Associação de polimorfismos no gene da u-calpaína com a maciez da carne em animais da raça Nelore.

Os bovinos de origem Bos indicus são preferidos nos trópicos devido a sua maior resistência as adversidades ambientais. No entanto, estes animais não produzem carne tão macia quanto os taurinos. A seleção assistida por marcadores relacionados à maciez da carne, como é o caso da protease calpaína, pode auxiliar na melhoria da característica. Nesse trabalho, foram utilizados 229 animais da raça Nelore. Após a extração do DNA de amostras de sangue, por desproteinização em presença de NaCl a identificação e determinação dos polimorfismos para três marcadores (CAPN316, CAPN530 e CAPN4751) foi realizada pelo sistema de detecção TaqManTM utilizando-se PCR em Tempo Real. A análise de maciez da carne, aos 7, 14 e 21 dias de maturação, foi realizada com amostras de carne do Longissimus dorsi, retiradas entre a 12a e 13ª costela e cisalhadas utilizando-se um Warner Braztler Shear Force. Os polimorfismos dos marcadores CAPN316 e CAPN530 não apresentaram efeitos significativos (P>0,05) para a maciez da carne aos 7, 14 e 21 dias de maturação. Foram verificados efeitos significativos para os polimorfismos do CAPN4751 em relação à maciez da carne aos 7 (P=0.001), 14 (P=0.005) e 21 (P=0.006) dias de maturação

Identificação de SNPs no gene DDEF1 bovino.

A raça Canchim foi criada objetivando a produção de carne de melhor qualidade nas condições brasileiras e, tem sido muito utilizada em cruzamentos. Padrões específicos de algumas características da carcaça como, por exemplo, de espessura de gordura, contribuem para a manutenção da qualidade da carne. A raça Canchim produz carcaças com espessura de gordura inferior ao desejável pelo mercado, necessitando assim de estudos que visem auxiliar o melhoramento dessa característica. Os marcadores moleculares surgem nesse contexto como uma possibilidade de auxiliar o melhoramento tradicional. O BTA14 possui relatos de QTLs para espessura de gordura, motivando o estudo de genes candidatos a influenciar a deposição de gordura nessa região do genoma dos bovinos. Um dos genes encontrados nessa região e que foi relacionado à adipogênese é o DDEF1. Este trabalho teve por objetivos a identificação de polimorfismos em parte do domínio P H centaurina do gene DDEF1. Foram calculados os valorers genéticos de 113 touros, pais de uma população de meio-irmãos constituída de 1193 animais. Procedeu-se a escolhida de 6 touros com maior valor genético e maior acurácia e 6 touros com menor valor genético e maior acurácia. O DNA desses 12 touros foi utilizado em reações de sequenciamento do domínio P H centaurina do gene DDEF1, que foi dividido em 5 amplicons devido ao grande distanciamento dos exons codificadores desse domínio. No entanto, até o momento apenas as análises de 3 desses amplicons foram finalizadas. Os sequenciamentos foram realizados em um seqüenciador ABI Prism 3100 Avant (Applied Biosystems). Os eletroferogramas gerados pelo seqüenciador foram submetidos ao programa de base calling Phred. Em seguida tais seqüências foram submetidas ao programa de montagem Phrap. A visualização das seqüências geradas foi realizada através do programa Consed, onde foi possível a observação dos SNPs. Esta metodologia permitiu identificação de polimorfismos somente em indivíduos heterozigotos para o SNP. Para identificação de polimorfismos entre indivíduos homozigotos submeteu-se as seqüências consenso ao programa CLUSTAL W. Foram identificados 10 polimorfismos no amplicon RP1, 8 no RP2 e 9 no RP3. As seqüências consenso obtidas foram comparadas as depositadas no banco de SNPs do NCBI (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_blastByOrg.cgi). Tendo-se verificado que os polimorfismos identificados nesse trabalho não estão depositados naquele banco de dados

Escolha e padronização de um protocolo de hemólise de amostras para extração de RNA.

Estudos de regulação da expressão gênica dependem de amostras de RNA de alta pureza e integridade. A maioria das coletas de amostras para esses estudos ocorre a campo e, em grande parte das vezes, em diferentes momentos do experimento, exigindo que o transporte, a estocagem e o isolamento do RNA sejam adequados para que material de boa qualidade seja obtido. Dessa maneira, os objetivos deste trabalho foram: testar soluções de hemólise existentes na literatura e verificar a qualidade do RNA extraído após o processamento das amostras em diferentes tempos do experimento. Foram utilizadas amostras de sangue provenientes da Embrapa Pecuária Sudeste, São Carlos, SP. Em um primeiro teste, dois protocolos de obtenção de leucócitos a partir de amostras de sangue total foram avaliados. No primeiro, as amostras foram mantidas em gelo e, então, transferidas para um tubo de 15 mL, em que se adicionavam 10 mL de tampão de hemólise contendo 10 mM de Tris.HCl pH 7,6, 5 mM de MgCl2 e 10 mM de NaCl. A seguir, as amostras foram homogeneizadas e centrifugadas por 10 min a 3000 rpm, por 2 ou 3 vezes. No segundo teste, após a coleta, as amostras mantidas em gelo foram transferidas para tubo de 50 mL e centrifugadas por 5 minutos a 2500 rpm a 4oC. Após descarte do plasma, a solução de hemólise contendo 0,1444M de NH4Cl e 0,01M de NH4HCO3 foi adicionada, e as amostras foram agitadas vigorosamente, mantidas em gelo por cerca de 30 minutos e centrifugadas por 10 minutos a 3.000 rpm a 4oC. O sobrenadante foi descartado e essa etapa foi repetida uma vez. Em seguida, as extrações de RNA foram feitas seguindo o protocolo tradicional do reagente Trizol (Invitrogen). Após a escolha da melhor solução hemólise, foi realizado um segundo teste com amostras de sangue processadas 20 minutos, 1 hora, 4 horas e 8 horas após o horário inicial da coleta. Nos dois testes, as amostras foram quantificadas em espectrofotômetro Nanodrop, para verificar a qualidade e a quantidade do RNA, e após eletroforese gel de agarose 1%, para observar a integridade. Os resultados da eletroforese para o primeiro teste evidenciaram que o melhor método para obtenção de leucócitos foi com a solução de hemólise contendo NH4Cl e NH4HCO3, já que não foi observada degradação das amostras de RNA. Os resultados obtidos no segundo teste mostraram que não houve diferença na integridade do RNA após eletroforese no intervalo de tempo de 20 minutos a 8 horas entre a coleta e o processa mento das amostras, que foram sempre mantidas em gelo. O mesmo foi observado quando o RNA foi mensurado no espectrofotômetro, já que todas as amostras apresentaram razão 260/280nm maior que 1,9 e quantidades maiores que 20 ?g. Pode-se dizer, então, que amostras de sangue podem ser mantidas em gelo até 8 horas antes de serem processadas para a extração de RNA

Comparative muscle transcriptome associated with carcass traits of Nellore cattle.

Commercial cuts yield is an important trait for beef production, which affects the final value of the products, but its direct determination is a challenging procedure to be implemented in practice. The measurement of ribeye area (REA) and backfat thickness (BFT) can be used as indirect measures of meat yield. REA and BFT are important traits studied in beef cattle due to their strong implication in technological (carcass yield) and nutritional characteristics of meat products, like the degree of muscularity and total body fat. Thus, the aim of this work was to study the Longissimus dorsi muscle transcriptome of Nellore cattle, associated with REA and BFT, to find differentially expressed (DE) genes, metabolic pathways, and biological processes that may regulate these traits

Efeito médio de substituição alélica para os polimorfismos CAPN4753 e UOGCAST no gene da calpaína e calpastatina.

Os objetivos deste trabalho foram avaliar possíveis interações alélicas para os polimorfismos nos genes da µ-calpaína (CAPN4753) e da calpastatina (UOGCAST1), ligados a característica de maciez da carne. Nesse trabalho, foram utilizados 590 animais da raça Nelore. Após a extração do DNA de amostras de sangue por precipitação em NaCl. A identificação e determinação dos polimorfismos para os marcadores foram realizadas pelo sistema de detecção TaqManTM utilizando-se PCR em Tempo Real. A análise de maciez da carne, aos 7, 14 e 21 dias de maturação, foi realizada com amostras de carne do Longissimus dorsi, retiradas entre a 12ª e 13ª costela e cisalhadas utilizando-se um Warner Bratzler Shear Force. Foram observados resultados significativos para o efeito médio de substituição aos 14 dias de maturação da carne, apenas para o polimorfismo no gene da calpastatina, e aos 21 dias para ambos os polimorfismos (CAPN4753 e UOGCAST1)

Associação de marcadores moleculares do BTA14 com espessura de gordura em bovinos da raça Canchim.

bitstream/CPPSE/16677/1/PROCIMMA2006.00247.PD

SNP 22684390C>T do gene COX4I2 (citrocome c oxidase, subunit 4, isoform 2) nas linhagens de corrida e trabalho da raça Quarto de Milha.

Por possuírem diferentes aptidões, a seleção de forma divergente na raça Quarto de Milha culminou com a formação de diferentes linhagens, entre as quais a de corrida e a de trabalho. A isoforma 2 da proteína COX4 codificada pelo gene COX4I2 (citocromo c oxidade, subunit 4, isoform 2) tem sido associada com maior volume de mitocôndrias nas células. Neste sentido foi proposto que este gene estaria ligado ao aumento da eficiência da respiração celular. O polimorfismo 22684390C>T do COX4I2 foi associado ao melhor desempenho em corridas de equinos da raça Puro-Sangue Inglês, sendo que animais de genótipo TT tiveram desempenho superior aos de genótipos CT e CC. Foram genotipados, por meio de PCR-RFLP, 229 equinos Quarto de milha, sendo 161 da linhagem de corrida e 68 da de trabalho. Para a linhagem de corrida foi identificado desvio no equilíbrio de Hardy-Weinberg (P<0,05). Não foram identificadas diferenças significativas nas frequências alélicas e genotípicas entre as linhagens de corrida e trabalho. Porém, ao considerar o alelo T recessivo (TT x C_), houve diferença significativa (P<0,05) das frequências entre as linhagens, com menor frequência do genótipo TT na linhagem de corrida (0,10) em relação à de trabalho (0,22). Diferentemente do observado na raça Puro-Sangue Inglês, os resultados aqui apresentados sugerem que, provavelmente, o genótipo TT não esteja ligado ao melhor desempenho em corridas na raça Quarto de Milha

NEDD4: a putative candidate gene for ribeye area in Nellore steers.

Editores: Luiz Lehmann Coutinho, ESALQ/USP; Luciana Correia de Almeida Regitano, Embrapa Pecuária Sudeste; Gerson Barreto Mourão, ESALQ/USP; Aline Silva Mello Cesar, ESALQ/USP; Bárbara Silva Vignato, FZEA/USP; Mirele Daiana Poleti, ESALQ/USP; Wellison Jarles da Silva Diniz, UFSCar

Gene co-expression network analysis associated with carcass traits in Nellore steers.

Carcass traits are influenced by a complex network of gene interactions in muscle, so elucidating the relationships between genes and how these genes influence these traits is crucial for understanding the muscle development in animals