Parallel Patterns for Agent-based Evolutionary Computing

Computing applications such as metaheuristics-based optimization can greatly benefit from multi-core architectures available on modern supercomputers. In this paper, we describe an easy and efficient way to implement certain population-based algorithms (in the discussed case, multi-agent computing system) on such runtime environments. Our solution is based on an Erlang software library which implements dedicated parallel patterns. We provide technological details on our approach and discuss experimental results

Reagent and laboratory contamination can critically impact sequence-based microbiome analyses.

BACKGROUND: The study of microbial communities has been revolutionised in recent years by the widespread adoption of culture independent analytical techniques such as 16S rRNA gene sequencing and metagenomics. One potential confounder of these sequence-based approaches is the presence of contamination in DNA extraction kits and other laboratory reagents. RESULTS: In this study we demonstrate that contaminating DNA is ubiquitous in commonly used DNA extraction kits and other laboratory reagents, varies greatly in composition between different kits and kit batches, and that this contamination critically impacts results obtained from samples containing a low microbial biomass. Contamination impacts both PCR-based 16S rRNA gene surveys and shotgun metagenomics. We provide an extensive list of potential contaminating genera, and guidelines on how to mitigate the effects of contamination. CONCLUSIONS: These results suggest that caution should be advised when applying sequence-based techniques to the study of microbiota present in low biomass environments. Concurrent sequencing of negative control samples is strongly advised

Influence of oxygen concentration on the differential gene expression in human induced pluripotent stem cells and their extracellular vesicles

Komórki macierzyste ze względu na zdolność do samoodnowy i różnicowania w różne typy komórek stanowią obiekt wielu badań. Z powodu wątpliwości etycznych, dotyczących wykorzystania komórek embrionalnych, wykorzystywane są w tym celu głównie indukowane pluripotencjalne komórki macierzyste (iPSC). iPSC wydzielają pęcherzyki zewnątrzkomórkowe (EVs), zawierające bioaktywne składniki, za pośrednictwem których zachodzi komunikacja międzykomórkowa.Warunki w jakich prowadzona jest hodowla komórkowa, mogą wywoływać różnice w ekspresji genów. Jedną z metod służących do mierzenia ekspresji genów jest technologia wysokoprzpustowego sekwencjonowania. Przeprowadzona w pracy analiza dotyczyła danych pochodzących z sekwencjonowania RNA-seq. Jej celem było zbadanie różnicy w ekspresji genów 3 linii hiPSC (C7, G, TC) oraz wydzielanych przez nie EVs, pochodzących z różnych warunków stężenia tlenu w hodowli (hipoksja: 5% i 3% O2 oraz normoksja: 21% O2). Do wykonania analizy użyto następujących programów do mapowania odczytów sekwencjonowania: Salmon, Kallisto, Subread oraz następujących programów do określania różnicowej ekspresji genów: limma, edgeR, DESEQ2. Jako dodatkowy cel, ustalono sprawdzenie różnic w uzyskanych rezultatach wynikających z zastosowanych programów oraz analizowanych linii komórkowych.Listy genów z największą różnicą w ekspresji pomiędzy testowanymi warunkami, uzyskane w analizie różnicowej ekspresji genów, różniły się w zależności od badanego porównania. W celu wyeliminowania różnic pomiędzy analizowanymi liniami komórkowymi, zbadano uśrednioną ekspresję genów. Znalezione listy genów DE dodatkowo różniły się w zależności od zastosowanych programów do DGE oraz metody mapowania transkryptów. Porównanie wariantów analizy zestawiono w tabelach a wspólne geny przedstawione zostały za pomocą diagramów Venna. W obrębie EVs znaczna liczba znalezionych genów DE stanowiła geny kodujące RNA, a nie białka. Znalezione wspólne geny o podwyższonej ekspresji w warunkach obniżonego stężenia tlenu, w porównaniu do normoksji dla EVs i hiPSC stanowiły: LDHA, BNIP3, SLC2A1, PGK1.Stem cells, due to their ability to self-renew and differentiate into different cell types, constitute a subject of numerous studies. Due to ethical concerns related to the use of human embryonic stem cells, mainly induced pluripotent stem cells (iPSCs) are used for this purpose. iPSCs secrete extracellular vesicles (EVs), which contain bioactive components and through which intercellular communication occurs.The conditions under which cell culture is conducted can induce differences in gene expression. One of the methods used to measure gene expression is high throughput sequencing technology. The analysis conducted in this study was based on RNA-seq data. The aim of this work was to investigate the difference in gene expression of 3 hiPSC lines (C7, G, TC) and the EVs they secrete from different oxygen conditions in culture (hypoxia: 5% and 3% O2 and normoxia: 21% O2). The following sequencing read mapping software was used to perform the analysis: Salmon, Kallisto, Subread, and the following programs to determine differential gene expression: limma, edgeR, DESEQ2. An additional objective was to test the differences in the results obtained with regard to the programs used and the cell lines analyzed.The lists of genes with the greatest difference in expression between the tested conditions, obtained in the differential gene expression analysis, varied according to the comparison tested. To eliminate differences between the analyzed cell lines, the meangene expression was examined. The obtained list of DE genes varied depending on the DGE programs used and the transcript mapping method. Comparisons of the analysis variants were tabulated and common genes were presented by Venn diagrams. Within EVs, a significant number of identified DE genes were RNA-encoding genes rather than protein-encoding genes. Common genes found in EVs and hiPSCs with increased expression under reduced oxygen conditions, compared to normoxia were: LDHA, BNIP3, SLC2A1, PGK1

Construction and balancing of the cholesterol raft model surrounded by cholesterol-saturated lipid bilayer

Wykorzystując techniki modelowania molekularnego, skonstruowano model tratwy cholesterolowej, znajdującej się wewnątrz dwuwarstwy lipidowej złożonej z fosfatydylocholiny i cholesterolu. Następnie przeprowadzono ~50 ns symulację dynamiki molekularnej w celu zrównoważenia skonstruowanego modelu. W efekcie uzyskano model tratwy lipidowej, który odzwierciedla jej zachowanie w warunkach naturalnych.Using the molecular modeling techniques, a model of cholesterol raft, inside the lipid bilayer composed of phosphatidylcholine and cholesterol, was constructed. Then was performed a ~ 50 ns simulation of molecular dynamics in order to balance the constructed model. As a result, a model of a lipid raft was obtained that reflects its behavior in natural conditions

Aktywność zawodowa Polaków : praca zawodowa, wykształcenie, kompetencje

The report presents an overview of the situation of people employed and seeking employment based on the results of a study of people of working age conducted in the 2nd quarter of 2011. What you will find in the report is an image of Poles’ occupational activity by various profi les, including division by sex and age, features which have been assigned, yet determine people’s situation in the labour market. Occupational activity will be analysed on the basis of the form of contracts with employers, including informal employment agreements. Additionally, the profiles of ISCO sub-major occupational groups have been presented. Dependencies between the groups and earnings on the one hand and education on the other, paint an interesting picture. When it comes to job satisfaction and expectations regarding career development, the youngest age group in the labour market are drawn attention to. The disparity between employment structure of the employed and the structure of professions preferred by the unemployed is rather striking, as it illustrates a structural nature of unemployment, especially with regard to people with lower level of education. The report covers also information on higher education institutions graduates in the labour market, as they are a group whose situation in the labour market has been growing worse for the past few years. This part of the report is an introduction to a wider, problem-oriented presentation of education-related issues discussed in the report entitled Competencies as the key to the development of Poland

Occupational activity of Poles : career, education, competencies

Raport przedstawia przegląd sytuacji osób zatrudnionych i poszukujących pracy w oparciu o wyniki badania ludności w wieku produkcyjnym realizowanych w 2011 r. w ramach II edycji badań BKL. Czytelnik znajdzie w nim obraz aktywności zawodowej Polaków w rożnych przekrojach, w tym w podziale ze względu na płeć i wiek. Analizowana jest aktywność zawodowa według formy umów wiążących pracowników z pracodawcami, w tym w oparciu o umowę nieformalną. Zaprezentowane zostały także profile poszczególnych dużych grup zawodowych wyróżnionych w oparciu o klasyfikację ISCO. Ciekawy obraz wyłania się z przedstawionych zależności między kategoriami zawodowymi a zarobkami, z jednej strony, oraz edukacją - z drugiej. W kontekście zadowolenia z pracy i oczekiwań co do rozwoju kariery zawodowej zaprezentowano sytuację najmłodszej kategorii wiekowej osób na rynku pracy. Uderzające są dysproporcje pomiędzy strukturą zawodową osób pracujących a strukturą zawodów preferowanych przez bezrobotnych, co ilustruje strukturalny charakter bezrobocia, zwłaszcza osób o niższym poziomie wykształcenia. Raport ten zawiera też informacje dotyczące absolwentów szkół wyższych na rynku pracy. Jest to grupa, której sytuacja na rynku pracy zaczęła się w ostatnich latach pogarszać. Ta część raportu jest zapowiedzią szerszego, problemowego ujęcia zagadnień związanych z wykształceniem, omawianych w raporcie "Kompetencje jako klucz do rozwoju Polski"

Polish labour market - economic activity and educational composition : based on the 2014 survey of working-age population being a part of Human Capital Project in Poland

Raport przygotowany na podstawie badań ludności zrealizowanych w 2014 roku w ramach V edycji projektu Bilans Kapitału Ludzkiego. W latach 2011-2014 odnotowaliśmy wzrost aktywności zawodowej (ogółem z 69% do 73%). Zmiana ta obejmowała zarówno kobiety, jak i mężczyzn, przy czym dotyczyła niemal wyłącznie starszych roczników - w kategorii 55 lat wzwyż nastąpiły pod tym względem radykalne zmiany, w kategorii 44-54 lat zmiany były umiarkowane, a w młodszych rocznikach utrzymywało się status quo. W najstarszej grupie osób (55+) aktywizacja zawodowa silniej dała o sobie znać wśród kobiet. Poziom aktywności zawodowej zależy od płci i wieku. Dla mężczyzn maksymalna aktywność zostaje osiągnięta w wieku ok. 30 lat i (utrzymuje się na tym poziomie do ok. 40-45 roku życia), podczas gdy dla kobiet systematycznie rośnie ona aż do osiągnięcia maksimum w okolicach 40-45 roku życia, po czym zaczyna spadać.W okresie realizacji V edycji badań BKL, a więc w drugim kwartale 2014 r., stopa bezrobocia wyniosła 14,9%, co oznacza, że liczba bezrobotnych osiągnęła poziom ok. 2,68 mln. W 2013 r. stopa bezrobocia była wyższa o 1,3 punkt procentowy (16,3%). Szczególnie znaczący jest spadek stopy bezrobocia wśród kobiet: od 2012 r. obniżyła się ona o 3,2 p.p. osiągając 2014 r. 14,4% (1,18 mln). Wśród mężczyzn wskaźnik wyniósł 15,4% (1,5 mln osób), 1 p.p. mniej niż rok wcześniej. Stopa bezrobocia na wsi i w miejscowościach poniżej 200 tys. mieszkańców utrzymuje się na wysokim poziomie, około 16-17%. Jedynie na wsi wskaźnik spadł o 2,6 punktu procentowego. W miastach liczących 200-499 tys. mieszkańców stopa bezrobocia wyniosła 13%, natomiast w miastach ponad 500 tys. od 2012 obserwowany jest wyraźny spadek - z 10% do 6%. W kategorii wykształcenia wyższego stopa bezrobocia wyniosła jedynie 7%, średniego 13%, zasadniczego zawodowego 18%, zaś niższego 30%. W kategorii wieku 25-34 lata stopa bezrobocia wyniosła 16%, kategorii 35-49 lat 11%, natomiast wśród osób w wieku 50+ 14%. Warto dodać, że podczas realizacji wszystkich edycji badań BKL nowej pracy szukało 8% Polaków (1,2 mln)

Education, work, and entrepreneuriship of Poles : findings from 2012 working-age population study, being a part of the third round of the Study of Human Capital in Poland

Raport oparty jest na wynikach badania ludności w wieku produkcyjnym realizowanego w pierwszej połowie 2012 roku ramach III edycji Bilansu Kapitału Ludzkiego. W raporcie wiele ciekawych wyników , które niejako „idą pod prąd” tezom stawianym w dyskursie o rynku pracy m.in. interesujące wyniki porównań dotyczących poziomu dochodów mężczyzn i kobiet zatrudnionych jako pracownicy najemni I prowadzących dzialalność gospodarczą na własny rachunek, a więc wówczas, gdy nie może być mowy o dyskryminacji przez pracodawcę. To dobry przyczynek do dalszej analizy mechanizmów stojących za niższym wynagrodzeniem kobiet na rynku pracy. Porównanie wyników z wszystkich dotychczasowych edycji badań BKL pozwoliło autorom na postawienie mocnej tezy o „fiasku aktywizacji zawodowej”, opartej na danych pokazujących, że przy niezmiennym poziomie wskaźnika zatrudnienia (zbliżonym do 60%) mamy do czynienia ze zmniejszaniem się udziału osób nieaktywnych zawodowo (z 32% do 28%) na rzecz wzrostu stopy bezrobocia(z 8% do 12%). Warto zapoznać się również z wynikami odnoszącymi się do dyskusji na temat „umów śmieciowych”. Badania BKL pokazują, że osoby pracujące na umowy cywilno-prawne mają cechy, które wyraźnie odróżniają je od osób procujących w oparciu o umowy o pracę - zwykle są to osoby zdecydowanie młodsze, stanu wolnego, bez dzieci, wyrażają większą chęć posiadania elastycznego czasu pracy, a co trzecia z nich kształci się formalnie (w przeciwieństwie do 4% wśród „etatowców”). Poza tym, nawet wśród młodych, którzy zakończyli naukę, to wcale nie jest dominująca forma zatrudnienia, a z upływem czasu występuje coraz rzadziej.A comparison of results from all the rounds of the BKL Study conducted so far has made it possible for to put up a strong claim on “the fiasco of occupational activation” based on the data demonstrating that - with a constant level of employment ratio (close to 60%) - what we are dealing with is a drop in the share of the occupationally inactive (from 32% to 28%) with a parallel increase in the share of the unemployed (from 8% to 12%). The BKL Studies demonstrate that people working on civil-law contracts exhibit traits that clearly distinguish them from people working on employment contracts: as a rule, the former are younger, more likely to be unmarried, without children, express greater eagerness for flexible working time, with every third of them being in formal education (as compared to only 4% among the “employment contract” holders). Moreover, this form of employment does not predominate even among the young people who have completed their education, and its incidence diminishes with age.To address the sources of gender pay gap, male-female differences in pay declarations by hired workers were compared to those by the self-employed, revealing the same pattern