CEBPB transkripsiyon faktörünün MN1 ekspresyonu üzerindeki etkisi

Transkripsiyonel düzenleyici olarak rol oynayan yüksek MN1 gen ekspresyonunun in vivo fare modelinde myeloproliferatif hastalık (MPD) gelişimine, yüksek MN1 ekspresyonu birlikte CBFb-MYH11 varlığının ise akut miyeloid lösemi (AML) gelişimine neden olduğu gösterilmiştir. UCSC Genome Browser’da meningioma1 (MN1) bazal promoter bölgesini analiz ettiğimizde ENCODE projesi kapsamında Hela hücrelerinde ChIP dizileme ile CCAAT enhancer binding beta (CEBPB) transkripsiyon faktörüne ait bir peak saptanmıştır. Fakat CEBPB’nın bu bölgeye bağlandığı doğrulanmamış ve fonksiyonel önemi araştırılmamıştır. Bu çalışma ile CEBPB geninin MN1 ekspresyonu üzerindeki etkisinin araştırılması amaçlanmıştır.Yüksek seviyede MN1 eksprese eden servikal hücre soyu olan HeLa ve AML hücre soyu olan NB4 kullanıldı. CEBPB bu hücrelerde siRNA ile baskılanarak, 24., 36., 48., 72. ve 96. saatlerde MN1 ekspresyonu üzerinde değişikliğe neden olup olmadığı kantitatif gerçek zamanlı PCR yöntemiyle araştırıldı.24, 36, 48. saatlerde HeLa hücrelerinde CEBPB’ nin baskılanmasının MN1 ekspresyonu üzerinde etkisi olmadığını göstermiştir. 72. ve 96. saatte ise MN1 ekspresyonun 1,5 kat arttığı gösterilmiştir (Spearman korelasyon testi, p<0,01). NB4 hücrelerinde ise 48. saatte etkisi olmadığı ve 72. saatte 1,4 ve 96. saatte 1,3 kat arttığı göstermiştir (Spearman korelasyon testi, p<0,01).Bu sonuçlar CEBPB baskılanmasının MN1 ekspresyonu üzerinde geç ve düşük düzeyde etkisinin olduğunu göstermiştir. Elde ettiğimiz bu bulguların reporter deneyleri gibi daha ileri analizlerle doğrulanması gerekmektedir. Bu çalışma, CEBPB’nin indirekt olarak veya koregulator olabilecek başka faktörlerle kompleks oluşturup, MN1 transkripsiyonunu düzenleyebileceğini düşündürmektedir

The Role of NOL7 in All-Trans Retinoic Acid-Induced Acute Promyelocytic Leukemia Cells

The promyelocytic leukemia-retinoic acid receptor alpha (PML-RARA) fusion gene is present in 98% of the patients with acute promyelocytic leukemia (APL), the M3 subtype of acute myeloid leukemia (AML). All-trans retinoic acid (ATRA) is widely used to treat patients with APL. Nucleolar Protein 7 (NOL7) is a tumor suppressor gene regulated by retinoid X receptor (RXR). The 6p23 chromosomal region, where NOL7 is located, is associated with many cancers, including AML. Here, we aimed to investigate the effect of NOL7 in two AML cell lines (the PML-RARA-positive NB4 cell line and the PML-RARA-negative HL60 cell line) and in the resistance to ATRA. For this purpose, we knocked down NOL7 expression by using short interfering RNA (siRNA) and stimulated the cells with ATRA. Apoptosis, cell viability, proliferation, and granulocytic differentiation analyses were performed. Our findings show that granulocytic differentiation was blocked in ATRA-treated NB4 cells 24 hours after NOL7 siRNA transfection when the expression of NOL7 had been reduced by 81%. Downregulation of NOL7 had no apparent effect on the cellular proliferation and apoptosis. Our study suggests that ATRA-induced granulocytic differentiation is inhibited in NOL7-downregulated NB4 cells. These results suggest that NOL7 expression contributes to ATRA-induced granulocytic differentiation and loss of NOL7 might be involved in the development of ATRA resistance

ERAP1 Gen İfadesinin Plazma Hücre Diskrazilerinde İncelenmesi

Amaç: Önemi bilinmeyen monoklonal gammopati asemptomatik, multipl miyeloma ise semptomatik bir plazma hücre diskrazisidir. Daha önce yaptığımız RNA dizileme çalışmasında multipl miyeloma hastalarında endoplazmik retikulum aminopeptidaz 1 (ERAP1) geninin ifadesi sağlıklı kemik iliği kontrollerine göre yüksek bulundu ve aday gen olarak belirlendi. Bu çalışmada, ERAP1’in multipl miyeloma patogenezinde doğrudan ya da dolaylı etkisinin olup olmadığının araştırılması amaçlandı. Yöntem: ERAP1 geninin ifade seviyeleri yeni tanılı, tedavi görmemiş 38 multipl miyeloma hastasından ve 23 önemi bilinmeyen monoklonal gammopati ile 16 kontrol kemik iliği materyallerinde qRT-PCR yöntemi ile incelendi. Elde edilen sonuçlar SPSS 25 istatistik programında analiz edildi. Bulgular: ERAP1 gen ifadesi multipl miyeloma, önemi bilinmeyen monoklonal gammopati ve kontrol grupları arasında karşılaştırıldığında gen ifadesi açısından anlamlı farklılık saptanmadı (p>0,05; p=0,280). Sonuç: RNA dizileme çalışmamız sonucunda ERAP1 geni ifadesi multipl miyeloma hastalarında daha yüksek bulunmasına rağmen, bu çalışmada qRT-PCR ile hasta ve kontrol grupları arasında ERAP1 gen ifadesinde bir farklılık saptanmadı. Ancak bu konuda kesin bir sonuca varabilmek için daha fazla örneklemde bu genin ifadesi araştırılmalıdır. Literatürde farklı kanser türlerinde ERAP1 ifadesi değişkenlik göstermektedir. Ayrıca oldukça polimorfik olan ERAP1 genindeki varyasyonların proteinin fonksiyonuna etkisi olabileceğinden ERAP1’in multipl miyeloma patogenezinde rolünün bu yönüyle de araştırılması gerektiği sonucuna varıldı. Anahtar kelimeler: ERAP1, multipl miyeloma, plazma hücre diskrazileri, qRT-PC

Investigation Of Some Candidate Genes Determined From Multiple Myeloma Whole Genome Transcriptome Data

Investigation Of Possibly Related Genes Determined From Bioinformatic Analysis Of Multiple Myeloma Whole Genome Transcriptome Data 1Melda Sariman, 1Busra Karacam, 2Mesut Ayer, 1Sema Sirma Ekmekci, 3 Ilknur Suer, 3Kıvanc Cefle, 3Sukru Palanduz, 3Sukru Ozturk, 4Meliha Nalcaci, 1Neslihan Abaci 1Department Of Genetics, Istanbul University, Aziz Sancar Institute Of Experimental Medicine, Istanbul, Turkey 2Clinic Of Hematology, İstanbul Haseki Training And Research Hospital, İstanbul, Turkey 3Department Of Internal Medicine, Division Of Medical Genetics, İstanbul University İstanbul School Of Medicine, İstanbul, Turkey. 4Department Of Internal Medicine, İstanbul University İstanbul School Of Medicine, İstanbul, Turkey. Email : [email protected], [email protected], [email protected], [email protected], [email protected], [email protected], [email protected], [email protected], [email protected], [email protected] INTRODUCTION: Taking a part of the plasma cell dyscrasias group, Multiple Myeloma (MM) is characterized by uncontrolled proliferation of malignant plasma cells originating from bone marrow.Monoclonal Gammopathy of undetermined significance (MGUS) is an asymptomatic premalignant plasma dyscrasias. MATERYAL METODS: The expression levels of genes have been investigated in our previous study by transcriptome from cell pools of MM patients and healthy bone marrow controls. MM group was compared with healthy bone marrow donor group over RPKM values and candidate genes with the highest expression in MM group were determined by filtering with control group. Some of candidate genes were analyzed by molecular properties of the genes determined by using bioinformatics tools in silico.In order to reveal the direct or indirect relevancy of these genes in MM pathogenesis, we validated these genes in new patient and control groups.In our study, expression levels of candidate genes acquired from the bone marrow of 38 untreated newly diagnosed MM patients, 23 MGUS and 16 control group were examined by qRT-PCR. RESULTS AND DISCUSSION: The results were analyzed in SPSS.25 statistical program. Expression levels of the remaining some candidate genes that we investigated in myeloma pathogenesis showed statistically significant elevation compared to control group. (p<0,05 and p<0,001). Our investigations have promising features in terms of containing new therapeutic targets such as LMAN2, EEF2, KDELR1, COPE needed in MM treatment and DNAJC1 which may have prognostic value in the diagnosis of MM. CONCLUSION: Performing the validation of candidate genes, our study has added up new insights into the pathogenesis of MM which is still unclear. We think that these candidate genes may be very important in terms of individualized medicine in the future, especially since new targeted therapies are needed in MM. KEY WORDS: Plasma Cell Dyscrasia ,Transcriptome, qRT-PCR, The Project 30846 was supported by the Research Fund of Istanbul