SNCA mutation p.Ala53Glu is derived from a common founder in the Finnish population

Peer reviewe

Genetic basis of Parkinson’s disease in Finland

Tausta: Parkinsonin tauti on toiseksi yleisin hermoston rappeumasairaus sairaus länsimaissa. Sen esiintyvyys koko väestössä on noin 0.3%, ja tästä perinnöllisen tautimuodon on arvioitu käsittävän 5-10%. Viime vuosina on löydetty 23 eri geenilokusta, joissa olevat mutaatiot aiheuttavat perinnöllistä Parkinsonin tautia. Suomessa on kuitenkin tähän mennessä löydetty vasta muutamia sairauteen liityttyjä geenimuutoksia. Tavoitteet ja menetelmät: Selvittääksemme löytyykö suomalaisesta väestöstä jo potilailta löydettyjä geenimuutoksia, etsimme kirjallisuudesta löytämiämme muutoksia uudesta geneettisestä tietokannasta, SISu:sta, joka sisältää yli 10 000 suomalaisen geenitiedot. Lisäksi väestötason tietoa tukeaksemme ja etsiäksemme uusia geenimuutoksia, analysoimme 47 potilaan aineiston suunnittelemallamme geenipaneelilla sekä toisen, 147 potilaan aineiston, minisekvensointimenetelmällä yhden väestössä esiintyvän muutoksen osalta. Tulokset: Löysimme väestötietokannasta viidestä eri geenistä 16 mahdollisesti sairauteen liitettyä geenimuutosta, joista analyysimme jälkeen arvioimme kolmen olevan sairauden riskiä kasvattavia ja neljä todennäköisesti sairauden riskiin liittymättömiä. Lisäksi löysimme kahdeksalta potilaalta yhdeksän mahdollisesti tautia aiheuttavaa muutosta, joista neljä oli aiemmin kuvaamattomia. Pohdinta: Suomalaiset näyttävät kantavan vain vähän aiemmin kuvattuja perinnöllistä Parkinsonin tautia aiheuttavia geenimuutoksia. Todennäköisesti suomalaiset kantavat väestölleen ominaisia muutoksia, joita myös tutkimuksessamme löysimme. Analyysimme tuo arvokasta tietoa vielä vähäiseen geneettiseen tietoon tästä sairaudesta suomalaisessa väestössä. Lisäksi pystyimme tarkentamaan monien aiemmin epäselvien muutosten sairausriskiä tutkimalla niiden yleisyyttä Suomessa. Uusien geenimuutosten tutkimus voi tuoda arvokasta lisätietoa sairauden syntymekanismista; erityisesti löytämämme PARK2-geenin muutoksen sijainti osoittautui keskeiseksi aiemmin ehdotetun tautimekanismin kannalta. (208 sanaa)Introduction: Parkinson’s disease is the second most common neurodegenerative disease in the Western countries with a prevalence of about 0.3% in the population. Approximately 5 to 10% of patients are estimated to have a hereditary form of the disease. In recent years, 23 gene loci have been found, in which mutations cause hereditary Parkinson’s disease. In Finland, however, only a few disease linked gene variants have been found so far. Aims and methods: To find out if there are gene variants previously found in Parkinson’s disease patients in the Finnish population, we searched variants found in literature search in a novel genetic database, SISu, which contains genetic data of over 10 000 Finns. In addition, to confirm population findings and search for new gene variants, we analyzed 47 patient cohort with a designed gene panel and also another cohort, containing 147 patients, by minisequencing one variant found in the population data. Results: We found 16 variants in five different genes in the population data. Three of them were considered pathogenic and four likely benign after our analysis. In addition, we found nine potentially disease linked variants in eight different patients. Four of the variants were novel. Discussion: Finns seem to carry only few previously described gene variants in genes linked to Parkinson’s disease. It is likely that Finns carry their own unique variants, some of which we also found in our study. Our analysis brings valuable information about the still scarce knowledge of the genetics of this disease in the Finnish population. In addition, we were able to evaluate the disease risk of many variants further by studying their occurrence in Finns. The study of novel gene variants may bring valuable new information about the pathogenic processes related to the disease; especially the location of a novel variant in PARK2 gene found in our study turned out to be crucial for one of the previously suggested disease mechanisms