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Molecular characterization of infectious bronchitis virus in laying hen farms located in Tungurahua province, Ecuador
La bronquitis infecciosa aviar genera importantes p茅rdidas econ贸micas y, si bien la vacunaci贸n disminuye dichas mermas, el surgimiento continuo de nuevas cepas virales complica el control de la infecci贸n. El objetivo de esta investigaci贸n fue caracterizar, mediante t茅cnicas moleculares, las cepas del virus de la bronquitis infecciosa aviar circulantes en explotaciones de gallinas ponedoras de la provincia de Tungurahua, Ecuador. Se trabaj贸 con muestras de hisopados y de 贸rganos de 47 granjas y las secuencias obtenidas fueron comparadas con las correspondientes a 17 vacunas a virus vivo empleadas en la zona. Se encontraron 16 granjas positivas al amplificar la regi贸n 5鈥橴TR y un segmento de S1. La construcci贸n de un 谩rbol filogen茅tico mostr贸 que cinco de las secuencias se ubicaron en el mismo clado de las cepas de tipo Massachusetts, linaje GI-1; siete se encontraron en el clado del linaje GI-13 o cepas tipo 793B y cuatro secuencias se agruparon en un clado de cepas tipo Q1, linaje G1-16. Si bien se requieren estudios moleculares m谩s completos en los que se amplifique la totalidad del gen S a fin de obtener datos m谩s concluyentes, se logr贸 determinar que existen tres tipos de cepas circulando en la provincia de Tungurahua, dos posiblemente vacunales y otra de origen desconocido.Avian infectious bronchitis (IBV) generates significant economic losses. While vaccination decreases these losses, new viral strains are continually emerging. The objective of this research was to perform molecular characterization of IBV strains circulating in laying hen farms in Tungurahua province, Ecuador. Swabs and organ samples from 47 farms were collected and sequenced, and results were compared to 17 live vaccines used in the area Sixteen farms were positive for IBV as determined by amplification of the 5'UTR region and a S1 segment. The construction of a phylogenetic tree showed that 5 samples were in the same clade as the Massachusetts-type strains, linage GI-1; 7 samples were in the GI-13 lineage clade of vaccine type 793B strains, and 4 samples were into a clade of Q1 type strains. In conclusion, although studies that include the entire protein S sequence are necessary, we were able to detect three types of strains circulating in the province of Tungurahua, two of which are probably vaccine-derived and one has an unknown origin.Facultad de Ciencias Veterinaria
Molecular characterization of infectious bronchitis virus in laying hen farms located in Tungurahua province, Ecuador
La bronquitis infecciosa aviar genera importantes p茅rdidas econ贸micas y, si bien la vacunaci贸n disminuye dichas mermas, el surgimiento continuo de nuevas cepas virales complica el control de la infecci贸n. El objetivo de esta investigaci贸n fue caracterizar, mediante t茅cnicas moleculares, las cepas del virus de la bronquitis infecciosa aviar circulantes en explotaciones de gallinas ponedoras de la provincia de Tungurahua, Ecuador. Se trabaj贸 con muestras de hisopados y de 贸rganos de 47 granjas y las secuencias obtenidas fueron comparadas con las correspondientes a 17 vacunas a virus vivo empleadas en la zona. Se encontraron 16 granjas positivas al amplificar la regi贸n 5鈥橴TR y un segmento de S1. La construcci贸n de un 谩rbol filogen茅tico mostr贸 que cinco de las secuencias se ubicaron en el mismo clado de las cepas de tipo Massachusetts, linaje GI-1; siete se encontraron en el clado del linaje GI-13 o cepas tipo 793B y cuatro secuencias se agruparon en un clado de cepas tipo Q1, linaje G1-16. Si bien se requieren estudios moleculares m谩s completos en los que se amplifique la totalidad del gen S a fin de obtener datos m谩s concluyentes, se logr贸 determinar que existen tres tipos de cepas circulando en la provincia de Tungurahua, dos posiblemente vacunales y otra de origen desconocido.Avian infectious bronchitis (IBV) generates significant economic losses. While vaccination decreases these losses, new viral strains are continually emerging. The objective of this research was to perform molecular characterization of IBV strains circulating in laying hen farms in Tungurahua province, Ecuador. Swabs and organ samples from 47 farms were collected and sequenced, and results were compared to 17 live vaccines used in the area Sixteen farms were positive for IBV as determined by amplification of the 5'UTR region and a S1 segment. The construction of a phylogenetic tree showed that 5 samples were in the same clade as the Massachusetts-type strains, linage GI-1; 7 samples were in the GI-13 lineage clade of vaccine type 793B strains, and 4 samples were into a clade of Q1 type strains. In conclusion, although studies that include the entire protein S sequence are necessary, we were able to detect three types of strains circulating in the province of Tungurahua, two of which are probably vaccine-derived and one has an unknown origin.Fil: Revelo Cueva, Mar铆a Del Carmen. Universidad Central del Ecuador; EcuadorFil: Vinueza Burgos, Christian Vinicio. Universidad Central del Ecuador; EcuadorFil: Metz, German Ernesto. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - La Plata; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Departamento de Microbiolog铆a. C谩tedra de Virolog铆a; Argentina. Centro de Microbiologia Basica y Aplicada (cemiba) ; Facultad de Cs.veterinarias ; Universidad Nacional de la Plata;Fil: Toapanta, Ricardo Lenin. Universidad Central del Ecuador; EcuadorFil: Echeverria, Maria Gabriela. Consejo Nacional de Investigaciones Cient铆ficas y T茅cnicas. Centro Cient铆fico Tecnol贸gico Conicet - La Plata; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Departamento de Microbiolog铆a. C谩tedra de Virolog铆a; Argentina. Centro de Microbiologia Basica y Aplicada (cemiba) ; Facultad de Cs.veterinarias ; Universidad Nacional de la Plata
Caracterizaci贸n molecular de los virus de la bronquitis infecciosa aviar, la enfermedad de Newcastle y laringotraqueitis infecciosa en granjas de gallinas ponedoras de la provincia de Tungurahua, Ecuador
Los virus de la Bronquitis infecciosa aviar (IBV), de la enfermedad de Newcastle (NDV) y de la Laringotraqueitis infecciosa (ILTV) causan tres enfermedades respiratorias comunes en las granjas de aves ponedoras comerciales. Para la prevenci贸n y el control efectivos de estas enfermedades es indispensable el conocimiento de las cepas presentes en una determinada zona. El objetivo de la investigaci贸n fue caracterizar molecularmente las cepas de estos virus que se encuentren circulando en las explotaciones de gallinas ponedoras de la provincia de Tungurahua. Se trabaj贸 con muestras de hisopos (laringotraqueales y cloacales) y de 贸rganos (tr谩quea, pulm贸n, oviducto y tonsilas cecales) de 47 granjas y con vacunas vivas: 17 contra IBV y seis contra NDV. Todas las vacunas vivas contra IBV y 16 granjas fueron positivas a IBV al amplificar la regi贸n 5鈥橴TR y un segmento de S1. La construcci贸n de un 谩rbol filogen茅tico con las secuencias parciales de S1 mostr贸 que, existen tres tipos de cepas de IBV circulando en la provincia de Tungurahua, dos posiblemente vacunales y otra de origen desconocido. Con relaci贸n al NDV, 46 granjas resultaron positivas a la PCR del gen M, pero no se logr贸 amplificar el gen F para ninguna de las muestras con ninguno de los siete juegos de cebadores probados; concluy茅ndose que cepas de NDV encontradas podr铆an presentar alguna variaci贸n gen茅tica que dificulta la hibridaci贸n de los cebadores. Finalmente, la detecci贸n molecular de los genes ICP4 y TK del ILTV en tres granjas podr铆a ser indicativo de la presencia de cepas de campo o cepas vacunales vivas, teniendo en cuenta que la vacuna empleada en la zona de estudio es recombinante y s贸lo expresa la gB. El empleo de otras t茅cnicas moleculares como NGS o secuenciaci贸n de genomas completos son necesarias para indagar con m谩s profundidad en la epidemiologia de estos pat贸genos.Proyecto financiado con beca doctoral otorgada por Universidad Central del Ecuador.Facultad de Ciencias Veterinaria