CATOIA, V.

DEA, R. C. D.

NICIURA, S. C. M.

REGITANO, L. C. de A.

ROCHA, M. I. P.

TIZIOTO, P. C.

A bovinocultura de corte busca obter produto final (carne) de qualidade por meio da seleção, tradicional ou assistida por marcadores moleculares, para características de interesse comercial, com destaque ao desenvolvimento muscular e à maciez da carne

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Anais da IV Jornada Científica – Embrapa São Carlos – 06 e 07 de dezembro de 2012 Embrapa Pecuária Sudeste e Embrapa Instrumentação – São Carlos – SP – Brasil  32  Genotipagem de SNPs em genes candidatos a características de interesse comercial em bovinos de corte com sondas de hidrólise  Raissa Camacho Dalla Déa1; Vitor Catoia2; Polyana Cristine Tizioto2; Marina Ibelli Pereira Rocha2; Luciana Correia de Almeida Regitano3; Simone Cristina Méo Niciura3  1Aluna de graduação em Biotecnologia, Universidade Federal de São Carlos, São Carlos, SP, bolsista PIBIC-CNPq; raissadalladea@gmail.com; 2Alunos de pós-graduação em Genética Evolutiva e Biologia Molecular, Universidade Federal de São Carlos, São Carlos, SP; 3Pesquisadora, Embrapa Pecuária Sudeste, São Carlos, SP.   A bovinocultura de corte busca obter produto final (carne) de qualidade por meio da seleção, tradicional ou assistida por marcadores moleculares, para características de interesse comercial, com destaque ao desenvolvimento muscular e à maciez da carne. A µ-calpaína (codificada pelo gene CAPN1) é a principal enzima responsável pelo amaciamento do músculo esquelético no período pós-mortem, pois promove a degradação das miofibrilas. O gene MYOD1 tem a função de ativar a transcrição de genes específicos do músculo e, por isso, participa no desenvolvimento muscular, na regeneração de tecido e na diferenciação dos mioblastos. Assim, o objetivo deste trabalho foi identificar polimorfismos do tipo SNP (single-nucleotide polymorphism) nos genes CAPN1 (GeneID: 281661; SNP: rs17872099, G>A, éxon 5) e MYOD1 (GeneID: 281938; SNP G>A, éxon 3/5´UTR, posição 1.996 bp) em bovinos, para posterior estudos de epigenética, incluindo avaliação de expressão gênica específica de alelo, genótipo e origem parental. Amostras de útero materno e pele fetal obtidas de 34 úteros gravídicos bovinos coletados em abatedouro foram destinadas à extração de DNA com solvente orgânico. O DNA obtido foi avaliado quanto à quantidade e à qualidade (razão entre absorbâncias 260/280) em NanoDrop ND-1000. A seguir, as amostras foram destinadas à genotipagem por discriminação alélica em PCR em tempo real (ABI Prism 7500) utilizando-se o sistema TaqMan, que consiste de primers e sondas de hidrólise alelo-específicas. As reações consistiram de 1X de TaqMan Universal PCR Master Mix, 1X de ensaio TaqMan e 15 ng de DNA genômico, em volume final de 5 μL. A reação foi iniciada com o ensaio de discriminação alélica pre-read (60ºC por 1 min), seguida por amplificação por quantificação absoluta (desnaturação a 95ºC por 10 min e 45 ciclos a 95ºC por 15 seg e 60ºC por 1 min) e leitura post-read para a designação dos alelos. Para o SNP do gene CAPN1, só foram encontrados animais (mães e fetos) com o genótipo AA e, devido à ausência de variabilidade genética nas amostras avaliadas, esse SNP não pode ser utilizado para os estudos de epigenética e expressão gênica diferencial. Para o SNP do gene MYOD1, apesar de terem sido feitos diversos testes com diferentes concentrações de DNA e de ensaio TaqMan e volumes finais de reação, não foi possível determinar os genótipos devido ao nível de amplificação abaixo do limite necessário para a discriminação alélica ou à atribuição de genótipo heterozigoto mesmo para amostras conhecidamente homozigotas. Isso indica que o ensaio TaqMan utilizado não foi eficiente para a genotipagem, e novo ensaio terá que ser encomendado e desenhado. Assim, conclui-se que é necessário que em todo experimento de genotipagem com sondas de hidrólise, sejam incluídas amostras de genótipo conhecido, determinado por meio de outra técnica de genotipagem como microarranjo ou sequenciamento, para a validação dos resultados obtidos.  Apoio financeiro: CNPq (processo 120869/2011-0) e FAPESP. Área: Biotecnologia  

Genotipagem de SNPs em genes candidatos a características de interesse comercial em bovinos de corte com sondas de hidrólise.

http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/bitstream/doc/946111/1/PROCIO2012.00307.pdf

Genotipagem de SNPs em genes candidatos a características de interesse comercial em bovinos de corte com sondas de hidrólise.

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