Detection of SARS-CoV-2 variants in hospital wastewater in Peru, 2022

Objetivo. Identificar la presencia del virus SARS-CoV-2 en aguas residuales de hospitales en Perú. Materiales y métodos. Se recolectaron muestras de agua en los efluentes de nueve hospitales del Perú durante marzo y septiembre de 2022 y se realizó la identificación de SARS-CoV-2 mediante secuenciación Illumina. Las asignaciones de variantes, linajes y clados se llevaron a cabo con las herramientas Illumina y Nextclado. Verificamos si las variantes de SARS-CoV-2 obtenida de las aguas residuales fueron similares a las reportadas por el Instituto Nacional de Salud del Perú procedentes de pacientes durante el mismo período y región. Resultados. Dieciocho de las 20 muestras de aguas residuales hospitalarias (90%) proporcionaron secuencias con la calidad suficiente para ser clasificadas como variante Ómicron según la clasificación de la OMS. Entre ellos, seis (30%) fueron asignados por Nextclade a los clados 21K linaje BA.1.1 (n=1), 21 L linaje BA.2 (n=2) y 22B linajes BA.5.1 (n=2) y BA.5.5 (n=1). Conclusiones. Se encontraron variantes del SARSCoV- 2 en muestras de aguas residuales hospitalarias y que fueron similares a las reportadas por el sistema de vigilancia en pacientes durante las mismas semanas y áreas geográficas. El monitoreo de aguas residuales podría proporcionar información sobre la variación ambiental y temporal de virus como el SARS-CoV-2.Este trabajo contó con el apoyo de la Escuela de Medicina de la Unión Universidad Peruana y GenLab del Perú S.A.C e Illumina Inc. bajo la convocatoria GenLab 2021