La réceptivité des sols aux fusarioses vasculaires : rapports entre résistance et microflore autochtone avec référence particulière aux Fusarium non pathogènes (*)

L'estimation du niveau de réceptivité aux fusarioses vasculaires de 4 échantillons de sols provenant de l'Italie du Nord a permis de montrer que 3 d'entre eux sont résistants à la fusariose du lin, le quatrième étant beaucoup plus sensible. Dans tous les cas, le traitement thermique à la vapeur détruit la résistance de ces sols qui est donc de nature microbiologique. L'isolement d'une collection de souches de Fusarium spp à partir de ces 4 échantillons de sols et leur introduction dans un sol traité à la chaleur montrent qu'une forte proportion de souches de F oxysporum est capable d'induire la résistance dans ce sol désinfecté. Le rôle de F oxysporum dans les mécanismes de résistance apparaît plus important que celui des F solani et des F roseum. L'aptitude des souches de F oxysporum à diminuer l'incidence de la maladie se manifeste de manière similaire dans les différents types de sols traités à la chaleur. Cette aptitude n'est pas corrélée à la capacité des souches à se multiplier saprophytiquement dans ces sols.Soil-suppressiveness to Fusarium-wilt: relationship between suppressiveness and indigenous microflora of the soil with special emphasis on the non-pathogenic Fusarium. The microbiological nature of the suppressiveness to Fusarium-wilt was established by comparative research carried out in Northern Italy, on 4 different soil samples collected whose physico-chemical and cultural features are summarized in table I. Both microbial populations (table II) and suppressiveness to Fusarium-wilt of flax (fig 1) is the soils from Albenga, Carmagnola and Santena were at higher levels than those in the soil from Donnas. A large proportion of the strains of Fusarium spp isolated from these soils were able to induce suppressiveness to Fusarium-wilt of flax in steamed soil. Among the non-pathogenic Fusaria, F oxysporum appeared to be more involved than F solani and F roseum in the mechanisms of the suppression (fig 2). Soil suppressiveness was conditioned not only by the density but also by the composition of the population of non-pathogenic F oxysporum present in each soil (fig 3). There was no relationship between the ability of non-pathogenic strains of F oxysporum to colonize the steamed soil (table III) and to induce suppressiveness (table IV, V). Moreover the activity of non-pathogenic strains of F oxysporum was not influenced by the physical and chemical characteristics of the tested soil samples

Microbiota delle scalere coinvolto nella colorazione arancione-rossa del formaggio Fontina: investigazione attraverso 454-pyrosequencing

La Fontina DOP è un formaggio prodotto da latte intero crudo tramite l’aggiunta di ceppi autoctoni starter quali: Streptococcus thermophilus, Lactococcus lactis e Lactobacillus delbrueckii. Durante la maturazione può presentarsi un difetto di colorazione in particolare nella zona del sotto-crosta dove il colore della pasta del formaggio può virare da giallo ad arancione -rosso. Questa colorazione può essere generata da pigmenti prodotti da batteri presenti nel formaggio oppure nel magazzino e sulle scalere di stagionatura. In questo lavoro si è pensato di caratterizzare le specie microbiche sia dei formaggi che delle scalere su cui erano posizionati, per notare qualche correlazione tra colorazione anomala e specie batteriche e di lieviti. La caratterizzazione è stata fatta tramite 454-pyrosequencing della regione V1-V3 del gene 16S rRNA per i batteri e della regione ITS1-ITS4 per i lieviti (la caratterizzazione dei lieviti è stata fatta solo per le scalere e non per i formaggi dove i lieviti erano presenti in quantità non apprezzabili rispetto ai batteri). Sono state analizzate le comunità microbiche di 8 formaggi a colorazione anomala e 8 a colorazione “normale” dopo 3 mesi di stagionatura (il difetto di solito comincia a manifestarsi dopo almeno 1 mese di stagionatura). I formaggi sono stati campionati sia nel sotto-crosta che nel centro. Le scalere in legno di abete rosso sono state campionate in una sezione di circa 250mm2 sulla superficie a contatto con i formaggi. Sono state analizzate 570247 sequenze di batteri divise in 267754 per i formaggi e 302586 per le scalere. Nei formaggi la maggioranza dei batteri apparteneva al phylum Firmicutes (95%) sia nei formaggi colorati in maniera anomala che non, con una piccola percentuale di Proteobacteria. La comunità batterica isolata dalle scalere ha mostrato una biodiversità più grande infatti erano presenti Actinobacteria (48%), Bacteroidetes (31%) Proteobacteria (14%) e Firmuctes (7% ). Sono stati identificati 319 generi di batteri diversi: gli Streptococcus erano dominanti sia al centro che nel sotto-crosta dei formaggi (75%) e ciò era prevedibile considerando che Streptococcus thermophilus è uno degli starter. Sulle scalere le Flavobacteriaceae e le Corynebacteriaceae erano le famiglie batteriche dominanti: le Flavobacteriaceae non presentavano differenze per colorazione (26%) mentre le Corynebacteriaceae mostravano una significativa differenza e in particolare erano più alte sulle scalere che davano colorazioni anomale (28% sulle scalere che davano colorazione e 20% sulle altre). L’analisi dei lieviti ha rivelato anche in questo caso delle differenze significative ed in particolare le scalere che davano colorazioni anomale presentavano alte percentuali di Galactomyces (33% contro il 13% presente sulle scalere “normali”) e minori di Debariomyces (51% contro 63%) e Tremellomycetes (7% contro 18%). In conclusione si può dire che la composizione microbica del formaggio non ha mostrato delle differenze apprezzabili ma probabilmente perché con un formaggio dominato dallo “starter” è fondamentale analizzare molte più sequenze per avere un’idea del contributo che possono avere anche le popolazioni sub-dominanti quindi sarebbe necessaria un’analisi più approfondita. Per le scalere si può affermare che laddove si verifichino colorazioni anomale” c’è una significativa dominanza di Corynebacteriaceae e Galactomyces rispetto alle altre scalere dove invece dominano Debariomyces e Tremellomycetes. Sono da indagare possibili correlazioni di questi generi batterici e di lieviti nelle colorazioni anomale