Interleukin-1 beta single-nucleotide polymorphism\u27s C allele is associated with elevated risk of gastric cancer in helicobacter pylori-infected Peruvians

Particular alleles of the interleukin-1B (IL-1B) gene have been correlated with increased risk of atrophic gastritis and gastric cancer in the populations of East Asia and Europe. No such data exist from Peru, a developing country with a population genotypically different from others studied and with a high prevalence of Helicobacter pylori infection and gastric cancer. We conducted a case-control study comparing 334 hospitalized patients with atrophic gastritis or gastric cancer with 158 nonatrophic gastritis patients (controls). Conditional logistic regression analysis revealed that an increased risk of atrophic gastritis (odds ratio, 5.60) and gastric cancer (odds ratio, 2.36) was associated with the IL-1B-511 C allele. Our study is the first to establish this allele as a risk for these conditions. Given the high prevalence of H. pylori and recurrence rate after treatment, IL-1B-511 single-nucleotide polymorphism analysis may identify those individuals who would benefit most from robust H. pylori eradication efforts in Peru

Identificación de Bartonella bacilliformis por métodos moleculares.

Introducción: La técnica de PCR amplifica una secuencia de ADN con la enzima polimerasa; es muy sensible y específica. Objetivo: Estandarizar una técnica de PCR para identificar Bartonella bacilliformis en sangre total de pacientes con bartonelosis aguda. Material y métodos: Se usó muestras de sangre total de seis pacientes con diagnóstico clínico y microbiológico de bartonelosis aguda. Se extrajo el ADN de sangre total usando el detergente guanidina DNAZOL® BD. Se amplificó el ADN usando los cebadores de extensión “primers” 16S y 23S del espaciador de trascripción interna (ITS). Se hizo electroforesis de los productos de amplificación en gel de agarosa. Se compararon los pesos moleculares de las bandas observadas en la electroforesis con un marcador de 100 pares de bases. Resultados: Se determinó que la concentración de ADN extraído por DNAZOL® BD corresponde alrededor de 6 ng de ADN. El producto amplificado de muestras de sangre total fue alrededor de 1000 pares de bases, idéntico al extraído de los hemocultivos de B. bacilliformis y claramente diferente del de otras especies. Las diluciones de las extracciones mejor detectadas por PCR fueron 1/5 y 1/10. Conclusiones: El ADN de B. bacilliformis extraído con DNAZOL® BD de sangre total de pacientes con bartonelosis aguda es amplificado por PCR utilizando los primers 16S y 23S; es posible usar esta técnica para el diagnóstico etiológico rápido. ( Rev Med Hered 2002; 13: 58-63 )

Identificación de Bartonella bacilliformis por métodos moleculares

Introducción: La técnica de PCR amplifica una secuencia de ADN con la enzima polimerasa; es muy sensible y específica. Objetivo: Estandarizar una técnica de PCR para identificar Bartonella bacilliformis en sangre total de pacientes con bartonelosis aguda. Material y métodos: Se usó muestras de sangre total de seis pacientes con diagnóstico clínico y microbiológico de bartonelosis aguda. Se extrajo el ADN de sangre total usando el detergente guanidina DNAzol® BD. Se amplificó el ADN usando los cebadores de extensión "primers" 16S y 23S del espaciador de trascripción interna (ITS). Se hizo electroforesis de los productos de amplificación en gel de agarosa. Se compararon los pesos moleculares de las bandas observadas en la electroforesis con un marcador de 100 pares de bases. Resultados:Se determinó que la concentración de ADN extraído por DNAzol® BD corresponde alrededor de 6 ng de ADN. El producto amplificado de muestras de sangre total fue alrededor de 1000 pares de bases, idéntico al extraído de los hemocultivos de B. bacilliformis y claramente diferente del de otras especies. Las diluciones de las extracciones mejor detectadas por PCR fueron 1/5 y 1/10. Conclusiones: El ADN de B. bacilliformis extraído con DNAzol® BD de sangre total de pacientes con bartonelosis aguda es amplificado por PCR utilizando los primers 16S y 23S; es posible usar esta técnica para el diagnóstico etiológico rápido

Validation of String Test for Diagnosis of Helicobacter pylori Infections

The method of recovering Helicobacter pylori DNA or viable cells absorbed on a string that a person has swallowed and that is retrieved an hour later (string test) should be a useful alternative to traditional analysis of cells or DNA obtained by endoscopy, which is invasive, uncomfortable, relatively costly, and ill-suited for community-based and pediatric studies. Here we assayed the sensitivity and validity of the string test versus conventional endoscopic biopsy for detecting and analyzing H. pylori infection. Forty-four people with gastric complaints were studied using both H. pylori culture and urease gene (ureB) PCR. H. pylori organisms cultured from strings and biopsy specimens from the same patients were fingerprinted by the randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) method. Biopsy sections were also hematoxylin and eosin and silver stained for H. pylori detection. H. pylori was cultured from 80% of strings and detected by PCR from 91% of strings from participants whose biopsies had been H. pylori positive by culture, PCR, and/or histology. Strains recovered from strings and biopsy specimens yielded identical or closely related RAPD profiles in each of the 24 cases tested. We conclude that the string test is a useful method for H. pylori recovery and analysis when relatively noninvasive procedures are needed