Reviews

Jamal OUHALLA, Functional categories and parametric variatio

Deaf signers as linguistically heterogenous groups

Altres ajuts: LEAD-ME Cost Action (CA19142)Projecte: LEAD-ME. Més informació: https://lead-me-cost.eu/Xarxa promoguda pel grup de recerca TransMedia Cataloni

An interview on linguistic variation with Josep Quer

An interview on linguistic variation with Josep Que

An interview on linguistic variation with Josep Quer

An interview on linguistic variation with Josep Que

Viral quasispecies diversity and evolution : a Bioinformatics molecular approach

El grup de hepatitis virals del Vall d'Hebron Institut de Recerca (VHIR) de Barcelona, en els darrers 10 anys, ha estat desenvolupant solucions metodològiques experimentals i computacionals per a l'estudi de poblacions complexes de virus (quasispecies) mitjançant l'aplicació de les tècniques de seqüenciació de nova generació (NGS). Aquest llibre consisteix en una selecció de treballs empírics sobre les quasispecies virals. En oferir aquest format obert de publicació, l'objectiu és que, per una banda, pugui ser una eina útil per a tots aquells investigadors interessats en aquest camp i, d'altra banda, divulgar aquesta àrea de coneixement a tota la comunitat científica que, sense ser necessàriament experta, vulgui conèixer amb més detall l'evolució i diversitat dels virus. En els tres primers treballs s'aprofundeix en l'ús, interpretació i utilitat d'índexs de biodiversitat, alguns específics per a poblacions genètiques i d'altres importats del camp de l'ecologia. La segona part posa de manifest algunes limitacions en aquests índexs de diversitat i aborda el desenvolupament d'eines integradores que proporcionen una interpretació més directa en termes biològics i clínics. Les seccions prèvies als sis treballs esmentats, situen al lector en el context en què es realitzen els desenvolupaments i expliquen la necessitat i utilitat. El llibre es tanca amb una secció que recull les observacions i conclusions generals dels treballs, i amb una altra que reflexiona sobre les limitacions que comporta l'estudi de sistemes complexos i dinàmics com les quasispecies virals

Quantifying In-Host Quasispecies Evolution

Mutagenesis; Quasispecies evolution; Viral treatmentMutagénesis; Evolución de las cuasiespecies; Tratamiento viralMutagènesi; Evolució de les quasiespècies; Tractament viralWhat takes decades, centuries or millennia to happen with a natural ecosystem, it takes only days, weeks or months with a replicating viral quasispecies in a host, especially when under treatment. Some methods to quantify the evolution of a quasispecies are introduced and discussed, along with simple simulated examples to help in the interpretation and understanding of the results. The proposed methods treat the molecules in a quasispecies as individuals of competing species in an ecosystem, where the haplotypes are the competing species, and the ecosystem is the quasispecies in a host, and the evolution of the system is quantified by monitoring changes in haplotype frequencies. The correlation between the proposed indices is also discussed, and the R code used to generate the simulations, the data and the plots is provided. The virtues of the proposed indices are finally shown on a clinical case.This study was partially supported by Pla Estratègic de Recerca i Innovació en Salut (PERIS)—Direcció General de Recerca i Innovació en Salut (DGRIS), Catalan Health Ministry, Generalitat de Catalunya; the Spanish Network for the Research in Infectious Diseases (REIPI RD16/0016/0003) from the European Regional Development Fund (ERDF); Centro para el Desarrollo Tecnológico Industrial (CDTI) from the Spanish Ministry of Economy and Business, grant number IDI-20200297; grant PI19/00301 and PI22/00258 from Instituto de Salud Carlos III cofinanced by the European Regional Development Fund (ERDF), and Gilead’s biomedical research project GLD21/00006