CEBPB transkripsiyon faktörünün MN1 ekspresyonu üzerindeki etkisi

Transkripsiyonel düzenleyici olarak rol oynayan yüksek MN1 gen ekspresyonunun in vivo fare modelinde myeloproliferatif hastalık (MPD) gelişimine, yüksek MN1 ekspresyonu birlikte CBFb-MYH11 varlığının ise akut miyeloid lösemi (AML) gelişimine neden olduğu gösterilmiştir. UCSC Genome Browser’da meningioma1 (MN1) bazal promoter bölgesini analiz ettiğimizde ENCODE projesi kapsamında Hela hücrelerinde ChIP dizileme ile CCAAT enhancer binding beta (CEBPB) transkripsiyon faktörüne ait bir peak saptanmıştır. Fakat CEBPB’nın bu bölgeye bağlandığı doğrulanmamış ve fonksiyonel önemi araştırılmamıştır. Bu çalışma ile CEBPB geninin MN1 ekspresyonu üzerindeki etkisinin araştırılması amaçlanmıştır.Yüksek seviyede MN1 eksprese eden servikal hücre soyu olan HeLa ve AML hücre soyu olan NB4 kullanıldı. CEBPB bu hücrelerde siRNA ile baskılanarak, 24., 36., 48., 72. ve 96. saatlerde MN1 ekspresyonu üzerinde değişikliğe neden olup olmadığı kantitatif gerçek zamanlı PCR yöntemiyle araştırıldı.24, 36, 48. saatlerde HeLa hücrelerinde CEBPB’ nin baskılanmasının MN1 ekspresyonu üzerinde etkisi olmadığını göstermiştir. 72. ve 96. saatte ise MN1 ekspresyonun 1,5 kat arttığı gösterilmiştir (Spearman korelasyon testi, p<0,01). NB4 hücrelerinde ise 48. saatte etkisi olmadığı ve 72. saatte 1,4 ve 96. saatte 1,3 kat arttığı göstermiştir (Spearman korelasyon testi, p<0,01).Bu sonuçlar CEBPB baskılanmasının MN1 ekspresyonu üzerinde geç ve düşük düzeyde etkisinin olduğunu göstermiştir. Elde ettiğimiz bu bulguların reporter deneyleri gibi daha ileri analizlerle doğrulanması gerekmektedir. Bu çalışma, CEBPB’nin indirekt olarak veya koregulator olabilecek başka faktörlerle kompleks oluşturup, MN1 transkripsiyonunu düzenleyebileceğini düşündürmektedir

Akut Lösemi Hücre Hatlarında Elektroporasyon İşleminin Hücreler Üzerindeki Etkilerinin Araştırılması

Akut Lösemiler, hematopoietik kök veya öncül hücrelerden kaynaklanan klonal malignitelerdir. Birçok alt grubu olmakla birlikte (ALL, AML, APL gibi) kemik iliği yetmezliği ile karakterizedir, agresif seyreder ve tedavi edilmediği takdirde ölüme yol açabilir. Vakaların büyük çoğunluğu sporadik olarak ortaya çıkmaktadır. Yapılan çalışmalara göre bir dizi konjenital sendromlar ve çevresel faktörler akut lösemilerin gelişimine yatkınlık göstermektedir. Bu çalışmada akut lösemi hücre hatlarında (JURKAT, NB4, HL-60, REH ve NALM6) elektroporasyonun hücre canlılığına ve DHRS2 ve p53 gen ifadelerine olan etkilerinin araştırılması amaçlanmıştır. Çalışmada kullanılan tüm hücre hatları AmaxaTM NucleofectorTM II cihazı kullanılarak elektroporasyon işlemine maruz bırakılmıştır. Ardından bu hücrelerden RNA eldesi için 0. Ve 24. saat, hücre proliferasyonun belirlenmesi için ise 0., 24. Ve 48. saat MTT grupları oluşturuldu. Sürelerin sonunda RNA izolasyonları ve cDNA sentezi kit protokolleri takip edilerek yapıldı ve DHRS2 ile p53 gen ifadeleri qRTPCR ile araştırıldı. Belirlenen sürelerin sonunda hücre proliferasyonu için ayrılmış gruplara MTT formazanı eklendi ve inkübasyon süresi sonunda MultiSkan Spektrum cihazı ile OD ölçümü yapıldı. Elektroporasyon işlemine maruz bırakılmış hücrelerin DHRS2 ve p53 ifadelerinde kontrol grubuna göre anlamlı farklılıklar bulundu ve bu iki genin zıt yönlü bir etkileşim içerisinde olduğu gözlemlendi. (p<.05) MTT deneyleri ise hücre proliferasyonunun kontrol ve apoptotik grupla kıyaslandığında elektroporasyon yapılan hücrelerde orantılı olarak azaldığını göstermiştir. (p<.01 Elde edilen çıktılar ışığında, araştırmalarda kullanılan elektroporasyon işleminin hücrelerin gen ifadelerini etkilediği, canlılığını ve proliferasyonlarını azalttığı söylenebilir. Akut lösemi hücre hatları için tasarlanması planlanan deneylerin bu çıktılar göz önüne alınarak yapılması önem arz etmektedir

Evaluation of TMED9, DNAJC1, LMAN2, COPE and KDELR1 Biomarkers in Patients with Monoclonal Gammopathy of Undetermined Significance and Multiple Myeloma

Plasma cell dyscrasias (PCD) are a heterogeneous group of hematological diseases. The TMED9, KDELR1, DNAJC1, COPE, and LMAN2 genes identified from our transcriptome data are highly importance and specific. We determined the protein-protein interac-tions of these genes in STRING v11.5 higher than expected (PPI enrichment p value 1.71e-06). We evaluated the prognostic bio-marker status of these genes in PCD by quantitative method (qRT-PCR) of 38 Multiple Myeloma (MM), 23 Monoclonal Gammopathy of Undetermined Significance (MGUS) and 16 control groups. We found significant gene expression levels increase among these three study groups of these genes (p< 0.001). As a single marker, DNAJC1 exhibited the best ability for discriminating MM from MGUS (AUC= 83%) and MM from control (AUC= 88.7%). In addition to this, the combination of five genes exhibited the highest efficacy of discriminating MM from the control (AUC= 90.90%). The combination of KDELR1, COPE, TMED9 and DNAJC1 exhibited the best ability to discriminate MM group from MGUS group (AUC= 86.80%). In conclusion, we showed that DNAJC1 alone, as well as the combination of other selected genes, can be valuable targets in the pathogenesis of myeloma. These new biomarkers have been evaluated for the first time in PCD and we think they will contribute to the discovery of potential anti-myeloma therapeutic targets in the future

Elevación de SPINK2 en leucemia mieloide aguda

La leucemia mieloide aguda (AML, por sus siglas en inglés) es una enfermedad muy heterogénea. Aunque se puede clasificar a los pacientes en grupos de riesgo según sus mutaciones genéticas, el pronóstico dentro de cada categoría varía sustancialmente. Es perentorio identificar nuevos marcadores moleculares de la AML. Recientemente, se ha descrito la elevación del inhibidor de la serina peptidasa Kazal tipo 2 (SPINK2) en la AML, habiendo sido relacionada con peores resultados clínicos en metaanálisis, así como en un número limitado de pacientes con AML

Upregulation of SPINK2 in acute myeloid leukemia

Acute myeloid leukemia (AML) is a highly heterogeneous disease. Although patients can be classified into risk groups based on their genetic changes, the prognosis of disease within these categories varies widely. This situation raises the need to search for new molecular markers related to AML. Serine peptidase inhibitor Kazal type 2 (SPINK2) has recently been reported to be upregulated in AML and associated with poor outcomes by meta-analysis and in a limited number of AML patients

Elevación de SPINK2 en leucemia mieloide aguda

La leucemia mieloide aguda (AML), una patolog a maligna progresiva, es un trastorno de las c lulas madre hematopoy ticas caracterizada por un incremento en el n mero de c lulas mieloides de la m dula sea y el bloqueo de su maduraci n. Su incidencia aumenta con la edad [1, 2]. La AML es heterog nea en t rminos gen ticos, biol gicos y cl nicos. Algunas de las alteraciones gen ticas observadas en la AML consisten en alteraciones cromos micas, tales como la p rdida de parte o la totalidad de chr 5 y ch 7, t(15;17)(q22;q12), t(8;21)(q22;q22.1), inv(16)(p13.1q22)/ t(16;16)(p13.1;q22), inv(3)(q21.3q26.2)/t(3;3)(q21.3;q26.2), t(6;9)- (p23;q34.1), t(9;11)(p21.3;q23.3) y t(1;22)(p13.3;q13.3) [3]. Aparte de dichas alteraciones cromos micas, las mutaciones m s comunes se producen en los genes FLT3, NPM1, DNMT3A, KIT, CEBPA, RUNX1, IDH1/2 TET2 ve MLL, ASLX1, BCOR, BCORL1, TP53, GATA2, DDX41, KMT2A, SRP72 y STAG2 [4, 5