RNA and DNA Bacteriophages as Molecular Diagnosis Controls in Clinical Virology: A Comprehensive Study of More than 45,000 Routine PCR Tests

Real-time PCR techniques are now commonly used for the detection of viral genomes in various human specimens and require for validation both external and internal controls (ECs and ICs). In particular, ICs added to clinical samples are necessary to monitor the extraction, reverse transcription, and amplification steps in order to detect false-negative results resulting from PCR-inhibition or errors in the technical procedure. Here, we performed a large scale evaluation of the use of bacteriophages as ICs in routine molecular diagnosis. This allowed to propose simple standardized procedures (i) to design specific ECs for both DNA and RNA viruses and (ii) to use T4 (DNA) or MS2 (RNA) phages as ICs in routine diagnosis. Various technical formats for using phages as ICs were optimised and validated. Subsequently, T4 and MS2 ICs were evaluated in routine real-time PCR or RT-PCR virological diagnostic tests, using a series of 8,950 clinical samples (representing 36 distinct specimen types) sent to our laboratory for the detection of a variety of DNA and RNA viruses. The frequency of inefficient detection of ICs was analyzed according to the nature of the sample. Inhibitors of enzymatic reactions were detected at high frequency in specific sample types such as heparinized blood and bone marrow (>70%), broncho-alveolar liquid (41%) and stools (36%). The use of T4 and MS2 phages as ICs proved to be cost-effective, flexible and adaptable to various technical procedures of real-time PCR detection in virology. It represents a valuable strategy for enhancing the quality of routine molecular diagnosis in laboratories that use in-house designed diagnostic systems, which can conveniently be associated to the use of specific synthetic ECs. The high rate of inhibitors observed in a variety of specimen types should stimulate the elaboration of improved technical protocols for the extraction and amplification of nucleic acids

A Retrospective Overview of Enterovirus Infection Diagnosis and Molecular Epidemiology in the Public Hospitals of Marseille, France (1985–2005)

Human enteroviruses (HEV) are frequent human pathogens and, associated in particular with large outbreaks of aseptic meningitis. Here, we have compiled a database of clinical HEV isolates from the Public Hospitals of Marseille, from 1985 to 2005. Amongst 654 isolates that could be characterized by complete sequencing of the VP1 gene, 98% belonged to species HEV-B; the most frequently isolated serotypes were Echovirus E30, E11, E7, E6 and E4. The high incidence of E30 and the recent emergence of E13 are consistent with reports worldwide and peak HEV isolation occurred mostly in the late spring and summer months. The proportion of echoviruses has decreased across the years, while that of coxsackieviruses has increased. Stool (the most frequent sample type) allowed detection of all identified serotypes. MRC5 (Human lung fibroblasts) cell line was the most conducive cell line for HEV isolation (84.9% of 10 most common serotype isolates, 96.3% in association with BGM (Buffalo green monkey kidney cells)). Previous seroneutralization-based serotype identification demonstrated 55.4% accuracy when compared with molecular VP1 analysis. Our analysis of a large number of clinical strains over 20 years reinforced the validity of VP1 serotyping and showed that comparative p-distance scores can be coupled with phylogenetic analysis to provide non-ambiguous serotype identification. Phylogenetic analysis in the VP1, 2C and 3D regions also provided evidence for recombination events amongst clinical isolates. In particular, it identified isolates with dissimilar VP1 but almost identical nonstructural regions

Hate speech en vrijheid van meningsuiting in de Amerikaanse jurisprudentie op het gebied van de taalfilosofie

peer reviewedExamen des principaux arrêts de la Cour suprême américaine en matière de discours de haine analysés à l'aune de la philosophie du langage, en particulier grâce à la mobilisation des travaux de J. L. Austin et Judith Butler.Analysis of landmark US Supreme Court cases on hate speech evaluated in terms of philosophy of language, particularly through the works of J.L. Austin and Judith Butler.Analyse van de belangrijkste uitspraken van het Amerikaanse Hooggerechtshof over hate speech bestudeerd in termen van taalfilosofie, met name door het werk van J.L. Austin en Judith Butler

Concepten, belangen en waarden bij de interpretatie van het privaatrecht in België

peer reviewe

Composition et variation saisonnière du régime alimentaire du Lézard ocellé Timon lepidus sur l’île d’Oléron (France) à partir des fèces

Summary.— Composition and seasonal variation of the diet of the Ocellated Lizard Timon lepidus on Oleron Island (France) through scat analysis.— The diet of the Ocellated Lizard was studied by analysis of scats collected during an annual activity cycle in the population of Oleron Island (Charente-Maritime, France). Scats were collected after ten days from April to October 2002. The study was carried out on a sample of 102 scats. We identified 927 prey items which consisted for more than 60 % of insects, 20 % fruit and 11 % molluscs. Temporal variations consisted in 3 main periods : one at the beginning of spring (April) dominated by the consumption of Coleoptera and arachnids, the second in the middle of summer (July and August) characterized by the consumption of Ephedra fruit and Hymenoptera, and a third (May, June, September and October) which is characterized by the consumption of Coleoptera, Hymenoptera and molluscs. The alimentary intake diversity was highest in two periods of the year (April and August-September) and low in the beginning (March), the middle (June-July) and end (October) of the activity period. Not very mobile prey such as molluscs, Coleoptera and spiders, were preferred. Diet composition is compared to a series of analyses carried out through the species distribution range. This comparison shows that insular populations have a tendency to develop a vegetarian diet, the same as in other lizard species.Résumé.— Le régime alimentaire du Lézard ocellé a été étudié à partir d’analyses de fèces récoltées durant un cycle annuel d’activité dans la population insulaire d’Oléron en Charente-Maritime (France). L’étude porte sur 102 fèces récoltées par décade du mois d’avril à octobre 2002. Elle a permis d’identifier 927 proies composées à plus de 60 % d’insectes, 20 % de fruits et 11 % de mollusques. Les variations temporelles mettent en évidence trois ensembles : un ensemble de début de printemps (avril) dominé par la consommation de coléoptères et d’arachnides, un ensemble de milieu d’été (juillet et août) caractérisé par la consommation de fruits d’Ephèdre et d’hyménoptères et un ensemble regroupant les mois de mai, juin, septembre et octobre caractérisé par la consommation de coléoptères, d’hyménoptères et de mollusques. La diversité des prises alimentaires est maximale à deux périodes de l’année : avril et août-septembre et faible en début (mars), milieu (juin-juillet) et fin de saison d’activité (octobre). Les proies peu mobiles sont privilégiées : mollusques, coléoptères, araignées. La composition du régime alimentaire est comparée à un ensemble d’analyses effectuées dans toute l’aire de distribution de l’espèce. Cette comparaison montre que les populations insulaires ont tendance à développer un régime alimentaire végétarien, ce qui rejoint des constatations faites pour d’autres espèces de lézards.Thirion Jean-Marc, Grillet Pierre Antoine, Cheylan Marc. Composition et variation saisonnière du régime alimentaire du Lézard ocellé Timon lepidus sur l’île d’Oléron (France) à partir des fèces. In: Revue d'Écologie (La Terre et La Vie), tome 64, n°3, 2009. pp. 239-250

Caractérisation de l’activité alimentaire annuelle du Lézard ocellé Timon lepidus à partir des fèces sur l’île d’Oléron (littoral atlantique français)

Summary. — Characteristics of the yearly feeding activity of the Ocellated Lizard (Timon lepidus) based on faeces collected on Oleron Island (French Atlantic coast). — The pattern of the yearly feeding activity of the Ocellated Lizard population on Oleron Island was studied during two one-year periods by collecting the lizards’ faeces along a transect. Collected faeces (753 in 2002, 646 in 2006) allowed understanding in more detail the quantity of the lizards’ food catch over a yearly cycle. Population feeding activity starts in the second 10-day period of March and ends in the third 10-day period of October. The peak of feeding activity was in May in 2002, and in June -July in 2006. This is explained mainly by the length of the day and the average temperature, and to a much lesser extent by the amount of sunshine or rainfall (calculated by multiple linear regression analysis). Findings were that in spite of the extreme geographical position of the Oleron Island population, the pattern of feeding activity varies little from that observed in the Ocellated Lizard populations in the south of France and central Spain. With some conditions, the faeces-collection study method could be used for long-term population monitoring.Résumé. — L’activité alimentaire du Lézard ocellé a été étudiée durant 2 années sur l’île d’Oléron, à partir de fèces collectées le long d’un transect. La collecte de 753 fèces en 2002 et 646 en 2006 permet de suivre avec précision l’importance des prises alimentaires au cours du cycle annuel. L’activité alimentaire débute dans la deuxième décade de mars et s’achève dans la troisième décade d’octobre, avec un pic d’activité en mai en 2002 et en juin-juillet en 2006. Elle est principalement expliquée par la durée du jour et par la température moyenne ; peu par la pluviosité (régression multiple). Le rythme d’activité alimentaire de cette population diffère peu de celui observé dans les populations du sud de la France et du centre de l’Espagne malgré la position géographique extrême de cette population. Moyennant certaines précautions, cette méthode pourrait être utilisée pour un suivi à long terme de la population.Grillet Pierre Antoine, Thirion Jean-Marc, Cheylan Marc. Caractérisation de l’activité alimentaire annuelle du Lézard ocellé Timon lepidus à partir des fèces sur l’île d’Oléron (littoral atlantique français). In: Revue d'Écologie (La Terre et La Vie), tome 65, n°3, 2010. pp. 255-264

La Convention, sur proposition du représentant Clauzel, décrète l’arrestation des nommés Clémence et Marchand, précédemment libérés, lors de la séance du 12 vendémiaire an III (3 octobre 1794)

Thirion Didier, Clauzel Jean-Baptiste, Merlin de Douai. La Convention, sur proposition du représentant Clauzel, décrète l’arrestation des nommés Clémence et Marchand, précédemment libérés, lors de la séance du 12 vendémiaire an III (3 octobre 1794). In: Archives Parlementaires de 1787 à 1860 - Première série (1787-1799) Tome XCVIII - Du 3 vendémiaire au 17 vendémiaire an III (24 septembre au 8 octobre 1794) Paris : CNRS éditions, 1994. p. 247

La Convention, sur proposition du représentant Clauzel, décrète l’arrestation des nommés Clémence et Marchand, précédemment libérés, lors de la séance du 12 vendémiaire an III (3 octobre 1794)

Thirion Didier, Clauzel Jean-Baptiste, Merlin (de Douai). La Convention, sur proposition du représentant Clauzel, décrète l’arrestation des nommés Clémence et Marchand, précédemment libérés, lors de la séance du 12 vendémiaire an III (3 octobre 1794). In: Archives Parlementaires de 1787 à 1860 - Première série (1787-1799) Tome XCVIII - Du 3 vendémiaire au 17 vendémiaire an III (24 septembre au 8 octobre 1794) Paris : CNRS éditions, 1994. p. 247