Ten years of the horse reference genome: insights into equine biology, domestication and population dynamics in the post-genome era.

The horse reference genome from the Thoroughbred mare Twilight has been available for a decade and, together with advances in genomics technologies, has led to unparalleled developments in equine genomics. At the core of this progress is the continuing improvement of the quality, contiguity and completeness of the reference genome, and its functional annotation. Recent achievements include the release of the next version of the reference genome (EquCab3.0) and generation of a reference sequence for the Y chromosome. Horse satellite-free centromeres provide unique models for mammalian centromere research. Despite extremely low genetic diversity of the Y chromosome, it has been possible to trace patrilines of breeds and pedigrees and show that Y variation was lost in the past approximately 2300 years owing to selective breeding. The high-quality reference genome has led to the development of three different SNP arrays and WGSs of almost 2000 modern individual horses. The collection of WGS of hundreds of ancient horses is unique and not available for any other domestic species. These tools and resources have led to global population studies dissecting the natural history of the species and genetic makeup and ancestry of modern breeds. Most importantly, the available tools and resources, together with the discovery of functional elements, are dissecting molecular causes of a growing number of Mendelian and complex traits. The improved understanding of molecular underpinnings of various traits continues to benefit the health and performance of the horse whereas also serving as a model for complex disease across species

Ricerca ed innovazione migliorano la qualità della vita (occorre coraggio impegno e talvolta ribellione).

Coraggio, impegno e talvolta ribellione, non disgiunti dal necessario rispetto, sono le doti adatte a praticare ricerca ed innovazione. Meno importante è il campo di elezione, dalla scienza alla tecnica, come dalle lettere alle arti, con interessanti contaminazioni e fruttuose ibridazioni. La filosofia scientifica e la storia della scienza e della tecnica servono a mostrare, quanto fruttifera sia la via e quanto ben distinta dai retaggi spiritualisti, idealisti e storicisti. Infatti queste dottrine pretendono di fornire spiegazioni a priori e certezze assolute, quando la conoscenza della realtà è possibile solo con approssimazioni probabilistiche. In questo contesto, si colloca anche una concezione moderna delle discipline del rilevamento che devono sempre tener conto della grande complessità ed estrema variabilità della realtà fisica ed antropica

Il peso dei numeri dalla antichita al mondo attuale ed i problemi dello oggi alla luce di questi pesi.

Il peso dei numeri attraversa la storia della avventura umana e la precede nelle azioni cognitive di certi animali. Prove scientifiche recenti mostrano che il cervello umano possiede innati una grammatica sintattica (come sostenuto da Chomsky), alberi di classificazione, strutture di ordine, ecc. Del fatto che queste certezze scientifico-sperimentali siano della fine del 900 e la loro conoscenza teorica della fine dello 800 è irrilevante. Il peso dei numeri determina parti importanti della vita personale e sociale, privata e pubblica, economica e politica, culturale ed ideologica/religiosa di singoli uomini ed intere società (come mostrato dal formalismo di Russell e del primo Wittgenstein e dallo sperimentalismo del secondo Wittgenstein). La matematica e le scienze matematiche hanno un grande sviluppo nella Grecia antica e nel mondo ellenistico/ alessandrino/bizantino. Tuttavia una eredità nascosta è già presente nello antico Egitto, nella Mesopotamia sumera e babilonese che con il mondo greco ed i suoi eredi aprono la via alla scienza araba. Altre eredità più lontane, in Cina ed in India, irraggiano nello estremo oriente e nel sud-est asiatico. Inoltre tramite lo impero mongolo in Cina ed in modo diretto in India, gli arabi sono anche traghettatori, da oriente verso occidente (dalle teste di ponte in Maghreb, Spagna e Sicilia), di nuovi campi della matematica, contribuendo alla sua rinascita, dopo i secoli bui dello alto medioevo. Dopodiché la matematica europea si sviluppa, su linee proprie, in contemporanea allo straorinario, ma controverso, sviluppo di manifattura, industria ed automazione/ informatizzazione (in questo caso, a partire dalle intuizioni di Wiener e dai progetti di Turing), a volte prima ed altre volte rincorrendo i ritrovati empirici della tecnologia. Di certo, si ha sviluppo e progresso, ma anche limiti e contraddizioni (a riguardo, una importante riflessione è proposta da Cassirer) che ormai si mostrano con evidenza. Ovviamente nessun sogno regressivo e/o nostalgico, ma la chiara coscienza che non tutto sia possibile, costituisca un bene e sia un contributo alle aspettative di larga parte della umanità. Certamente sarebbe più facile costruire una democrazia ristretta per una elite di ottimati, ma folle di persone si affacciano da ogni luogo, reclamando insieme i loro diritti non solo negativi verso le libertà democratiche, ma anche positivi per una giustizia, intesa come equità. Le risposte sono difficili e tutte le soluzioni in grande sono miseramente fallite. Tuttavia piccole intese possono essere concepite e messe in atto, collegandosi tra loro in una rete connessa che scambia informazioni, esperienze e mette in guardia verso limiti e contraddizioni. Qualche buon esempio esiste, qualche altro può essere attuato: serve buona volontà e sano realismo. Infatti se qualcuno disponesse di un filo diretto con la verità e disponesse di una bacchetta magica, forse tutto sarebbe più semplice. Tuttavia queste due sono solo vuote illusioni e chi le brandisce è un vacuo e forse pericoloso pifferaio magico. Non si hanno certezze assolute, non si possiede la verità, non si hanno capacità sovrannaturali (anche in matematica esistono verità indicibili, come ben dimostrato da Gödel). Scetticismo e relativismo moderati sono la debole bussola della ragione, come tolleranza ed impegno sono la altrettanto debole bussola della azione. Nemmeno una etica alta è data per sempre, ma solo una etichetta, liberamente contrattata e condivisa, simile al godimento comune dei criteri della estetica corrente

Il gioco della logica tra uso del linguaggio e costruzione della scienza.

E tanto più intendo tanto più ignoro, motto di Tommaso Campanella, può servire a spiegare, bene, le virgolette messe attorno alla parola: gioco, ed il suo carattere, ambiguo e contraddittorio, essendo tutto ciò vero tanto nello uso del linguaggio, quanto nella costruzione della scienza. Quanto segue si dipana in alcuni meandri della filosofia analitica, a partire dal positivismo logico, dove molto forte è l’accanirsi contro la metafisica. A riguardo, avendo presente l’uso rinnovato del termine, fatto da giovani filosofi contemporanei, corre il dovere di precisare la sua validità, se significa andare oltre le cose fisiche, con le assunzioni necessarie per pensare e fare scienza. Al contrario, validissimo è il rigetto della metafisica, quando questa voglia dire, come nella tradizione della storia del pensiero, rifarsi a principi primi indiscutibili ed assoluti. Rudolf Carnap e Karl Raimund Popper sono i maggiori esponenti delle scuole filosofiche, prese in esame. La trattazione collega linguaggio e costruzione della scienza, perché una concezione moderna descrive la scienza come un linguaggio, capace di leggere la realtà fisica, dove la complessità della analisi cresce al crescere della complessità della modellazione adottata. Infatti oltre a muoversi liberamente nello spazio, parametrizzato con righe, colonne e pile, è spesso necessario muoversi congiuntamente nel tempo e/o nel cosiddetto spazio delle scale, entrambi parametrizzati con pioli e montanti, a seconda che si permanga ad un dato livello, oppure si passi da un livello ad un altro. Da altra parte, un esempio musicale dà il segno della complessità: le cinque note pentatoniche (la si do re mi fa sol) permettono 720 permutazioni, mentre le dodici note (mettendo insieme i tasti bianchi e neri del pianoforte) permettono 479.001.600 permutazioni e, anche limitandosi alle ventiquattro scale armoniche, maggiori e minori (sulle sette note del clavicembalo ben temperato), il numero di permutazioni è 120.960. In questo contesto, il superamento della empiria fa passare dalla capacità di verificazione alla sola possibilità di falsificazione, dove è possibile dire quello che è errato, ma non è possibile certificare quello che è esatto. Infatti la verità è sempre provvisoria e precaria, valida fino ad una possibile smentita, più o meno prossima, e le costruzioni tecniche, sociali, economiche e politiche sono, sempre e solo, governate dal dubbio ed altrettanto precarie e provvisorie. Infine con un salto notevole di contenuto, ma affatto estraneo alla vita ed alle concezioni dei pensatori (qui già citati e/o citati nel seguito), è davvero difficile, soprattutto in questi tempi così tanto travagliati, separare il parlare alto di ricerca scientifica e tecnologica, nonché di storia della scienza e della tecnica, e di epistemologia, dai casi della vita quotidiana, vari e diversi. Di fronte a tutti questi è davvero difficile scegliere la strada migliore, in ogni caso, ben sapendo come occorra, sempre ed ovunque, il coraggio e lo impegno e talvolta anche la ribellione

Il trattamento delle osservazioni di Il Decamoron di Giovanni Boccaccio nel 700° della sua nascita.

Il Decameron di Giovanni Boccaccio è una opera capolavoro della letteratura italiana e, nel suo piccolo, questo lavoro, scritto nel 700° dalla nascita del Boccaccio, intende celebrare lo evento con i mezzi del Trattamento delle Osservazioni e della Geomatica, propri degli autori, applicati per ibridare culture diverse

La fatica della ragione: provare a dare regole alle arti.

Il materialismo storico (nella rilettura critica operata dalla Scuola di Francoforte, più tarda) fa da filo conduttore, con lo scopo di collegare questo tema allo strutturalismo ed al pragmatismo/funzionalismo. Un itinerario scientifico e filosofico (sulla non-neutralità della scienza), come pure letterario ed artistico (che spazia nel mondo della cultura, in primis, debolmente pro e contro il metodo) è ripercorso con la intenzione di metterne in evidenza tappe importanti. In parallelo, qualche curiosità matematica arricchisce il testo, tenendo conto che il lavoro non ha pretese filosofiche, né verte sui fondamenti teorici della scienza, ma vuole invece rileggere il vasto settore della Geomatica, inserendolo in un ambito tecnico, scientifico e culturale più largo. Infatti una disciplina tecnica che non sappia aprirsi, nel campo delle scienze ed al mondo della cultura, è destinata a scomparire (e poco importa se per la propria anossia o per una diaspora, provocata da altri)

Batti il tamburo e non avere paura.

Batti il tamburo e non aver paura è un verso di una poesia di Heinrich Heine, il maggiore poeta romantico tedesco (ebreo, contrario al pangermanesimo, morto esule a Parigi) che invita tutti al coraggio ed allo impegno, delineando un excursus tra parole chiave della filosofia della scienza e della matematica (in particolare, in Kant, Husserl e Hilbert), per ricavare i moniti alla Geomatica. Infatti questa è costituita da un insieme di discipline scientifiche e tecnologiche che possono offrire benefici al mondo ed alla società, ma causare danni gravi ed è compito dei ricercatori, tecnici, studenti ed operatori fare che scienza e tecnologia siano adoperate ai fini di pace, sviluppo e progresso, e non di guerra, abuso e dominio. Per quanto riguarda i tre studiosi, Kant è preso in considerazione, come geografo (storico e studioso della politica) e come filosofo della scienza e della morale (nelle prime due sue sintesi critiche, seppure della seconda solo brevemente). Husserl e Hilbert (nello ordine un filosofo di formazione matematica ed un matematico, attento a problemi di logica) sono presi in considerazione nelle loro ultime opere, rispettivamente sulla crisi delle scienze europee e sui fondamenti della matematica. Infatti questi due studiosi possono entrambi rappresentare insieme uno dei punti di arrivo delle possibili riletture kantiane e il segnavia per una ripartenza verso nuovi pensieri (rispettivamente la filosofia analitica della conoscenza ed il convenzionalismo critico della matematica)

Bisogna portare il pensiero della morte come i signori della epoca portavano il falcone sulla spalla.

Il titolo è tratto da un pensiero, forse un poco conturbante, ma certamente necessario, di Michel Eyquem de Montaigne e serve per fare un bilancio onesto. Infatti la scelta di essere agnostici qualifica coloro che scrivono come scettici e relativisti moderati, riducendo molti loro pensieri al solo strumentalismo operazionale, proposto da Percy Williams Bridgman. A riguardo, importante è la critica delle metodologie e procedure, comunemente impiegate, e come cautelarsi dagli errori grossolani, sempre possibili. Infatti una analisi approfondita della logica della ricerca scientifica, ma non solo, constata la mancanza di verità sicure ed assolute, ritrovando invece solo alcune certezze, spesso molto precarie e provvisorie. In questo contesto, la conoscenza scientifica si struttura costruendo una sua teoria, in accordo con il matematico e filosofo Federigo Enriques, e riconoscendo come la scienza dipenda dall’ambiente, secondo la lezione del matematico e fisico Erwin Schrödinger. Dopodiché ritornando al pensiero espresso dal titolo, in una postfazione a mo’ di commiato, le Tuscolane di Cicerone offrono l’occasione per una serena disamina dei limiti della esistenza umana