Molecular characterization of infectious bronchitis virus in laying hen farms located in Tungurahua province, Ecuador

La bronquitis infecciosa aviar genera importantes pérdidas económicas y, si bien la vacunación disminuye dichas mermas, el surgimiento continuo de nuevas cepas virales complica el control de la infección. El objetivo de esta investigación fue caracterizar, mediante técnicas moleculares, las cepas del virus de la bronquitis infecciosa aviar circulantes en explotaciones de gallinas ponedoras de la provincia de Tungurahua, Ecuador. Se trabajó con muestras de hisopados y de órganos de 47 granjas y las secuencias obtenidas fueron comparadas con las correspondientes a 17 vacunas a virus vivo empleadas en la zona. Se encontraron 16 granjas positivas al amplificar la región 5’UTR y un segmento de S1. La construcción de un árbol filogenético mostró que cinco de las secuencias se ubicaron en el mismo clado de las cepas de tipo Massachusetts, linaje GI-1; siete se encontraron en el clado del linaje GI-13 o cepas tipo 793B y cuatro secuencias se agruparon en un clado de cepas tipo Q1, linaje G1-16. Si bien se requieren estudios moleculares más completos en los que se amplifique la totalidad del gen S a fin de obtener datos más concluyentes, se logró determinar que existen tres tipos de cepas circulando en la provincia de Tungurahua, dos posiblemente vacunales y otra de origen desconocido.Avian infectious bronchitis (IBV) generates significant economic losses. While vaccination decreases these losses, new viral strains are continually emerging. The objective of this research was to perform molecular characterization of IBV strains circulating in laying hen farms in Tungurahua province, Ecuador. Swabs and organ samples from 47 farms were collected and sequenced, and results were compared to 17 live vaccines used in the area Sixteen farms were positive for IBV as determined by amplification of the 5'UTR region and a S1 segment. The construction of a phylogenetic tree showed that 5 samples were in the same clade as the Massachusetts-type strains, linage GI-1; 7 samples were in the GI-13 lineage clade of vaccine type 793B strains, and 4 samples were into a clade of Q1 type strains. In conclusion, although studies that include the entire protein S sequence are necessary, we were able to detect three types of strains circulating in the province of Tungurahua, two of which are probably vaccine-derived and one has an unknown origin.Facultad de Ciencias Veterinaria

Molecular characterization of infectious bronchitis virus in laying hen farms located in Tungurahua province, Ecuador

La bronquitis infecciosa aviar genera importantes pérdidas económicas y, si bien la vacunación disminuye dichas mermas, el surgimiento continuo de nuevas cepas virales complica el control de la infección. El objetivo de esta investigación fue caracterizar, mediante técnicas moleculares, las cepas del virus de la bronquitis infecciosa aviar circulantes en explotaciones de gallinas ponedoras de la provincia de Tungurahua, Ecuador. Se trabajó con muestras de hisopados y de órganos de 47 granjas y las secuencias obtenidas fueron comparadas con las correspondientes a 17 vacunas a virus vivo empleadas en la zona. Se encontraron 16 granjas positivas al amplificar la región 5’UTR y un segmento de S1. La construcción de un árbol filogenético mostró que cinco de las secuencias se ubicaron en el mismo clado de las cepas de tipo Massachusetts, linaje GI-1; siete se encontraron en el clado del linaje GI-13 o cepas tipo 793B y cuatro secuencias se agruparon en un clado de cepas tipo Q1, linaje G1-16. Si bien se requieren estudios moleculares más completos en los que se amplifique la totalidad del gen S a fin de obtener datos más concluyentes, se logró determinar que existen tres tipos de cepas circulando en la provincia de Tungurahua, dos posiblemente vacunales y otra de origen desconocido.Avian infectious bronchitis (IBV) generates significant economic losses. While vaccination decreases these losses, new viral strains are continually emerging. The objective of this research was to perform molecular characterization of IBV strains circulating in laying hen farms in Tungurahua province, Ecuador. Swabs and organ samples from 47 farms were collected and sequenced, and results were compared to 17 live vaccines used in the area Sixteen farms were positive for IBV as determined by amplification of the 5'UTR region and a S1 segment. The construction of a phylogenetic tree showed that 5 samples were in the same clade as the Massachusetts-type strains, linage GI-1; 7 samples were in the GI-13 lineage clade of vaccine type 793B strains, and 4 samples were into a clade of Q1 type strains. In conclusion, although studies that include the entire protein S sequence are necessary, we were able to detect three types of strains circulating in the province of Tungurahua, two of which are probably vaccine-derived and one has an unknown origin.Fil: Revelo Cueva, María Del Carmen. Universidad Central del Ecuador; EcuadorFil: Vinueza Burgos, Christian Vinicio. Universidad Central del Ecuador; EcuadorFil: Metz, German Ernesto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Departamento de Microbiología. Cátedra de Virología; Argentina. Centro de Microbiologia Basica y Aplicada (cemiba) ; Facultad de Cs.veterinarias ; Universidad Nacional de la Plata;Fil: Toapanta, Ricardo Lenin. Universidad Central del Ecuador; EcuadorFil: Echeverria, Maria Gabriela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - La Plata; Argentina. Universidad Nacional de La Plata. Facultad de Ciencias Veterinarias. Departamento de Microbiología. Cátedra de Virología; Argentina. Centro de Microbiologia Basica y Aplicada (cemiba) ; Facultad de Cs.veterinarias ; Universidad Nacional de la Plata

Caracterización molecular de los virus de la bronquitis infecciosa aviar, la enfermedad de Newcastle y laringotraqueitis infecciosa en granjas de gallinas ponedoras de la provincia de Tungurahua, Ecuador

Los virus de la Bronquitis infecciosa aviar (IBV), de la enfermedad de Newcastle (NDV) y de la Laringotraqueitis infecciosa (ILTV) causan tres enfermedades respiratorias comunes en las granjas de aves ponedoras comerciales. Para la prevención y el control efectivos de estas enfermedades es indispensable el conocimiento de las cepas presentes en una determinada zona. El objetivo de la investigación fue caracterizar molecularmente las cepas de estos virus que se encuentren circulando en las explotaciones de gallinas ponedoras de la provincia de Tungurahua. Se trabajó con muestras de hisopos (laringotraqueales y cloacales) y de órganos (tráquea, pulmón, oviducto y tonsilas cecales) de 47 granjas y con vacunas vivas: 17 contra IBV y seis contra NDV. Todas las vacunas vivas contra IBV y 16 granjas fueron positivas a IBV al amplificar la región 5’UTR y un segmento de S1. La construcción de un árbol filogenético con las secuencias parciales de S1 mostró que, existen tres tipos de cepas de IBV circulando en la provincia de Tungurahua, dos posiblemente vacunales y otra de origen desconocido. Con relación al NDV, 46 granjas resultaron positivas a la PCR del gen M, pero no se logró amplificar el gen F para ninguna de las muestras con ninguno de los siete juegos de cebadores probados; concluyéndose que cepas de NDV encontradas podrían presentar alguna variación genética que dificulta la hibridación de los cebadores. Finalmente, la detección molecular de los genes ICP4 y TK del ILTV en tres granjas podría ser indicativo de la presencia de cepas de campo o cepas vacunales vivas, teniendo en cuenta que la vacuna empleada en la zona de estudio es recombinante y sólo expresa la gB. El empleo de otras técnicas moleculares como NGS o secuenciación de genomas completos son necesarias para indagar con más profundidad en la epidemiologia de estos patógenos.Proyecto financiado con beca doctoral otorgada por Universidad Central del Ecuador.Facultad de Ciencias Veterinaria