Respiratory viral diagnosis by using an automated system of multiplex PCR (FilmArray) compared to conventional methods

Las infecciones respiratorias agudas producen una importante morbimortalidad y comúnmente son causadas por virus. En Argentina, los programas de vigilancia epidemiológica se basan en la detección de antígenos virales por inmunofluorescencia (IF), aunque es bien conocido que los métodos moleculares son más sensibles. El panel respiratorio (PR) FilmArray (PR-FilmArray) es un equipo comercial automatizado de PCR múltiples que detecta 17 virus respiratorios y 3 bacterias, en un sistema cerrado que requiere 5 min de procesamiento y una 1 h de instrumentación. Se evaluó un total de 315 muestras respiratorias de niños menores de 6 años con infecciones respiratorias agudas por IF para 8 virus respiratorios y por RT-PCR para rinovirus. Posteriormente, estas muestras se estudiaron con el PR-FilmArray. La frecuencia de positividad al considerar los 9 virus estudiados por IF y RT-PCR fue del 75 %; por PR-FilmArray fue del 92 %. El porcentaje de acuerdo positivo entre ambas metodologías fue del 70,5 % y el de acuerdo negativo fue del 99,6 % (intervalo de confianza 95 %: 65,5-75,1 y 99,2-99,8, respectivamente). El PR-FilmArray permitió obtener un mayor diagnóstico positivo (97 %) y detectó otros virus, como los coronavirus NL63, 229E, OC43 y HKU1 (10 %) y los bocavirus (18 %). Además, permitió identificar coinfecciones múltiples (39 %) con 2, 3, 4 y hasta 5 virus. Actualmente, la IF continúa siendo el método más utilizado en los países latinoamericanos para el diagnóstico de virus respiratorios por su bajo costo, por su capacidad para procesar un alto número de muestras simultáneamente y porque los resultados de los virus más frecuentes están disponibles en 5 h. Sin embargo, la futura incorporación de métodos moleculares aumentaría notablemente la capacidad diagnóstica.Acute respiratory infections, which are commonly caused by viruses, are an important cause of morbidity and mortality in children. In Argentina, national surveillance programs for the detection of respiratory viruses are usually performed by using immunofluorescence (IF) assays, although it is well known that molecular methods are more sensitive. An automated multiplex PCR device, the FilmArray-Respiratory Panel (FilmArray-RP), can detect 17 viral and 3 bacterial pathogens in a closed system that requires only 5 min of hands-on time and 1 h of instrumentation time. A total of 315 respiratory samples from children under 6 years of age suffering from acute respiratory infections, were studied by IF for 8 respiratory viruses and by RT-PCR for rhinoviruses. Later, these samples were tested by the FilmArray-RP. The positivity frequency obtained for the 9 viruses tested was 75% by IF/RT-PCR and 92% by the FilmArray-RP. The positive and negative percent agreement between both methods was 70.5%whereas the negative percent agreement was 99.6% (95% confidence interval:65.5-75.1 and 99.2-99.8 respectively). The FilmArray-RP allowed a higher positive diagnosis (97%) and detected other viruses such as corona virus NL63, 229E, OC43, HKU1 (10%) and bocavirus (18%). In addition, this method identified multiple coinfections (39%) with 2, 3, 4 and up to 5 different viruses. At present, IF is still the most frequently used method in most Latin American countries for respiratory viruses diagnosis due to its low cost, its capability to process a high number of samples simultaneously and the fast determination of results for the most frequent viruses, which are available within 5 h. However, the coming incorporation of molecular methods in routine procedures will significantly increase the diagnostic yield of these infections.Fil: Marcone, Débora Natalia. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas ; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Carballal, Guadalupe. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas ; ArgentinaFil: Ricarte, Joaquina Carmen. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas ; ArgentinaFil: Echavarría, Marcela Silvia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas ; Argentin

Rhinoviruses: Frequency in nonhospitalized children with acute respiratory infection

Los métodos moleculares para diagnosticar rinovirus humanos (RVH) han aumentado la sensibilidad de detección. Esto ha permitido documentar la asociación entre los RVH y las infecciones respiratorias agudas (IRA) altas y bajas. La infección por RVH durante la infancia se asoció con posterior desarrollo de asma. Se estudió la frecuencia de RVH en 186 niños menores de 6 años ambulatorios con IRA (alta o baja), durante 2 años consecutivos (1/6/2008 - 31/5/2010). Se correlacionó la presencia de RVH con los antecedentes y características clínico-epidemiológicas. La detección de RVH se realizó con una RT-PCR en tiempo real que amplifica parte de la región 5' no codificante del genoma. Los virus respiratorios clásicos se estudiaron por inmunofluorescencia. En el 61% de los niños se detectó etiología viral. Las frecuencias fueron: RVH 27%, virus sincicial respiratorio (VSR) 16%, influenza A y B 9%, parainfluenza 8%, metapneumovirus 7% y adenovirus 0.5%. Se observaron coinfecciones duales en 8 casos, siendo RVH el más frecuente (en 4 de ellos). Los RVH circularon durante todo el período estudiado, con picos en invierno y primavera. No se observaron diferencias clínico-epidemiológicas significativas entre pacientes con o sin RVH, excepto un mayor porcentaje de niños afebriles con RVH. Los RVH fueron los virus más detectados en niños ambulatorios, principalmente en menores de 2 años, los segundos virus asociados a bronquiolitis, luego del VSR, y detectados tres veces más en los niños expuestos a tabaquismo pasivo (OR: 2,91; p = 0.012) que en el resto. Fueron identificados como único agente en el 28% de las bronquiolitis.Molecular methods for human rhinoviruses (HRV) have increased the sensitivity in their diagnosis. HRV may cause acute respiratory infections (ARI) of the upper and lower respiratory tract. HRV infection during childhood is a predictor of asthma development. In this study, the HRV frequency in outpatient children with ARI was determined, and their clinical features and previous conditions were evaluated. A total of 186 respiratory samples of children under 6 year old attending the CEMIC pediatric emergency room from June 1, 2008 to May 31, 2010, were studied. Classical respiratory viruses were detected by immunofluorescence. A real time RT-PCR that amplifies part of the 5' non coding genomic region was used for HRV detection. Viral detection was obtained in 61% of children. The frequency was: 27% for HRV, 16% for respiratory syncytial virus (RSV), 9% for influenza, 8% for parainfluenza, 7% for metapneumovirus and 0.5% for adenovirus. Dual coinfection was detected in 8 children and HRV were the most frequent, detected in 4 of them. HRV circulated during the two year period of the study, with peaks during winter and spring. No clinical difference was observed between patients with or without HRV, except an increase percent of children with HRV without fever. HRV were the most frequent viruses detected in this population, mainly in children under 2 year old, the second cause of bronchiolitis after RSV and more frequently detected in children exposed to passive smoking (OR = 2.91; p = 0.012), and were detected as the sole etiologic agent in 28% of bronchiolitis.Fil: Marcone, Débora Natalia. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Ricarte, Joaquina Carmen. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Videla, Cristina Mónica. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Ekstrom, Jorge. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Carballal, Guadalupe. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Vidaurreta, Santiago Manuel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Echavarría, Marcela Silvia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; Argentin

Self-collected saliva for SARS-CoV-2 detection: A prospective study in the emergency room

Current diagnostic standards involve severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) detection in nasopharyngeal swabs (NPS), but saliva is an attractive and noninvasive option for diagnosis. The objectives were to determine the performance of saliva in comparison with NPS for detecting SARS-CoV-2 and to compare the optimized home brew reverse-transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) with a commercial RT-PCR. Paired NPS and saliva specimens were prospectively collected and tested by RT-PCR from patients presenting at an emergency room with signs and symptoms compatible with coronavirus disease-2019. A total of 348 samples from 174 patients were tested by RT-PCR assays. Among 174 patients with symptoms, 63 (36%) were SARS-CoV-2 positive in NPS using the optimized home-brew PCR. Of these 63 patients, 61 (98%) were also positive in saliva. An additional positive SARS-CoV-2 saliva was detected in a patient with pneumonia. Kappa Cohen´s coefficient agreement between NPS and saliva was 0.96 (95% confidence interval [CI], 0.90?0.99). Median Ct values in NPS versus saliva were 18.88 (interquartile range [IQR], 15.60?23.58; range, 11.97?38.10) versus 26.10 (IQR, 22.75?30.06; range, 13.78?39.22), respectively (p <.0001). The optimized home-brew RT-PCR demonstrated higher analytical and clinical sensitivity compared with the commercial RT-PCR assay. A high sensitivity (98%) and agreement (kappa 0.96) in saliva samples compared to NPS was demonstrated when using an optimized home-brew PCR even when the viral load in saliva was lower than in NPS. This noninvasive sample is easy to collect, requires less consumable and avoids discomfort to patients. Importantly, self-collection of saliva can diminish exposure to healthcare personnel.Fil: Echavarría, Marcela Silvia. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Reyes, Noelia Soledad. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Rodriguez, Pamela Elizabeth. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Ypas, Martin. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Ricarte, Joaquina Carmen. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Rodriguez, María P.. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Pérez, Matías Gastón. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Seoane, Alejandro. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Martinez, Alfredo. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Videla, Cristina Mónica. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Stryjewski, Martin E.. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Carballal, Guadalupe. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentin

Real time PCR for rapid determination of susceptibility of adenovirus to antiviral drugs

Human adenoviruses (HAdV) are associated with respiratory, ocular and gastrointestinal infections as well as potentially fatal disseminated disease in highly immunocompromised patients. Although there is no specific FDA approved treatment for HAdV infections, some antivirals are used in certain patients. The in vitro antiviral assays for HAdV are not standardized and are usually time consuming. The objective of this study was to evaluate a real time PCR assay for rapid determination of susceptibility of HAdV to antiviral drugs. The nucleoside analogue stavudine (d4T) was used as test drug in A549 cells infected with HAdV5. The antiviral assay measured the reduction of the HAdV DNA levels in culture supernatants by real time PCR using specific primers that amplify a conserved region of the hexon gene. This real time PCR assay demonstrated that stavudine was a selective inhibitor for HAdV5, since the effective concentration 50% (EC50) ranged from 0.08 to 0.12 mM at multiplicity of infection between 0.001 and 1. Furthermore, EC50 showed a high correlation with plaque reduction and virus yield inhibition assays (r2 = 0.9938 and r2 = 0.9468, respectively). In conclusion, the real time PCR-based antiviral assay is rapid, reproducible and could replace classical and more labor-intensive infectivity assays.Fil: Gainotti, Rosana. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Ricarte, Joaquina Carmen. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. CEMIC-CONICET. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno". CEMIC-CONICET; ArgentinaFil: Ebekian, Beatriz Virginia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. CEMIC-CONICET. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno". CEMIC-CONICET; ArgentinaFil: Videla, Cristina Mónica. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. CEMIC-CONICET. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno". CEMIC-CONICET; ArgentinaFil: Carballal, Guadalupe. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. CEMIC-CONICET. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno". CEMIC-CONICET; ArgentinaFil: Damonte, Elsa Beatriz. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica. Laboratorio de Virología; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Echavarría, Marcela Silvia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. CEMIC-CONICET. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno". CEMIC-CONICET; Argentin

Saliva screening of health care workers for SARS-CoV-2 detection

El personal de salud (PS) tiene un alto riesgo de contraer SARS-CoV-2. La transmisión presintomática/asintomática representa alrededor de la mitad de los casos y el análisis a partir de muestras de saliva puede ser una opción para detectar la infección. Para determinar el rendimiento de estas muestras, 100 voluntarios del PS se sometieron a la detección de SARS-CoV-2 por RT-PCR en muestras de saliva en el período septiembre-octubre de 2020. De aquellos con resultado positivo en saliva, se tomaron hisopados nasofaríngeos para detectar ARN viral y muestras de suero para evaluar anticuerpos específicos. Se detectó ARN viral en la saliva de seis individuos (6%). De ellos, 5/6 fueron SARS-CoV-2 positivos en hisopado nasofaríngeo y 4/6 desarrollaron signos y síntomas compatibles con COVID-19. Entre estos últimos, tres seroconvirtieron, en tanto que los voluntarios asintomáticos permanecieron seronegativos. La muestra de saliva fue útil para identificar la infección por SARS-CoV-2 en esta cohorte del personal de salud y así proceder al rápido aislamiento de los individuos infectados, lo que evitó una mayor transmisión del virus en el ámbito hospitalario.Health care workers (HCWs) are at high risk for SARS-CoV-2. In addition, pre-symptomatic or asymptomatic transmission accounts for around half of the cases. Saliva testing is an option to detect SARS-CoV-2 infection. To determine the performance of saliva samples for screening, HCWs were tested for SARS-CoV-2 by RT-PCR. Those with a positive result in saliva were tested by nasopharyngeal swabbing for viral RNA detection and blood collection to search for the presence of specific antibodies. In September–October 2020, 100 HCWs were enrolled and followed up. Six subjects (6%) tested positive in saliva. Of them, 5/6 were positive in a subsequent nasopharyngeal swab and 4/6 developed signs and symptoms compatible with COVID-19. Among the latter, 3 seroconverted while asymptomatic HCWs remained seronegative. Saliva screening was helpful for identifying SARS-CoV-2 infection in HCWs. This screening permitted rapid personnel isolation avoiding further transmission of the virus in the hospital setting.Fil: Echavarría, Marcela Silvia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. CEMIC-CONICET. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno". CEMIC-CONICET; ArgentinaFil: Reyes, Noelia Soledad. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. CEMIC-CONICET. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno". CEMIC-CONICET; ArgentinaFil: Rodriguez, Pamela Elizabeth. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. CEMIC-CONICET. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno". CEMIC-CONICET; ArgentinaFil: Ricarte, Joaquina Carmen. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. CEMIC-CONICET. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno". CEMIC-CONICET; ArgentinaFil: Ypas, Martin. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Seoane, Alejandro. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Querci, Marcia. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Brizio, Marianela. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Stryjewski, Martin. Centro de Educación Médica e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno"; ArgentinaFil: Carballal, Guadalupe. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. CEMIC-CONICET. Centro de Educaciones Médicas e Investigaciones Clínicas "Norberto Quirno". CEMIC-CONICET; Argentin