ChIP on Chip: surprising results are often artifacts

<p>Abstract</p> <p>Background</p> <p>The method of chromatin immunoprecipitation combined with microarrays (ChIP-Chip) is a powerful tool for genome-wide analysis of protein binding. However, a high background signal is a common phenomenon.</p> <p>Results</p> <p>Reinvestigation of the chromatin immunoprecipitation procedure led us to discover four causes of high background: i) non-unique sequences, ii) incomplete reversion of crosslinks, iii) retention of protein in spin-columns and iv) insufficient RNase treatment. The chromatin immunoprecipitation method was modified and applied to analyze genome-wide binding of SeqA and σ³²in <it>Escherichia coli</it>.</p> <p>Conclusions</p> <p>False positive findings originating from these shortcomings of the method could explain surprising and contradictory findings in published ChIP-Chip studies. We present a modified chromatin immunoprecipitation method greatly reducing the background signal.</p

Norwegian cattle farmers' view on animal welfare

publishedVersio

Norwegian pig producers` view on animal welfare

publishedVersio

Kjønn, likestilling og makt i #MeToo

Masteroppgave samfunnskommunikasjon KOM500 - Universitetet i Agder 2018Bakgrunnen for denne oppgaven har vært egen interesse for #MeToo-kampanjen og hvilken virkning den har hatt på samfunnet. Det har derfor vært av interesse å bruke en kritisk diskursanalyse om fenomenet som ser på problemstillingen om hvordan mediediskursen rundt #MeToo-kampanjen fremstiller kjønn, likestilling og makt i norske medier. Gjennom en næranalyse av tre artikler har denne oppgaven sett på hvordan #MeToo-kampanjen blir fremstilt i disse artiklene. Hvilke virkemidler journalistene bruker for å få frem sine poeng, bruk av kilder og språkbruk. Tekstene er hentet fra Aftenposten, NRK og Klassekampen. Fremgangsmåten har bestått av en tredimensjonal kritisk diskursanalyse inspirert av Norman Fairclough som ser på de tre metafunksjonene; den sosiokulturelle konteksten, diskurspraksisen og teksten. Det er selve teksten som har stått i fokus, hvilke ord og makt som kommer til uttrykk i språkbruken som journalistene og kildene har presentert. Analysen viser at kvinner og menn blir behandlet forskjellig når det kommer til tema om seksuell trakassering hvor kvinner blir mer inkludert og menn holdt utenfor debatten. Den viser også at kvinner holder en større representasjon i mediene og brukes som kilder mer enn menn, gjerne gjennom en følelsesmessig forbindelse, men også som profesjonelle aktører hvis ekspertise blir verdsatt og utnyttet. Videre så viser journalisten dette frem gjennom den makten hun sitter på gjennom hennes og medienes evne til å sette dagsorden, ordlegging og makt som kommer til uttrykk gjennom eksplisitte og implisitte virkemidler

Polar snow algae as a valuable source of lipids?

Author's accepted version (post-print).Available from 28/03/2019.Microalgae offer excellent opportunities for producing food and fuel commodities, but in colder climates the low growth rates of many varieties may hamper production. In this work, extremophilic Arctic microalgae were tested to establish whether satisfactory growth and lipid production could be obtained at low water temperature. Five species of snow/soil algae originating from Svalbard (78–79°N) were cultivated at 6 °C, reaching high cell densities (maximum dry weight 3.4 g·L−1) in batch cultivations, and high productivity (maximum 0.63 g·L−1·d−1). After 20 days of cultivation total lipids ranged from 28% to 39% of the dry weight, and diverse patterns of neutral lipid (triacylglycerol; TAG) accumulation were observed. The five species largely accumulated unsaturated fatty acyl chains in neutral lipids, especially polyunsaturated C16 series fatty acids, C18:1n-9 and C18:3n-3. The results indicate that polar microalgae could provide an opportunity to increase the yields of microalgal biomass and oil products at low temperatures.acceptedVersio

Replication fork movement and methylation govern SeqA binding to the Escherichia coli chromosome

In Escherichia coli, the SeqA protein binds specifically to GATC sequences which are methylated on the A of the old strand but not on the new strand. Such hemimethylated DNA is produced by progression of the replication forks and lasts until Dam methyltransferase methylates the new strand. It is therefore believed that a region of hemimethylated DNA covered by SeqA follows the replication fork. We show that this is, indeed, the case by using global ChIP on Chip analysis of SeqA in cells synchronized regarding DNA replication. To assess hemimethylation, we developed the first genome-wide method for methylation analysis in bacteria. Since loss of the SeqA protein affects growth rate only during rapid growth when cells contain multiple replication forks, a comparison of rapid and slow growth was performed. In cells with six replication forks per chromosome, the two old forks were found to bind surprisingly little SeqA protein. Cell cycle analysis showed that loss of SeqA from the old forks did not occur at initiation of the new forks, but instead occurs at a time point coinciding with the end of SeqA-dependent origin sequestration. The finding suggests simultaneous origin de-sequestration and loss of SeqA from old replication forks

Ferie – tilsynelatende enkelt og likevel så vanskelig: mellomlederens opplevelse av ferieplanlegging

Prosjektoppgave organisasjon og ledelse, 2012Ferieplanlegging i en hierarkisk organisasjon, har vi opplevd som utfordrende og frustrerende. Vi har belyst fenomenet og beskrevet forslag til endringer som gjør ferieplanlegging enklere. Vi fant ingen tidligere studier som belyser liknende problemstillinger. Dette pirret nysgjerrigheten og økte motivasjonen for arbeidet. For best å belyse lederens opplevelse har vi gjennomført en kvalitativ undersøkelse. Ved å gjennomføre intervju med seks nivå 4 ledere med personalansvar for turnusarbeidere i en sykehusorganisasjon, har vi gjort en beskrivende (eksplorerende) undersøkelse. Vi har gjort gode funn som har gitt oss utfyllende kunnskap om fenomenet. Datamaterialet utkrystalliserte fem begreper, som vi har brukt for å beskrivende opplevelsen. Disse er: struktur og standardisering av oppgaver, dataverktøy, mestringsstrategier, forhandlinger og lederstil. Ferieplanlegging oppleves av nivå 4 leder som en krevende, sammensatt og tidkrevende arbeidsoppgave. Våre funn viser at opplevelsen bedres av styring, struktur og standardisering av oppgaver. Lederens mestringsevne påvirker handlingsrommet som igjen påvirker opplevelsen. Ved å benytte en styrende lederstil og ha vekt på oppgaven, ser vi at lederen får en bedre opplevelse

An Easy-To-Use Simulation Program Demonstrates Variations in Bacterial Cell Cycle Parameters Depending on Medium and Temperature

Many studies are performed on chromosome replication and segregation in Escherichia coli and other bacteria capable of complex replication with C phases spanning several generations. For such investigations an understanding of the replication patterns, including copy numbers of origins and replication forks, is crucial for correct interpretation of the results