Early failure of a non-cemented femoral stem after minimal-invasive total hip arthroplasty: cause analysis and classification

In this paper, we present a 77-year-old female patient with an early failure of a non-cemented femoral stem 6months after implantation. We evaluate possible reasons for the implant failure in our case against the literature. Risk factors for stem failure include a BMI >30, varus implantation, a high femoral canal cortex ratio, and a small implant. It should be distinguished between modular and non-modular stems as well as cemented and non-cemented. Early failure would be 1year postoperatively. A classification of stem failure differentiating time and cause is suggested as this seems to be missing in the literature

Die Bedeutung des NS5A-Proteins des Hepatitis C Virus für die Resistenz gegen Interferon-alpha und Ribavirin

Seit kurzem ist es möglich das Hepatitis C Virus in Zellkulturen zu vermehren. Verschiedene Studien haben gezeigt, dass Interferon-α die Replikation des Virus´ in vitro effektiv hemmen kann. Dennoch sprechen in vivo nicht alle Patienten, die mit dem HCV infiziert sind, auf eine Therapie mit IFN-α in Kombination mit Ribavirin an. Dabei ist unklar, ob Wirts- oder Virusfaktoren für diese Art der Resistenz verantwortlich sind. Ein potentieller viraler Faktor, für den ein Einfluss auf den Therapieerfolg postuliert wurde, ist das HCV-Protein NS5A. Um diese Hypothese auf molekularer Ebene zu prüfen, wurde in der vorliegenden Arbeit ein neuartiger methodischer Ansatz gewählt. Dazu standen Seren von acht Patienten zur Verfügung, die mit dem gleichen Isolat des HCV-Stammes AD78 infiziert worden waren. Diese Patienten waren nach Interferon/Ribavirin-Kombinationstherapie zur Hälfte Responder und zur anderen Hälfte Nonresponder. Um Eigenschaften der NS5A-Proteine in Zellkultur untersuchen zu können, wurden die NS5A-Sequenzen aus den Patientenseren amplifiziert und in ein subgenomisches HCV-Replikon auf Basis des HCV-Stammes Con1 kloniert, das autonom in HuH7-Zellen repliziert. So entstanden chimäre Replikons mit eng verwandten NS5A-Sequenzen des Stammes AD78 im Kontext der nichtstrukturellen HCV-Proteine des Stammes Con1. Wenn das NS5A-Protein der virale Faktor wäre, der in vivo zur Resistenz des HCV gegen IFN-α führt, sollten die Replikons mit NS5A-Fragmenten aus Isolaten von Nonrespondern auch in vitro resistent sein. Das Replikonsystem bot gegenüber Systemen, bei denen einzelne HCV-Proteine in Zellen überexprimiert werden, den Vorteil, dass die nichtstrukturellen HCV-Proteine in physiologischeren Konzentrationen exprimiert wurden und ihre Funktionen im Komplex miteinander erfüllen konnten, so dass eine natürliche Infektion widergespiegelt wurde. Im Replikon war ein Neomycinphospho-transferasegen enthalten, mit dessen Hilfe Zellen selektiert wurden, die die Replikation unterstützten. Sechs der acht Replikonkonstrukte replizierten in HuH7-Zellen und sowohl HCV-RNAs als auch die viralen NS5A-Proteine konnten in den Zellen nachgewiesen werden. Um die Resistenz der Replikons gegen IFN-α zu bestimmen, wurden die etablierten Zelllinien mit IFN-α behandelt und der Einfluss auf die Replikation durch Messung der intrazellulären HCV-RNA-Mengen bestimmt. Es wurde jedoch eine konzentrationsabhängige Inhibition der Replikation aller Replikons ohne einen signifikanten Unterschied zwischen solchen mit NS5A-Fragmenten aus Responder- oder Nonresponder-Patienten beobachtet. Diese Ergebnisse zeigen, dass das NS5A-Protein nicht der virale Faktor ist, der zur Resistenz des HCV gegen IFN-α führt. In einem entsprechenden Ansatz wurde die Resistenz der Replikons gegen Ribavirin bestimmt und auch hier wurde eine Inhibition der Replikation aller HCV-RNAs ohne signifikante Unterschiede festgestellt. Im zweiten Teil der Arbeit wurde der Frage nachgegangen, ob man in vitro IFN-resistente Varianten der Replikons generieren kann und welche Mutationen zu einer solchen Resistenz beitragen. Dazu wurden die transfizierten Zelllinien für einen Zeitraum von mehreren Wochen mit unterschiedlichen IFN-Konzentrationen behandelt. Tatsächlich waren einige Zelllinien bei gleichzeitiger Selektion für die Replikon-RNA in der Lage, auch unter hohen IFN-Konzentrationen zu überleben. Es wurde jedoch nachgewiesen, dass Veränderungen der Wirtszelllinien, nicht aber resistente Varianten der HCV-Replikons zu dieser Resistenz führten. Auf entsprechende Weise wurde versucht, durch Langzeitbehandlung eine Ribavirinresistenz der Replikons zu induzieren. Ein Überleben der Zellen unter einer hohen Ribavirinkonzentrationen wurde nur beobachtet, wenn die Zellen mit einer Variante des HCV-Replikons transfiziert waren, die eine bestimmte Aminosäuremutation in der NS5A-Region enthielt. Diese Mutation veränderte jedoch nicht die Sensitivität des Replikons selbst gegenüber Ribavirin. Dennoch zeigte dieses Ergebnis, dass das NS5A-Protein die HuH7-Zellen bei der Ausbildung einer zellulären Resistenz gegen Ribavirin unterstützen kann. Der dritte Teil der vorliegenden Arbeit beschäftigte sich mit einer potentiellen antiapoptotischen Funktion des NS5A-Proteins. Zelllinien, in denen verschiedene chimäre HCV-RNAs replizierten, wiesen nach der Behandlung mit TNF-α, einem apoptoseauslösenden Cytokin, geringe Unterschiede in der Überlebensrate auf. Es blieb aber offen, ob dieser Effekt tatsächlich auf das NS5A-Protein oder auf Eigenschaften der Zelllinien zurückzuführen war. Im letzten Abschnitt wurde der Einfluss des NS5A-Proteins auf die Replikation des HCV untersucht. Auch hierzu wurde die Reihe der chimären Con1/AD78-Replikons verwendet. Allerdings enthielten sie statt des Selektionsgens ein Luciferasegen, so dass die Stärke der Replikation dieser Konstrukte in HuH7-Zellen unmittelbar nach der Transfektion bestimmt werden konnte. Die subgenomischen HCV-RNAs wiesen unterschiedliche Replikationsfähigkeiten auf. Durch Vergleich der Aminosäuresequenzen der verschiedenen NS5A-Fragmente wurden Mutationen identifiziert, die nach Einbringen in bestimmte Replikon-Konstrukte die Fähigkeit zu replizieren blockieren oder wiederherstellen konnten. Außerdem wurde gezeigt, dass das Entfernen neu entdeckter potentieller Hyperphosphorylierungsstellen im NS5A-Protein zu einer erhöhten Replikation führte. Diese Ergebnisse unterstreichen die Bedeutung des NS5A-Proteins für die Replikation des HCV und können in Zukunft wichtige Informationen zur Entwicklung replikationsinhibierender Medikamente liefern

ISPIDER Central: an integrated database web-server for proteomics

Despite the growing volumes of proteomic data, integration of the underlying results remains problematic owing to differences in formats, data captured, protein accessions and services available from the individual repositories. To address this, we present the ISPIDER Central Proteomic Database search (http://www.ispider.manchester.ac.uk/cgi-bin/ProteomicSearch.pl), an integration service offering novel search capabilities over leading, mature, proteomic repositories including PRoteomics IDEntifications database (PRIDE), PepSeeker, PeptideAtlas and the Global Proteome Machine. It enables users to search for proteins and peptides that have been characterised in mass spectrometry-based proteomics experiments from different groups, stored in different databases, and view the collated results with specialist viewers/clients. In order to overcome limitations imposed by the great variability in protein accessions used by individual laboratories, the European Bioinformatics Institute's Protein Identifier Cross-Reference (PICR) service is used to resolve accessions from different sequence repositories. Custom-built clients allow users to view peptide/protein identifications in different contexts from multiple experiments and repositories, as well as integration with the Dasty2 client supporting any annotations available from Distributed Annotation System servers. Further information on the protein hits may also be added via external web services able to take a protein as input. This web server offers the first truly integrated access to proteomics repositories and provides a unique service to biologists interested in mass spectrometry-based proteomics

Etiology, 3-Month Functional Outcome and Recurrent Events in Non-Traumatic Intracerebral Hemorrhage

BACKGROUND AND PURPOSE Knowledge about different etiologies of non-traumatic intracerebral hemorrhage (ICH) and their outcomes is scarce. METHODS We assessed prevalence of pre-specified ICH etiologies and their association with outcomes in consecutive ICH patients enrolled in the prospective Swiss Stroke Registry (2014 to 2019). RESULTS We included 2,650 patients (mean±standard deviation age 72±14 years, 46.5% female, median National Institutes of Health Stroke Scale 8 [interquartile range, 3 to 15]). Etiology was as follows: hypertension, 1,238 (46.7%); unknown, 566 (21.4%); antithrombotic therapy, 227 (8.6%); cerebral amyloid angiopathy (CAA), 217 (8.2%); macrovascular cause, 128 (4.8%); other determined etiology, 274 patients (10.3%). At 3 months, 880 patients (33.2%) were functionally independent and 664 had died (25.1%). ICH due to hypertension had a higher odds of functional independence (adjusted odds ratio [aOR], 1.33; 95% confidence interval [CI], 1.00 to 1.77; P=0.05) and lower mortality (aOR, 0.64; 95% CI, 0.47 to 0.86; P=0.003). ICH due to antithrombotic therapy had higher mortality (aOR, 1.62; 95% CI, 1.01 to 2.61; P=0.045). Within 3 months, 4.2% of patients had cerebrovascular events. The rate of ischemic stroke was higher than that of recurrent ICH in all etiologies but CAA and unknown etiology. CAA had high odds of recurrent ICH (aOR, 3.38; 95% CI, 1.48 to 7.69; P=0.004) while the odds was lower in ICH due to hypertension (aOR, 0.42; 95% CI, 0.19 to 0.93; P=0.031). CONCLUSIONS Although hypertension is the leading etiology of ICH, other etiologies are frequent. One-third of ICH patients are functionally independent at 3 months. Except for patients with presumed CAA, the risk of ischemic stroke within 3 months of ICH was higher than the risk of recurrent hemorrhage

An informatic pipeline for the data capture and submission of quantitative proteomic data using iTRAQ(TM)

BACKGROUND: Proteomics continues to play a critical role in post-genomic science as continued advances in mass spectrometry and analytical chemistry support the separation and identification of increasing numbers of peptides and proteins from their characteristic mass spectra. In order to facilitate the sharing of this data, various standard formats have been, and continue to be, developed. Still not fully mature however, these are not yet able to cope with the increasing number of quantitative proteomic technologies that are being developed. RESULTS: We propose an extension to the PRIDE and mzData XML schema to accommodate the concept of multiple samples per experiment, and in addition, capture the intensities of the iTRAQ(TM )reporter ions in the entry. A simple Java-client has been developed to capture and convert the raw data from common spectral file formats, which also uses a third-party open source tool for the generation of iTRAQ(TM) reported intensities from Mascot output, into a valid PRIDE XML entry. CONCLUSION: We describe an extension to the PRIDE and mzData schemas to enable the capture of quantitative data. Currently this is limited to iTRAQ(TM) data but is readily extensible for other quantitative proteomic technologies. Furthermore, a software tool has been developed which enables conversion from various mass spectrum file formats and corresponding Mascot peptide identifications to PRIDE formatted XML. The tool represents a simple approach to preparing quantitative and qualitative data for submission to repositories such as PRIDE, which is necessary to facilitate data deposition and sharing in public domain database. The software is freely available from

PepSeeker: a database of proteome peptide identifications for investigating fragmentation patterns

Proteome science relies on bioinformatics tools to characterize proteins via their proteolytic peptides which are identified via characteristic mass spectra generated after their ions undergo fragmentation in the gas phase within the mass spectrometer. The resulting secondary ion mass spectra are compared with protein sequence databases in order to identify the amino acid sequence. Although these search tools (e.g. SEQUEST, Mascot, X!Tandem, Phenyx) are frequently successful, much is still not understood about the amino acid sequence patterns which promote/protect particular fragmentation pathways, and hence lead to the presence/absence of particular ions from different ion series. In order to advance this area, we have developed a database, PepSeeker (), which captures this peptide identification and ion information from proteome experiments. The database currently contains >185 000 peptides and associated database search information. Users may query this resource to retrieve peptide, protein and spectral information based on protein or peptide information, including the amino acid sequence itself represented by regular expressions coupled with ion series information. We believe this database will be useful to proteome researchers wishing to understand gas phase peptide ion chemistry in order to improve peptide identification strategies. Questions can be addressed to [email protected]