Türkiye'de Bir Üniversite Hastanesi'ndeki Helicobacter pylori Enfeksiyon Sıklığı

Amaç: Helicobacter pylori mide ve duodenum yüzeyinde yaşayan, gram negatif, mikroaerofilik, spiral şekilli ve hareketli bir bakteridir. Geılişmiş ülkelerde H. pylori antijen prevalansı düşük oranlarda bildirilmesine rağmen, gelişmekte olan ülkelerde oldukça yüksek oranlarda bildirilmektedir. Bu çalışmada, çeşitli şikayetlerle hastaneye başvuran hastalardan alınan dışkı örneklerinde antijen pozitifliği retrospektif olarak değerlendirilmiştir.Gereç ve Yöntem: Helicobacter pylori mide ve duodenum yüzeyinde yaşayan, gram negatif, mikroaerofilik, spiral şekilli ve hareketli bir bakteridir. Geılişmiş ülkelerde H. pylori antijen prevalansı düşük oranlarda bildirilmesine rağmen, gelişmekte olan ülkelerde oldukça yüksek oranlarda bildirilmektedir. Bu çalışmada, çeşitli şikayetlerle hastaneye başvuran hastalardan alınan dışkı örneklerinde antijen pozitifliği retrospektif olarak değerlendirilmiştir.Bulgular: Bu çalışmada, 2811’i %57,9 kadın ve 2046’sı %42,1 erkek olmak üzere toplam 4857 hastanın dışkı örnekleri retrospektif olarak incelendi. Pozitif örneklerin 340’ı %12,1 kadın, 183’ü %8,9 erkek olmak üzere toplam 523 %10,8 hastada pozitiflik saptanmıştır. Çalışmaya dahil edilen hastalar yaş gruplarına göre incelendiğinde en yüksek pozitiflik oranı 50-59 yaş grubunda saptanmıştır. Ayrıca H. pylori’nin kliniklere göre antijen pozitifliğine bakıldığında; Gastroenteroloji Polikliniği’nden gelen 3162 örneğin 381’i %12 , Çocuk Gastroenteroloji, Hepatoloji ve Beslenme Kliniği’nden gelen 629 örneğin 65’i %10,3 , Dermatoloji Kliniği’nden gelen 303 örneğin 27‘si %8,9 pozitif olarak saptanmıştır. Yaptığımız çalışmada yıllara bağlı olarak H. pylori sayısında düşüş olduğu saptanmıştır.Sonuç: H. pylori gastrik kansere neden olması ve ülkemizde prevelansının yüksek olmasından dolayı klinisyenlerin H. pylori enfeksiyonlarına karşı daha dikkatli olması ve buna yönelik tedavi politikası geliştirmeleri önem arzetmektedir. Bu çalışma H. pylori antijen prevalansının tespitine yönelik literatüre katkı sunması amacıyla yapılmıştı

Çeşitli Bitki Ekstrelerinin Antibakteriyel Aktivitelerinin Araştırılması

Amaç: İnsanoğlu çok eski yıllardan beri bitkileri birçok hastalığın tedavisinde kullanmışlar ve başarılı sonuçlar almışlardır. Günümüzde birçok bitki ekstresi, özellikle Uzakdoğuda ve bizim ülkemizde birçok hastalığın tedavisinde kullanılmaktadır. Bu çalışmada; keçiboynuzu Ceratonia siliqua , ebegümeci Malva sylvestris , ökse otu Viscum album , sarısabır Aloe vera ve nevruz otu Linaria genistifolia bitkilerinden elde edilen ekstrelerin, antibakteriyel etkisinin belirlenmesi amaçlandı.Gereç ve Yöntem: Bitkiler kurutularak toz haline getirildi. Hazırlanan toz halindeki bitki örneklerinden 20 gram tartılıp 24 saat metanol ile ekstraksiyonu maserasyon yöntemi yapıldı. Bu karışım Whatman kağıdı kullanılarak süzüldü. Daha sonra rotary evaporatörde 50°C’de ekstraksiyonda kullanılan çözücü tamamen uzaklaştırıldı. Bitki ekstreleri analiz edilinceye kadar +4°C’de saklandı. Çalışmada elde edilen bitki ekstrelerinden 25 mg/mL’lik stok hazırlandı Bitki ekstrelerinin antibakteriyel etkileri beş standart suş ile Clinical ve Laboratory Standards Institute önerileri doğrultusunda minimum inhibitör konsantrasyon sıvı mikrodilüsyon yöntemi kullanılarak test edildi. Çalışmada kullanılan standart suşlar: Escherichia coli ATCC 25922, Klebsiella pneumonia ATCC 700603, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, Staphylococcus aureus ATCC 29213, Enterococcus faecalis ATCC 29212 idi. Stok bitki ekstraktlarının Mueller Hinton sıvı besiyeri ile son konsantrasyonu 6.25-0.05 mg/mL arası olacak şekilde mikropleytlerde dilüsyonları yapıldı. Gentamisin çalışmanın kontrolü amacıyla kullanıldı.Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 4 bitki ekstresinin ilk konsantrasyonu olan 6.25 mg/mL’de, test edilen bakteri suşlarına antibakteriyel etki gösterdiği saptandı. Sadece Linaria genistifolia ekstresinin Standart E.coli suşunda MİK değeri 3.12 mg/mL olarak belirlendi.Sonuç: Sonuç olarak, test edilen bitki ekstrelerinin MİK değerleri yüksek bulunmuş ve yeterli antibakteriyel etki göstermediği saptanmıştır. Aynı bitkilerin farklı ekstraksiyon yöntemleri kullanılarak tekrar antibakteriyel etkilerinin araştırılmasının uygun olacağı kanaatine varılmıştı

Pigmentli ve Pigmentsiz Pseudomonas Aeruginosa Suşlarının Virulans Faktörlerinin Fenotipik ve Genotipik Olarak Karşılaştırılması

Pseudomonas aeruginosa is an aerobic, motile, non-spore forming, straight or slightly curved, gram-negative bacilli and it can grow at 42 °C. The incidence of P. aeruginosa has been increased in recent years and its virulence factors are various. It has high morbidity and mortality and its rates of antibiotic resistance is increasing constantly. The aim of this study was to compare the differences in the virulence factors of pigmented and non-pigmented P. aeruginosa isolates. Isolates of patients that were identified as P. aeruginosa were included into the study. Identification was done in Hacettepe University Medical Faculty Microbiology Laboratory. Strains of patients (n: 100) were divided into two main groups. In the first group, strains were isolated from cystic fibrosis patients (n: 50). In the second group, the strains which were isolated from various body parts (pus, urine, burn wounds, sputum, and cerebrospinal fluid) included (n: 50). The isolated P. aeruginosa strains from both main groups were divided into two subgroups according to their pigment production (n: 25). Antibiotic susceptibility tests of all strains were performed by disk diffusion method according to CLSI (Clinical and Laboratory Standards Institute) standards. DNase, protease, elastase, haemolysis and motility tests were performed as phenotypic tests. The presence of several virulence-associated genes encoding exotoxins T (exoT), S (exoS), U (exoU) and Y (exoY) and quorum sensing mediators (rhlA and rhlB) were assessed by Real-time PCR method for genotypic identification. The relationship between pigment production, antibiotic resistance and virulence factors were examined. There was no significant difference between pigmented and non-pigmented isolates when elastolytic activity and mucus production were compared. Pigmented isolates produced significantly more (p≤0.05) protease and haemolysis activity. Motility was present in pigmented isolates more frequently than in non-pigmented isolates. DNase activity was significant in pigmented isolates then non-pigmented isolates (p≤0.05). Antibiotic resistance was present more frequently in non-pigmented isolates than pigmented isolates. Pigmented isolates had more frequently and significant more (p≤0.05) virulence-associated genes rhlB, exoS, exoY (p≤0.05). ExoT was present in pigmented isolates more frequently than in non-pigmented isolates. The results of this study suggest that both phenotypic and genotypic virulence factors are associated with the pigment production in P. aeruginosa. Pigment production is easy to determine, which might be a good starting point to identify the virulence status of an isolate.Pseudomonas aeruginosa aerob, sporsuz, hareketli, düz veya hafif kıvrımlı, 42 C°de üreyebilen Gram negatif basillerdir. P. aeruginosa; son yıllarda artan insidansı, ürettiği virülans faktörlerinin çeşitliliği ve sürekli yükselen antibiyotik direnç oranlarıyla sık rastlanan, mortalite ve morbiditesi yüksek, tedavisi güç enfeksiyonların etkenidir. Bu çalışmadaki amacımız pigment üreten ve pigment üretmeyen P. aeruginosa suşları arasındaki virulans faktörlerinin karşılaştırılmasıdır. Hacettepe Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi, Mikrobiyoloji Laboratuvarı'nda hastalara ait örneklerden izole edilen ve P.aeruginosa olarak tanımlanan suşlar çalışmaya dahil edildi. Hasta suşları (n:100) iki ana gruba ayrıldı. Birinci gruba; kistik fibrozis tanısıyla takip edilen ve P. aeruginosa izole edilen hastaların suşları (n:50) alındı. İkinci gruba ise püy, idrar, yanık yarası, beyin omurilik sıvısı ve balgam gibi çeşitli vücut bölgelerinden izole edilen P. aeruginosa suşları alındı. Her iki ana grupta izole edilen P. aeruginosa suşları pigment üretimlerine göre de kendi içinde eşit sayıda (n:25) iki gruba ayrıldı. Tüm suşların antibiyotik duyarlılık testleri disk difüzyon yöntemiyle ve CLSI (Clinical and Laboratory Standards Institute) standartlarına göre yapıldı. Fenotipik testler olarak DNaz, proteaz, elastaz, hemoliz ve hareket testi çalışıldı. Genotipik testler olarak ise "quarum sensing" mediatörleri olan rhlA ve rhlB ve virulans ile ilişkili genleri kodlayan ekzotoksinler olan T (exoT), S (exoS), U (exoU) ve Y (exoY) bölgeleri Real-time PCR yöntemiyle çalışıldı. P. aeruginosa suşlarının pigment üretimlerine göre virulans faktörleri incelendiğinde, elastaz aktivitesi ve mukus üretimi pigment üreten ve üretmeyen suşlarda benzer bulunmuştur. Proteaz aktivitesi ve hemoliz varlığı pigment üreten P. aeruginosa suşlarında pigment üretmeyen suşlara göre daha yüksek bulunmuştur (p≤0.05). Hareket özelliğide pigment üreten suşlarda pigment üretmeyen suşlara kıyasla daha yüksek bulunmuştur. DNaz aktivitesi ise pigment üretmeyen suşlarda pigment üretenlere kıyasla daha yüksek bulunmuştur (p≤0.05). Pigment üretmeyen P. aeruginosa suşlarında pigment üreten suşlara göre daha yüksek antibiyotik direnç oranları saptanmıştır. Pigment üretimlerine göre genotipik virulans faktörleri incelendiğinde; pigment üreten suşların rhlB, exoS ve exoY virulans gen bölgelerine pigment üretimi olmayan suşlara göre daha fazla sahip oldukları görülmüştür (p≤0.05). ExoT gen bölgesi de yine pigment üretimi olan suşlarda daha fazla saptanmıştır. Bu sonuçlar pigment üretimi olan P. aeruginosa suşlarının hem fenotipik virulans faktörlerinin hem de genotipik virulans faktörlerinin pigment üretmeyen suşlara göre daha fazla sahip olduklarını göstermektedir. Edinilen sonuçlara göre pigment üretimi virulansı değerlendirmek açısından önemli bir belirteç olarak kabul edilebilir

Doğrulanmış HIV Pozitif Olgularda Hepatit Virüsler ve TORCH Grubu Mikroorganizmaların Serolojik Profillerinin İncelenmesi

Amaç: HIV virüsü, immün sistem yetmezliğine neden olarak, virüs, mantar ve protozoon kaynaklı enfeksiyonlara yakalanma riskini arttırmaktadır. Bu çalışmada; HIV pozitif hastalarda, Hepatitvirüsler Hepatit A, Hepatit B ve Hepatit C ve TORCH grubu Toxoplasma gondii, Rubella, Sitomegalovirüs CMV , Herpes Simplex Virüs HSV mikroorganizmaların serolojik profillerinin belirlenmesi amaçlanmıştır.Gereç ve Yöntem: 2017-2018 yıllarında Selçuk Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi’ne başvuran HIV şüpheli olgular n:75 retrospektif olarak incelenmiştir. Anti-HIV testi istemi olan serumlardan Architect i1000sr Abbott Diagnostics, Almanya cihazıyla "HIV1/2Ag/Ab Combo" testi çalışılmıştır. Pozitif serum örnekleri doğrulama için Türkiye Halk Sağlığı Kurumu Referans Laboratuvarı’na gönderilmiştir. Doğrulanmış pozitif serum örnekleri olan hastalar, laboratuvarımızda HIV-RNA testi ile takip edilmiştir. Bulgular: HIV pozitif hasta serumlarının 53’ünde Anti-HCV çalışılmış ve sadece birinde %1.9 pozitif saptanmıştır. Anti-HAV IgG ise 26 örneğin 16’sında %61.5 pozitif olarak saptanmıştır. Toxoplasma IgG n:49 , RubellaIgG n:35 , RubellaIgM n:21 , CMV IgG n:40 ve HSV2 IgG n:33 sırasıyla;%20.4, %97.1,%4.8,%92.5 ve%10 pozitif bulunmuştur. Sonuç: Çalışılan hasta grubunda akut enfeksiyon göstergelerinden sadece Rubella IgM %4.8 pozitif bulunmuştur, zamanla farklı enfeksiyonların da gelişebileceği düşünülmektedir. Günümüzde artan HIV sıklığı göz önüne alındığında, hastaların bu konuda daha fazla bilgilendirilmesi ve HIV pozitif hastaların serolojik profillerinin araştırılması büyük önem taşımaktadı

Comparison of Culture, Direct Microscopy, and Polymerase Chain Reaction Results for Detection of Mycobacterium Tuberculosis Complex in Clinical Specimens

Aim: Tuberculosis is a chronic, necrotizing disease known since prehistoric times. The most important stage of the tuberculosis control program is the microbiological identification, typing and detection of drug resistance of the Mycobacterium tuberculosis complex for the detection of active cases. The aim of this study is to compare the results of the methods used in the detection of M.tuberculosis complex in clinical samples. Materials and Methods: The presence of M. tuberculosis complex in various clinical specimens sent to the Medical Microbiology Laboratory from patients with a pre-diagnosis of tuberculosis between January 2016 and January 2022 was investigated retrospectively. In microbiological diagnosis, Ehrlich-Ziehl-Neelsen (EZN) staining method, culture (BACTEC MGIT 320 automated system and Löwenstein Jensen (LJ) medium, and polymerase chain reaction (PCR) tests were used. Results: A total of 1706 samples were evaluated. The mean age of the patients was 46.49±25.77 years and 1025 (60.1%) were male. EZN method was positive in 32 (1.9%), culture in 48 (2.8%), and PCR in 40 (2.3%) samples. Samples were mostly sent from the departments of chest diseases (52.8%) and pediatrics (24.2%). Conclusion: Culture, which is the gold standard method, was found to be the most reliable method for demonstrating the presence of M. tuberculosis complex. In the rapid diagnosis of tuberculosis, PCR method gives more reliable results than EZN method. As a result, since the culture method, gives late results, extensive routine use of molecular tests such as PCR is needed for accurate diagnosis of tuberculosis in a short time and to detect drug resistance