Natural killer T cell recognition of lipid antigens

Natural killer T cells recognize lipid antigens in the context of CD1 molecules. Recent publications show that this mode of recognition differs substantially from that of classic T-cell receptor peptide-major histocompatibility complex interaction

Gestion des bibliothèques tierces dans un contexte de maintenance logicielle

Software depend on third-party libraries to reduce development and maintenance costs. Developers have access to robust functionalities through an application programming interface designed by these libraries. However, due to the strong relationship with these libraries, developers have to reconsider their position when the software evolves. In this thesis, we identify several re-search problems involving these third-party libraries in a context of software maintenance. More specifically, a library may not satisfy the software new requirements and has to be replaced by anew one. We call this operation a library migration.We leverage three points that characterize the impediments met by developers in this situation.To which library should they migrate ? How to migrate their software ? Who can help them in this case ? This thesis suggests answers and exposes several contributions to these problems. We define three approaches that are evaluated through several case studies. To achieve this work, weuse a methodology based on software evolution analysis to observe and understand how software change. We describe numerous perspectives to overcome the current limitations of our solutions.Les logiciels dépendent de bibliothèques tierces pour réduire les coûts liés à leur développement et à leur maintenance. Elles proposent un ensemble de fonctionnalités robustes dont les développeurs peuvent tirer parti depuis une interface de programmation. Cependant, cette forte dépendance entre un logiciel et ses bibliothèques oblige les développeurs à reconsidérer leur rôle lorsque le logiciel évolue. Dans cette thèse, nous identifions plusieurs problématiques impliquant les bibliothèques tierces dans un contexte de maintenance logicielle. Plus particulièrement, une bibliothèque peut ne plus répondre aux besoins d’un logiciel et doit être remplacée par une nouvelle.Nous nommons cette opération une migration de bibliothèque.Nous soulevons dans ce contexte trois points qui caractérisent les difficultés rencontrées par les développeurs. Vers quelle bibliothèque migrer ? Comment appliquer la migration ? Avec l’aide de quels développeurs ? Cette thèse discute de solutions et apporte des contributions autour de ces problèmes. Nous présentons plusieurs approches et les évaluons lors de différents cas d’étude. L’analyse de l’évolution logicielle sera notre support de travail, dont la méthodologie est basée sur l’observation des changements de logiciels. Nous décrivons les limites actuelles de nos contribu-tions et ouvrons des perspectives futures pour enrichir l’état de l’art dans ce domain

A distal effect of microsomal triglyceride transfer protein deficiency on the lysosomal recycling of CD1d

Microsomal triglyceride transfer protein (MTP) is an endoplasmic reticulum (ER)–resident lipid transfer protein involved in the biosynthesis and lipid loading of apolipoprotein B. MTP was recently suggested to directly regulate the biosynthesis of the MHC I–like, lipid antigen presenting molecule CD1d, based on coprecipitation experiments and lipid loading assays. However, we found that the major impact of MTP deficiency occurred distal to the ER and Golgi compartments. Thus, although the rates of CD1d biosynthesis, glycosylation maturation, and internalization from the cell surface were preserved, the late but essential stage of recycling from lysosome to plasma membrane was profoundly impaired. Likewise, functional experiments indicated defects of CD1d-mediated lipid presentation in the lysosome but not in the secretory pathway. These intriguing findings suggest a novel, unexpected role of MTP at a late stage of CD1d trafficking in the lysosomal compartment