PATERNITYHD versão 1.0 - um software para cálculo da probabilidade de exclusão de paternidade com dados de genotipagem em painel de alta densidade de SNPs em bovinos.

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Análise haplotípica do gene ASAP1 associado com maciez de carne em bovinos da raça Nelore.

A maciez da carne tem impacto importante na satisfação dos consumidores, portanto, o conhecimento da variação desta característica, assim como a prospecção de genes ou segmentos genômicos que influenciem a mesma, pode ajudar no desenvolvimento de critérios quantitativos e moleculares para seleção de bovinos de corte. A análise haplotípica com os SNPs do gene ASAP1 representados no Illumina BovineHD BeadChip mostram que estes marcadores estão associados com força de cisalhamento medida após 7 dias de maturação da carne nessa população da raça Nelore. A validação desses resultados em outras populações poderá contribuir para inclusão desses marcadores em programas de melhoramento da raça Nelore

Prospecção de SNPs no gene TNFa e sua possível associação à verminose gastrintestinal em caprinos.

O objetivo desse estudo foi investigar a associação entre marcadores moleculares do tipo SNP (Polimorfismo de base única) prospectados no gene TNFa (fator de necrose tumoral alfa) e resistência à verminose gastrintestinal em caprinos. Para isso, foram produzidos 229 caprinos a partir de animais das raças Saanen, raça considerada susceptível a endoparasitas gastrintestinais e Anglo-nubiana, raça considerada resistente. Para a prospecção de SNPs, foram sequenciados 44 animais extremos para OPG (contagem de ovos por grama de fezes) escolhidos a partir dos resíduos obtidos através do modelo estatístico usado para corrigir os dados fenotípicos para as variações ambientais. O sequenciamento inclui quatro regiões do gene TNFa. Nestas regiões, foram encontrados dez SNPs: dois estão localizados na região promotora do gene, dois no intron 2 e seis no exon 4. Através da aplicação do teste de Fisher foi encontrada uma associação de cinco dos SNPs prospectados ( P ≤ 0,05), o que indica que esses SNPs são potenciais marcadores moleculares para resistência à verminose gastrintestinal

A network landscape from CNVs to Nellore cattle beef tenderness.

This work aims to perform a couple of in silico network analysis from CNVs standpoint, shedding light to possible metabolic connections to tenderness. It was used 671 Nellore males to infer CNVs, through SNP-chip (Illumina Bovine HD Beadchip®, containing approximately 770 thousand SNPs) and PennCNV software methodology. CNV regions (CNVRs) were inferred by CNVRuler (recurrence 0.1).ISAFG 2013. AB.01

Associação genômica com maciez de carne na raça Nelore.

As análises do genoma bovino, incluindo mapeamento de QTL (Quantitative Trait Loci), SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) e, mais recentemente, a genotipagem em larga escala, poderão contribuir para a seleção precoce de bovinos. A análise de associação genômica, utilizando dados da genotipagem de 470 animais no Illumina BovineHD BeadChip, identificou regiões associadas com força de cisalhamento medida 24 horas após o abate (P≤ 0,001) nos cromossomos 2, 10, 13, 16 e 21, em famílias de referência da raça Nelore. A análise dos genes localizados nessas regiões associadas com maciez de carne poderá permitir a identificação de genes de efeito maior, que poderão ser usados na seleção assistida por marcadores

A network landscape from CNVs to Nellore cattle beef tenderness.

This work aims to perform a couple of in silico network analysis from CNVs standpoint, shedding light to possible metabolic connections to tenderness. It was used 671 Nellore males to infer CNVs, through SNP-chip (Illumina Bovine HD Beadchip®, containing approximately 770 thousand SNPs) and PennCNV software methodology. CNV regions (CNVRs) were inferred by CNVRuler (recurrence 0.1).ISAFG 2013. AB.01

Identificação de um polimorfismo de única base no gene rap-1 de Babesia bovis.

Babesia bovis provoca um grave quadro de anemia hemolítica em bovinos, resultando em grandes prejuízos devido à mortalidade, abortos, redução de fertilidade e queda da produção de carne e leite. O gene RAP-1 (Rhoptry-associated protein)1 de Babesia bovis codifica uma proteína de 60 KDa, que é reconhecida por anticorpos e linfócitos T de bovinos. O objetivo deste trabalho foi verificar a presença de polimorfismos no gene RAP-1 de Babesia bovis amplificado de material proveniente de búfalos infectados. Parte do gene RAP-1 de B. bovis foi amplificado por Nested-PCR. Foram sequenciadas amostras de quatro búfalos e de um bovino para que se pudesse comparar as sequências obtidas nestas espécies. As reações de seqüenciamento foram realizadas utilizando o Kit ABI PRISM® Big Dye terminator v. 3.1 cycle sequencing da Applied Biosystem. Os eletroferogramas gerados pelo seqüenciador ABI 3100 foram submetidos à análise de qualidade pelo programa Phred, que atribui um valor de qualidade a cada nucleotídeo identificado. Em seguida, foram submetidos ao programa de montagem Phrap que agrupa as sequências organizando-as em contigs. A visualização das sequências geradas e, conseqüentemente, dos SNPs foi realizada através do programa Consed. Não foi encontrada diferença entre a sequência de B. bovis isolada de bovino e as dos isolados de búfalos, no entanto, em relação à sequência depositada no banco de dados NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/), foi encontrado um polimorfismo de única base (SNP) G/A no nucleotídeo 688. Verificou-se que este polimorfismo também estava presente na amostra obtida de bovino, pois o segmento do gene RAP-1 do isolado de bovino apresentou genótipo heterozigoto AG . Três isolados de búfalos também apresentaram o genótipo AG para este polimorfismo. O SNP identificado neste trabalho não está depositado no NCBI