L’édification des chaînes péricratoniques, contraintes structurales et cinématiques appliquées aux reconstructions de l'Asie du SE sur SIG

Le SE asiatique est un chantier qui permet d’étudier la formation des chaînes de montagnes situées au dessus des zones de subduction à différents stades de leur évolution. Dans ces régions, la cinématique des plaques est extrêmement rapide, souvent de l’ordre de 10 cm/an, et la convergence engendre l’ouverture, elle aussi rapide, de bassins marginaux qui fragmentent sous forme de lanières les masses continentales. Les fragments ainsi séparés comportent donc un substratum généralement constitué de matériel correspondant à des ophiolites de supra subduction (arc, avant-arc, arrière- arc) ainsi que des reliques de croûte continentale. Ce type de mécanisme aboutit à la formation de plaques étirées qui peuvent être soit de nature océanique comme pour la plaque Philippine [Karig, 1975] formée de bassins arrière-arcs ouverts à l’Eocène (Bassin ouest-philippin), puis à l’Oligo-Miocène (bassin de Parece Vela/Shikoku), et au Pliocène (bassin des Mariannes) [Le Pichon et al., 1975] ; bassin de Damar [Hinschberger, 2001]), soit de nature continentale comme dans le cas des marges Australienne et Eurasiatique [Rangin et Pubellier, 1990 ; Rangin et al., 1990] (fig. 1). Dans ce dernier cas, la configuration résultante est celle d’une marge étirée à la façon d’un éventail depuis le Paléocène jusqu’au Miocène moyen. Ce mécanisme génère des bassins diachrones ouverts vers l’est, avec un propagateur vers le sud-ouest comme cela est visible dans l’ouest de la mer de Chine [Huchon et al., 1998], et est déduit pour la mer des Célèbes et son prolongement dans le détroit de Makassar [Moss and Chambers, 1999]. Cet étirement prenait lui-même la suite de l’écroulement gravitaire de la chaîne Yenshanienne depuis le Crétacé supérieur, qui marquait la fin d’un processus similaire d’accrétion de blocs gondwaniens au cours du Mésozoïque [Metcalfe, 1996 ; Sewell et al., 2000]. L’ensemble du bloc de la Sonde, avec ses bassins marginaux est soumis à un raccourcissement depuis le début du Miocène [Rangin et al., 1990], les bassins marginaux rentrant en subduction, et certains blocs basculés de la marge passive étant en cours d’accostage contre la marge continentale. De même que l’ouverture des bassins s’était effectuée de manière diachrone, le serrage des bassins s’effectue lui aussi de façon diachrone. Les mécanismes actifs de convergence par subduction et les blocages sont maintenant bien connus, la précision des récepteurs GPS, et surtout la répétition des mesures depuis près de dix ans permettant de bien contraindre les déplacements instantanés. Nous avons utilisé principalement les vecteurs GPS du programme GEODYSSEA [Michel et al., 2001]. Parallèlement, les études de tomographie sismique imagent des anomalies positives de vitesse dans le manteau pouvant indiquer des lithosphères subductées. C’est le cas de la proto mer de Chine Sud, parallèle à l’actuelle mer de Chine du Sud et probablement de géométrie similaire, maintenant disparue par subduction [Rangin et al., 1999b ; Prouteau et al., 2001]. Dans cet article, les mouvements déduits du GPS ont été utilisés comme base cinématique jusqu’à l’âge de la dernière déformation marquante, pour chaque bloc des ceintures déformées. L’évolution des marges a été revue de manière globale sur l’ensemble de l’Asie du SE, de façon à présenter des coupes structurales synthétiques,avant et après raccourcissement (fig. 3 à 10). Ces coupes montrent que l’arrivée des blocs continentaux dans les zones de subduction entraîne un blocage, puis le plus souvent un saut de subduction qui intègre le bloc à la marge en créant une déformation de la plaque supérieure [Dominguez et al., 1998 ; Pubellier et al., 1999 ; Von Huene et al., 1995 ; Ranero et al., 2000]. Une base de données sur l’Asie du Sud-est est utilisée dans les reconstructions, mais seulement une partie est représentée sur les planches 1 à 6 (topographie-bathymétrie, principales failles). La base complète comprend aussi bien les failles actives et anciennes, que la topographie des chaînes de montagnes, la morphologie des fonds sous-marins, la gravimétrie à l’air libre, les vecteurs de déplacement GPS en différents points à partir du calcul du meilleur pôle eulerien correspondant au mouvement de chaque bloc, les épaisseurs des sédiments dans les bassins, ou encore la localisation des profils sismiques utilisés. L’utilisation d’un système d’information géographique permet de restituer les déplacements des plaques ou des micro-blocs crustaux, soit à l’aide des vitesses angulaires, soit de façon interactive. Cette démarche permet de choisir entre plusieurs hypothèses géologiques en gardant une cohérence d’ensemble. Les paléo- distances géodésiques entre les blocs peuvent être mesurées, et les chaînes de montagnes comme Taïwan ou la Chaîne centrale de Nouvelle Guinée ont été étirées pour retrouver l’espace qu’elles occupaient vraisemblablement avant leur formation. Dans les reconstructions, la profondeur des bassins correspond aux valeurs actuelles, et n’a pas été restaurée en fonction du temps. Enfin, nous n’avons pas étendu les reconstructions à l’Himalaya et au Tibet, les mouvements verticaux étant trop importants. Les reconstructions effectuées à 2, 4, 6, 10, 15 et 20 Ma (planches 1 à 6) montrent que les parties continentales des plaques Sunda et Australie ; (SU/AU) s’éloignent l’une de l’autre, alors que la plaque philippine continue de “brosser” la plaque de la Sonde [Rangin et al., 1990], en transportant vers l’ouest des fragments formés au nord de la plaque australienne. Il s’agit donc d’un article qui présente une généralisation de processus géodynamiques de fonctionnement des marges actives, et dont le but est de donner une image cohérente de l’accrétion de blocs aux bordures des continents, et qui a nécessité des choix dans les options souvent débattues de l’évolution au deuxième ordre de secteurs d’importance locale

The missing link in biogeographic reconstruction: Accounting for lineage extinction rewrites history

ACKNOWLEDGEMENTS This work was supported by a grant from the Ministry of Research and Technology, Indonesia, to Berry Juliandi (No. 2020/IT3.L1/PN/2021) and funding from NERC/NEWTON (NE/S006923/1 and NE/S006893/1) to Adam C. Algar, Greta Bocedi, Cecile Gubry-Rangin, Lesley Lancaster, Alexander S. T. Papadopulos and Justin M.J. Travis. The manuscript was improved by the constructive feedback from two anonymous reviewers. No permits were required to conduct this research.Peer reviewedPublisher PD

Ancient geological dynamics impact neutral biodiversity accumulation and are detectable in phylogenetic reconstructions

ACKNOWLEDGMENTS This work was supported by grants from the Ministry of Research and Technology, Indonesia to Berry Juliandi (No. 2488/IT3.L1/PN/2020 and No. 3982/IT3.L1/PN/2020) and funding from NERC/NEWTON sto Adam C. Algar, Greta Bocedi, Cecile Gubry-Rangin, Lesley Lancaster, Alexander S. T. Papadopulos and Justin M. J. Travis.Peer reviewedPublisher PD

Phylogenetic congruence and ecological coherence in terrestrial Thaumarchaeota

This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License. The images or other third party material in this article are included in the article’s Creative Commons license, unless indicated otherwise in the credit line; if the material is not included under the Creative Commons license, users will need to obtain permission from the license holder to reproduce the material. Acknowledgements We would like to thank Dr Robert Griffith/CEH for providing DNA from soil samples and Dr Anthony Travis for his help with BioLinux. Sequencing was performed in NERC platform in Liverpool. CG-R was funded by a NERC fellowship NE/J019151/1. CQ was funded by a MRC fellowship (MR/M50161X/1) as part of the cloud infrastructure for microbial genomics consortium (MR/L015080/1).Peer reviewedPublisher PD

Fauxcurrence: simulating multi-species occurrences for null models in species distribution modelling and biogeography

The work was funded by Newton Fund (UK)/NERC (UK)/RISTEKDIKTI (Indonesia) grants awarded to JT, BJ, ACA, ASTP, CG-R, GB and LTL (grant no.: NE/S006923/1, NE/S006893/1, 2488/IT3.L1/PN/2020 and 3982/IT3.L1/PN/2020). GB and CG-R are funded by Royal Society Univ. Research Fellowships (UF160614 and UF150571 respectively).Peer reviewedPublisher PD

The consequences of niche and physiological differentiation of archaeal and bacterial ammonia oxidisers for nitrous oxide emissions

The authors are members of the Nitrous Oxide Research Alliance (NORA), a Marie Skłodowska-Curie ITN and research project under the EU's seventh framework program (FP7). GN is funded by the AXA Research Fund and CGR by a Royal Society University Research Fellowship (UF150571) and a Natural Environment Research Council (NERC) Standard Grant (NE/K016342/1). The authors would like to thank Dr Robin Walker and the SRUC Craibstone Estate (Aberdeen) for access to the agricultural plots, Dr Alex Douglas for statistical advice and Philipp Schleusner for assisting microcosm construction and sampling.Peer reviewedPublisher PD

Gene duplication drives genome expansion in a major lineage of Thaumarchaeota

Ammonia-oxidising archaea of the phylum Thaumarchaeota are important organisms in the nitrogen cycle, but the mechanisms driving their radiation into diverse ecosystems remain underexplored. Here, existing thaumarchaeotal genomes are complemented with 12 genomes belonging to the previously under-sampled Nitrososphaerales to investigate the impact of lateral gene transfer (LGT), gene duplication and loss across thaumarchaeotal evolution. We reveal a major role for gene duplication in driving genome expansion subsequent to early LGT. In particular, two large LGT events are identified into Nitrososphaerales and the fate of these gene families is highly lineage-specific, being lost in some descendant lineages, but undergoing extensive duplication in others, suggesting niche-specific roles. Notably, some genes involved in carbohydrate transport or coenzyme metabolism were duplicated, likely facilitating niche specialisation in soils and sediments. Overall, our results suggest that LGT followed by gene duplication drives Nitrososphaerales evolution, highlighting a previously under-appreciated mechanism of genome expansion in archaea