Identification of Thai cassava cultivars using SCAR markers and multiplex PCR

บทคัดย่อ มันสำปะหลังเป็นพืชเศรษฐกิจที่มีความสำคัญ และมีการคัดเลือกพันธุ์ปลูกที่มีเปอร์เซ็นต์แป้งสูงเพื่ออุตสาหกรรม แต่พันธุ์ปลูกที่ได้รับการพัฒนาอาจมีลักษณะสัณฐานวิทยาคล้ายคลึงกัน ดังนั้นการจำแนกพันธุ์ปลูกจึงต้องอาศัยบุคลากรที่มีความชำนาญ การศึกษานี้มีวัตถุประสงค์เพื่อพัฒนาเครื่องหมายโมเลกุลสำหรับระบุพันธุ์ปลูกของมันสำปะหลังไทยจำนวน 16 พันธุ์ปลูกที่ได้จากแหล่งเชื้อพันธุกรรมในศูนย์วิจัยพืชไร่ระยอง โดยนำแถบดีเอ็นเอซึ่งมีความแตกต่างกันในพันธุ์ปลูกต่างๆ ที่ได้จากการทำ HAT-RAPD มาโคลนและหาลำดับนิวคลีโอไทด์ เพื่อออกแบบไพรเมอร์สำหรับ SCAR ที่มีความจำเพาะจำนวน 4 คู่ โดย SCAR marker ที่ได้สามารถใช้จำแนกพันธุ์ปลูกของมันสำปะหลังได้ ดังนี้ (1) 308-bp marker และ 850-bp marker ใช้ระบุอัตลักษณ์ของพันธุ์ปลูกระยอง 60 และห้านาที ตามลำดับ (2) 414-bp marker ใช้ระบุกลุ่มพันธุ์ปลูกระยอง 1 ระยอง 11 ระยอง 90 ระยอง 86-13 ห้วยบง 60 และเกษตรศาสตร์ 50 (3) 273-bp marker ใช้ระบุกลุ่มพันธุ์ปลูกระยอง 3 ระยอง 9 และระยอง 72 และ (4) 414-bp marker และ 273-bp marker ใช้ระบุกลุ่มพันธุ์ปลูกระยอง 5 และห้วยบง 80 นอกจากนี้ ยังได้มีการพัฒนาเทคนิค multiplex PCR ที่เหมาะสมกับการใช้ไพรเมอร์สำหรับ SCAR พร้อมกันทั้ง 4 คู่ในหนึ่งปฏิกิริยา เพื่อให้การตรวจสอบดีเอ็นเอเป้าหมายมีความรวดเร็วและประหยัดยิ่งขึ้น ABSTRACT   Cassava is an important economic crop which has been artificially selected to improve cultivars with high industrial yield of starch. Based on their morphoagronomic descriptors however, several improved cultivars are similar. Hence, accurate identification of each cultivar requires well-trained personnel. This study aimed to establish molecular markers for the identification of 16 Thai cassava cultivars from the germplasm collection in Rayong Field Crops Research Center. HAT-RAPD amplicons which were distinctive among the cultivars were employed for molecular cloning. Based on nucleotide sequences obtained four SCAR primer pairs were designed. SCAR markers were generated and used to differentiate the cultivars as follows: (1) 308-bp marker and 850-bp marker for Rayong 60 and Hanatee, respectively; (2) 414-bp marker for Rayong 1, Rayong 11, Rayong 90, Rayong 86-13, Huay Bong 60 and Kasetsart 50; (3) 273-bp marker for Rayong 3, Rayong 9 and Rayong 72; and (4) 414-bp and 273-bp markers for Rayong 5 and Huay Bong 80. For the procedure to be less time-consuming and more cost-effective, efficient multiplex PCR with optimal conditions was developed to incorporate all four pairs of SCAR primers in a single PCR reaction

Species identification of economic bamboos in the genus Dendrocalamus using SCAR and multiplex PCR

Taxonomic and systematic studies of bamboos are traditionally based on floral morphology, but this can lead to difficulties in identification because of the irregular reproductive cycle of the bamboos. To overcome such problems several molecular-marker approaches have been used. In this study, eight species of the woody bamboos belonging to the genus Dendrocalamus were employed. For each species, DNA samples of 20 individual plants from different localities were isolated and then pooled to make eight bulks of DNA. Fifty RAPD primers were used to screen all bulked DNA samples. Only five primers yielded consistent and reproducible RAPD band patterns across all 160 individuals. The amplicons were present among five species of Dendrocalamus, but were absent in the other three species. They were cloned, sequenced and subsequently, five pairs of SCAR primers were designed. All SCAR primers were combined in multiplex PCR reactions to unequivocally discriminate five species of Dendrocalamus

Antioxidant, Antibacterial and Anti-alpha Glucosidase Activities of Coral Mushroom Ramaria spp.

บทคัดย่อ   เห็ดปะการังสกุล Ramaria จำนวน 10 ตัวอย่าง จัดจำแนกชนิดตามลักษณะทางสัณฐานวิทยาได้ 9 สปีชีส์ ดังนี้ Ramaria aff. vinosimaculans (PKWS15-74 และ PKWS15-109), R. flava var. aurea (PKWS15-173), Ramaria sp.1 (PKWS15-92), Ramaria sp.2 (PKWS15-95), Ramaria sp.3 (PKWS15-164), Ramaria sp.4 (PKWS15-181), Ramaria sp.5 (PKWS15-194), Ramaria sp.6 (PKWS15-221) และ Ramaria sp.7 (PKWS14-02) เมื่อนำมาสกัดด้วยสารละลายเอทานอลและทดสอบคุณสมบัติทางชีวภาพพบว่าสารสกัดจากเห็ดทุกตัวอย่างมีประสิทธิภาพในการต้านอนุมูลอิสระที่ดีโดยเฉพาะ PKWS15-164 ซึ่งมีค่าใกล้เคียงกับ positive control นอกจากนี้ยังตรวจพบสารฟลาโวนอยด์และสารประกอบฟีนอลในปริมาณที่สูง เช่น PKWS15-164 (3,909.52±58.56 g QE/g extract) และ PKWS15-194 (3,765.88±33.75 g QE/g extract) ซึ่งสอดคล้องกับประสิทธิภาพในการต้านอนุมูลอิสระ ทั้งนี้เนื่องจากสารฟลาโวนอย์เป็นสารต้านอนุมูลอิสระที่ดี ส่วนประสิทธิภาพในการยับยั้งการเจริญของแบคทีเรียพบว่าสารสกัดส่วนใหญ่สามารถยับยั้งการเจริญของ Staphylococcus aureus ได้มากที่สุดรองลงมาคือ Escherichia coli, Bacillus subtilis และ Pseudomonas aeruginosa ตามลำดับ นอกจากนี้ยังพบว่าสารสกัดจากเห็ด PKWS15-181 (IC50 = 0.216 ±0.026 mg/mL) และ PKWS15-194 (IC50 = 12.908 ±0.110 mg/mL) มีประสิทธิภาพในการยับยั้งการทำงานของเอนไซม์ alpha-glucosidase ได้ดีไม่ต่างจากยา acarbose (IC50 = 33.782 ±0.523 mg/mL) ที่ใช้รักษาโรคเบาหวานอย่างมีนัยสำคัญทางสถิติอีกด้วย ข้อมูลที่ได้จากงานวิจัยนี้แสดงให้เห็นว่าเห็ดปะการัง Ramaria สามารถใช้เป็นแหล่งผลิตสารต้านอนุมูลอิสระ สารต้านการเจริญของแบคทีเรีย และสารลดปริมาณน้ำตาลที่มีประสิทธิภาพแหล่งใหม่ได้ในอนาคต คำสำคัญ: เห็ดปะการัง ฟลาโวนอยด์  สารต้านอนุมูลอิสระ สารต้านจุลินทรีย์ เบาหวาน ABSTRACT   Ten collections of coral mushroom genus Ramaria were identified to 9 species based on the morphological characteristics i.e. Ramaria aff. vinosimaculans (PKWS15-74 และ PKWS15-109), R. flava var. aurea (PKWS15-173), Ramaria sp.1 (PKWS15-92), Ramaria sp.2 (PKWS15-95), Ramaria sp.3 (PKWS15-164), Ramaria sp.4 (PKWS15-181), Ramaria sp.5 (PKWS15-194), Ramaria sp.6 (PKWS15-221) and Ramaria sp.7 (PKWS14-02). The Ramaria samples were then extracted with ethanol and screened for the bioactivities. The results showed that all extracts contained high antioxidant activity especially PKWS15-164. They were detected high number of flavonoids and total phenolic contents such as PKWS15-164 (3,909.52±58.56 g QE/g extract) and PKWS15-194 (3,765.88±33.75 g QE/g extract), which supported their results of antioxidant activity. Flavonoids are phenolic substances that act as antioxidants. The results of antibacterial activity revealed that most Ramaria extracts could inhibit the growth of Staphylococcus aureus followed by Escherichia coli, Bacillus subtilis and Pseudomonas aeruginosa, respectively. Moreover, the extracts of PKWS15-181 (IC50 = 0.216±0.026 mg/mL) and PKWS15-194 (IC50 = 12.908±0.110 mg/mL) exhibited high alpha-glucosidase inhibitory potential, which were not significantly different from diabetes mellitus drug as well as acarbose (IC50 = 33.782 ±0.523 mg/mL). The results from this study indicated that the coral mushroom Ramaria species are new potential source of antioxidant, antibacterial and anti-alpha glucosidase activities in future.   Keywords: Coral mushroom, Flavonoids, Antioxidants, Antimicrobial activity, Diabetes mellitu

Isolation of Bacteriophages Specific to a Fish Pathogen, Aeromonas spp., as a Candidate for Disease Control

บทคัดย่อ   การใช้เฟจในการรักษาการติดเชื้อถือเป็นทางเลือกหนึ่งที่ใช้ป้องกันและควบคุมโรคติดเชื้อจากแบคทีเรียในอุตสาหกรรมการเพาะเลี้ยงสัตว์น้ำ อย่างไรก็ตามการประยุกต์ใช้เฟจในการควบคุมการติดเชื้อ Aeromonas spp. ยังมีไม่มากนัก ดังนั้นจุดประสงค์ของงานวิจัยนี้คือการแยกเฟจประเภทที่ทำให้เกิดการแตกสลายเพื่อควบคุมเชื้อ Aeromonas spp. และประเมินประสิทธิภาพในการใช้เฟจเพื่อควบคุมเชื้อ Aeromonas spp. ในระดับห้องปฏิบัติการ จากตัวอย่างน้ำคลองจำนวน 10 แหล่ง สามารถแยกเชื้อ Aeromonas spp. ได้เพียงสายพันธุ์เดียวคือ Aeromonas sp. OG-H และนำมาใช้เป็นโฮสต์เพื่อใช้ในการแยกเฟจ โดยสามารถแยกเฟจได้ 2 ตัวที่แตกต่างกันและให้ชื่อว่า FOG1 และ FOG3 จากการตรวจดูรูปร่างของเฟจภายใต้กล้องจุลทรรศน์อิเล็คตรอนแบบส่องผ่านพบว่า เฟจทั้ง 2 ตัวจัดอยู่ในแฟมิลี Myoviridae เฟจทั้งสองตัวสามารถติดเชื้อได้ใน Aeromonas sp. OG-H เพียงสายพันธุ์เดียว และมีความเสถียรต่อ pH และอุณหภูมิ ในช่วง 4.0-11.0 และ 30-65 องศาเซลเซียส ตามลำดับ เมื่อนำมาทดสอบการควบคุมเชื้อ Aeromonas sp. OG-H ในระดับห้องปฏิบัติการพบว่า การทดลองที่มีการเติมเฟจก่อนการเติมเชื้อจะสามารถลดจำนวนเชื้อได้ในช่วง 12 ชั่วโมงแรกอย่างเห็นได้ชัด จากข้อมูลที่ได้ชี้ให้เห็นว่าเฟจ ทั้งสองตัวมีประสิทธิภาพในการนำไปใช้ในการควบคุมการติดเชื้อ Aeromonas ได้   คำสำคัญ: Aeromonas แบคเทอริโอเฟจ ความเสถียรต่ออุณหภูมิ ความเสถียรต่อ pH  ABSTRACT Phage therapy can be used as an alternative method to prevent and control pathogenic bacteria in aquaculture. However, applications of bacteriophages for a control of Aeromonas spp. infection are still limited.  Therefore, the aims of this study were to isolate lytic bacteriophages of Aeromonas spp. from canals and to evaluate the effectiveness of these phages to control Aeromonas spp. at the laboratory level. From 10 collecting sites, one isolate of Aeromonas designated as Aeromonas sp. OG-H was obtained and employed as a host for isolation of the phages. Two different phages were obtained, and specified as FOG1 and FOG3. Electron micrographs revealed that all isolated phages belonged to the family Myoviridae. These phages were highly specific to their host (Aeromonas sp. OG-H) and relatively stable at the pH and temperature ranging from 4.0 to 11.0 and 30 to 65◦C, respectively. An in vitro study of the effect of bacteriophages against Aeromonas sp. OG-H revealed a remarkable decrease of the pathogen at 12 h, followed by bacterial regrowth to pre-treatment levels. These data suggested that the phages FOG1 and FOG3 are efficient as biocontrol agents against Aeromonas infection.   Keywords: Aeromonas, Bacteriophage, Temperature stability, pH stabilit

HAT-RAPD Fingerprinting Analysis of Thai Cassava Germplasm and Economic Cultivars of Farmers’ Preferences

บทคัดย่อการศึกษาความหลากหลายทางพันธุกรรมของมันสำปะหลัง (Manihot esculenta Crantz) จำนวน 19 พันธุ์ปลูก โดยใช้เทคนิค high annealing temperature-random amplified polymorphic DNA (HAT-RAPD) ประกอบด้วยพันธุ์ปลูกที่ได้จากแหล่งเชื้อพันธุกรรมของศูนย์วิจัยพืชไร่ระยอง 16 พันธุ์ปลูก และพันธุ์ปลูกซึ่งเป็นที่นิยมของเกษตรกร 3 พันธุ์ปลูกจากจังหวัดนครราชสีมา ในการใช้ไพรเมอร์แบบสุ่มทั้งหมด 28 ไพรเมอร์ พบว่า 21 ไพรเมอร์ให้แถบดีเอ็นเอที่มีความแตกต่าง เมื่อวิเคราะห์ความต่างทางพันธุกรรมของพันธุ์ปลูกแต่ละคู่โดยใช้ Nei’s genetic distance พบว่ามีความแตกต่างตั้งแต่ 3 ถึง 82% นอกจากนี้เดนโดรแกรมแสดงความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของมันสำปะหลังที่ศึกษาด้วย unweighted pair group  method with arithmetic mean (UPGMA) จากแถบดีเอ็นเอที่มีความแตกต่างจำนวน 61 แถบ สามารถจัดกลุ่มทั้ง 19 พันธุ์ปลูก เป็น 5 กลุ่ม โดยแบ่งเป็นตัวอย่างของพันธุ์ขมจำนวน 4 กลุ่ม และพันธุ์หวานจำนวน 1 กลุ่ม ภายในกลุ่มของพันธุ์ขมพบ 3 พันธุ์ปลูกเศรษฐกิจที่นิยมโดยเกษตรกร ได้แก่ พันธุ์เกล็ดมังกร (มีความสัมพันธ์ใกล้ชิดกับพันธุ์ระยอง 72) พันธุ์ไจแอนท์ (จัดอยู่ในกลุ่มเดียวกันกับพันธุ์ห้วยบง 60 และพันธุ์ห้วยบง 80) และพันธุ์นาคขาว (จัดอยู่ในกลุ่มเดียวกันกับพันธุ์ระยอง 3 และพันธุ์ระยอง 5) คำสำคัญ: มันสำปะหลัง แหล่งเชื้อพันธุกรรมมันสำปะหลัง เทคนิค HAT-RAPD วิธี UPGMAABSTRACTSixteen cultivars of cassava (Manihot esculenta Crantz) were obtained from the germplasm collection in Rayong Field Crops Research Center, and three other economic cultivars of farmers’ preferences from a well-established cassava plantation in Nakhon Ratchasima. Genetic diversity of these nineteen cultivars was assessed by high annealing temperature-random amplified polymorphic DNA (HAT-RAPD) technique. Out of 28 random primers used, 21 generated polymorphic bands. Pairwise distances between taxa calculated using Nei’s genetic distance varied from 3 to 82%. An unweighted pair group method with arithmetic mean (UPGMA) dendrogram constructed based on 61 RAPD characters classified all 19 cultivars into five clusters, four of which containing bitter-type accessions and one accommodating sweet-type accessions. The bitter-type clusters possessed three cultivars of farmers’ preferences, including Gled Mangorn (closely related to Rayong 72), Giant (placed with Huay Bong 60 and Huay Bong 80), and Nak Khao (placed with Rayong 3 and Rayong 5).Keywords: Manihot esculenta Crantz, cassava germplasm, HAT-RAPD technique, UPGMA metho

The influence of external factors on bacteriophages—review

The ability of bacteriophages to survive under unfavorable conditions is highly diversified. We summarize the influence of different external physical and chemical factors, such as temperature, acidity, and ions, on phage persistence. The relationships between a phage’s morphology and its survival abilities suggested by some authors are also discussed. A better understanding of the complex problem of phage sensitivity to external factors may be useful not only for those interested in pharmaceutical and agricultural applications of bacteriophages, but also for others working with phages

Predicting NBA Champion Using Pairwise Comparison Model

Executive Summary This project uses pairwise comparisons to determine the most likely team to win the 2003 NBA Championship. Statistics were gathered for four semi-final teams and were used to measure team strength. Project team members used the data to base their judgment when comparing teams. Comparisons began with no data available and the amount of data was increased sequentially until six statistical criteria were available with which to substantiate the scores. Probabilities were calculated using the Pairwise Comparison Model (PCM) software

Expectations of Thai Students who have plan to work in hi-tech companies: ETM Thai students case study, PowerPoint Presentation

Agenda Background of the case study Literature research Methodology Research result Discussion Recommendation Conclusio

Digital Divide Between developed and developing countries

Abstract: As the digital economy moves our world towards greater prosperity, the goal of the world should be to ensure that all people, regardless of age, income, race, ethnicity, disability, gender, or geography, gain access to the technological tools and skills needed in the new economy. Commonly used tools that are highly beneficial in today\u27s digital revolution are telephones (both wired and wireless), computers, and the internet. As the Internet is becoming an increasingly vital tool in our society and technology provides increasing options to citizens to conduct their daily activities on line, such as shopping, paying bills, registering and renewing licenses, etc. People who lack access, knowledge, and training on how to utilize those tools are at a growing disadvantage and will eventually be unable to function in an ever-increasing information-based society. This paper analyzes various aspects of bridging digital divide and provides tools/access as the first step in bridging the digital divide. Personal knowledge and ability to utilize technology to improve quality of life, education and employment opportunity have considerably gained more importance to community and economic development of the country. This paper focuses on digital divide between less developed country, South Africa and developed country, United States. The key to understanding the digital divide is to look at it in broader terms - a digital divide exists anytime there is a gap in opportunities experienced by those with limited access to information technology. This paper analyzes various issues faced in bridging digital divide and provides recommendations to gap the existing digital divide between developed and developing countries