Epidemiología molecular y análisis filogenético de la infección por el virus del papiloma humano en mujeres con lesiones cervicales y cáncer en la región litoral del Ecuador

The aim of the present study was to gather information regarding the molecular epidemiology of Human papillomavirus (HPV) and related risk factors in a group of women with low- and high-grade cervical lesions and cancer from the coastal region of Ecuador. In addition, we studied the evolution of HPV variants from the most prevalent types and provided a temporal framework for their emergence, which may help to trace the source of dissemination within the region. We analyzed 166 samples, including 57 CIN1, 95 CIN2/3 and 14 cancer cases. HPV detection and typing was done by PCR-sequencing (MY09/MY11). HPV variants and estimation of the time to most recent common ancestor (tMRCA) was assessed through phylogeny and coalescence analysis. HPV DNA was found in 54.4% of CIN1, 74.7% of CIN2/3 and 78.6% of cancer samples. HPV16 (38.9%) and HPV58 (19.5%) were the most prevalent types. Risk factors for the development of cervical lesions/cancer were the following: three or more pregnancies (OR = 4.3), HPV infection (OR = 3.7 for high-risk types; OR = 3.5 for HPV16), among others. With regard to HPV evolution, HPV16 isolates belonged to lineages A (69%) and D (31%) whereas HPV58 isolates belonged only to lineage A. The period of emergence of HPV16 was in association with human populations (tMRCA = 91. 052 years for HPV16A and 27. 000 years for HPV16D), whereas HPV58A preceded Homo sapiens evolution (322. 257 years). This study provides novel data on HPV epidemiology and evolution in Ecuador, which will be fundamental in the vaccine era.Fil: Bedoya Pilozo, Cesar H.. Escuela Superior Politécnica del Litoral; Ecuador. Instituto Nacional de Investigaciones en Salud Pública; EcuadorFil: Medina Magües, Lex G.. Escuela Superior Politécnica del Litoral; EcuadorFil: Espinosa García, Maylen. Instituto Nacional de Investigaciones en Salud Pública; EcuadorFil: Sánchez, Martha. Instituto Nacional de Investigaciones en Salud Pública; EcuadorFil: Parrales Valdiviezo, Johanna V.. Instituto Nacional de Investigaciones en Salud Pública; EcuadorFil: Molina, Denisse. Instituto Nacional de Investigaciones en Salud Pública; EcuadorFil: Ibarra, María A.. Instituto Nacional de Investigaciones en Salud Pública; EcuadorFil: Quimis Ponce, María. Instituto Nacional de Investigaciones en Salud Pública; EcuadorFil: España, Karool. Instituto Nacional de Investigaciones en Salud Pública; EcuadorFil: Párraga Macias, Karla E.. Instituto Nacional de Investigaciones en Salud Pública; EcuadorFil: Cajas Flores, Nancy V.. Instituto Nacional de Investigaciones en Salud Pública; EcuadorFil: Solon, Orlando A.. Instituto Nacional de Investigaciones en Salud Pública; Ecuador. Universidad Agraria del Ecuador; EcuadorFil: Robalino Penaherrera, Jorge A.. Instituto Nacional de Investigaciones en Salud Pública; EcuadorFil: Chedraui, Peter. Hospital Gineco-Obstétrico Enrique C. Sotomayor; EcuadorFil: Escobar, Saul. Universidad Católica de Guayaquil; EcuadorFil: Loja Chango, Rita D.. Universidad Católica de Guayaquil; EcuadorFil: Ramirez Morán, Cecibel. Universidad Católica de Guayaquil; EcuadorFil: Espinoza Caicedo, Jasson. Universidad Católica de Guayaquil; EcuadorFil: Sánchez Giler, Sunny. Universidad Especialidades Espíritu Santo. Facultad de Ciencias Médicas; EcuadorFil: Limia, Celia M.. Instituto de Medicina Tropical Pedro Kouri; CubaFil: Alemán, Yoan. Instituto de Medicina Tropical Pedro Kouri; CubaFil: Soto, Yudira. Instituto de Medicina Tropical Pedro Kouri; CubaFil: Kouri, Vivian. Instituto de Medicina Tropical Pedro Kouri; CubaFil: Culasso, Andrés Carlos Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Virología; ArgentinaFil: Badano, Ines. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Nordeste; Argentina. Secretaría de Educación Superior, Ciencia, Tecnología e Innovación; Ecuador. Universidad Nacional de Misiones. Facultad de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales. Laboratorio de Biología Molecular Aplicada; Argentin