Integrated In Vitro and In Silico Modeling Delineates the Molecular Effects of a Synbiotic Regimen on Colorectal-Cancer-Derived Cells

By modulating the human gut microbiome, prebiotics and probiotics (combinations of which are called synbiotics) may be used to treat diseases such as colorectal cancer (CRC). Methodological limitations have prevented determining the potential combina- torial mechanisms of action of such regimens. We expanded our HuMiX gut-on-a-chip model to co-culture CRC-derived epithelial cells with a model probiotic under a simulated prebiotic regimen, and we integrated the multi-omic results with in silico metabolic modeling. In contrast to individual prebi- otic or probiotic treatments, the synbiotic regimen caused downregulation of genes involved in procarci- nogenic pathways and drug resistance, and reduced levels of the oncometabolite lactate. Distinct ratios of organic and short-chain fatty acids were produced during the simulated regimens. Treatment of primary CRC-derived cells with a molecular cocktail reflecting the synbiotic regimen attenuated self-renewal ca- pacity. Our integrated approach demonstrates the potential of modeling for rationally formulating synbi- otics-based treatments in the future

Potentialité agronomique des sols chez les Rèmes aux périodes laténienne et romaine Utilisation et exploitation des données géomorphologiques et pédologiques actuelles

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Systèmes de culture et gestion de la matière organique pour réduire la sensibilité à l’érosion des sols en Alsace

L’érosion des sols et les coulées d’eaux boueuses sont des phénomènes connus en Alsace, liés au climat, à la topographie, aux sols et à ses occupations et utilisations. Pour limiter le risque d’érosion, les principaux objectifs de cette étude sont (a) de caractériser la sensibilité des systèmes de culture au risque d’érosion à travers des indicateurs liés à l’érodibilité du sol (elle même partiellement déterminée par sa teneur en matière organique) et à son exposition aux forces érosives, (b) d’identifier les systèmes de culture les plus sensibles à l’érosion et de trouver des alternatives susceptible de réduire la sensibilité à un niveau acceptable. L’étude a mobilisé trois principales sources de données : le Registre Parcellaire Graphique (RPG), le Référentiel Régional Pédologique (RRP) de la région Alsace, et la base de données sur les pratiques agricoles issue des enquêtes ‘Agri-Mieux’. Le diagnostic de la sensibilité à l’érosion des systèmes de culture a été effectué en quatre étapes successives : (1) la caractérisation des combinaisons « rotation – type de sol – type d’exploitation agricole » présents sur le territoire en utilisant l’outil RPG Explorer, et le données RRP, (2) l’association des pratiques agricoles à ces combinaisons à travers de règles de décisions déterminés suite à l’analyse de la base de données Agri-Mieux, (3) la simulation de l’état organique du sol avec l’outil Simeos-AMG pour les systèmes de culture obtenus dans l’étape précédente, et enfin (4) le diagnostic de la sensibilité à l’érosion des systèmes de culture à l’aide des indicateurs d’érodibilité du sol et d’exposition de la surface du sol aux forces érosives des pluies. Les méthodes développées ont été appliquées à trois secteurs à collines limoneux Agri-Mieux en Alsace : le Sundgau (« Sundg’eaux vive ») et deux secteurs au nord et à l’ouest de Strasbourg (« Ferti-Kochersberg » et « Ferti-Zorn »). Ces trois secteurs sont fréquemment concernés par de problèmes d’érosion et des coulées d’eaux boueuses

Les sols bientôt visibles sur le géoportail

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Un test de la qualité des produits ‘GlobalSoilMap’ actuels à l’échelle régionale. Cas de l’Alsace.

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Multiscale evaluations of global, national and regional digital soil mapping products in France

International audienceAs digital soil mapping (DSM) applications have been developed at multiple extents over the two last decades, large areas of the world are now covered by several DSM products with similar resolution and targeted soil properties. Thus, from these products, end-users must carefully select the one that will best meet their needs. The aim of this study was to evaluate three DSM products obtained at different scales (global, national and regional) over three local territories of increasing area selected in three contrasting regions of France (Alsace, Brittany and Languedoc-Roussillon). Three topsoil (5–15 cm) properties were evaluated: clay content, pH in water and soil organic carbon content. Evaluations were done at both point and soil mapping unit supports, the latter corresponding to quantitative assessment of visual accordance between DSM products and conventional local soil maps of acknowledged quality. The ability to predict soil properties well increased from global to national to regional DSM products. However, none of the DSM products tested was able to predict satisfactorily at the most local (1:25,000) scale. Evaluations of DSM products using local soil maps were generally in accordance with those using points. Evaluations using local soil maps also provided additional information about the utility of DSM products for small areas with too few soil measurements to perform punctual evaluation and for issues concerning areal-support uses of DSM products. These results suggest that when focusing on local areas, users of DSM products should evaluate their performance and, if unsatisfactory, invest in development of local DSM

Soil mapping in France, an analysis of end-users’ needs

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Soil mapping in France, an analysis of end-users’ needs.

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Réservoir en eau du sol utilisable par les cultures - Guide d'estimation

Document pdf téléchargeable sur le site du RMT Sols et territoiresInternational audienceAu travers de neuf chapitres, ce guide reprend les concepts de bases (pourquoi parler de réservoir utilisable plutôt que de réserve utile ? ; différence entre RU et RUM). Il s'appuie sur les derniers travaux de recherche pour aborder la question du réservoir en eau dans les éléments grossiers, recense les classes et fonctions de pédotransfert permettant d'estimer le réservoir utilisable maximal et bien d'autres aspects...Le sixième chapitre est la partie principale et opérationnelle de cette brochure : un guide d’estimation du RU (Réservoir Utilisable) et du RUM (Réservoir Utilisable Maximal) dans de nombreuses situations ; il est éclairé par des exemples concrets et chiffrés.Le dixième et dernier chapitre présente les modes opératoires permettant de mesurer les différents éléments pour calculer le réservoir utilisable.