Analysis GWAS de datos productivos en ganado Creole de Guadeloupe

International audienceELas nuevas herramientas de caracterización del genoma ofrecen oportunidades muy potentes de estudiar el determinismo genético de los caracteres productivos o de adaptación en el ganado. Hasta ahora, pocos estudios se han interesado en las razas locales adaptadas al ambiente tropical, particularmente a las razas criollas. El presente estudio tuvo lugar en un rebaño experimental, representando un núcleo de la raza de ganado Creole de Guadeloupe, en el Caribe. Una base de datos de fenotipos productivos fue acumulada durante los últimos 30 años, sobre 2300 terneros, con un pedigrí de 2500 animales. La base de datos incluye pesos a varias edades antes y después el destete (2300 y 1800 animales respectivamente) y también características de la canal (500 animales). Gracias a una colección de muestras de sangre mantenida en el laboratorio, se pudo hacer el genotipado con chips de SNPs de varias densidades (54K SNP o 12K SNP) sobre 34 padres y más de 400 de sus progenies. Estudios de asociación por el genoma completa de los caracteres productivos seleccionados se están desarrollando y los primeros resultados serán presentados en el congres

: Estrategia destacada y primeros resultados de caracterizacion

International audienceEl ganado Creole de Guadeloupe representa un buen modelo para el estudio de la adaptación al medio tropical, y su determinismo genético. Sus orígenes mestizas entre poblaciones introducidas durante la historia del Caribe, y a las condiciones ambientales y de manejo que enfrento, le llevaron características muy interesantes de tolerancia al clima, de resistencia a las garrapatas y las enfermedades asociadas, y de productividad en condiciones restringidas. El proyecto actual de caracterización de esta combine las nuevas herramientas de investigación del genoma. Un estudio de población fue realizado usando chips de 54K SNP. La contribución de los principales ramos de ganado de origen fue evaluada de manera precisa. Tambien fueran identificadas huellas de selección en relación con características productivas y de adaptación. El estudio sigue desarrollando en un rebano núcleo, donde se identificaron 18 ancestros principales, mediante un estudio genealogico. Estos sementales están sometidos a secuenciación completa del genoma, para la identificación de variantes y la comparación con datos públicos en otras razas. Además, 31 de sus progenies más importantes están genotipados por el chip 800K SNP, para el estudio del desequilibrio de ligación y la imputación de genotipos. La colecta de los datos sigue por el momento, y los primeros resultados serán presentados en el congreso. El objetivo final de este proyecto es de contribuir a un mejor conocimiento del genoma de razas ganaderas adaptadas al ambiente tropical, y evaluar las posibilidades de aplicación de las nuevas herramientas genómicas a los recursos pecuarios de estas regiones