Teknik Long Polymerase Chain Reaction (LPCR) Untuk Perbanyakan Kerangka Baca Terbuka Gen Pengkode Polimerase Virus Hepatitis B

Teknik PCR dapat dikembangkan untuk mengamplifikasi potongan DNA dengan ukuran panjang. Salah satu teknik yang digunakan adalah Long PCR (LPCR). Teknik LPCR sering digunakan untuk mengamplifikasi gen atau potongan DNA yang berukuran lebih panjang ketika PCR standar tidak dapat diaplikasikan untuk amplifikasi tersebut. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk memperoleh kerangka baca terbuka gen pengkode polimerase virus hepatitis B (PolHBV) menggunakan metode LPCR, dan menentukan urutan nukleotida potongan DNA tersebut. Amplifikasi dilakukan menggunakan Taq polimerase. Kerangka baca terbuka gen pengkode PolHBV telah berhasil diamplifikasi dengan LPCR yang telah dimodifikasi. Hal tersebut diindikasikan dengan keberadaan pita DNA berukuran pasangan basa (bp) pada elektroforesis gel agarosa yang mendekati ukuran teoritisnya yaitu 2532 bp. Hasil penentuan urutan nukleotida parsial menunjukkan bahwa potongan DNA yang diperoleh memiliki homologi 98% dengan gen PolHBV yang dideposit di GenBank.Technique of PCR can be improved to permit the amplification of longer DNA fragment. One of this technique is Long PCR (LPCR). LPCR is often used to amplify larger genes or large segment of DNA which standard PCR is not applicable. The objective of this study is to obtain the open reading frame of gene encoding polymerase of HBV (polHBV) using LPCR method, and to determine the nucleotide sequence of DNA fragment encoding polHBV. The amplification was conducted using Taq polymerase. The open reading frame of gene encoding polHBV was successfully amplified using modified LPCR method. It was identified by a band between 2000 dan 3000 base pairs (bp) DNA marker. The determination of nucleotide sequence informed that DNA fragment obtained was 98% homologue to the gene encoding PolHBV deposited on GenBank.