Transferable neural networks for enhanced sampling of protein dynamics

Variational auto-encoder frameworks have demonstrated success in reducing complex nonlinear dynamics in molecular simulation to a single non-linear embedding. In this work, we illustrate how this non-linear latent embedding can be used as a collective variable for enhanced sampling, and present a simple modification that allows us to rapidly perform sampling in multiple related systems. We first demonstrate our method is able to describe the effects of force field changes in capped alanine dipeptide after learning a model using AMBER99. We further provide a simple extension to variational dynamics encoders that allows the model to be trained in a more efficient manner on larger systems by encoding the outputs of a linear transformation using time-structure based independent component analysis (tICA). Using this technique, we show how such a model trained for one protein, the WW domain, can efficiently be transferred to perform enhanced sampling on a related mutant protein, the GTT mutation. This method shows promise for its ability to rapidly sample related systems using a single transferable collective variable and is generally applicable to sets of related simulations, enabling us to probe the effects of variation in increasingly large systems of biophysical interest.Comment: 20 pages, 10 figure

Determination Of Aerosol Optical Thickness From Spectral Sky Transmittance.

The objective of this study is to test the feasibility of the proposed technique for retrieving spectral aerosol optical thickness (AOT) from the spectral transmittance measurements. The measurements have been acquired around Penang Island, Malaysia. Ground-based measurements were made with a handheld spectroradiometer. The measured spectral transmittance data were then converted to AOT values 6 spectral bands between 400 and 900 nm. Spectral AOT maps were generated using Kriging interpolation method for the 6 spectral bands. Air quality map was produced using this technique

Remote Sensing Of Turbidity Mapping From Digital Camera Imagery.

A complete set of normal digital camera data and ground-based measurements are used to test an algorithm for retrieval of turbidity distribution in the Prai Estuary, Penang, Malaysia

PM10 Retrieval From Spectroradiometer Measurements.

This study attempts to determine the aerosol optical thickness (AOT) from spectroradiometer data. The spectroradiometer is used to measure the atmospheric transmittances in a wide spectrum over Penang Island, Malaysia

HUBUNGAN HASIL BELAJAR KEWIRAUSAHAAN DAN PRAKTIK KERJA INDUSTRI TERHADAP KESIAPAN KERJA PESERTA DIDIK SMK KOMPETENSI KEAHLIAN PENGELASAN

Tujuan penelitian ini yaitu ingin memperoleh data tentang hubungan hasil belajar kewirausahaan dan praktik kerja industri terhadap kesiapan kerja peserta didik SMK kompetensi keahlian pengelasan. Penelitian ini menggunakan metode penelitian ex post pacto, penelitian dilakukan di dua sekolah yaitu SMK Negeri 1 Makassar dan SMK Negeri 5 makassar.  Subjek penelitian adalah kelas XII SMKN 1 Makassar keahlian teknik pengelasan dan kelas XII SMKN 5 Makassar keahlian teknik pengelasan. Teknik pengumpulan data menggunakan angket (kusioner) dan dokumentasi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa hasil belajar kewirausahaan dan praktik kerja industri memberikan pengaruh terhadap kesiapan kerja peseta didik, koefisien determinasi sebesar 83,1%, artinya kontribusi hasil belajar kewirausahaan dan praktik kerja industri terhadap kesiapan kerja sebesar 83,1%. Hubungan hasil belajar kewirausahaan dan praktik kerja industri terhadap kesiapan kerja sangat signifikan

PEMETAAN POTENSI DAERAH UNTUK PENGEMBANGAN SMK MASA DEPAN

Tujuan penelitian ini adalah (i) untuk mengetahui seberapa besar relevansi keberadaan SMK dengan potensi daerah yang ada. (ii) Untuk mengetahui sumber daya alam dan sumber daya manusia yang ada di daerah tersebut. (iii) untuk mengetahui prospek pengembangan SMK masa depan yang berbasis potensi lokal di kabupaten Bone. Jenis penelitian ini adalah penelitian deskriptif dengan menggunakan metode survei dalam mengumpulkan data untuk mengungkap fenomena tentang relevansi SMK terhadap potensi daerah serta menggambarkan potensi daerah yang ada di wilayah tersebut dan sebagai prospek pengembangan SMK masa depan yang berbasis potensi daerah. Teknik pengumpulan data yang digunakan adalah observasi, penyebaran angket, wawancara dan data dokumentasi yang dibutuhkan. Hasil penelitian ini menunjukkan bahwa (i) keberadaan SMK saat ini masih belum relevan dengan potensi daerah yang ada. (ii) gambaran pemetaan potensi daerah diuraikan dalam setiap kecamatan yang ada di Kabupaten Bone, serta (iii) prospek pengembangan SMK masa depan yang paling besar di Kabupaten Bone adalah SMK pertanian