Optimització del protocol de PCR per la selecció de varietats de meló (Cucumis melo) resistents a patògens.

Melon (Cucumis melo) is a highly valued crop in temperate and tropical climate regions. However, its production is limited by diseases that cause a decrease in productivity and the quality of the crop. Efforts to overcome these limitations do not stop growing and chemical treatments, despite being an accessible and economic resource, are control methods already known as dangerous for public health and for the conservation of the environment. Currently, these efforts are concentrating on developing varieties resistant to these diseases. The development of resistant varieties goes through the phenotypic and genetic analysis of these. The main objective of this work is the optimization of the parameters of PCR to determine the presence or absence of genetic regions linked to the resistance to pathogens in the cultivation of melon. In this work, three of the major pathologies in Cucumis melo culture are considered : Fusarium oxysporum f. sp. melonis, MNSV (Spot Necrotic Melon Virus) and powdery mildew by Podosphaera xanthii and Golovinomyces cichoracearum. The genetic analysis of the varieties 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8.9, 10, 11, 12 and 13 provided by Rocalba S.A. through the use of molecular markers and the PCR (Polymerase Chain Reaction) technique with 2,5% agarose gel electrophoresis. The molecular markers that have been used are SB17645, SV01574, Fom2-S342, Fom2-R408 and Marker F / f for Fusarium oxysporum; M29 for MNSV; CMBR120, CMBR8, MRGH5, MRGH63, Marker E, Marker D, SCAR0305 for powdery mildew. The primers are specific for each marker, as well as the annealing of the primers to the DNA is also specific and varies depending on the laboratory conditions. This work has optimized this temperature for each marker by comparing the results of the PCR with the results of the phenotypic analysis and the bibliography. The results of this work have shown that the Fom2-S342, Fom2-R408, MRGH5, MRGH63 and SCAR0305 markers will allow us to detect resistance to the corresponding pathogen in the studied melon varieties. The optimal annealing temperature for these markers has been established as well as the elongation time for some of them. This fact will allow the selection of resistant varieties for the following phases of the project.El meló (Cucumis melo) és un cultiu altament valorat en regions de clima temperat i tropical. No obstant, la seva producció es veu limitada per malalties que provoquen una disminució de la productivitat i de la qualitat del cultiu. Els esforços per superar aquestes limitacions no paren de créixer i els tractaments químics, a pesar de ser un recurs accessible i econòmic, són uns mètodes de control ja coneguts com perillosos per a la salut pública i per a la conservació del medi ambient. Actualment, aquests esforços s'estan concentrant en desenvolupar varietats resistents a aquestes malalties. El desenvolupament de varietats resistents passa per l'anàlisi fenotípica i genètica d'aquestes. L'objectiu principal d'aquest treball és l'optimització dels paràmetres de PCR per determinar la presència o absència de regions gèniques vinculades a la resistència a patògens en el cultiu del meló. En aquest treball es tenen en compte tres de les majors patologies en el cultiu de Cucumis melo causades per : Fusarium oxysporum f. sp. melonis , MNSV (Melon Necrotic Spot Virus) i oïdi per Podosphaera xanthii i per Golovinomyces cichoracearum. S'ha realitzat l'anàlisi genètic de les varietats 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8,9, 10, 11, 12 i 13 proveïdes per Rocalba S.A. mitjançant l'ús de marcadors moleculars i la tècnica PCR (Polymerase Chain Reaction) amb electroforesi en gel d'agarosa al 2,5%. Els marcadors moleculars utilitzats han sigut SB17645, SV01574, Fom2-S342 , Fom2-R408 i Marker F/f per Fusarium oxysporum; M29 per MNSV; CMBR120, CMBR8, MRGH5, MRGH63, Marker E , Marker D, SCAR0305 per oïdi. Els encebadors són específics per cada marcador, així com la temperatura d'anellament dels encebadors a l 'ADN és també específica i varia en funció de les condicions del laboratori. Aquest treball ha optimitzat aquesta temperatura per cada marcador comparant els resultats de les PCR amb els resultats de l'anàlisi fenotípic i amb la bibliografía. Els resultats d'aquest treball han demostrat que els marcadors Fom2-S342 , Fom2-R408 , MRGH5, MRGH63 i SCAR0305 ens permetran detectar resistència al patogen corresponent en les varietats de meló estudiades. S'ha pogut establir la temperatura d'anellament òptima per a aquests marcadors així com el temps d'elongació per a alguns, el que permetrà en un futur la selecció de varietats resistents per a les següents fases del projecte.El melón (Cucumis melo) es un cultivo altamente valorado en regiones de clima templado y tropical. Sin embargo, su producción se ve limitada por enfermedades que provocan una disminución de la productividad y de la calidad del cultivo. Los esfuerzos para superar estas limitaciones no paran de crecer y los tratamientos químicos, a pesar de ser un recurso accesible y económico, son unos métodos de control ya conocidos como peligrosos para la salud pública y para la conservación del medio ambiente. Actualmente, estos esfuerzos se están concentrando en desarrollar variedades resistentes a estas enfermedades. El desarrollo de variedades resistentes pasa por el análisis fenotípica y genética de estas. El objetivo principal de este trabajo es la optimización de los parámetros de PCR para determinar la presencia o ausencia de regiones génicas vinculadas a la resistencia a patógenos en el cultivo del melón. En este trabajo se tienen en cuenta tres de las mayores patologías en el cultivo de Cucumis melo causadas por: Fusarium oxysporum f. sp. melonis, MNSV (Melon necrótico Spot Virus) y oidio por Podosphaera xanthii y por Golovinomyces cichoracearum. Se ha realizado el análisis genético de las variedades 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8,9, 10, 11, 12 y 13 provistas por Rocalba S.A. mediante el uso de marcadores moleculares y la técnica PCR (Polymerase Chain Reaction) con electroforesis en gel de agarosa al 2,5%. Los marcadores moleculares utilizados han sido SB17645, SV01574, Fom2-S342, Fom2-R408 y Marker F / f para Fusarium oxysporum; M29 para MNSV; CMBR120, CMBR8, MRGH5, MRGH63, Marker E, Marker D, SCAR0305 para oidio. Los cebadores son específicos para cada marcador, así como la temperatura de anillamiento de los cebadores al ADN es también específica y varía en función de las condiciones del laboratorio. En estetrabajo se ha optimizado la temperatura para cada marcador comparando los resultados de las PCR con los resultados del análisis fenotípico y con la bibliografía. Los resultados de este trabajo han demostrado que los marcadores Fom2-S342, Fom2-R408, MRGH5, MRGH63 y SCAR0305 nos permitirán detectar resistencia al patógeno correspondiente en las variedades de melón estudiadas. Se ha podido establecer la temperatura de anillamiento óptima para estos marcadores así como el tiempo de elongación para algunos, lo que permitirá en un futuro la selección de variedades resistentes para las siguientes fases del proyecto

Optimització del protocol de PCR per la selecció de varietats de meló (Cucumis melo) resistents a patògens.

Melon (Cucumis melo) is a highly valued crop in temperate and tropical climate regions. However, its production is limited by diseases that cause a decrease in productivity and the quality of the crop. Efforts to overcome these limitations do not stop growing and chemical treatments, despite being an accessible and economic resource, are control methods already known as dangerous for public health and for the conservation of the environment. Currently, these efforts are concentrating on developing varieties resistant to these diseases. The development of resistant varieties goes through the phenotypic and genetic analysis of these. The main objective of this work is the optimization of the parameters of PCR to determine the presence or absence of genetic regions linked to the resistance to pathogens in the cultivation of melon. In this work, three of the major pathologies in Cucumis melo culture are considered : Fusarium oxysporum f. sp. melonis, MNSV (Spot Necrotic Melon Virus) and powdery mildew by Podosphaera xanthii and Golovinomyces cichoracearum. The genetic analysis of the varieties 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8.9, 10, 11, 12 and 13 provided by Rocalba S.A. through the use of molecular markers and the PCR (Polymerase Chain Reaction) technique with 2,5% agarose gel electrophoresis. The molecular markers that have been used are SB17645, SV01574, Fom2-S342, Fom2-R408 and Marker F / f for Fusarium oxysporum; M29 for MNSV; CMBR120, CMBR8, MRGH5, MRGH63, Marker E, Marker D, SCAR0305 for powdery mildew. The primers are specific for each marker, as well as the annealing of the primers to the DNA is also specific and varies depending on the laboratory conditions. This work has optimized this temperature for each marker by comparing the results of the PCR with the results of the phenotypic analysis and the bibliography. The results of this work have shown that the Fom2-S342, Fom2-R408, MRGH5, MRGH63 and SCAR0305 markers will allow us to detect resistance to the corresponding pathogen in the studied melon varieties. The optimal annealing temperature for these markers has been established as well as the elongation time for some of them. This fact will allow the selection of resistant varieties for the following phases of the project.El meló (Cucumis melo) és un cultiu altament valorat en regions de clima temperat i tropical. No obstant, la seva producció es veu limitada per malalties que provoquen una disminució de la productivitat i de la qualitat del cultiu. Els esforços per superar aquestes limitacions no paren de créixer i els tractaments químics, a pesar de ser un recurs accessible i econòmic, són uns mètodes de control ja coneguts com perillosos per a la salut pública i per a la conservació del medi ambient. Actualment, aquests esforços s'estan concentrant en desenvolupar varietats resistents a aquestes malalties. El desenvolupament de varietats resistents passa per l'anàlisi fenotípica i genètica d'aquestes. L'objectiu principal d'aquest treball és l'optimització dels paràmetres de PCR per determinar la presència o absència de regions gèniques vinculades a la resistència a patògens en el cultiu del meló. En aquest treball es tenen en compte tres de les majors patologies en el cultiu de Cucumis melo causades per : Fusarium oxysporum f. sp. melonis , MNSV (Melon Necrotic Spot Virus) i oïdi per Podosphaera xanthii i per Golovinomyces cichoracearum. S'ha realitzat l'anàlisi genètic de les varietats 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8,9, 10, 11, 12 i 13 proveïdes per Rocalba S.A. mitjançant l'ús de marcadors moleculars i la tècnica PCR (Polymerase Chain Reaction) amb electroforesi en gel d'agarosa al 2,5%. Els marcadors moleculars utilitzats han sigut SB17645, SV01574, Fom2-S342 , Fom2-R408 i Marker F/f per Fusarium oxysporum; M29 per MNSV; CMBR120, CMBR8, MRGH5, MRGH63, Marker E , Marker D, SCAR0305 per oïdi. Els encebadors són específics per cada marcador, així com la temperatura d'anellament dels encebadors a l 'ADN és també específica i varia en funció de les condicions del laboratori. Aquest treball ha optimitzat aquesta temperatura per cada marcador comparant els resultats de les PCR amb els resultats de l'anàlisi fenotípic i amb la bibliografía. Els resultats d'aquest treball han demostrat que els marcadors Fom2-S342 , Fom2-R408 , MRGH5, MRGH63 i SCAR0305 ens permetran detectar resistència al patogen corresponent en les varietats de meló estudiades. S'ha pogut establir la temperatura d'anellament òptima per a aquests marcadors així com el temps d'elongació per a alguns, el que permetrà en un futur la selecció de varietats resistents per a les següents fases del projecte.El melón (Cucumis melo) es un cultivo altamente valorado en regiones de clima templado y tropical. Sin embargo, su producción se ve limitada por enfermedades que provocan una disminución de la productividad y de la calidad del cultivo. Los esfuerzos para superar estas limitaciones no paran de crecer y los tratamientos químicos, a pesar de ser un recurso accesible y económico, son unos métodos de control ya conocidos como peligrosos para la salud pública y para la conservación del medio ambiente. Actualmente, estos esfuerzos se están concentrando en desarrollar variedades resistentes a estas enfermedades. El desarrollo de variedades resistentes pasa por el análisis fenotípica y genética de estas. El objetivo principal de este trabajo es la optimización de los parámetros de PCR para determinar la presencia o ausencia de regiones génicas vinculadas a la resistencia a patógenos en el cultivo del melón. En este trabajo se tienen en cuenta tres de las mayores patologías en el cultivo de Cucumis melo causadas por: Fusarium oxysporum f. sp. melonis, MNSV (Melon necrótico Spot Virus) y oidio por Podosphaera xanthii y por Golovinomyces cichoracearum. Se ha realizado el análisis genético de las variedades 1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8,9, 10, 11, 12 y 13 provistas por Rocalba S.A. mediante el uso de marcadores moleculares y la técnica PCR (Polymerase Chain Reaction) con electroforesis en gel de agarosa al 2,5%. Los marcadores moleculares utilizados han sido SB17645, SV01574, Fom2-S342, Fom2-R408 y Marker F / f para Fusarium oxysporum; M29 para MNSV; CMBR120, CMBR8, MRGH5, MRGH63, Marker E, Marker D, SCAR0305 para oidio. Los cebadores son específicos para cada marcador, así como la temperatura de anillamiento de los cebadores al ADN es también específica y varía en función de las condiciones del laboratorio. En estetrabajo se ha optimizado la temperatura para cada marcador comparando los resultados de las PCR con los resultados del análisis fenotípico y con la bibliografía. Los resultados de este trabajo han demostrado que los marcadores Fom2-S342, Fom2-R408, MRGH5, MRGH63 y SCAR0305 nos permitirán detectar resistencia al patógeno correspondiente en las variedades de melón estudiadas. Se ha podido establecer la temperatura de anillamiento óptima para estos marcadores así como el tiempo de elongación para algunos, lo que permitirá en un futuro la selección de variedades resistentes para las siguientes fases del proyecto