Seleção genômica ampla.

Introdução; Genética de associação; Seleção genômica ampla; Definição; Tipos de população; Validação cruzada; Fatores que afetam a seleção genômica ampla; Métodos estatísticos na seleção genômica ampla; RR-BLUP; Bayes A; Bayes B; LASSO Bayesiano; Estimação dos efeitos genéticos genômicos na população de seleção; Exemplos; Aplicação da seleção genômica ampla em diferentes organismos; Aplicações da seleção genômica no melhoramento animal; Aplicações da seleção genômica no melhoramento de plantas; Perspectivas; Referências

Computação da Seleção Genômica Ampla (GWS).

Métodos para GWS; Teoria dos métodos de regressão; Computação do método Random (Ridge) Regression BLUP (RR-BLUP/GWS); Fenótipos corrigidos; Frequências alélicas, variância dos marcadores e herdabilidade; Marcadores codominantes (SNP) ? Modelo genotípico; Marcadores dominantes (DArT) - Modelo genotípico; Marcadores codominantes (SNP) ? Modelo gamético ou alélico; Número de marcadores com efeitos significativos; Populações de estimação, validação e seleção; População de validação e Jacknife; Correlação e regressão entre valores genéticos preditos e fenótipos na população de validação; Análise de associação na GWAS; Software Selegen Genômica: Random (Ridge) Regression BLUP: RR-BLUP/GWS; Exemplo aplicado ao melhoramento do eucalipto.bitstream/item/31426/1/Doc210.pd

New accuracy estimators for genomic selection with application in a cassava (Manihot esculenta) breeding program.

ABSTRACT. Genomic selection is the main force driving applied breeding programs and accuracy is the main measure for evaluating its efficiency. The traditional estimator (TE) of experimental accuracy is not fully adequate. This study proposes and evaluates the performance and efficiency of two new accuracy estimators, called regularized estimator (RE) and hybrid estimator (HE), which were applied to a practical cassava breeding program and also to simulated data. The simulation study considered two individual narrow sense heritability levels and two genetic architectures for traits. TE, RE, and HE were compared under four validation procedures: without validation (WV), independent validation, ten-fold validation through jacknife allowing different markers, and with the same markers selected in each cycle. RE presented accuracies closer to the parametric ones and less biased and more precise ones than TE. HE proved to be very effective in the WV procedure. The estimators were applied to five traits evaluated in a cassava experiment, including 358 clones genotyped for 390 SNPs. Accuracies ranged from 0.67 to 1.12 with TE and from 0.22 to 0.51 with RE. These results indicated that TE overestimated the accuracy and led to one accuracy estimate (1.12) higher than one, which is outside of the parameter space. Use of RE turned the accuracy into the parameter space. Cassava breeding programs can be more realistically implemented using the new estimators proposed in this study, providing less risky practical inferences

High realized accuracies of genomic selection for volume growth and wood density in Eucalyptus breeding populations with contrasting effective sizes.

W235: Forest Trees

Análise do meio físico para avaliação das limitações ambientais.

Embora semelhante do ponto de vista macroclimatico, ecossistemas contiguos podem apresentar profundas diferencas no aspectos microclimatico, bem como na disponibilidade de agua e envolvendo componentes de clima, de solo e vegetacao, faz com que as analises para estratificacao ambiental reunam um numero relativamente grande de informações que nem sempre estao sistematizadas. Por outro lado, o caracter interativo das relacoes existentes torna o processo complexo, demandando uma abordagem estratificacao de ambientes em termos de radiacao, disponibilidade de agua e nutrientes e de alguns fatores coadjuvantes. Em virtude de a grande maioria dos criterios utilizados para estratificacao de ambientes serem de uso corrente nos estudos de mapeamentos de solos, sugere-se a classe de solo como elemento estratificador de ambientes

Variabilidade genética molecular entre acessos de Stylosanthes capitata e Stylosanthes macrocephala, resistentes e suscetíveis à antracnose.

Stylosanthes capitata e S. macrocephala são, atualmente, as leguminosas forrageiras mais importantes para incrementar a alimentação animal, como fonte de proteína para o gado, e para a recuperação de pastagens degradadas, por capacidade de fixação de nitrogênio no solo. Marcadores Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) foram utilizados com o objetivo de avaliar a variabilidade genética de 14 acessos, resistentes e suscetíveis à antracnose, dessas duas espécies. Um total de 154 bandas de DNA foi gerado usando-se 26 primers, e em S. capitata foram amplificadas 115 bandas e em S. macrocephala 105. Os índices de similaridade genética obtidos variaram de 0,741 a 0,913 em S. capitata e de 0,724 a 0,924 em S. macrocephala, revelando uma baixa variabilidade genética em cada espécie. Enquanto que, comparando-se os acessos das duas espécies, a média de similaridade foi 0,363, indicando uma alta variabilidade genética interespecífica. Um dendrograma foi construído conforme o método Unweighted Pair-group Method with Arithmetical Average (UPGMA) e dois grupos bem distintos foram formados, que corresponderam as duas espécies. Subgrupos puderam ser evidenciados em cada espécie, sem mostrar relação com a resistência ou suscetibilidade à antracnose. Resultado similar foi obtido com o método de Tocher, porém, nesse caso, em S. macrocephala os acessos resistentes ficaram agrupados separadamente dos suscetíveis. Esses resultados são relevantes na escolha de acessos resistentes à antracnose, visando ao desenvolvimento de novas cultivares a partir de misturas desses acessos ou seleção de genitores para cruzamentos.bitstream/item/29652/1/BP27.pd

Genetic evaluation of tropical popcorn inbred lines using BLUP.

The objectives were to identify superior inbred lines and single-crosses, predict untested hybrids and analyze the importance of pedigree information and the prediction efficiency. We analyzed 24 experiments in the incomplete block design, including 20 tests of hybrids and 4 tests of inbred lines. The expansion volume (EV) and grain yield were measured in each plot. The analyses were made using ASReml software. Analyses of the general combining ability (GCA) effects and the additive genetic values of the inbred lines, and the genotypic values of the hybrids in relation to EV showed that no inbred line selection strategy resulted in a set of clearly superior or inferior inbred lines and hybrids. Including pedigree information resulted in an increase in the variance of the GCA effects in relation to EV and a reduction in relation to yield. For both traits, there was an increase in the variance of the specific combining ability effects. The cross-validation study showed that the prediction of the genotypic value of a hybrid based only on the GCA effects is not efficient in the presence of dominance. With dominance, the efficiency of the hybrid prediction depends on the degree of relationship among the inbred lines

Análise genética em genótipos de manga rosa via REML/BLUP.

O objetivo desse trabalho foi realizar uma seleção precoce com base nas características agro-industriais dos genótipos que compõem a população base do programa de melhoramento da manga rosa da Embrapa Meio-Norte. Foi utilizado o procedimento padrão de avaliação genotípica REML/BLUP (máxima verossimilhança residual ou restrita/melhor predição linear não viciada) na estimação de componentes de variância e a predição dos valores genotípicos. As estimativas dos coeficientes de repetibilidade foram altos e medianos expressando grande estabilidade para as variáveis em diferentes frutos. As estimativas de repetibilidade individual variaram de 43% a 77%. Para obtenção de um coeficiente de determinação do valor genotípico de 90% são necessárias 10, 5 e 3 medições, para os caracteres com repetibilidade individuais de 43%, 65% e 77%, respectivamente. As variáveis massa do fruto e massa da polpa apresentaram altas correlações genéticas com as variáveis comprimento e diâmetro maior e menor do fruto. Estas podem ser tomadas para seleção indireta das primeiras que são de mensuração mais difícil. Ocorreu uma alteração no ordenamento dos genótipos entre as variáveis quanto aos ganhos genéticos como reflexo da correlação genotípica de baixa a média magnitude exceção feita para as variáveis massa do fruto e massa da polpa e entre sólidos solúveis totais ( ?Brix) e pH