastosowano model bazujący na probabilistycznym klasyfikatorze Bayesa i funkcji gęstości prawdopodobieństwa. W części pierwszej pracy zostały opisane problemy planowania tras przejazdów we współczesnych systemach telematycznych. Część druga zawiera teoretyczne podstawy klasyfikatorów bazujących na twardych metodach matematycznych. Aby taki model miał jakikolwiek sens, należy uwzględnić pomniejsze rodzaje ryzyka związane z procesem transportu. Artykuł prezentuje metodę doboru najbardziej optymalnych parametrów do zadania planowania transportu. Tutaj niewątpliwie zwraca się uwagę na metodę redukcji zmiennych niezbędnych do planowania z zastosowaniem metody analizy czynnikowej składowych głównych z metodą rotacji czynników Varimax znormalizowaną metodą Kaisera dla cech ilościowych. Rozdział trzeci poświęcony jest procesowi planowania tras przejazdu i ryzyku jakie jest z tym planowaniem związane

Modeling the productivity of workstations in production cycles

W przedsiębiorstwach reorganizacja procesu nie jest łatwym zadaniem, gdyż wymusza na osobach ją przeprowadzających spojrzenie na cały proces pod różnym kątem, z każdego możliwego punktu widzenia. Powoduje przez to ciągłe poszukiwanie nowych rozwiązań, które pozwoliłby osiągnąć zamierzony rezultat. W badaniach podjęto próbę przeorganizowania procesu produkcyjnego wykorzystując dane z przedsiębiorstwa, mapowanie całego procesu z uwzględnieniem wymagań klientów. Przeanalizowano rozbudowę stanowisk, dodatkowe zatrudnienie pod potrzeby zmiany cyklu pracy na linii produkcyjnej. Zmiany przedstawiono w postaci proponowanego stany w procesie mapowania. Reorganizacja procesu produkcyjnego pozwoli na utrzymanie stałych klientów w przedsiębiorstwie i pozyskanie nowych.The businesses reorganization process is not an easy task, since it forces people carrying look at the whole process from a different angle, from every possible point of view. This results in the constant search for new solutions that would achieve the desired result. The study attempted to reorganize the production process using data from the company, mapping the entire process taking into account the requirements of the customers. We analyzed the development of positions, additional employment for the needs of changes in the work on the production line. Changes are shown in the form of the proposed conditions in the mapping process. The reorganization of the production process will allow for the maintenance of regular customers in the enterprise and attracting new ones

Determination of risk planning a route with the use of a probability model

Niniejsza praca ma na celu przybliżyć pojęcia z zakresu metod probabilistycznych w zadaniu planowania trasy przejazdu w systemach telematycznych. W zadaniu klasyfikacji zastosowano model bazujący na probabilistycznym klasyfikatorze Bayesa i funkcji gęstości prawdopodobieństwa. W części pierwszej pracy zostały opisane problemy planowania tras przejazdów we współczesnych systemach telematycznych. Część druga zawiera teoretyczne podstawy klasyfikatorów bazujących na twardych metodach matematycznych. Aby taki model miał jakikolwiek sens, należy uwzględnić pomniejsze rodzaje ryzyka związane z procesem transportu. Artykuł prezentuje metodę doboru najbardziej optymalnych parametrów do zadania planowania transportu. Tutaj niewątpliwie autor artykułu zwraca uwagę na metodę redukcji zmiennych niezbędnych do planowania z zastosowaniem metody analizy czynnikowej składowych głównych z metoda rotacji czynników Varimax znormalizowaną metodą Kaisera dla cech ilościowych. Rozdział trzeci poświęcony jest procesowi planowania tras przejazdu, ryzyku jakie jest z tym planowaniem związane.This paper aims to familiarize readers with notions related to probabilistic methods used for planning routes in telematics systems. The classification task made use of the model based on probabilistic Bayes’ classifier and the probability density function. The first part of the paper describes problems with planning routing in contemporary telematics systems. The second part covers a theoretical basis of classifiers based on hard mathematical methods. If such a model is to make sense, it should account for smaller kinds of risk related to a transport process. This paper presents a method of selecting the most optimal parameters in transport planning. Its author draws attention to the variable reduction method necessary for planning supported by a factor analysis of principal components together with Varimax rotation normalized with Kaiser’s method for quantitative features. The third part is devoted to the process of planning routes and the related risk