Chromosome-level genome assemblies for two quinoa inbred lines from northern and southern highlands of Altiplano where quinoa originated

Quinoa is emerging as a key seed crop for global food security due to its ability to grow in marginal environments and its excellent nutritional properties. Because quinoa is partially allogamous, we have developed quinoa inbred lines necessary for molecular genetic analysis. Our comprehensive genomic analysis showed that the quinoa inbred lines fall into three genetic subpopulations: northern highland, southern highland, and lowland. Lowland and highland quinoa are the same species, but have very different genotypes and phenotypes. Lowland quinoa has relatively small grains and a darker grain color, and is widely tested and grown around the world. In contrast, the white, large-grained highland quinoa is grown in the Andean highlands, including the region where quinoa originated, and is exported worldwide as high-quality quinoa. Recently, we have shown that viral vectors can be used to regulate endogenous genes in quinoa, paving the way for functional genomics to reveal the diversity of quinoa. However, although a high-quality assembly has recently been reported for a lowland quinoa line, genomic resources of the quality required for functional genomics are not available for highland quinoa lines. Here we present high-quality chromosome-level genome assemblies for two highland inbred quinoa lines, J075 representing the northern highland line and J100 representing the southern highland line, using PacBio HiFi sequencing and dpMIG-seq. In addition, we demonstrate the importance of verifying and correcting reference-based scaffold assembly with other approaches such as linkage maps. The assembled genome sizes of J075 and J100 are 1.29 and 1.32 Gb, with contigs N50 of 66.3 and 12.6 Mb, and scaffold N50 of 71.2 and 70.6 Mb, respectively, comprising 18 pseudochromosomes. The repetitive sequences of J075 and J100 represent 72.6% and 71.5% of the genome, the majority of which are long terminal repeats, representing 44.0% and 42.7% of the genome, respectively. The de novo assembled genomes of J075 and J100 were predicted to contain 65,303 and 64,945 protein-coding genes, respectively. The high quality genomes of these highland quinoa lines will facilitate quinoa functional genomics research on quinoa and contribute to the identification of key genes involved in environmental adaptation and quinoa domestication

Institutional arrangements for market access and poverty alleviation : an investigation of participative market chain approaches in Bolivia

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Meloidogyne sp. atacando el cultivo de papa en zonas altas y frías de Bolivia

Como inóculo inicial se utilizó suelo naturalmente infestado de Meloidogyne spp., obtenido de campos de cultivo de papa, el cual se diluyó con suelo estéril y utilizó como niveles de suelo infestado (0, 20, 40, 60, 80 y 100%), en dos variedades de papa. Después de la siembra y desarrollo de las plantas de papa, se determinó que la variedad Desirée presentó más nódulos y huevos al momento de la floración, pero a la cosecha menores pérdidas de rendimiento (28.46%) con relación a la variedad Waych´a (39.51%). Se identificó como cultivos hospedantes comerciales al isaño (Tropaeolum tuberosum), oca (Oxalis tuberosa) y arveja var. Yesera (Pisum sativum), como cultivos trampa: trigo (T.H. Totora), cebada (IBTA-80 y Lucha), arveja (SB-3 y SB-2), haba (E-34), isaño (Isaño), papalisa (K´ellu papalisa) y avena (Sefo-1). Las especies silvestres que presentaron nodulación fueron: Sonchus sp., Brachiaria xantholeuca, Richardia scabra, Bidens pilosa y Sonchus oleracea. Complementariamente, se realizaron diagnósticos en campos de agricultores arriba de los 3500 msnm y se determinó que Meloidogyne spp. está diseminado en los departamentos de Potosí, Chuquisaca, Tarija y Cochabamba con severidades e incidencias variables. Además en los tres primeros departamentos se detectó al nematodo en interacción con N. aberrans y Globodera spp. Se hiecieron análisis de la especie de Meloydogyne y se de determinó que no corresponde a las especies; M. ingognita, M. arenaria, M. hapla, M. javanica, en base a los análisis de patrones perineales, siendo similares a M. incognita pero las hembras son comparativamente mas pequeñas y en el patrón perineal los arcos superiores son mucho mas elevados en el nuevo Meloidogyne de las zonas altas de los Andes bolivianos, por lo cual no corresponde a ninguna especie del nematodo antes descrito en Bolivia.Aceptado para publicación: 13 de marzo, 2013

Pérdidas económicas causadas por nacobbus aberrans y globodera spp. En el cultivo de la papa en Bolivia

La información disponible sobre la distribución (incidencia) y pérdidas en el rendimiento (severidad) causadas por Nacobbus aberrans y Globodera spp. en la producción de papa fue analizada para estimar las pérdidas económicas que estos fitoparásitos ocasionan al cultivo en Bolivia. Los resultados obtenidos por extrapolación de áreas cultivadas, incidencia, severidad de daño y precio de venta de los tubérculos han permitido estimar que las pérdidas económicas en el valor bruto de la producción de papa en Bolivia alcanzan a US$52 millones con N. aberrans y US$16 millones con Globodera spp. La especie dominante en este último género es G. pallida en relación a G. rostochiensis. Ambas especies se encuentran más frecuentemente entre los 3,500 a los 4,000 msnm a diferencia de N. aberrans que se le encuentra mayormente entre los 3,000 a 4,000 msnm.Aceptado para publicación: octubre 1998