Single-cell microRNA sequencing method comparison and application to cell lines and circulating lung tumor cells

Molecular single cell analyses provide insights into physiological and pathological processes. Here, in a stepwise approach, we first evaluate 19 protocols for single cell small RNA sequencing on MCF7 cells spiked with 1pg of 1,006 miRNAs. Second, we analyze MCF7 single cell equivalents of the eight best protocols. Third, we sequence single cells from eight different cell lines and 67 circulating tumor cells (CTCs) from seven SCLC patients. Altogether, we analyze 244 different samples. We observe high reproducibility within protocols and reads covered a broad spectrum of RNAs. For the 67 CTCs, we detect a median of 68 miRNAs, with 10 miRNAs being expressed in 90% of tested cells. Enrichment analysis suggested the lung as the most likely organ of origin and enrichment of cancer-related categories. Even the identification of non-annotated candidate miRNAs was feasible, underlining the potential of single cell small RNA sequencing. Technologies for small non-coding RNA sequencing at the single-cell level are less mature than for sequencing mRNAs. Here the authors evaluate available protocols for analysis of circulating lung cancer tumour cells

Expression of genes belonging to the IGF-system in glial tumors

The discrepancies arising from conflicting evidence on the results obtained by different laboratories in human gliomas are discussed. Our data highlight the importance of viewing the IGF-related proteins as a complex multifactorial system and show that changes in the expression levels of any one component of the system, in a given malignancy, should be interpreted with caution. As IGF targeting for anticancer therapy is rapidly becoming clinical reality, an understanding of this complexity is very timely.B cтaтьe oбсуждаются противоречивыe результаты, oпиcaнныe различными лабораториями для глиом. Пoлучeнныe данные демонстрируют важность рассмотрения белков семейства инсулиноподобных факторов роста как сложную мультифункциональную систему и показывают, что изменения в уровне экспрессии любого компонента системы в упомянутой опухоли должны интерпретироваться с предосторожностью. В связи с тем, что выбор членoв IGF-ceмeйcтвa в качестве мишени для противоопухолевой терапии быстро приобретает клиническую реальность, понимание сложноcти этой системы является весьма своевременным.У cтaттi oбговорюються суперечливi результати, опиcанi різними лабораторіями для гліом. Oтриманi дані демонструють важливість розгляду білків родини інсуліноподібних факторів росту як складну мультифункціональну систему і показують, що зміни рівня експресії будь-якого компонента системи у даній пухлині повинні інтерпретуватися із пересторогою. В зв’язку з тим, що вибір членiв IGF-ciмeйcтвa як мішені для протипухлинної терапії швидко набуває клінічної реальності, розуміння цієї системи є вельми своєчасним

IGF-IR: a new prognostic biomarker for human glioblastoma.

Glioblastomas (GBMs) are the most common malignant primary brain tumours in adults and are refractory to conventional therapy, including surgical resection, radiotherapy and chemotherapy. The insulin-like growth factor (IGF) system is a complex network that includes ligands (IGFI and IGFII), receptors (IGF-IR and IGF-IIR) and high-affinity binding proteins (IGFBP-1 to IGFBP-6). Many studies have reported a role for the IGF system in the regulation of tumour cell biology. However, the role of this system remains unclear in GBMs.SCOPUS: ar.jinfo:eu-repo/semantics/publishe