PATERNITYHD versão 1.0 - um software para cálculo da probabilidade de exclusão de paternidade com dados de genotipagem em painel de alta densidade de SNPs em bovinos.

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Análise haplotípica do gene ASAP1 associado com maciez de carne em bovinos da raça Nelore.

A maciez da carne tem impacto importante na satisfação dos consumidores, portanto, o conhecimento da variação desta característica, assim como a prospecção de genes ou segmentos genômicos que influenciem a mesma, pode ajudar no desenvolvimento de critérios quantitativos e moleculares para seleção de bovinos de corte. A análise haplotípica com os SNPs do gene ASAP1 representados no Illumina BovineHD BeadChip mostram que estes marcadores estão associados com força de cisalhamento medida após 7 dias de maturação da carne nessa população da raça Nelore. A validação desses resultados em outras populações poderá contribuir para inclusão desses marcadores em programas de melhoramento da raça Nelore

Prospecção de SNPs no gene TNFa e sua possível associação à verminose gastrintestinal em caprinos.

O objetivo desse estudo foi investigar a associação entre marcadores moleculares do tipo SNP (Polimorfismo de base única) prospectados no gene TNFa (fator de necrose tumoral alfa) e resistência à verminose gastrintestinal em caprinos. Para isso, foram produzidos 229 caprinos a partir de animais das raças Saanen, raça considerada susceptível a endoparasitas gastrintestinais e Anglo-nubiana, raça considerada resistente. Para a prospecção de SNPs, foram sequenciados 44 animais extremos para OPG (contagem de ovos por grama de fezes) escolhidos a partir dos resíduos obtidos através do modelo estatístico usado para corrigir os dados fenotípicos para as variações ambientais. O sequenciamento inclui quatro regiões do gene TNFa. Nestas regiões, foram encontrados dez SNPs: dois estão localizados na região promotora do gene, dois no intron 2 e seis no exon 4. Através da aplicação do teste de Fisher foi encontrada uma associação de cinco dos SNPs prospectados ( P ≤ 0,05), o que indica que esses SNPs são potenciais marcadores moleculares para resistência à verminose gastrintestinal

Associação genômica com maciez de carne na raça Nelore.

As análises do genoma bovino, incluindo mapeamento de QTL (Quantitative Trait Loci), SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) e, mais recentemente, a genotipagem em larga escala, poderão contribuir para a seleção precoce de bovinos. A análise de associação genômica, utilizando dados da genotipagem de 470 animais no Illumina BovineHD BeadChip, identificou regiões associadas com força de cisalhamento medida 24 horas após o abate (P≤ 0,001) nos cromossomos 2, 10, 13, 16 e 21, em famílias de referência da raça Nelore. A análise dos genes localizados nessas regiões associadas com maciez de carne poderá permitir a identificação de genes de efeito maior, que poderão ser usados na seleção assistida por marcadores

A network landscape from CNVs to Nellore cattle beef tenderness.

This work aims to perform a couple of in silico network analysis from CNVs standpoint, shedding light to possible metabolic connections to tenderness. It was used 671 Nellore males to infer CNVs, through SNP-chip (Illumina Bovine HD Beadchip®, containing approximately 770 thousand SNPs) and PennCNV software methodology. CNV regions (CNVRs) were inferred by CNVRuler (recurrence 0.1).ISAFG 2013. AB.01

A network landscape from CNVs to Nellore cattle beef tenderness.

This work aims to perform a couple of in silico network analysis from CNVs standpoint, shedding light to possible metabolic connections to tenderness. It was used 671 Nellore males to infer CNVs, through SNP-chip (Illumina Bovine HD Beadchip®, containing approximately 770 thousand SNPs) and PennCNV software methodology. CNV regions (CNVRs) were inferred by CNVRuler (recurrence 0.1).ISAFG 2013. AB.01

Identificação de um polimorfismo de única base no gene rap-1 de Babesia bovis.

Babesia bovis provoca um grave quadro de anemia hemolítica em bovinos, resultando em grandes prejuízos devido à mortalidade, abortos, redução de fertilidade e queda da produção de carne e leite. O gene RAP-1 (Rhoptry-associated protein)1 de Babesia bovis codifica uma proteína de 60 KDa, que é reconhecida por anticorpos e linfócitos T de bovinos. O objetivo deste trabalho foi verificar a presença de polimorfismos no gene RAP-1 de Babesia bovis amplificado de material proveniente de búfalos infectados. Parte do gene RAP-1 de B. bovis foi amplificado por Nested-PCR. Foram sequenciadas amostras de quatro búfalos e de um bovino para que se pudesse comparar as sequências obtidas nestas espécies. As reações de seqüenciamento foram realizadas utilizando o Kit ABI PRISM® Big Dye terminator v. 3.1 cycle sequencing da Applied Biosystem. Os eletroferogramas gerados pelo seqüenciador ABI 3100 foram submetidos à análise de qualidade pelo programa Phred, que atribui um valor de qualidade a cada nucleotídeo identificado. Em seguida, foram submetidos ao programa de montagem Phrap que agrupa as sequências organizando-as em contigs. A visualização das sequências geradas e, conseqüentemente, dos SNPs foi realizada através do programa Consed. Não foi encontrada diferença entre a sequência de B. bovis isolada de bovino e as dos isolados de búfalos, no entanto, em relação à sequência depositada no banco de dados NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/), foi encontrado um polimorfismo de única base (SNP) G/A no nucleotídeo 688. Verificou-se que este polimorfismo também estava presente na amostra obtida de bovino, pois o segmento do gene RAP-1 do isolado de bovino apresentou genótipo heterozigoto AG . Três isolados de búfalos também apresentaram o genótipo AG para este polimorfismo. O SNP identificado neste trabalho não está depositado no NCBI