Determination of Type 7 (SCA7) and Type 17 (SCA17) CAG Trinucleotide Repeats In Patients with Spinocerebellar Ataxia Syndrome.

TEZ9406Tez (Yüksek Lisans) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2011.Kaynakça (s. 44-52) var.xii, 55 s. : res., tablo ; 29 cm.Spinoserebellar Ataksi (SSA), beyincik, beyin sapı ve omurilikte ilerleyen fonksiyon bozukluğu ile karakterize, zamanla ilerleyen, dejeneratif, Gu ana kadar birçok farklı tipi belirlenmiG bir genetik hastalıktır. Klinik semptomlar genellikle yürüyüGte bozulma, el ve ayak hareketlerinin koordinasyonunda azalma, konuGmada bozukluk, görme kaybı ve bunama olarak sıralanabilir. Hastalarda genellikle beyincik atrofisi görülmekle birlikte farklı tipteki ataksilerin beyinciğin farklı bölgelerini etkilediği bilinmektedir. Günümüzde farklı kromozomal lokus ya da gen farlılığına göre 30’nin üzerinde farklı tipleri olan kalıtsal SSA hastalığı tanımlanmıG durumdadır. Farklı tipteki SSA’ların klinik belirtileri birbirleriyle çok benzer olmakla birlikte, bu sendromun farklı tiplerine neden olan gen bölgeleri ve bu bölgelerdeki mutasyonlar farklılık göstermektedir. Bu nedenle hastalığın klinik tanısı çok zor olmakla birlikte, hastalığa neden olan özgün lokustaki genetik düzensizliğin moleküler yöntemlerle belirlenmesi tanının kesin olarak yapılabilmesine olanak sağlamaktadır. SSA hastalığına neden olan mutasyonlar birkaçı dıGında üçlü nükleotit tekrarlarındaki (TNR) anormal artıGlardan kaynaklanmaktadır. SSA7’ye 3’üncü kromozomun p21.1 bölgesinde bulunan ATXN7 geninin üçüncü ekzonundaki tekrar artıGları ve SSA17’ye 6’ıncı kromozomun q27 bölgesinde bulunan TATA box-binding protein (TBP) geninin üçüncü ekzonundaki tekrar artıGları sebep olmaktadır. Bu çalıGmada, Çukurova Üniversitesi Tıp Fakültesi Nöroloji ve Pediatrik Nöroloji servislerine baGvurmuG, SSA teGhisi konmuG hastalardan ve sağlıklı kiGilerden kan örnekleri toplandı. Hasta ve normal bireylerin SSA7 ve SSA17 bölgeleri için tekrar sayıları, tekrar artıGı gösteren bölgelerin PCR amplifikasyonu yoluyla çoğaltılmasının ardından elde edilen PCR ürünlerinin agaroz jel elektroforezi yapılıp uzunlukları bilinen DNA parçalarıyla karGılaGtırılması yoluyla belirlendi.Spinocerebellar Ataxia (SCA) is a progressive, degenerative, genetic disease with multiple types determined until now. It is characterized by the progressive function disorder in cerebellum, brainstem and spinal cord. Clinical symptoms are generally incoordination of gait, poor coordination of hands and feet, distortion of speech, loss of vision and dementia. Mostly atrophy of the cerebellum is seen in patients however, it is known that different ataxias affect different regions of the cerebellum. Today, more than 30 different types of hereditary SCA is determined according to different chromosomal locus or different gene. Different types of ataxias have very similar clinical symptoms however, they are caused by different gene locus and mutations in these locus are also different. Due to this reason clinical diagnosis of the disease is very hard but mutations in the specific locus can be determined by molecular methods and disease can be diagnosed. The mutations causing SCA are usually the abnormal increases in trinucleotide repeats (TNR). SCA7 is caused by the increased repeats in ATXN7 gene which is located on p21.1 region of 3rd chromosome and SCA17 is caused by the increased repeats in TATA box-binding protein (TBP) gene which is located on q27 region of 6th chromosome. In this research, blood samples are collected from patients who applied to Neurology and Pediatric Neurology clinics of Çukurova University Medical School and are diagnosed for SCA and from healthy people for control. The repeat numbers of the SCA7 and SCA17 regions of the patients and normal people are determined by the PCR amplification of the regions that show expansion followed by agarose gel electrophoresis to compare these PCR products with the known DNA fragments. In our research; during SCA7 screening 1 person (1/60, 1,7%) is identified as having full penetrance, during SCA17 screening 3 people (3/159, 1,9%) are identified as having low penetrance with 43-48 TNR numbers, 3 people (3/159, 1,9%) are identified as having full penetrance with 49-66 TNR numbers and all having heterozygous genotype is determined. Prevalences of the SCA7 and SCA17, averages and frequencies of the repeat numbers are determined. Furthermore, relation of the repeat numbers and disease onset age is examined.Bu çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TF2009YL26

Examination of Effects of Daylight on Melatonin Hormone, Kisspeptin Protein, Skin Cancer Formation and Metastasis in Mice.

TEZ11027Tez (Doktora) -- Çukurova Üniversitesi, Adana, 2017.Kaynakça (s. 45-53) var.xii, 55 s. : res. (bzs. rnk.), tablo ; 29 cm.Melatonin hormonu, hayvanlarda kandaki miktarı gün döngüsü içerisinde ışık miktarıyla ters orantılı olarak değişen bir hormondur. Melatonin miktarındaki sürekli fazlalığın (körlük veya az gün ışığı alan bölgelerde yaşama gibi) cilt kanseri ve meme kanseri gibi bazı kanser tipleriyle ilişkisi bilinmektedir. Kisspeptin proteininin hücre içindeki miktarı kandaki melatonin miktarına bağlı olarak değişmekle birlikte yoğun olarak beynin hipotalamus bölgesindeki hücrelerde üretilmektedir. Kisspeptin melanomalarda ve meme kanserlerinde metastaz süpresörü olarak çalışmaktadır. Yapılan bu çalışmayla, farelerde gün ışığı alım miktarının kandaki melatonin miktarını nasıl etkilediğinin, beynin hipotalamus bölgesindeki hücrelerde bulunan kisspeptin miktarının gün ışığı alım miktarına ve kandaki melatonin miktarına bağlı olarak nasıl değiştiğinin tespit edilmesi amaçlanmıştır. Ek olarak, farelerde cilt kanseri oluşturulmuş ve kanser oluşumu, metastaz oranı, gün ışığı alımı, melatonin hormonunun düzeyi ve kisspeptin proteininin düzeyi arasındaki ilişkiler ortaya konulmaya çalışılmıştır. Bu amaçla, yeni doğmuş fareler kör grup ve gün ışığı grubu olarak ayrılmış, kör gruptaki fareler karanlık ortamda ve gün ışığı grubundaki fareler 12 saat gündüz 12 saat gece ortamında 17 hafta boyunca yetiştirilmiştir. 11. hafta sonunda farelere melanoma hücre hattı aşılaması yapılmış ve tümör hacimlerinin değişimleri 6 hafta boyunca takip edilmiştir. Deney sonunda farelerin kanlarından melatonin ölçümü ve hipotalamus dokularından Kisspeptin ölçümü yapılmıştır. Ayrıca farelerin hipotalamuslarında KISS1 geninin transkripsiyon hızı tespit edilmiştir. Çalışmalar sonucunda, kör gruptaki farelerin gün ışığı grubundaki farelere göre melatonin seviyelerinin yüksek, KISS1 seviyelerinin ise düşük olduğu, tümör oluşumu gözlenen farelerin sağlıklı farelere göre melatonin seviyelerinin düşük, KISS1 seviyelerinin ise yüksek olduğu, tümör hacimleriyle melatonin seviyeleri arasında ters ve KISS1 seviyeleri arasında doğru orantılı bir ilişki olduğu ve tümör büyüme hızlarının kör gruptaki farelerde gün ışığı grubundaki farelere göre daha düşük olduğu tespit edilmiştir. Bu sonuçlar ışığında, melatoninin ve kisspeptinin kanser oluşumunda önemli birer tümör süpresör olduğu, bu iki önemli elemanın gün ışığı alımından yüksek derecede etkilendiği sonucuna varılmıştır. Bu iki önemli elemanın ayrıca birbirlerinin miktarlarından etkilendiği sonucuna varılmış ancak bu etkinin tek yönlü doğrusal bir etki olmaktan çok, daha komplike ve başka faktörlere göre de değişebilen bir etki olduğu yorumu yapılmıştır.Melatonin is a hormone whose blood level changes inversely proportional to daylight during day cycle. Relationship of skin and breast cancer with constant redundancy of melatonin (i.e. blindness, living in territories that constantly take less sunlight) is already known. Kisspeptin’s cellular level is inversely proportional with melatonin level in blood and it is mostly synthesized by the hypothalamus cells of the brain. Kisspeptin functions as a metastasis suppressor in melanomas and breast cancers. With this study, it is aimed to determine the relationship between daylight and melatonin level in blood, relationship between daylight, blood melatonin level and kisspeptin level in cells which are located at the hypothalamus region of brain. In addition, skin cancer is formed on mice to examine the relationship between cancer formation, metastasis, daylight, melatonin levels and kisspeptin levels. For this purpose, new born mice are separated as blind group and daylight group such that blind group is raised in dark and daylight group is raised in 12 hours light/12 hours dark for 17 weeks. At the end of 11th week, melanoma cell lines are inoculated to mice and tumor growth is observed for 6 weeks. At the end of the experiment, melatonin levels are measured from blood serum and kisspeptin levels are measured from hypothalamus. In addition, transcription levels of KISS1 gene in hypothalamus tissue is also detected. At the end of this study, blind group is found have higher melatonin levels and lower KISS1 expression levels with respect to daylight group. Also, melatonin levels are found to be inversely proportional and KISS1 levels are found to be directly proportional with tumor volumes. Moreover, tumor growth speed is found to be lower in blind group than in daylight group. In the light of these results, melatonin and kisspeptin are shown to be important tumor suppressors and these two important elements are highly affected by daylight. In addition, these two tumor suppressors are also found to be affected by the levels of each other, however, this relationship is speculated to be complicated and affected by other factors too instead of being simple and direct.Bu çalışma Ç.Ü. Bilimsel Araştırma Projeleri Birimi tarafından desteklenmiştir. Proje No: TDK-2015-2966

Sistem Biyolojisi

Sistem biyolojisi, klasik biyolojideki indirgemeci yaklaşımın aksine, canlıların genler, proteinler ve biyokimyasal tepkimelerin etkileşen ve bütünleşmiş ağ yapısı olarak algılanarak girift şekilde incelenmesini amaçlayan çok yeni ve çok disiplinli bir bilim dalıdır. Bu bilim dalı moleküler biyoloji, genetik, biyokimya vb. bilim dallarında olduğu gibi tek tek proteinlerin, genlerin ya da belirli bir metabolizmaya ait yolağının incelenmesi yerine tüm parçaların bir bütünün parçaları olduğunu ve etkileşerek çalıştığını kabul eden bütünleştirici yeni bir yaklaşımı benimsemektedir. Bu bilim dalı genomik, transkriptomik, proteomik, metabolomik, glikomik, interaktomik, fluksomik ve biyoinformatiğin birleşiminden oluşur. Bu disiplinlerden elde ettiği verileri matematiksel modellere dökerek gözlemsel kabul edilen biyolojiyi sayısallaştırır ve bu sayede bilgisayarlar yardımıyla canlı sistem modelleri yaratarak tüm sistem hakkında bilgi edinir

İnsan amniotik hücre kültüründe nikotin ve resveratrolün Sox2 ve Sox4 genlerinin ekspresyon seviyeleri üzerindeki etkilerinin real time PCR ile araştırılması

Purpose: The aim of this study was to show the effects of nicotine on expression levels of SOX2 and SOX4 genes, which are known for their master gene features, in human amniotic cell cultures. The study also aimed to show the effects of resveratrol, an antioxidant, on expression levels of these genes in human amniotic cell cultures, which are treated by nicotine. Materials and Methods: Twenty patients were included in this study and for each patient; control, nicotine treated and nicotine + resveratrol treated cell culture groups are formed. The expression levels of SOX2 and SOX4 genes are examined in each group by using real time RT-PCR. Results: Change in expression levels of SOX2 and SOX4 genes in nicotine treated group were found to be statistically significant. Also, when groups treated with nicotine and nicotine + resveratrol were compared the difference was found to be statistically significant. Conclusions: Nicotine increased the expression levels of SOX2 and SOX4 genes by 60% in human amniotic cell cultures and resveratrol was found to be an important antioxidant that reduces the increased expression levels of SOX2 and SOX4 genes caused by nicotine treatment.Amaç: Bu çalışmada, nikotinin master gen özelliklerine sahip genlerden olan SOX2 ve SOX4 genlerinin ekspresyon düzeylerine etkilerinin insan amniyotik hücre kültüründe araştırılması amaçlanmıştır. Ek olarak, bir antioksidan olan resveratrolün nikotin ile muamele edilmiş hücrelerde bu genlerin ekspresyon düzeylerine etkileri insan amniyotik hücre kültüründe incelenmiştir. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya 20 hasta dahil edilmiştir ve her hasta için kontrol, nikotin ve nikotin+resveratrol hücre kültürü grupları oluşturulmuştur. SOX2 ve SOX4 genlerinin ekspresyon düzeyleri her grup için real time RT-PCR yöntemi kullanılarak tespit edilmiştir. Bulgular: SOX2 ve SOX4 genleri için nikotin ile muamele edilen grupta tespit edilen ekspresyon düzeylerindeki değişim istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. Ayrıca, nikotin ve nikotin+resveratrol ile muamele edilmiş gruplar karşılaştırıldığında sonuç istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. Sonuç: Nikotin, insan amniyotik hücrelerinde SOX2 ve SOX4 genlerinin ekspresyon düzeylerini %60 oranında artırmıştır ve resveratrolün bu artmış ekspresyon düzeylerini düşüren önemli bir antioksidan olduğu tespit edilmiştir

İnterlökin-2 promotoru polimorfizmi ile preeklampsi arasındaki ilişki

Purpose: One of the cytokines involved in the immune system is interleukin-2 (IL-2). It is contemplated that polymorphisms in the promoter region of the IL-2 gene may be one of the determining factors in the maternal immunization system associated with abnormal placentation resulting in preeclampsia. This study tried to determine the protective genotypes for preeclampsia by genotyping the -384 polymorphisms in the promoter region of interleukin 2 gene in preeclamptic Turkish women. Material and Methods: 146 blood samples, 57 normal and 89 preeclampsia, were collected from unrelated pregnant women. -384 promoter region of IL-2 gene is amplified by using PCR and Restriction Fragment Length Polymorphism method is applied by using Bfa-1 enzyme to identify the polymorphisms. Results: Of the 89 preeclamptic women included in the study, 38 had TT, 36 had GT, 15 had GG alleles and of the 57 normal pregnant women, 28 had TT, 22 had GT, and 7 had GG alleles. Conclusion: Considering the close relationship of preeclampsia with the immune system and the response to inflammation, this study aimed to investigate the relationship between IL-2 gene -384 promoter region polymorphism and preeclampsia. No statistically significant relationship was found between the genotypes. We think that comprehensive genetic studies including all negative factors that are effective for placenta formation would be useful.Amaç: İmmün sistemde sistemde rol alan sitokinlerden biri de interlökin-2'dir. IL-2 geninin promotor bölgesindeki polimorfizmlerin preeklampsi ile sonuçlanan anormal plasentasyon ile ilişkilendirilen maternal savunma mekanizmasındaki belirleyici faktörlerden biri olabileceği ihtimali düşünülmektedir. Bu çalışmada preeklamptik Türk kadınlarında interlökin 2 geninin promotor bölgesindeki - 384 polimorfizmi çalışılarak genotiplendirme yapılmış ve hangi genotipin koruyucu olduğu belirlenmeye çalışılmıştır. Gereç ve Yöntem: 57 normal, 89 preeklampsi olmak üzere toplam 146 birbiri ile akraba olmayan kadından kan alındı. IL-2 geninin -384 promotor bölgesi PCR yöntemi ile amplifiye edildi ve polimorfizmlerin tespiti için Restriction Fragment Length Polymorphism yöntemi Bfa- 1 enzimi kullanılarak gerçekleştirildi. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 89 preeklamptik kadından 38’inin TT, 36’sının GT, 15’inin GG; 57 normal gebe kadından 28’inin TT, 22’sinin GT ve 7’sinin GG alleline sahip olduğu tespit edilmiştir. Sonuç: Preeklampsi hastalığının immün sistem ve inflamasyon cevabıyla olan yakın ilişkisi göz önünde bulundurularak, bu çalışmada IL-2 geni -384 promotor bölgesi polimorfizmi ile preeklampsi ilişkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Genotipler arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunamamıştır. Plasenta oluşumuna etkili olan tüm olumsuz faktörlerin dâhil edildiği genetik tabanlı kapsamlı araştırmaların yararlı olacağını düşünmekteyiz

Investigation of the effects of nicotine and resveratrol on expression levels of Sox2 and Sox4 genes in human amniotic cell culture by real time PCR

Amaç: Bu çalışmada, nikotinin master gen özelliklerine sahip genlerden olan SOX2 ve SOX4 genlerinin ekspresyon düzeylerine etkilerinin insan amniyotik hücre kültüründe araştırılması amaçlanmıştır. Ek olarak, bir antioksidan olan resveratrolün nikotin ile muamele edilmiş hücrelerde bu genlerin ekspresyon düzeylerine etkileri insan amniyotik hücre kültüründe incelenmiştir. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya 20 hasta dahil edilmiştir ve her hasta için kontrol, nikotin ve nikotin+resveratrol hücre kültürü grupları oluşturulmuştur. SOX2 ve SOX4 genlerinin ekspresyon düzeyleri her grup için real time RTPCR yöntemi kullanılarak tespit edilmiştir. Bulgular: SOX2 ve SOX4 genleri için nikotin ile muamele edilen grupta tespit edilen ekspresyon düzeylerindeki değişim istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. Ayrıca, nikotin ve nikotin+resveratrol ile muamele edilmiş gruplar karşılaştırıldığında sonuç istatistiksel olarak anlamlı bulunmuştur. Sonuç: Nikotin, insan amniyotik hücrelerinde SOX2 ve SOX4 genlerinin ekspresyon düzeylerini %60 oranında artırmıştır ve resveratrolün bu artmış ekspresyon düzeylerini düşüren önemli bir antioksidan olduğu tespit edilmiştir.Purpose: The aim of this study was to show the effects of nicotine on expression levels of SOX2 and SOX4 genes, which are known for their master gene features, in human amniotic cell cultures. The study also aimed to show the effects of resveratrol, an antioxidant, on expression levels of these genes in human amniotic cell cultures, which are treated by nicotine. Materials and Methods: Twenty patients were included in this study and for each patient; control, nicotine treated and nicotine + resveratrol treated cell culture groups are formed. The expression levels of SOX2 and SOX4 genes are examined in each group by using real time RT-PCR. Results: Change in expression levels of SOX2 and SOX4 genes in nicotine treated group were found to be statistically significant. Also, when groups treated with nicotine and nicotine + resveratrol were compared the difference was found to be statistically significant. Conclusions: Nicotine increased the expression levels of SOX2 and SOX4 genes by 60% in human amniotic cell cultures and resveratrol was found to be an important antioxidant that reduces the increased expression levels of SOX2 and SOX4 genes caused by nicotine treatment

Relationship between interleukin-2 promoter polymorphism and preeclampsia

Amaç: İmmün sistemde sistemde rol alan sitokinlerden biri bölgesindeki polimorfizmlerin preeklampsi ile sonuçlanan anormal plasentasyon ile ilişkilendirilen maternal savunma mekanizmasındaki belirleyici faktörlerden biri olabileceği ihtimali düşünülmektedir. Bu çalışmada preeklamptik Türk kadınlarında interlökin 2 geninin promotor bölgesindeki 384 polimorfizmi çalışılarak genotiplendirme yapılmış ve hangi genotipin koruyucu olduğu belirlenmeye çalışılmıştır. Gereç ve Yöntem: 57 normal, 89 preeklampsi olmak üzere toplam 146 birbiri ile akraba olmayan kadından kan alındı. IL-2 geninin -384 promotor bölgesi PCR yöntemi ile amplifiye edildi ve polimorfizmlerin tespiti için Restriction Fragment Length Polymorphism yöntemi Bfa1 enzimi kullanılarak gerçekleştirildi. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen 89 preeklamptik kadından 38'inin TT, 36'sının GT, 15'inin GG; 57 normal gebe kadından 28'inin TT, 22'sinin GT ve 7'sinin GG alleline sahip olduğu tespit edilmiştir. Sonuç: Preeklampsi hastalığının immün sistem ve inflamasyon cevabıyla olan yakın ilişkisi göz önünde bulundurularak, bu çalışmada IL-2 geni -384 promotor bölgesi polimorfizmi ile preeklampsi ilişkisinin araştırılması amaçlanmıştır. Genotipler arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunamamıştır. Plasenta oluşumuna etkili olan tüm olumsuz faktörlerin dâhil edildiği genetik tabanlı kapsamlı araştırmaların yararlı olacağını düşünmekteyiz.Purpose: One of the cytokines involved in the immune system is interleukin-2 (IL-2). It is contemplated that polymorphisms in the promoter region of the IL-2 gene may be one of the determining factors in the maternal immunization placentation resulting in preeclampsia. This study tried to determine the protective genotypes for preeclampsia by genotyping the -384 polymorphisms in the promoter region of interleukin 2 gene in preeclamptic Turkish women. Material and Methods: 146 blood samples, 57 normal and 89 preeclampsia, were collected from unrelated pregnant women. -384 promoter region of IL-2 gene is amplified by using PCR and Restriction Fragment Length Polymorphism method is applied by using Bfa-1 enzyme to identify the polymorphisms. Results: Of the 89 preeclamptic women included in the study, 38 had TT, 36 had GT, 15 had GG alleles and of the 57 normal pregnant women, 28 had TT, 22 had GT, and 7 had GG alleles. Conclusion: Considering the close relationship of preeclampsia with the immune system and the response to inflammation, this study aimed to investigate the relationship between IL-2 gene -384 promoter region polymorphism significant relationship was found between the genotypes. We think that comprehensive genetic studies including all negative factors that are effective for placenta formation would be useful. Key polymorphism

Mutation analysis of 6 spinocerebellar ataxia (SCA) types in patients from southern Turkey

Background/aim: Spinocerebellar ataxias (SCAs) are complex clinical and genetically heterogeneous, mostly autosomal dominant neurodegenerative diseases. At present, more than 30 hereditary SCA types have been associated with different gene mutations. In this study, the frequency distribution of the 6 SCA types 1, 2, 3, 6, 7, and 17 in the Turkish population was investigated with respect to clinical features. Materials and methods: 159 patients who received a diagnosis of SCA and 42 healthy controls from Adana, Mersin, Gaziantep, Hatay, and Osmaniye provinces were included in the study. DNA samples were isolated from 2 mL blood samples and the number of trinucleotide repeats (TNRs) for each SCA type was detected using PCR-RFLP technique and sequencing. Results: Of the 6 SCA types that were studied, 4 types, SCA 1, 3, 7, and 17, were positive and all heterozygous for expansions. SCA types 1 and 17 had higher frequencies, 4.4% and 3.8%, respectively, than SCA types 3 and 7. The clinical data of patients were also evaluated to correlate with the increased TNR numbers. Conclusion: This study, being the first mutation record of SCAs in this area, indicated that 9.4% of cases belonged to 4 types, SCA 1, 3, 7, and 17.Background/aim: Spinocerebellar ataxias (SCAs) are complex clinical and genetically heterogeneous, mostly autosomal dominant neurodegenerative diseases. At present, more than 30 hereditary SCA types have been associated with different gene mutations. In this study, the frequency distribution of the 6 SCA types 1, 2, 3, 6, 7, and 17 in the Turkish population was investigated with respect to clinical features. Materials and methods: 159 patients who received a diagnosis of SCA and 42 healthy controls from Adana, Mersin, Gaziantep, Hatay, and Osmaniye provinces were included in the study. DNA samples were isolated from 2 mL blood samples and the number of trinucleotide repeats (TNRs) for each SCA type was detected using PCR-RFLP technique and sequencing. Results: Of the 6 SCA types that were studied, 4 types, SCA 1, 3, 7, and 17, were positive and all heterozygous for expansions. SCA types 1 and 17 had higher frequencies, 4.4% and 3.8%, respectively, than SCA types 3 and 7. The clinical data of patients were also evaluated to correlate with the increased TNR numbers. Conclusion: This study, being the first mutation record of SCAs in this area, indicated that 9.4% of cases belonged to 4 types, SCA 1, 3, 7, and 17

Huntington hastalığı tanısı almış hastalarda ve ailelerinde CAG trinükleotid tekrar sayılarının fragman analizi ile tespiti

Purpose: Huntington's Disease (HD) is an autosomal dominant disorder affecting nervous system. CAG trinucleotide repeat (TNR) increase in Huntingtin gene causes the disease. In normal individuals, 10-35 TNRs are found whereas in HD this number exceeds 36-37. This study aimed to investigate TNR numbers in individuals with HD diagnosed family and to provide genetic counselling for individuals with abnormal alleles. Material and Methods: Subjects consist of family members of a male who died at age of 60 due to HD. Randomly selected 57 healthy individuals are also analysed for control. TNR numbers were determined by fragment analysis. Results: TNR numbers of family members were determined as 17, 21, 23, 25, 33, 36 and 39. TNR numbers of randomly selected healthy people were found below 26. Individuals with 33 and 36 TNRs were considered as risk groups. Individuals with 39 TNRs were considered as HD patients. Conclusion: Since some subjects had 39 TNRs, it was emphasized that these people should be under physician control. Prenatal diagnosis is recommended to those who plan to have children. In addition, subjects with 33 and 36 CAG trinucleotide repeats are advised to inform new generations about HD and that they may be affected in future.Cukurova University Research Fund. Project no: TF2013BAP

Türk hastalarda fenilalanin hidroksilaz gen mutasyonlarının dizileme ve ARMS teknikleri ile incelenmesi

Amaç: Fenilketonüri, hepatik bir enzim olan fenilalanin hidroksilazın otozomal resesif bozukluğu sonucu ortaya çıkan bir durumdur. Bu çalışmada, Türk popülasyonunda en sık görülen fenilalanin hidroksilaz geni mutasyonlarını belirlemek amaçlandı. Gereç ve Yöntem: Öncelikle tüm ekson bölgeleri DHPLC metodu kullanılarak tarandı. Ardından mutasyon şüphesi taşıyan örnekler sekanslama ve ARMS yöntemleri kullanılarak analiz edildi. Bulgular: IVS10-11g->a splayzing mutasyonu 27 allelde (%58,7), R261Q mutasyonu 7 allelde (%15,2) ve E178G, P281L, R243X, R243Q, R408W, Y386C mutasyonları ise 2'şer allelde (%4,3) tespit edildi. Sonuç: R243X, R243Q, R261Q ve R408W mutasyonlarının oluştuğu 7 ve 12'inci ekson bölgelerinde arginin aminoasidinin değişimi Çukurova bölgesindeki fenilketonüri hastalarında fenilalanin hidroksilaz geni mutasyonlarında önemli bir yer tutmaktadır (%68,4). IVS10-11g->a ve P281L gibi tek baz mutasyonları bizim tarafımızdan dizayn edilmiş primerler ve ARMS tekniği kullanılarak daha ucuza, daha az teknik ekipmanla ve %100 doğrulukla tespit edilebilmektedirPurpose: Phenylketonuria is an autosomal recessive deficiency of the hepatic enzyme phenylalanine hydroxylase. With this study, detection of the most frequent phenylalanine hydroxylase gene mutations in Turkish population is aimed. Material and Methods: 23 unrelated phenylketonuria patients (46 alleles) who are living in Cukurova region, Turkey were investigated.First, all exons were screened by using DHPLC method then the direct sequencing technique and ARMS methods were used to analyze mutation suspected samples. Results: IVS10-11g->a splicing mutation in 27 alleles (58.7%), R261Q mutation in 7 alleles (15.2%) and E178G, P281L, R243X, R243Q, R408W, Y386C mutations, all in a frequency of 2/46 (4.3%) is found. Conclusion: The arginine amino acid, accounting for 68.4% of changes in exon sites 7 and 12, where R243X, R243Q, R261Q and R408W mutations occur, is thought to be important for amino acid changes in phenylalanine hydroxylase gene among phenylketonuria patients in Çukurova region. Single-base mutations like IVS10-11g->a and P281L could be detected with an accuracy of 100% by the use of specifically designed primers by authors according to ARMS technique and it is relatively cheaper and requesting less technical equipmen