New Interactors of the Truncated EBNA-LP Protein Identified by Mass Spectrometry in P3HR1 Burkitt’s Lymphoma Cells

The Epstein-Barr virus nuclear antigen leader protein (EBNA-LP) acts as a co-activator of EBNA-2, a transcriptional activator essential for Epstein-Barr virus (EBV)-induced B-cell transformation. Burkitt’s lymphoma (BL) cells harboring a mutant EBV strain that lacks both the EBNA-2 gene and 3′ exons of EBNA-LP express Y1Y2-truncated isoforms of EBNA-LP (tEBNA-LP) and better resist apoptosis than if infected with the wild-type virus. In such BL cells, tEBNA-LP interacts with the protein phosphatase 2A (PP2A) catalytic subunit (PP2A C), and this interaction likely plays a role in resistance to apoptosis. Here, 28 cellular and four viral proteins have been identified by mass spectrometry as further possible interactors of tEBNA-LP. Three interactions were confirmed by immunoprecipitation and Western blotting, namely with the A structural subunit of PP2A (PP2A A), the structure-specific recognition protein 1 (SSRP1, a component of the facilitate chromatin transcription (FACT) complex), and a new form of the transcription factor EC (TFEC). Thus, tEBNA-LP appears to be involved not only in cell resistance to apoptosis through its interaction with two PP2A subunits, but also in other processes where its ability to co-activate transcriptional regulators could be important

Functional role of truncated EBNA-LP protein expressed in Burkitt lymphoma cells infected by the P3HR1 strain of Epstein-Barr virus

Notre équipe à montré que les cellules de lymphome de Burkitt (LB) infectées par le variant P3HR1 du virus d’Epstein Barr (EBV) sont plus résistantes à l’apoptose que les cellules de LB EBV(-) ou infectées par la souche sauvage. Le variant P3HR1 porte une délétion de son génome à l’origine de l’expression d’une forme tronquée d’EBNA-LP (EBNA-LPt). Nous avons étudié le rôle fonctionnel d’EBNA-LPt dans les cellules de LB infectées par le variant P3HR1. Nous avons, dans un premier temps, identifié par une étude protéomique ses partenaires cellulaires et viraux. Nous avons ainsi confirmé l’interaction entre EBNA-LPt et la PP2A, déjà établie par notre équipe, et montré qu’elle forme également des complexes avec d’autres protéines impliquées dans de nombreux processus cellulaires, notamment dans l’apoptose et dans la régulation transcriptionnelle. Nous avons ensuite, par une étude du transcriptome, montré le rôle de régulateur transcriptionnel des deux formes d’EBNA-LP exprimées de façon stable dans les cellules de LB EBV(-). En effet, nous avons montré que les deux formes d’EBNA-LP sont capables de réguler l’expression des gènes cellulaires indépendamment du contexte viral. Certains de ces gènes sont communs aux deux formes d’EBNA-LP, d’autres sont spécifiques de chaque forme. Nous avons constaté que le domaine Y1Y2 est indispensable à la surexpression, par EBNA-LP, du gène cellulaire codant pour la protéine ID1 qui est impliquée dans la stabilisation de la LMP1 et dans l’immortalisation cellulaire. Nous avons également remarqué que certains gènes sont régulés de la même façon en présence d’EBNA-LP seule ou dans un contexte viral complet. Enfin et pour mieux comprendre les mécanismes de résistance à l’apoptose dans les cellules de LB infectées par la souche P3HR1, nous avons élargi notre étude du transcriptome à des cellules traitées ou non par un inducteur de l’apoptose, la cycloheximide. Nos résultats préliminaires montrent que les voies de signalisation des récepteurs au TNF (TNFR1 et 2) sont rapidement et fortement induites dans les cellules sensibles alors qu’elles sont faiblement et tardivement induites dans les cellules résistantes. Cette étude montre également que la voie de signalisation JNK est probablement activée de façon très précoce dans les cellules sensibles contrairement aux cellules résistantes.Our group has previously shown that Burkitt’s lymphoma (BL) cells infected by the P3HR1 variant of Epstein-Barr virus (EBV) are more resistant to apoptotsis than EBV (-) BL cells or cells infected by wild-type EBV. The genome of the P3HR1 variant carries a deletion responsible for the expression of a truncated form of EBNA-LP (tEBNA-LP). We studied the functional role of tEBNA-LP in BL cells infected by the P3HR1 variant. A proteomic study allow us to identify cellular and viral partners of tEBNA-LP. These results confirmed the interaction between tEBNA-LP and PP2A, already established by our group, and showed that tEBNA-LP can form complexes with other proteins involved in many cellular processes including apoptosis and regulation of transcription. We have then demonstrated by a transcriptomic study, the transcriptional regulatory role of both forms of EBNA-LP stably expressed in EBV(-) BL cell lines. Indeed, we showed that both forms of EBNA-LP can regulate the expression of cellular genes independently of viral context. Some of these genes are common to both forms of EBNA-LP, others are specific to each form. We found that Y1Y2 domaine of EBNA-LP is essential to overexpression of the cellular gene encoding ID1 protein which is involved in LMP1 stabilization and cellular mmortalization. We also noted that some genes are similarly regulated in the presence of EBNA-LP alone or in the presence of viral genome. Finally, to better undertand the mecanisms of resistance to apoptosis in BL cell lines infected by the P3HR1 variant we extended our transcriptomic analysis to cell lines treated or not with an apoptosis inducer, cycloheximide. Our preliminary results show that TNF receptors signaling pathways (TNFR1 and 2) are rapidly and strongly induced in sensitive cell lines while being weakly and belatedly induced in the resistant cell lines. This study also shows that the JNK signaling pathway is probably activated very early in the sensitive cells in contrast to resistant cell lines

Rôle fonctionnel de la protéine de latence EBNA-LP exprimée dans les cellules de lymphome de Burkitt infectées par la souche P3HR1 du virus d'Epstein-Barr.

Notre équipe à montré que les cellules de lymphome de Burkitt (LB) infectées par le variant P3HR1 du virus d Epstein Barr (EBV) sont plus résistantes à l apoptose que les cellules de LB EBV(-) ou infectées par la souche sauvage. Le variant P3HR1 porte une délétion de son génome à l origine de l expression d une forme tronquée d EBNA-LP (EBNA-LPt). Nous avons étudié le rôle fonctionnel d EBNA-LPt dans les cellules de LB infectées par le variant P3HR1. Nous avons, dans un premier temps, identifié par une étude protéomique ses partenaires cellulaires et viraux. Nous avons ainsi confirmé l interaction entre EBNA-LPt et la PP2A, déjà établie par notre équipe, et montré qu elle forme également des complexes avec d autres protéines impliquées dans de nombreux processus cellulaires, notamment dans l apoptose et dans la régulation transcriptionnelle. Nous avons ensuite, par une étude du transcriptome, montré le rôle de régulateur transcriptionnel des deux formes d EBNA-LP exprimées de façon stable dans les cellules de LB EBV(-). En effet, nous avons montré que les deux formes d EBNA-LP sont capables de réguler l expression des gènes cellulaires indépendamment du contexte viral. Certains de ces gènes sont communs aux deux formes d EBNA-LP, d autres sont spécifiques de chaque forme. Nous avons constaté que le domaine Y1Y2 est indispensable à la surexpression, par EBNA-LP, du gène cellulaire codant pour la protéine ID1 qui est impliquée dans la stabilisation de la LMP1 et dans l immortalisation cellulaire. Nous avons également remarqué que certains gènes sont régulés de la même façon en présence d EBNA-LP seule ou dans un contexte viral complet. Enfin et pour mieux comprendre les mécanismes de résistance à l apoptose dans les cellules de LB infectées par la souche P3HR1, nous avons élargi notre étude du transcriptome à des cellules traitées ou non par un inducteur de l apoptose, la cycloheximide. Nos résultats préliminaires montrent que les voies de signalisation des récepteurs au TNF (TNFR1 et 2) sont rapidement et fortement induites dans les cellules sensibles alors qu elles sont faiblement et tardivement induites dans les cellules résistantes. Cette étude montre également que la voie de signalisation JNK est probablement activée de façon très précoce dans les cellules sensibles contrairement aux cellules résistantes.Our group has previously shown that Burkitt s lymphoma (BL) cells infected by the P3HR1 variant of Epstein-Barr virus (EBV) are more resistant to apoptotsis than EBV (-) BL cells or cells infected by wild-type EBV. The genome of the P3HR1 variant carries a deletion responsible for the expression of a truncated form of EBNA-LP (tEBNA-LP). We studied the functional role of tEBNA-LP in BL cells infected by the P3HR1 variant. A proteomic study allow us to identify cellular and viral partners of tEBNA-LP. These results confirmed the interaction between tEBNA-LP and PP2A, already established by our group, and showed that tEBNA-LP can form complexes with other proteins involved in many cellular processes including apoptosis and regulation of transcription. We have then demonstrated by a transcriptomic study, the transcriptional regulatory role of both forms of EBNA-LP stably expressed in EBV(-) BL cell lines. Indeed, we showed that both forms of EBNA-LP can regulate the expression of cellular genes independently of viral context. Some of these genes are common to both forms of EBNA-LP, others are specific to each form. We found that Y1Y2 domaine of EBNA-LP is essential to overexpression of the cellular gene encoding ID1 protein which is involved in LMP1 stabilization and cellular mmortalization. We also noted that some genes are similarly regulated in the presence of EBNA-LP alone or in the presence of viral genome. Finally, to better undertand the mecanisms of resistance to apoptosis in BL cell lines infected by the P3HR1 variant we extended our transcriptomic analysis to cell lines treated or not with an apoptosis inducer, cycloheximide. Our preliminary results show that TNF receptors signaling pathways (TNFR1 and 2) are rapidly and strongly induced in sensitive cell lines while being weakly and belatedly induced in the resistant cell lines. This study also shows that the JNK signaling pathway is probably activated very early in the sensitive cells in contrast to resistant cell lines.PARIS11-SCD-Bib. électronique (914719901) / SudocSudocFranceF

Multi-Objective Approach for Energy-Aware Workflow Scheduling in Cloud Computing Environments

Accepted for publication.International audienceIn this paper, we address the problem of scheduling workflow applications on heterogeneous computing systems like cloud computing infrastructures. In general, the cloud workflow scheduling is a complex optimization problem which requires considering different criteria so as to meet a large number of QoS (Quality of Service) requirements. Traditional research in workflow scheduling mainly focuses on the optimization constrained by time or cost without paying attention to energy consumption. The main contribution of this study is to propose a new approach for multi-objective workflow scheduling in clouds, and present the hybrid PSO algorithm to optimize the scheduling performance. Our method is based on the Dynamic Voltage and Frequency Scaling (DVFS) technique to minimize energy consumption. This technique allows processors to operate in different voltage supply levels by sacrificing clock frequencies. This multiple voltage involves a compromise between the quality of schedules and energy. Simulation results on synthetic and real-world scientific applications highlight the robust performance of the proposed approach

A Genetic Algorithm Approach to QoS based Workflow Scheduling in Cloud Computing Environment

International audienceno abstrac

A PSO-based Heuristic for energy-aware scheduling of Workflow applications on Cloud Computing

International audienceno abstrac

A Genetic Algorithm Approach to a Cloud Workflow Scheduling Problem with Multi-QoS Requirements

International audienceno abstrac

A PSO-based Heuristic for energy-aware scheduling of Workflow applications on Cloud Computing

International audienceno abstrac

A Genetic Algorithm for Multi-Objective Optimization in Workflow Scheduling with Hard Constraints

International audienc

An integrated Drosophila model system reveals unique properties for F14512, a novel polyamine-containing anticancer drug that targets topoisomerase II.

F14512 is a novel anti-tumor molecule based on an epipodophyllotoxin core coupled to a cancer-cell vectoring spermine moiety. This polyamine linkage is assumed to ensure the preferential uptake of F14512 by cancer cells, strong interaction with DNA and potent inhibition of topoisomerase II (Topo II). The antitumor activity of F14512 in human tumor models is significantly higher than that of other epipodophyllotoxins in spite of a lower induction of DNA breakage. Hence, the demonstrated superiority of F14512 over other Topo II poisons might not result solely from its preferential uptake by cancer cells, but could also be due to unique effects on Topo II interactions with DNA. To further dissect the mechanism of action of F14512, we used Drosophila melanogaster mutants whose genetic background leads to an easily scored phenotype that is sensitive to changes in Topo II activity and/or localization. F14512 has antiproliferative properties in Drosophila cells and stabilizes ternary Topo II/DNA cleavable complexes at unique sites located in moderately repeated sequences, suggesting that the drug specifically targets a select and limited subset of genomic sequences. Feeding F14512 to developing mutant Drosophila larvae led to the recovery of flies expressing a striking phenotype, "Eye wide shut," where one eye is replaced by a first thoracic segment. Other recovered F14512-induced gain- and loss-of-function phenotypes similarly correspond to precise genetic dysfunctions. These complex in vivo results obtained in a whole developing organism can be reconciled with known genetic anomalies and constitute a remarkable instance of specific alterations of gene expression by ingestion of a drug. "Drosophila-based anticancer pharmacology" hence reveals unique properties for F14512, demonstrating the usefulness of an assay system that provides a low-cost, rapid and effective complement to mammalian models and permits the elucidation of fundamental mechanisms of action of candidate drugs of therapeutic interest in humans