Por possuírem diferentes aptidões, a seleção de forma divergente na raça Quarto de Milha culminou com a formação de diferentes linhagens, entre as quais a de corrida e a de trabalho. A isoforma 2 da proteína COX4 codificada pelo gene COX4I2 (citocromo c oxidade, subunit 4, isoform 2) tem sido associada com maior volume de mitocôndrias nas células. Neste sentido foi proposto que este gene estaria ligado ao aumento da eficiência da respiração celular. O polimorfismo 22684390C>T do COX4I2 foi associado ao melhor desempenho em corridas de equinos da raça Puro-Sangue Inglês, sendo que animais de genótipo TT tiveram desempenho superior aos de genótipos CT e CC. Foram genotipados, por meio de PCR-RFLP, 229 equinos Quarto de milha, sendo 161 da linhagem de corrida e 68 da de trabalho. Para a linhagem de corrida foi identificado desvio no equilíbrio de Hardy-Weinberg (P<0,05). Não foram identificadas diferenças significativas nas frequências alélicas e genotípicas entre as linhagens de corrida e trabalho. Porém, ao considerar o alelo T recessivo (TT x C_), houve diferença significativa (P<0,05) das frequências entre as linhagens, com menor frequência do genótipo TT na linhagem de corrida (0,10) em relação à de trabalho (0,22). Diferentemente do observado na raça Puro-Sangue Inglês, os resultados aqui apresentados sugerem que, provavelmente, o genótipo TT não esteja ligado ao melhor desempenho em corridas na raça Quarto de Milha
