H3K9me-Independent Gene Silencing in Fission Yeast Heterochromatin by Clr5 and Histone Deacetylases

Nucleosomes in heterochromatic regions bear histone modifications that distinguish them from euchromatic nucleosomes. Among those, histone H3 lysine 9 methylation (H3K9me) and hypoacetylation have been evolutionarily conserved and are found in both multicellular eukaryotes and single-cell model organisms such as fission yeast. In spite of numerous studies, the relative contributions of the various heterochromatic histone marks to the properties of heterochromatin remain largely undefined. Here, we report that silencing of the fission yeast mating-type cassettes, which are located in a well-characterized heterochromatic region, is hardly affected in cells lacking the H3K9 methyltransferase Clr4. We document the existence of a pathway parallel to H3K9me ensuring gene repression in the absence of Clr4 and identify a silencing factor central to this pathway, Clr5. We find that Clr5 controls gene expression at multiple chromosomal locations in addition to affecting the mating-type region. The histone deacetylase Clr6 acts in the same pathway as Clr5, at least for its effects in the mating-type region, and on a subset of other targets, notably a region recently found to be prone to neo-centromere formation. The genomic targets of Clr5 also include Ste11, a master regulator of sexual differentiation. Hence Clr5, like the multi-functional Atf1 transcription factor which also modulates chromatin structure in the mating-type region, controls sexual differentiation and genome integrity at several levels. Globally, our results point to histone deacetylases as prominent repressors of gene expression in fission yeast heterochromatin. These deacetylases can act in concert with, or independently of, the widely studied H3K9me mark to influence gene silencing at heterochromatic loci

Functional Induction of the Cystine-Glutamate Exchanger System Xc- Activity in SH-SY5Y Cells by Unconjugated Bilirubin

We have previously reported that exposure of SH-SY5Y neuroblastoma cells to unconjugated bilirubin (UCB) resulted in a marked up-regulation of the mRNA encoding for the Na+ -independent cystine∶glutamate exchanger System Xc− (SLC7A11 and SLC3A2 genes). In this study we demonstrate that SH-SY5Y cells treated with UCB showed a higher cystine uptake due to a significant and specific increase in the activity of System Xc−, without the contribution of the others two cystine transporters (XAG− and GGT) reported in neurons. The total intracellular glutathione content was 2 folds higher in the cells exposed to bilirubin as compared to controls, suggesting that the internalized cystine is used for gluthathione synthesis. Interestingly, these cells were significantly less sensitive to an oxidative insult induced by hydrogen peroxide. If System Xc− is silenced the protection is lost. In conclusion, these results suggest that bilirubin can modulate the gluthathione levels in neuroblastoma cells through the induction of the System Xc−, and this renders the cell less prone to oxidative damage

Interactions of the Apolipoprotein A5 Gene Polymorphisms and Alcohol Consumption on Serum Lipid Levels

Little is known about the interactions of apolipoprotein (Apo) A5 gene polymorphisms and alcohol consumption on serum lipid profiles. The present study was undertaken to detect the interactions of ApoA5-1131T>C, c.553G>T and c.457G>A polymorphisms and alcohol consumption on serum lipid levels.A total of 516 nondrinkers and 514 drinkers were randomly selected from our previous stratified randomized cluster samples. Genotyping was performed by polymerase chain reaction and restriction fragment length polymorphism. The levels of serum total cholesterol (TC), triglyceride (TG), high-density lipoprotein cholesterol (HDL-C), ApoA1 and ApoB were higher in drinkers than in nondrinkers (P<0.05-0.001). The genotypic and allelic frequencies of three loci were not different between the two groups. The interactions between -1131T>C genotypes and alcohol consumption on ApoB levels (P<0.05) and the ApoA1/ApoB ratio (P<0.01), between c.553G>T genotypes and alcohol consumption on low-density lipoprotein cholesterol (LDL-C) levels (P<0.05) and the ApoA1/ApoB ratio (P<0.05), and between c.457G>A genotypes and alcohol consumption on TG levels (P<0.001) were detected by factorial regression analysis after controlling for potential confounders. Four haplotypes (T-G-G, C-G-G, T-A-G and C-G-T) had frequencies ranging from 0.06 to 0.87. Three haplotypes (C-G-G, T-A-G, and C-G-T) were significantly associated with serum lipid parameters. The -1131T>C genotypes were correlated with TG, and c.553G>T and c.457G>A genotypes were associated with HDL-C levels in nondrinkers (P<0.05 for all). For drinkers, the -1131T>C genotypes were correlated with TC, TG, LDL-C, ApoB levels and the ApoA1/ApoB ratio (P<0.01 for all); c.553G>T genotypes were correlated with TC, TG, HDL-C and LDL-C levels (P<0.05-0.01); and c.457G>A genotypes were associated with TG, LDL-C, ApoA1 and ApoB levels (P<0.05-0.01).The differences in some serum lipid parameters between the drinkers and nondrinkers might partly result from different interactions of the ApoA5 gene polymorphisms and alcohol consumption

The mismeasure of ape social cognition

In his classic analysis, The Mismeasure of Man, Gould (1981) demolished the idea that intelligence was an inherent, genetic trait of different human groups by emphasizing, among other things, (a) its sensitivity to environmental input, (b) the incommensurate pre-test preparation of different human groups, and (c) the inadequacy of the testing contexts, in many cases. According to Gould, the root cause of these oversights was confirmation bias by psychometricians, an unwarranted commitment to the idea that intelligence was a fixed, immutable quality of people. By virtue of a similar, systemic interpretive bias, in the last two decades, numerous contemporary researchers in comparative psychology have claimed human superiority over apes in social intelligence, based on two-group comparisons between postindustrial, Western Europeans and captive apes, where the apes have been isolated from European styles of social interaction, and tested with radically different procedures. Moreover, direct comparisons of humans with apes suffer from pervasive lapses in argumentation: Research designs in wide contemporary use are inherently mute about the underlying psychological causes of overt behavior. Here we analyze these problems and offer a more fruitful approach to the comparative study of social intelligence, which focuses on specific individual learning histories in specific ecological circumstances

Korrelasjon mellom livsstadie, lipidinnhold og akkumulering av polysykliske aromatiske hydrokarboner (PAH) i rognkjeks (Cyclopterus lumpus) embryo eksponert for produsert vann

Hensikten med denne bacheloroppgaven var å studere korrelasjonen mellom livsstadier, lipidsammensetning og bioakkumulering av polysykliske aromatiske hydrokarboner (PAH) i fiskearten rognkjeks (Cyclopterus lumpus). Arbeidet er en del av et prosjekt ledet av SINTEF Ocean kalt "PW-Exposed". "PW-Exposed"-prosjektet forsker på å få en detaljert forståelse av den kjemiske sammensetningen og den toksikologiske innvirkningen utslippet av produsert vann har på norsk kontinentalsokkel. Som en del av et større arbeid er denne bacheloroppgaven basert på eksperimenter med produsert vann og tidlige livsstadier av rognkjeks, med det formål å identifisere det mest sensitive livsstadiet i utviklingen av rognkjeks-emrbyo. Offshore olje- og gassindustri bidrar årlig til et stort utslipp av produsert vann på norsk kontinentalsokkel. Produsert vann inneholder polysykliske aromatiske hydrokarboner (PAH-er) og alkyl PAH-er, som er kjente for å være toksiske mot fisk i tidlig livsstadium. Det ble studert rognkjeks embryoer eksponert for produsert vann på tre forskjellige livsstadier i embryonalutviklingen og overvåket til klekking. Eksponeringsforsøk, hvor opptak og utskilling av PAH-er og alkyl PAH-er ble observert, ble utført ved tre potensielt sensitive stadier; under fertilisering ("dep1"), 36 timer etter fertilisering ("dep2") og 10 dager etter fertilisering ("dep3"). Prøvetakning av embryoer ble gjort ved sju tidspunkt etter endt eksponering (0, 6, 12, 24, 48, 96 og 192 timer etter endt eksponering). For å kunne evaluere bioakkumulasjonen av PAH, ble prøver med egg fra forskjellige prøvetaknings-tidspunkt homogenisert, ekstrahert med løsemiddel og ekstraktet ble renset ved hjelp av en fastfase ekstraksjon (SPE). PAH-er ble analysert ved hjelp av en gass kromatograf koblet med et tandem massespektrometri (GC-MS/MS). Fiskeembryo er lite forsket på innenfor dette feltet på grunn av at teknikker og metoder for studering av PAH body burden konsentrasjon i fisk i tidlig livsstadium nylig har blitt sensitive nok for små biotiske prøver (100 mg) eksponert for kontaminanter i lave konsentrasjoner. Det totale lipidinnhold i prøvene ble funnet ved å utføre en modifisert Folch ekstraksjon. I dette prosjektet så man at rognkjeks-embryoene eksponert for produsert vann får en økt innvendig "body burden" konsentrasjon av PAH-er og alkyl PAH-er. I tillegg til å se på total PAH (tPAH) i embryo, hadde oppgaven fokus på tre komponenter; naftalen (2-ring PAH), C1-fenantren (3-ring alkyl PAH) og dibenzotiofen (3-ring PAH). Den høyeste akkumuleringen av PAH-er ble observert i embryoer eksponert under det tidligste livsstadiet (0 timer etter fertilisering), med en synkende body burden observert i embryoer i senere livsstadier (36 timer etter fertilisering og 10 dager etter fertilisering). Som forventet sank body burden i alle eksponerings scenarioene etter overføring til rent vann. Av komponentene i fokus hadde naftalen høyeste body burden, etterfulgt av dibenzotiofen og til slutt C1-fenantren i alle eksponeringsforsøkene. Totalt ekstraherbart lipidinnhold holdte seg jevt gjennom hele utviklingen av rognkjeks-embryoene, dette førte til at normalisering av body burden konsentrasjoner til lipidinnhold ga samme resultater som body burden konsentrasjonene for tPAH i hvert eksponeringsforsøk. Biokonsentrasjons-faktoren viste at dibenzotiofen hadde den høyeste bioakkumuleringen hos emrbyoer eksponert 0 timer etter fertilisering blandt komponentene i fokus, hos embryoer eksponert ved 36 timer etter fertilisering og 10 dager etter fetilisering er det naftalen som er den mest akkumulerte komponenten. Biotransformasjon og utvikling av embryoet påvirket resultatet. Videoanalyser på rognkjeks-embryo gjennomført 17 dager etter fertilisering av Dr. Bjørn Henrik Hansen og Julia Farkas viste at embryoer eksponert under de tidligste livsstadiene (36 timer etter fertilisering og 10 dager etter fertilisereing) hadde en betydelig redusert hjertefrekvens. Denne oppgaven har vært gunstig for "PW-Exposed"-prosjektet og dets forskningsområde på grunn av forbedringene av benyttede teknikker og metoder brukt for å studere PAH body burden konsentrasjoner i en ny type fiskeart eksponert for lave konsentrasjoner av produsert vann. Videre har studiet i oppgaven avduket ny informasjon angående bioakkumulering og sensitivitet ved forskjellige livsstadier hos rognkjeksembryoer. "PW-Exposed"-prosjektet er enda ikke fullført, og videre forskning vil bli gjort på dette feltet av SINTEF Ocean i sammarbeid med partnere