Supplementary data for article: Ostafe, R.; Prodanović, R.; Commandeur, U.; Fischer, R. Flow Cytometry-Based Ultra-High-Throughput Screening Assay for Cellulase Activity. Analytical Biochemistry 2013, 435 (1), 93–98. https://doi.org/10.1016/j.ab.2012.10.043

Supplementary material for: [https://doi.org/10.1016/j.ab.2012.10.043]Related to published version: [http://cherry.chem.bg.ac.rs/handle/123456789/1606

Supplementary data for the article: Menghiu, G.; Ostafe, V.; Prodanović, R.; Fischer, R.; Ostafe, R. A High-Throughput Screening System Based on Fluorescence-Activated Cell Sorting for the Directed Evolution of Chitinase A. International Journal of Molecular Sciences 2021, 22 (6), 3041. https://doi.org/10.3390/ijms22063041.

Supplementary material: [https://doi.org/10.3390/ijms22063041]Related to published version: [https://cherry.chem.bg.ac.rs/handle/123456789/4393

Supplementary data for the article: Kovačević, G.; Ostafe, R.; Balaž, A. M.; Fischer, R.; Prodanović, R. Development of GFP-Based High-Throughput Screening System for Directed Evolution of Glucose Oxidase. Journal of Bioscience and Bioengineering 2019, 127 (1), 30–37. https://doi.org/10.1016/j.jbiosc.2018.07.002

Supplementary material for: [https://doi.org/10.1016/j.jbiosc.2018.07.002]Related to published version: [http://cherry.chem.bg.ac.rs/handle/123456789/336

Supplementary data for article: Yu, E. H.; Prodanović, R.; Gueven, G.; Ostafe, R.; Schwaneberg, U. Electrochemical Oxidation of Glucose Using Mutant Glucose Oxidase from Directed Protein Evolution for Biosensor and Biofuel Cell Applications. Applied Biochemistry and Biotechnology 2011, 165 (7–8), 1448–1457. https://doi.org/10.1007/s12010-011-9366-0

Supplementary material for: [https://doi.org/10.1007/s12010-011-9366-0]Related to published version: [http://cherry.chem.bg.ac.rs/handle/123456789/1221

Supplementary data for the article: Ostafe, R.; Prodanovic, R.; Ung, W. L.; Weitz, D. A.; Fischer, R. A High-Throughput Cellulase Screening System Based on Droplet Microfluidics. Biomicrofluidics 2014, 8 (4). https://doi.org/10.1063/1.4886771

Supplementary material for: [https://doi.org/10.1063/1.4886771]Related to published version: [http://cherry.chem.bg.ac.rs/handle/123456789/1873

Directed evolution of cellulase from Trichoderma reesei for higher activity and development of microtiter plate assay based on cellobiose dehydrogenase

Cellulase (EC 3.2.1.4) are important enzymes in food, paper, textile, detergent and biofuel industries. Most cellulases have low activity and stability. Improving these properties would have substantial impact on numerous industrial processes. Enzymatic properties can be improved by directed evolution, but the screening process is the limiting step. Coupled cellulase assay has been developed in order to improve the screening process. This method does not require boiling samples and allows rapid screening of mutants in a microtiter plate. The aim of this study was to establish enzyme coupled assay where cellulase first hydrolyzes carboxymethylcellulose (CMC), and cellobioses dehydrogenase (CBDH) and dichlorophenolindophenol (DCPIP) is used subsequently for detection of reducing ends

Supplementary data for the article: Kovačević, G.; Ostafe, R.; Fischer, R.; Prodanović, R. Influence of Methionine Residue Position on Oxidative Stability of Glucose Oxidase from Aspergillus Niger. Biochemical Engineering Journal 2019, 146, 143–149. https://doi.org/10.1016/j.bej.2019.03.016

Supplementary material for: [https://doi.org/10.1016/j.bej.2019.03.016]Related to published version: [http://cherry.chem.bg.ac.rs/handle/123456789/2881

Supplementary data for article: Ostafe, R.; Prodanović, R.; Commandeur, U.; Fischer, R. Flow Cytometry-Based Ultra-High-Throughput Screening Assay for Cellulase Activity. Analytical Biochemistry 2013, 435 (1), 93–98. https://doi.org/10.1016/j.ab.2012.10.043

Supplementary material for: [https://doi.org/10.1016/j.ab.2012.10.043]Related to published version: [http://cherry.chem.bg.ac.rs/handle/123456789/1606

Nanobiokatalizatori za biogorivne ćelije i biosenzorne sisteme

This overview summarizes the application of enzymes in the manufacture and design of biofuel cells and biosensors. The emphasis will be put on the protein engineering techniques used for improving the properties of enzymes such as nanobiocatalysts, e.g. immobilization orientation, stability, activity and efficiency of electron transfer between immobilized enzymes and electrodes. Some possible applications in the military and some future designs of these electric devices will be discussed as well.U ovom preglednom članku je sumirana primena enzima u proizvodnji i dizajnu biogorivnih ćelija i biosenzora. Naglasak u pregledu literature je stavljen na tehnike proteinskog inžinjeringa, koje se koriste za poboljšanje osobina enzima u nanobiokatalizatorima kao što su orijentacija kod imobilizacije, stabilnost, aktivnost i efikasnost transfera elektrona između imobilizovanog enzima i elektrode. Na kraju pregleda je dato nekoliko primera moguće primene u vojsci. Nanobiokatalizatori su biokatalizatori u obliku enzima ili ćelija imobilizovani na nanomaterijalima. Koriste se kao sastavni elementi gorivnih ćelija u vidu imobilizovanih oksidoreduktaza na elektrodama. Na anodi se uz pomoć enzima oksiduju hemijska jedinjenja i elektroni predaju elektrodi, dok se na katodi elektroni uz pomoć druge oksidoreduktaze prebacuju sa elektrode na vodu ili kiseonik. Enzimi koji se koriste na anodi su glukoza oksidaza, formaldehid dehidrogenaza, alkohol dehidrogenaza i druge oksidaze šećera. Na katodi se uglavnom koriste lakaze, bilirubin oksidaza, peroksidaze i citohrom c oksidaza. Zahvaljujući razvoju nanotehnologije razvijaju se i minijaturne biogorivne ćelije koje proizvode električnu energiju za implantirane medicinske uređaje (insulinske pumpe, pejsmejkere, biosenzore) koristeći glukozu i kiseonik iz ljudske krvi. Biosenzori predstavljaju uređaje koji se sastoje iz biološke komponente, transducera i električne komponente. Oni pretvaraju koncen traciju hemijske supstance u električni signal i koriste se za analitiku. Kao biološka komponenta se mogu koristiti enzimi, monoklonska antitela, nukleinske kiseline i lipidi. Enzimska logička kola predstavljaju kombinaciju različitih biosenzora (enzimskih reakcija) koji mere nekoliko ulaznih parametara i na osnovu njih daju odgovarajući izlazni signal. Koristeći znanja kompjuterske tehnologije enzimskim logičkim kolima mogu se simulirati AND, OR, XOR, NOR, NAND, INHIB i XNOR logička kola. Za poboljšanje osobina biokatalizatora u cilju efikasnije primene u bioelektrokatalizi koriste se tehnike proteinskog inžinjeringa kao što su racionalni dizajn i dirigovana evolucija. Dirigovana evolucija koristi iterativne korake mutiranja i selekcije, kako bi biokatalizator evoluirao u pravcu koji nam je potreban. Najsporiji stupanj u ovoj tehnologiji predstavlja 'skrining', te se u novije vreme pomoću protočne citometrije i mikrofluidike pokušavaju razviti nove metode visoko propusnog skrininga. U literaturi opisani primeri dirigovane evolucije glukoza oksidaze, glukoza dehidrogenaze, formaldehid dehidrogenaze, laktat dehidrogenaze, peroksidaze i lakaze. Kombinacijom enzimskih logičkih kola i mikrofluidne tehnologije se pokušavaju napraviti laboratorije na čipu koje bi omogućile kontinuirano praćenje zdravstvenog stanja vojnika na bojnom polju i u slučaju šoka (ranjavanja) primenu odgovarajuće terapije u toku prvih 30 minuta od povrede. To bi obezbedilo veći stepen preživljavanja vojnika u ratu. Takođe upotrebom enzimskih logičkih kola i antitela moguće je postići uskladištenje i šifrovanje informacija, kao i zaštitu lozinkom, odgovarajućih elektronskih uređaja kao što su biogorivne ćelije Razvoj nanotehnologije, proteinskog inžinjeringa i molekularnog računarstva otvara vrata novim mogućnostima u proizvodnji i dizajnu biogorivnih ćelija i bisenzorskih sistema, kao i u skladištenju i zaštiti informacija