Multicriterial optimization of liquid food packaging systems

The food industry is in the crossfire of increasing pressure of competition, consumer demands, and growing importance of ecological sustainability considerations. Life cycle analysis is one of the most important methods for evaluation of environmental effects of food industrial technologies and packaging systems. During the last decades there have been an intense work to collect pieces of information on different environmental aspects of food packaging systems all over the world, but there is a considerable gap between the amount of knowledge and its practical application in decision making on the level of enterprises as well as in the process of determination of environmental protection fee. Application of modern, freely available software frameworks for life cycle analysis offers a favourable possibility for integration of environmental information into managerial and governmental decision making processes. Based on case studies, the article demonstrates the possibilities of utilisation of cumulative environmental burden indicators as well as expert decision-support systems for optimisation of product-portfolio, based on environmental considerations

SNP elemzés az rDNA ITS-5.8S-ITS2 lokuszán a mai és a középkori sárgadinnyében (Cucumis melo).

Az rDNA (riboszómális DNS) ITS (internal tanscribed spacer) szekvencielemzését végeztük el 31 mai sárgadinnyefajtában és egy régészeti feltárásból előkerült (15. sz., Budai Vár, Budapest) maglelet DNS mintájában. Hat SNP (single nucleotide polymorphism) nukleotid szubsztitúciót azonosítottunk az egyes doménekben. Az ITS elemzés alkalmasnak bizonyult a régészeti feltárásból előkerült, de endogén fertőzést hordozó magvak elkülönítésére is, ugyanis a fertőzött magokban a fajra jellemző, a 618 bp hosszúságú ITS1-5.8S-ITS2 szakaszokat magába foglaló, 664 bp hosszúságú ITS fragmentum mellett egy 580 bp nagyságú fragmentum is felszaporodott, amely – a szekvenciaelemzés és BLAST analízisben – Aspergillus nidulans eredetet mutatott (NCBI, AF455505). Az SNP szubsztitúciók gyakorisága alapján leszűkíthető volt a 15. századi minta legközelebbi fajtaköre. Az eredmények hozzájárulnak a régészeti feltárásokból előkerült ős növényfajták végső molekuláris és morfológiai rekonstrukciójához. | ITS (internal tanscribed spacer) profiles of the aDNA (ancient DNA) of seed remains extracted from an extinct sample recovered from the 15th century (Budapest, Hungary) were compared to 31 modern melon cultivars and landraces. An aseptic incubation followed by ITS analysis was used to exclude the exogenously and endogenously contaminated (Aspergillus) medieval seeds and to detect SNPs in ITS1-5.8S-ITS2 region of rDNA (ribosomal DNA). SNPs were observed at the 94–95 bp (GC to either RC, RS or AG) of ITS1; and at 414 bp (A-to-T substitution), 470 bp (T to Y or C), 610 bp (A to R or G) of ITS2. The results facilitate the final aim of molecular and morphological reconstructions of ancient melon tpyes

A köles (Panicum miliaceum) SSR- és ISSR szekvencia-stabilitása a 4. és 15. századi régészeti leletektől a mai fajtákig

A középkori (Budai Vár, 15. századi feltárás) és 4. századi (Mongólia) régészeti leletekből feltárt köles (Panicum miliaceum; 2n=4×=36) magmintákból ősDNS-t izoláltunk. A teljes genom felszaporításával (WGA – whole genome amplification) nagy mennyiségű ősDNS-t állítottunk elő. Az ősDNS szakaszok szelektív felszaporításával (AFLP – amplified fragment length polymorphism) meghatároztuk az ősDNS degradációjának mértékét, a 4. századi mintában azonosított 2 (1.2%) AFLP (MseCAA–EcoAGT) fragmentum kimutatásával (98.8% degradáció), szemben a 15. századi 158 (40%) (60% degradáció), illetve a „Topáz” mai fajtában kimutatott 264 fragmentum azonosításával (100%). Az AFLP szelektív primer-párok közül az EcoAGT–Mse-CAA volt a leghatékonyabb. Nyolc AFLP fragmentum klónozásával és szekvenálásával 2529 nt ősDNS-t azonosítottunk. Az ismétlődő DNS szakaszok közötti DNS vizsgálata során (ISSR – inter simple sequence repeats) a kilenc primerből hét primer, valamint ezek kombinációival 22 ISSR szakaszon (lokuszon) összesen 341 ISSR allélt azonosítottunk a mai fajtákban és a középkori mintában. Az allélek szekvencia adatai teljes azonosságot mutattak a mai fajtákban és a középkori mintában. A felszaporított ősDNS minták restrikciós endonukleázzal történő emésztése (CAPs – cleaved amplified polymorphic sequence) során hat enzimet alkalmaztunk (TaqI, BsuRI, HinfI, MboI, AluI és RsaI) a mitokondrium (mtDNS) 1117 bp hosszúságú 5S-18S rDNS szakaszának elemzésére. Az ALF-SSR allélek szekvencia elemzésében négy génhez kapcsolt ismétlődő DNS szakaszt elemeztünk az sh1 (shrunken1); gln4 (glutamine synthetase4); rps15 (ribosomal proteinS15); rps 28 (rps28 ribosomal protein S28) génekben, összesen 810 nt szekvencia meghatározásával. Egyetlen nukleotid-változást (SNP – single nucleotide polymorphism) mutattunk ki a 15. századi mintában az rps28 DNS szakaszban. A morfológiai fajtarekonstrukcióban a középkori minta egy ősi típusú, terpedt bugájú fajtához (Omszkoje) mutatta a legközelebbi rokonságot. Eredményeink igazolják, az egyszikű köles genom rendkívüli stabilitását, összevetve az azonos korból feltárt kétszikű sárgadinnye genomban végbement nagymértékű mikroevolúciós változásokkal. | Seed remains of medieval millet, recovered from a 15th century layer (King’s Palace, Budapest, Hungary), showed reddish yellow grain color after rehydrating on tissue culture medium that was close to grain color of modern cultivar Omszkoje. aDNA of medieval c. millet was extracted successfully, analyzed and compared to modern common millets by ISSR, SSR, CAPS and mtDNA. Analyses of fragments and sequences revealed polymorphism at seven ISSR loci (22 alleles) and at the 5S-18S rDNA locus of mtDNA. CAPS analysis of the 5S-18S rDNA fragment revealed no SNPs in the restriction sites of six endonucleases TaqI, BsuRI, HinfI, MboI, AluI and RsaI. Sequence alignments of the restriction fragments RsaI also revealed consensus sequence in the medieval sample compared to a modern variety. Morphological characterization of twenty common millet (Panicum miliaceum L., 2n=4×=36) cultivars and landraces revealed four distinct clusters which were apparently consistent with the grain colors of black, black and brown, red, yellow, and white. In the comparative AFLP, SSR and mtDNA analysis modern millet cv. ‘Topáz’ was used. AFLP analysis revealed that extensive DNA degradation had occurred in the 4th CENT. ancient millet resulting in only 2 (1.2%) AFLP fragments (98.8% degradation), compared to the 15th CENT. medieval millet with 158 (40%) fragments (60% degradation) and modern millet cv. ‘Topáz’ with 264 fragments (100%). Eight AFLP fragments were sequenced after reamplification and cloning. Microsatellite (SSR) analysis at the nuclear gln4, sh1, rps28 and rps15 loci of the medieval DNA revealed one SNP (single nucleotide polymorphism) at the 29th position (A to G) of rps28 locus compared to modern millet. Mitochondrial (mtDNA) fragment (MboI) amplified at the 5S-18S-rDNA locus in the medieval millet showed no molecular changes compared to modern millet. The results underline the significance of survived aDNA extraction and analysis of excavated seeds for comparative analysis and molecular reconstruction of ancient and extinct plant genotypes. An attempted phenotype reconstruction indicated that medieval common millet showed the closest morphological similarity to modern millet cultivar Omszkoje

Gene up-regulation by DNA demethylation in 35S-gshI-transgenic poplars (Populus x canescens)

Gene expression levels of transgene 35S-gshI (γ-glutamylcysteine synthetase) cloned from E. coli, and the endogenous gene gsh1 of poplar (Populus x canescens) were upregulated by the DNA demethylating agent DHAC (5,6-dihydro-5'-azacytidine hydrochloride) (10-4 M for 7 days) in aseptic leaf discs cultures. Two 35S-gshI-transgenic (6lgl and 11ggs) and wild type (WT) poplar clones were used. The efficiency of gene upregulation was also analyzed under herbicide paraquat stress (4 x 10-7 M). Levels of gshI-mRNA and gsh1-mRNA were determined by RT-qPCR (reverse transcriptase quantitative PCR) after cDNA synthesis. For internal control, the constitutively expressed housekeeping poplar genes α-tubulin and actin were used, and the 2−HHCt method was applied for data analysis. In long term DHAC treatment (21 days), a morphogenetic response of de novo root development was observed on leaf discs in a wide concentration range of DHAC (10-8 to 10-6 M). Adventitious shoots (11ggs clone) also emerged from leaf discs after a combined treatment with DHAC (10-4 M) and paraquat (10-7 M). Shoots were dissected, rooted and transplanted in glass houses for further analyses for phytoremediation capacity. Since DNA methylation patterns are inherited (epigenetic memory), these poplar plants with increased gene expression levels of both transgene 35S-gshI and endogenous gene gsh1 provide novel plant sources for in situ application