On spin-1 massive particles coupled to a Chern-Simons field

We study spin one particles interacting through a Chern-Simons field. In the Born approximation, we calculate the two body scattering amplitude considering three possible ways to introduce the interaction: (a) a Proca like model minimally coupled to a Chern-Simons field, (b) the model obtained from (a) by replacing the Proca's mass by a Chern-Simons term and (c) a complex Maxwell-Chern-Simons model minimally coupled to a Chern-Simons field. In the low energy regime the results show similarities with the Aharonov-Bohm scattering for spin 1/2 particles. We discuss the one loop renormalization program for the Proca's model. In spite of the bad ultraviolet behavior of the matter field propagator, we show that, up to one loop the model is power counting renormalizable thanks to the Ward identities satisfied by the interaction vertices.Comment: 14 pages, 5 figures, revte

Maxwell Chern Simons Theory in a Geometric Representation

We quantize the Maxwell Chern Simons theory in a geometric representation that generalizes the Abelian Loop Representation of Maxwell theory. We find that in the physical sector, the model can be seen as the theory of a massles scalar field with a topological interaction that enforces the wave functional to be multivalued. This feature allows to relate the Maxwell Chern Simons theory with the quantum mechanics of particles interacting through a Chern Simons fieldComment: 12 pages, LaTe

A Massive Renormalizable Abelian Gauge Theory in 2+1 Dimensions

The standard formulation of a massive Abelian vector field in $2+1$ dimensions involves a Maxwell kinetic term plus a Chern-Simons mass term; in its place we consider a Chern-Simons kinetic term plus a Stuekelberg mass term. In this latter model, we still have a massive vector field, but now the interaction with a charged spinor field is renormalizable (as opposed to super renormalizable). By choosing an appropriate gauge fixing term, the Stuekelberg auxiliary scalar field decouples from the vector field. The one-loop spinor self energy is computed using operator regularization, a technique which respects the three dimensional character of the antisymmetric tensor $\epsilon_{\alpha\beta\gamma}$. This method is used to evaluate the vector self energy to two-loop order; it is found to vanish showing that the beta function is zero to two-loop order. The canonical structure of the model is examined using the Dirac constraint formalism.Comment: LaTeX, 17 pages, expanded reference list and discussion of relationship to previous wor

Proteome profiling outperforms transcriptome profiling for coexpression based gene function prediction

Coexpression of mRNAs under multiple conditions is commonly used to infer cofunctionality of their gene products despite well-known limitations of this "guilt-by-association" (GBA) approach. Recent advancements in mass spectrometry-based proteomic technologies have enabled global expression profiling at the protein level; however, whether proteome profiling data can outperform transcriptome profiling data for coexpression based gene function prediction has not been systematically investigated. Here, we address this question by constructing and analyzing mRNA and protein coexpression networks for three cancer types with matched mRNA and protein profiling data from The Cancer Genome Atlas (TCGA) and the Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium (CPTAC). Our analyses revealed a marked difference in wiring between the mRNA and protein coexpression networks. Whereas protein coexpression was driven primarily by functional similarity between coexpressed genes, mRNA coexpression was driven by both cofunction and chromosomal colocalization of the genes. Functionally coherent mRNA modules were more likely to have their edges preserved in corresponding protein networks than functionally incoherent mRNA modules. Proteomic data strengthened the link between gene expression and function for at least 75% of Gene Ontology (GO) biological processes and 90% of KEGG pathways. A web application Gene2Net (http://cptac.gene2net.org) developed based on the three protein coexpression networks revealed novel gene-function relationships, such as linking ERBB2 (HER2) to lipid biosynthetic process in breast cancer, identifying PLG as a new gene involved in complement activation, and identifying AEBP1 as a new epithelial-mesenchymal transition (EMT) marker. Our results demonstrate that proteome profiling outperforms transcriptome profiling for coexpression based gene function prediction. Proteomics should be integrated if not preferred in gene function and human disease studies

Accretion, Outflows, and Winds of Magnetized Stars

Many types of stars have strong magnetic fields that can dynamically influence the flow of circumstellar matter. In stars with accretion disks, the stellar magnetic field can truncate the inner disk and determine the paths that matter can take to flow onto the star. These paths are different in stars with different magnetospheres and periods of rotation. External field lines of the magnetosphere may inflate and produce favorable conditions for outflows from the disk-magnetosphere boundary. Outflows can be particularly strong in the propeller regime, wherein a star rotates more rapidly than the inner disk. Outflows may also form at the disk-magnetosphere boundary of slowly rotating stars, if the magnetosphere is compressed by the accreting matter. In isolated, strongly magnetized stars, the magnetic field can influence formation and/or propagation of stellar wind outflows. Winds from low-mass, solar-type stars may be either thermally or magnetically driven, while winds from massive, luminous O and B type stars are radiatively driven. In all of these cases, the magnetic field influences matter flow from the stars and determines many observational properties. In this chapter we review recent studies of accretion, outflows, and winds of magnetized stars with a focus on three main topics: (1) accretion onto magnetized stars; (2) outflows from the disk-magnetosphere boundary; and (3) winds from isolated massive magnetized stars. We show results obtained from global magnetohydrodynamic simulations and, in a number of cases compare global simulations with observations.Comment: 60 pages, 44 figure

Produtividade e valor nutritivo de pasto de capim-elefante manejado sob princípios agroecológicos.

Objetivou-se avaliar o valor nutritivo do capim-elefante, quanto aos teores de PB e FDN e a digestibilidade in vitro da MS (DIVMS), submetido a algumas práticas agroecológicas. Foram usados dois piquetes (0,15 ha cada), onde foi estabelecido o capim-elefante, em 2001, com espaçamento entrelinhas de três metros. Nas entrelinhas, estabeleceram-se aveia (Avena strigosa Schreb.) e azevém (Lolium multiflorum Lam.) no período hibernal e, no estival, permitiu-se o desenvolvimento de espécies de crescimento espontâneo. A adubação foi feita com fertilizantes orgânicos (150 kg de N /ha). No período experimental (24/04/2004 a 05/05/2005), foram conduzidos sete pastejos. Os animais experimentais foram vacas da raça Holandesa que receberam, como complementação alimentar, 3,5 kg/dia de concentrado. Avaliaram-se a massa de forragem inicial, composição botânica do pasto e os componentes estruturais. Para as análises de valor nutritivo do pasto, foram feitas amostragens simulando o pastejo. O delineamento experimental foi de blocos ao acaso com duas repetições (piquetes) e sete tratamentos (pastejos). Os melhores resultados do valor nutritivo foram obtidos no período hibernal. Foram encontradas correlações negativas da PB e DIVMS e positivas da FDN com a biomassa de lâminas foliares do capim-elefante. O capim-elefante, manejado sob princípios agroecológicos, apresentou alto valor nutritivo e produtividade, tanto no verão quanto no inverno, possibilitando que a produção animal seja mais sustentável no decorrer do ano

Reproducibility of differential proteomic technologies in CPTAC fractionated xenografts

The NCI Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium (CPTAC) employed a pair of reference xenograft proteomes for initial platform validation and ongoing quality control of its data collection for The Cancer Genome Atlas (TCGA) tumors. These two xenografts, representing basal and luminal-B human breast cancer, were fractionated and analyzed on six mass spectrometers in a total of 46 replicates divided between iTRAQ and label-free technologies, spanning a total of 1095 LC-MS/MS experiments. These data represent a unique opportunity to evaluate the stability of proteomic differentiation by mass spectrometry over many months of time for individual instruments or across instruments running dissimilar workflows. We evaluated iTRAQ reporter ions, label-free spectral counts, and label-free extracted ion chromatograms as strategies for data interpretation (source code is available from http://homepages.uc.edu/~wang2x7/Research.htm). From these assessments, we found that differential genes from a single replicate were confirmed by other replicates on the same instrument from 61 to 93% of the time. When comparing across different instruments and quantitative technologies, using multiple replicates, differential genes were reproduced by other data sets from 67 to 99% of the time. Projecting gene differences to biological pathways and networks increased the degree of similarity. These overlaps send an encouraging message about the maturity of technologies for proteomic differentiation

Valor nutritivo de pastagens de capim-elefante manejadas sob sistema convencional e agroecológico.

O capim-elefante é utilizado, na sua grande maioria, em sistemas convencionais de produção animal. O objetivo deste trabalho foi comparar o valor nutritivo do capimelefante em sistemas de manejo agroecológico e convencional, quanto a proteína bruta (PB), fibra em detergente neutro (FDN) e digestibilidade in vitro da matéria seca (DIVMS). Foram usados quatro piquetes, com 0,12ha cada um. No sistema convencional, o capim-elefante foi estabelecido singularmente. No sistema agroecológico, o plantio foi feito em linhas afastadas de 3m. Nas entrelinhas, estabeleceu-se a aveia e o azevém no período hibernal, enquanto que no período estival permitiu-se o desenvolvimento de espécies espontâneas. A adubação foi feita com fertilizantes orgânicos (150kg ha-1 de N). No sistema agroecológico, foram conduzidos sete pastejos, de 24/04/2004 a 05/05/2005. Na pastagem convencional, usouse a mesma quantidade de N (uréia), sendo conduzidos quatro ciclos de pastejo, de 06/10/2004 a 05/05/2005. Para ambos os sistemas foram utilizadas vacas da raça Holandês, recebendo complementação alimentar de 3,5kg dia-1 de concentrado com 20% de proteína bruta, constituindo-se nos animais experimentais. Nas avaliações, considerou-se a massa de forragem inicial com base na matéria seca (MS), os componentes botânicos da pastagem e estruturais do capimelefante. As análises de qualidade foram feitas em amostras de pastejo simulado. O delineamento experimental foi o inteiramente casualizado com dois tratamentos, convencional e agroecológico, duas repetições (piquetes) e em parcelas incompletas subdivididas no tempo (pastejos). Houve interação (P<0,05) entre tratamentos e pastejos em todas as variáveis. Na pastagem agroecológica, o modelo que melhor se ajustou foi o cúbico para todas as variáveis, em função do tempo de pastejo. Na pastagem convencional, a PB e a DIVMS ajustaram-se melhor ao modelo linear, com taxa positiva de crescimento, sendo observado comportamento inverso para FDN, com o decorrer dos pastejos. Tanto na pastagem convencional quanto na agroecológica encontraram-se associações negativas entre lâmina foliar do capim-elefante com PB e DIVMS e positiva com FDN. Ambos os sistemas apresentaram teores qualitativos elevados das pastagens, considerando-se a adubação, o manejo e o tempo de utilização

Produção e valor nutritivo da forragem de capim-elefante em dois sistemas de produção.

Esta pesquisa foi realizada com o objetivo de avaliar a produção e o valor nutritivo da forragem de capimelefante cultivado em sistemas convencional e agroecológico. No sistema convencional, o capim-elefante foi estabelecido em cultivo exclusivo, em linhas com espaçamento de 1,4 m e, no sistema agroecológico, em linhas afastadas 3 m. Nas entrelinhas, estabeleceu-se azevém no período hibernal para desenvolvimento de espécies de crescimento espontâneo no período estival. Avaliaram-se a massa, a produção e a composição botânica e estrutural da forragem e a carga animal. Amostras de simulação de pastejo foram coletadas para determinação dos teores de proteína bruta e fibra em detergente neutro e da digestibilidade in vitro da matéria seca e matéria orgânica. O delineamento experimental foi o inteiramente casualizado com dois tratamentos (sistemas convencional e agroecológico) e duas repetições (piquetes). Valores mais elevados para massa de forragem, produção de forragem, taxa de acúmulo diário e carga animal foram observados no sistema convencional. A relação folha:colmo foi similar entre os sistemas. Valor mais elevado de proteína bruta foi observado no sistema agroecológico. O capim-elefante sob manejo convencional apresenta maior produção de forragem, com menores teores de proteína bruta. O sistema agroecológico apresenta melhor distribuição da produção de forragem no decorrer do ano