Aplicação da sequenciação de nova geração ao diagnóstico genético do cancro da mama hereditário

Introdução: O cancro da mama hereditário (CMH) constitui 5-10% dos casos de cancro da mama, dos quais cerca de 30% se devem a mutações germinais de elevada penetrância nos genes BRCA1 e BRCA2. Embora tenham sido identificadas mutações noutros genes de suscetibilidade para cancro da mama, estas são raras, pelo que a análise sequencial de múltiplos genes se torna ineficaz e dispendiosa pelos métodos convencionais(1,2). A determinação da causa genética subjacente ao CMH permite não só identificar os indivíduos com risco aumentado de cancro da mama, como oferecer uma medicina personalizada, mais eficaz na redução da incidência de cancro da mama assim como da morbilidade e mortalidade associadas(3). A sequenciação de nova geração (NGS) veio possibilitar a pesquisa de mutações em múltiplos genes em simultâneo, permitindo um diagnóstico molecular rápido, eficaz e com custo inferior ao da sequenciação de Sanger. Objetivos: Otimizar o diagnóstico molecular do CMH através da implementação de um protocolo de NGS baseado num painel abrangente de genes de suscetibilidade para cancro da mama. A 1ª fase de concretização deste objetivo consistiu em validar a utilização da NGS na deteção de mutações nos genes BRCA1, BRCA2 e TP53. Material e métodos: Foram analisadas por NGS 12 amostras de doentes com cancro da mama, previamente sequenciadas pelo método de Sanger para os genes BRCA1, BRCA2 e TP53. As bibliotecas de sequências-alvo foram preparadas a partir de DNA genómico pelo método de captura por hibridação, num protocolo que integrou o Trusight Cancer Sequencing Panel e o kit TruSight Rapid Capture (Illumina), e sequenciadas numa plataforma MiSeq com leituras paired-end de 150 bp. A análise bioinformática incluiu os softwares MiSeq Reporter, VariantStudio e Isaac Enrichment (Illumina). Resultados: Foram detetadas por NGS um total de 97 variantes de sequência nos genes BRCA1, BRCA2 e TP53, das quais 35 são variantes únicas (33 single nucleotide variants e 2 deleções), numa concordância de 100% com a sequenciação de Sanger. Conclusões: Estes resultados preliminares comprovam a eficiência da NGS na deteção de variantes em 3 genes de elevada penetrância para cancro da mama e abrem caminho para a oferta de um painel de genes de suscetibilidade para cancro da mama que permitirá um diagnóstico molecular do CMH mais abrangente, rápido e com custos reduzidos relativamente à sequenciação de Sanger. Bibiografia 1. Tung N, Batteli C, Allen B et al. (2015). Frequency of mutations in individuals with breast cancer referred for BRCA1 and BRCA2 testing using next-generation sequencing with a 25-gene panel. Cancer, 121: 25-33. 2. Apostolou P, Fostira F (2013). Hereditary breast cancer: the era of new susceptibility genes. BioMed Res Int, 2013: 747318. 3. Ellsworth R, Decewicz D, Shriver C, Ellsworth D (2010). Breast cancer in the personal genomics era. Curr Genomics, 11: 146-161

Distinct spectrum of apc germline mutations in familial adenomatous polyposis at the center-south of portugal: identification of a mutational hotspot and suggestion of a founder effect

Introduction: Familial adenomatous polyposis (FAP) is caused by APC germline mutations. These have been reported in classic and attenuated FAP (AFAP) but only two hotspots were described (codons 1309 and 1061-range:0-15%). We aimed to characterize the APC mutation spectrum in a FAP/AFAP population from the familial polyposis registry of the Portuguese Oncology Institute in Lisbon. Methods: We performed mutation analysis in 95 index patients from our FAP/AFAP cohort (61 FAP; 34 AFAP) using PTT, DGGE, sequencing and MLPA. Haplotype analysis was performed using 3 microsatellite markers flanking APC and 2 intragenic SNPs in 12 families with an intron 9 mutation (6 from our registry, 2 from INSA and 4 from IHG), occasionally detected in the literature, in order to evaluate a possible founder effect. All samples were anonymized. Statistics: Fisher’s exact and Χ2. Results: APC mutations were found in 47/61(77%) FAP and in 12/34(35%) AFAP families. The 1309del and 1061del contributed for 6/59(10%) and 2/59(4%) of the families, respectively. Exon 15 mutations were more frequent in FAP than in AFAP [30/47(64%) vs 1/12(8%),PG) was highly represented (6/59,10%), exclusively in AFAP (6/12;50%). Segregating with this mutation, we detected a common haplotype apparently shared by 6 families. For D5S346, the common allele segregating with this haplotype was more frequent in the index patients (11/20;46%) than in a control population (20/90;22%). Discussion: We identified a specific distribution of APC mutations and a mutational hotspot in our population. The higher frequency of the c.1312+3A>G mutation in Center-South Portugal suggest a non-uniform distribution which may be explained by a founder effect. Further studies using SNPs flanking intron 9 and the analysis of more families/relatives are needed