Large-scale molecular analysis of hereditary hearing loss genes in argentinean deaf patients: lookingfora needle in a haystack

Hereditary Hearing Loss (HHL) is a common trait affecting 1 in 2000 new born children. The presence of over 100 different genes involved in HHL, lead us to go on board with Whole Exome Sequencing (WES) in order to search for the causative mutations.The main objective of this project was to diagnose Argentinean deaf families and discover novel mutations or new genes involved in pathology.We designed a flowchart to exclude all the spurious variations obtained and target for few candidates. To approach this, we filtered results, and candidate variations were segregated throughout family members. Variations positively selected, were analyzed using bioinformatic predictors and tracked in public databases. Additionally, conservation studies, structure and functional domain analysis in proteins, and in-vivo studies were performed.Using this strategy we analysed 15 WES results. We identified 16 causative mutations in 12 families with syndromic and non-syndromic hearing loss (11 missense, 4 frameshift and 1 splicing site mutations). Six were novel and functional studies of some of the identified mutations, using Zebra fish models, are under way. In the remaining 3 families, variables of uncertain significance were detected (Vous).To our knowledge this is the first study using WES to diagnose deaf patients in Argentina. We show in the present study that our flowchart is advantageous and noteworthy for large-scale molecular analysis in deaf patients. These findings clearly highlight the importance of genetic studies followed by in-sílico and in-vivo validation to better understand the genetic basis of Hereditary Hearing loss.Fil: Buonfiglio, Paula Inés. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaFil: Bruque, Carlos David. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud "Dr. Carlos G. Malbrán". Centro Nacional de Genética Médica; ArgentinaFil: Lotersztein, Vanesa. Ministerio de Defensa. Ejército Argentino. Hospital Militar Central Cirujano Mayor "Dr. Cosme Argerich"; ArgentinaFil: Goldschmidt, E.. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Agudos "Juan A. Fernández"; ArgentinaFil: Elgoyhen, Ana Belen. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaFil: Dalamon, Viviana Karina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentina51st European Society of Human Genetics ConferenceMilanItaliaEuropean Society of Human Genetic

Theragnosis for Duchenne Muscular Dystrophy

Dystrophinopathies cover a spectrum of rare progressive X-linked muscle diseases, arising from DMD mutations. They are among the most common pediatric muscular dystrophies, being Duchenne muscular dystrophy (DMD) the most severe form. Despite the fact that there is still no cure for these serious diseases, unprecedented advances are being made for the development of therapies for DMD. Some of which are already conditionally approved: exon skipping and premature stop codon read-through. The present work aimed to characterize the mutational spectrum of DMD in an Argentinian cohort, to identify candidates for available pharmacogenetic treatments and finally, to conduct a comparative analysis of the Latin American (LA) frequencies of mutations amenable for available DMD therapies. We studied 400 patients with clinical diagnosis of dystrophinopathy, implementing a diagnostic molecular algorithm including: MLPA/PCR/Sanger/Exome and bioinformatics. We also performed a meta-analysis of LA’s metrics for DMD available therapies. The employed algorithm resulted effective for the achievement of differential diagnosis, reaching a detection rate of 97%. Because of this, corticosteroid treatment was correctly indicated and validated in 371 patients with genetic confirmation of dystrophinopathy. Also, 20 were eligible for exon skipping of exon 51, 21 for exon 53, 12 for exon 45 and another 70 for premature stop codon read-through therapy. We determined that 87.5% of DMD patients will restore the reading frame with the skipping of only one exon. Regarding nonsense variants, UGA turned out to be the most frequent premature stop codon observed (47%). According to the meta-analysis, only four LA countries (Argentina, Brazil, Colombia and Mexico) provide the complete molecular algorithm for dystrophinopathies. We observed different relations among the available targets for exon skipping in the analyzed populations, but a more even proportion of nonsense variants (∼40%). In conclusion, this manuscript describes the theragnosis carried out in Argentinian dystrophinopathy patients. The implemented molecular algorithm proved to be efficient for the achievement of differential diagnosis, which plays a crucial role in patient management, determination of the standard of care and genetic counseling. Finally, this work contributes with the international efforts to characterize the frequencies and variants in LA, pillars of drug development and theragnosis.Fil: Luce, Leonela Natalia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Inmunología, Genética y Metabolismo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Inmunología, Genética y Metabolismo; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; ArgentinaFil: Carcione, María Micaela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Inmunología, Genética y Metabolismo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Inmunología, Genética y Metabolismo; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; ArgentinaFil: Mazzanti, Chiara. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Inmunología, Genética y Metabolismo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Inmunología, Genética y Metabolismo; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica; ArgentinaFil: Buonfiglio, Paula Inés. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaFil: Dalamon, Viviana Karina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaFil: Mesa, Lilia. Fundacion Favaloro. Instituto de Neurociencias.; ArgentinaFil: Dubrovsky, Alberto. Fundacion Favaloro. Instituto de Neurociencias.; ArgentinaFil: Corderí, José. Fundacion Favaloro. Instituto de Neurociencias.; ArgentinaFil: Giliberto, Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Inmunología, Genética y Metabolismo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Inmunología, Genética y Metabolismo; Argentin

In silico and in vivo analyses of novel variants identified by Whole Exome Sequencing in Argentinean deaf patients: To be or not be pathogenic

Hereditary hearing loss (HHL) is the most common sensory disorder affecting 1 in 500 newborn children. Since HHL is related to more than 150 target genes, we designed a diagnosis strategy in order to identify pathogenic variants.A total of 1250 patients were analyzed for frequent mutations in GJB2 and GJB6 genes by Sanger Sequencing, genotyping 25% of them. From undiagnosed patients, 29 families were selected to perform Whole exome sequencing. After filtering and analysis process, 45% of patients were genotyped, identifying 23 causative mutations (11 novel, 12 reported) classified according to ACMG Standards.Some of the novel variants were further studied in silico by structural and stability studies of the mutated proteins. In addition, datasets from deafness and specific variant databases were correlated with different protein motifs in order to predict the theoretical pathogenicity effect of the aminoacid changes. Furthermore, knock-down phenotype rescue assays in zebrafish are underway to accomplish in vivo validation. In some cases, extensive analysis reinforced the pathogenicity prediction effect of variants and surprisingly, in one case, discouraged the deleterious effect of a genetic variant to the protein.Preliminary results in zebrafish confirmed the pathogenicity of one novel variant in the hair cell function and auditory system.This study shows that our algorithm is successful for the genetic diagnosis of deafness. Comprehensive analysis is crucial to strengthen prediction of variant pathogenicity. These findings highlight the importance of genetic studies followed by in silico and in vivo validation to better understand the genetic basis of HHL.Fil: Buonfiglio, Paula Inés. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaFil: Bruque, Carlos David. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud "Dr. Carlos G. Malbrán". Centro Nacional de Genética Médica; ArgentinaFil: Goldschmidt, Ernesto. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Agudos "Juan A. Fernández"; ArgentinaFil: Lotersztein, Vanesa. Ministerio de Defensa. Ejército Argentino. Hospital Militar Central Cirujano Mayor "Dr. Cosme Argerich"; ArgentinaFil: Menazzi, Sebastián. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; ArgentinaFil: Paoli, Bibiana. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; ArgentinaFil: Plazas, Paola Viviana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Cátedra de Farmacología. 3º Cátedra de Farmacología; ArgentinaFil: Elgoyhen, Ana Belen. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaFil: Dalamon, Viviana Karina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentina53rd European Society of Human Genetics ConferenceVienaAustriaEuropean Society of Human Genetic

GJB2 and GJB6 genetic variant curation in an Argentinean non-syndromic hearing-impaired cohort

Genetic variants in GJB2 and GJB6 genes are the most frequent causes of hereditary hearing loss among several deaf populations worldwide. Molecular diagnosis enables proper genetic counseling and medical prognosis to patients. In this study, we present an update of testing results in a cohort of Argentinean non-syndromic hearing-impaired individuals. A total of 48 different sequence variants were detected in genomic DNA from patients referred to our laboratory. The y were manually curated and classified based on the American College of Medical Genetics and Genomics/Association for Molecular Pathology ACMG/AMP standards and hearing-loss-gene-specific criteria of the ClinGen Hearing Loss Expert Panel. More than 50% of sequence variants were reclassified from their previous categorization in ClinVar. The se results provide an accurately interpreted set of variants to be taken into account by clinicians and the scientific community, and hence, aid the precise genetic counseling to patients.Fil: Buonfiglio, Paula Inés. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaFil: Bruque, Carlos David. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Biología y Medicina Experimental. Fundación de Instituto de Biología y Medicina Experimental. Instituto de Biología y Medicina Experimental; Argentina. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorio e Instituto de Salud "Dr. C. G. Malbrán"; ArgentinaFil: Luce, Leonela Natalia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Inmunología, Genética y Metabolismo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Inmunología, Genética y Metabolismo; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Genética y Biología Molecular; ArgentinaFil: Giliberto, Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Houssay. Instituto de Inmunología, Genética y Metabolismo. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Instituto de Inmunología, Genética y Metabolismo; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Departamento de Microbiología, Inmunología y Biotecnología. Cátedra de Genética y Biología Molecular; ArgentinaFil: Lotersztein, Vanesa. Ministerio de Defensa. Ejército Argentino. Hospital Militar Central Cirujano Mayor "Dr. Cosme Argerich"; ArgentinaFil: Menazzi, Sebastián. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; ArgentinaFil: Paoli, Bibiana Patricia. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; ArgentinaFil: Elgoyhen, Ana Belen. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Departamento de Farmacología; ArgentinaFil: Dalamon, Viviana Karina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentin

Genética de la Audición en Argentina: Escuchando al genoma

La hipoacusia es el desorden neurosensorial más común que afecta aproximadamente a 460 millones de personas en el mundo. En más de la mitad de los casos la causa de la sordera es de origen genético y su prevalencia aumenta con la edad. Se conocen actualmente más de 100 genes que pueden relacionarse con el daño auditivo. La mayoría de los pacientes no evidencian ningún otro síntoma asociado (forma no sindrómica, 70%) y presentan un tipo de herencia autosómica recesiva (80%). Los genes que se encuentran más frecuentemente alterados en individuos con hipoacusia no sindrómica de herencia recesiva son GJB2 y GJB6, que en algunas poblaciones alcanza el 30- 50% del diagnóstico. La detección temprana es fundamental, ya que el tratamiento inmediato tiene un impacto exponencial en el desarrollo de las distintas habilidades de la audición y el lenguaje. Es por esto, que entender las causas subyacentes de la hipoacusia hereditaria se convierte en un tema de importancia mayor. En este trabajo resumimos las distintas formas de identificar, describir y estudiar las variantes genéticas en diversos genes relacionados con la patología. Además, diseñamos un algoritmo secuencial para el abordaje multigénico de la hipoacusia, que involucra tanto técnicas rutinarias de biología molecular como estudios de última generación. De este modo, logramos un diagnóstico molecular certero, y en consecuencia, un preciso asesoramiento genético y clínico para el paciente.Hearing loss is the most common sensory disorder affecting approximately 460 million people worldwide. In more than half of the cases, the cause of hearing impairment is genetic and to date more than 100 genes have been related to hearing damage. Most of the patients do not exhibit any other associated symptoms (non-syndromic form, 70%) and present an autosomal recessive mode of inheritance (80%). GJB2 and GJB6 are the most frequently altered genes in individuals with recessive inherited non-syndromic hearing loss, which in some populations reach 30-50% of diagnosis rate. Early detection results essential, since treatment has an exponential impact on the development of hearing and language skills. This is the reason why understanding the underlying causes of hereditary hearing loss becomes a major issue. In this work we summarize possible ways to identify, describe and study the prevalence of genetic variants in genes related to the disease. In addition to design a suitable algorithm for the sequential multigenic approach of hearing loss that involves both everyday routine molecular biology techniques and next generation sequencing techniques. In this way, we achieve an accurate molecular diagnosis, and hence, a precise clinical and genetic counseling for the patient.Fil: Buonfiglio, Paula Inés. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaFil: Elgoyhen, Ana Belen. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaFil: Dalamon, Viviana Karina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentin

GJB2 and GJB6 genetic variant curation in a non-syndromic hearing loss cohort from argentina

Hereditary hearing impairment affects 1-500 newborn children. It is characterized by the large amount of genes involved (more than 100) and its phenotype heterogeneity. Despite the wide genetic variety of hearing impairment, the most commonly mutated genes in severe to profound autosomal recessive non-syndromic hearing loss are GJB2 and GJB6, accounting for nearly 50% of the cases in most populations around the Mediterranean Sea. Molecular diagnosis enables proper genetic counseling and medical prognosis to patients. Therefore, correct interpretation of the phenotypic consequences of genetic variants is crucial in genetic diagnosis, since discrepancies in sequence variant interpretation and classification has been reported to lead to serious impact in patient health maintenance.In this study we aimed to identify the genetic causes of hearing loss and performed a manual genetic variant curation following the American College of Medical Genetics and Genomics/Association for Molecular Pathology ACMG/AMP standards and hearing-loss-gene-specific criteria of the ClinGen Hearing Loss Expert Panel.A total of 600 patients were studied for genetic variants in GJB2 and GJB6 genes by Sanger Sequencing technique and Multiplex Gap-PCR, respectively.Overall, 48 different sequence variants were detected in our cohort of patients, being the c.35delG the most common causative variant identified. Besides, more than 50% of sequence variants were reclassified from their previous categorization in ClinVar after careful manual analysis. These results provide an accurately analysed and interpreted set of variants to be taken into account by clinicians and the scientific community, and hence, aid the precise genetic counseling to patients.Fil: Buonfiglio, Paula Inés. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaFil: Bruque, Carlos David. Hospital de Alta Complejidad Gobernador Cepernic - Presidente Kirchner; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Menazzi, S.. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; ArgentinaFil: Francipane, S.. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; ArgentinaFil: Lotersztein, Vanesa. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud "Dr. Carlos G. Malbrán". Centro Nacional de Genética Médica; ArgentinaFil: Elgoyhen, Ana Belen. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Cátedra de Farmacología. 3º Cátedra de Farmacología; ArgentinaFil: Dalamon, Viviana Karina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaReunión de Sociedades de Biociencias 2021; LXVI Reunión Anual de la Sociedad Argentina de Investigación Clínica; LXIX Reunión Anual de la Sociedad Argentina de Inmunología; LIII Reunión Anual de la Asociación Argentina de Farmacología Experimental; XI Reunión Anual de la Asociación Argentina de NanomedicinasCiudad Autónoma de Buenos AiresArgentinaSociedad Argentina de Investigación ClínicaSociedad Argentina de InmunologíaAsociación Argentina de Farmacología ExperimentalAsociación Argentina de Nanomedicina

Análisis integral de variantes genéticas identificadas en pacientes con hipoacusia hereditaria en Argentina

La hipoacusia afecta a 1:500 niños recién nacidos. Es una enfermedad heterogénea y se han descrito más de 170 genes relacionados. Dada su complejidad, diseñamos un abordaje multi-target, para detectar las variantes genéticas y validar las causas de la patología mediante análisis *in-sílico* e *in-vivo*.Se analizaron 1250 pacientes mediante secuenciación de Sanger para detectar las mutaciones frecuentes en 2 genes y 30 pacientes mediante WES.Las variantes candidatas se analizaron con herramientas bioinformáticas, se clasificaron y curaron siguiendo las recomendaciones del Hearing Loss Expert Panel. Se realizó el análisis estructural y de estabilidad de proteínas mutadas demostrando la patogenicidad *in-silico* de las variantes nóveles. Confeccionamos un extenso estudio de correlación de bases de datos para inferir una relación ?mutación/probabilidad?. Además, comprobamos la pérdida de funcionalidad proteica con ensayos *in vivo* mediante rescate de fenotipo en pez cebra.El 38% de los pacientes fue genotipificado mediante WES, detectando 23 variantes (12 nóveles). Los distintos abordajes analíticos permitieron predecir y comprobar la patogenicidad de las variantes missense en las proteínas involucradas.La patogenicidad de una variante novel fue demostrada mediante la pérdida de función de la proteína mutada en pez cebra.Este estudio evidencia la eficacia de una estrategia integral para el diagnóstico genético involucrando estudios moleculares seguidos de su validación *in-sílico* e *in-vivo* para comprender mejor los mecanismos que subyacen a la hipoacusia hereditaria.Fil: Buonfiglio, Paula Inés. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaFil: Bruque, Carlos David. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud "Dr. Carlos G. Malbrán". Centro Nacional de Genética Médica; ArgentinaFil: Menazzi, Sebastián. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; ArgentinaFil: Plazas, Paola Viviana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Cátedra de Farmacología. 3º Cátedra de Farmacología; ArgentinaFil: Elgoyhen, Ana Belen. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaFil: Dalamon, Viviana Karina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaXLVIII Congreso Argentino de GenéticaCiudad Autónoma de Buenos AiresArgentinaSociedad Argentina de Genétic

Genetic Variant Curation in GJB2 and GJB6 genes from an Argentinean cohort of hearing loss patients

Hereditary hearing impairment affects 1-500 newborn children. It is characterized by the large amount of genes involved (more than 100) and its phenotype heterogeneity. Despite the wide genetic variety of hearing impairment, the most commonly mutated genes in severe to profound autosomal recessive non-syndromic hearing loss are GJB2 and GJB6, accounting for nearly 50% of the cases in most populations around the Mediterranean Sea. Molecular diagnosis enables proper genetic counseling and medical prognosis to patients. Therefore, correct interpretation of the phenotypic consequences of genetic variants is crucial in genetic diagnosis, since discrepancies in sequence variant interpretation and classification has been reported to lead to serious impact in patient health maintenance.In this study we aimed to identify the genetic causes of hearing loss and performed a manual genetic variant curation following the American College of Medical Genetics and Genomics/Association for Molecular Pathology ACMG/AMP standards and hearing-loss-gene-specific criteria of the ClinGen Hearing Loss Expert Panel.A total of 600 patients were studied for genetic variants in GJB2 and GJB6 genes by Sanger Sequencing technique and Multiplex Gap-PCR, respectively.Overall, 48 different sequence variants were detected in our cohort of patients, being the c.35delG the most common causative variant identified. Besides, more than 50% of sequence variants were reclassified from their previous categorization in ClinVar after careful manual analysis. These results provide an accurately analysed and interpreted set of variants to be taken into account by clinicians and the scientific community, and hence, aid the precise genetic counseling to patients.Fil: Buonfiglio, Paula Inés. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaFil: Bruque, Carlos David. Gobierno de la Provincia de Santa Cruz. Hospital de Alta Complejidad El Calafate; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; ArgentinaFil: Menazzi, Sebastian. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; ArgentinaFil: Francipane, Liliana. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Hospital de Clínicas General San Martín; ArgentinaFil: Lotersztein, Vanesa. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud "Dr. Carlos G. Malbrán". Centro Nacional de Genética Médica; ArgentinaFil: Elgoyhen, Ana Belen. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaFil: Dalamon, Viviana Karina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentina54th European Society of Human Genetics (ESHG) ConferenceVienaAustriaEuropean Society of Human Genetic

Comprehensive analysis of genetic variants identified by Whole Exome Sequencing in hearing impaired patients in Argentina

Hereditary hearing loss is the most common sensory disorder affecting 1:500 newborn children. It is a heterogeneous disease and more than 100 genes have been related to the pathology. This complexity led us to design a multistep diagnosis strategy with the use of Whole Exome Sequencing Technique (WES). The main objectives were molecular diagnosis of deaf patients and novel genetic variants in-silico and in-vivo analyses.1250 patients were analyzed for frequent mutations in GJB2 and GJB6 genes by Sanger Sequencing genotyping 25% of them according to worldwide reports. From undiagnosed patients, 29 families were selected to perform WES. After filtering and analysis process, 45% of patients were genotyped, identifying 23 causative mutations (11 novel, 12 reported) classified according to ACMG/Hearing Loss-Expert Panel Standards.Some of the novel variants were further studied in silico by structural, stability and motifs studies of the mutated proteins. In addition datasets from deafness and specific variant databases were correlated with different protein motifs in order to predict the theoretical pathogenicity effect of the amino-acid changes. Furthermore, knock down phenotype rescue assay in zebrafish is underway to accomplish in-vivo validation.In some cases extensive analysis reinforced the pathogenicity prediction effect of variants and surprisingly in one case discouraged the deleterious effect of a genetic variant to the protein.Preliminary results in zebrafish confirmed the pathogenicity of a one novel variant in MYO6 gene which affected the hair cell function and hence, auditory system physiology.This study shows that our algorithm is successful for deafness genetic diagnosis. Comprehensive analysis is crucial to strengthen the pathogenicity effect of variants and discard some of them. These findings highlight the importance of genetic studies followed by in silico and in vivo validation to better understand the genetic basis of hereditary hearing loss.Fil: Buonfiglio, Paula Inés. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaFil: Bruque, Carlos Darío. Dirección Nacional de Instituto de Investigación. Administración Nacional de Laboratorios e Institutos de Salud "Dr. Carlos G. Malbrán". Centro Nacional de Genética Médica; ArgentinaFil: Lotersztein, Vanesa. Ministerio de Defensa. Ejército Argentino. Hospital Militar Central Cirujano Mayor "Dr. Cosme Argerich"; ArgentinaFil: Goldschmidt, Ezequiel Darío. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital General de Agudos "Juan A. Fernández"; ArgentinaFil: Plazas, Paola Viviana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Medicina. Cátedra de Farmacología. 3º Cátedra de Farmacología; ArgentinaFil: Dalamon, Viviana Karina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaFil: Elgoyhen, Ana Belen. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; ArgentinaReunión Anual de Sociedades de Biociencia 2020; LXV Reunión Anual de la Sociedad Argentina de Investigación Clínica; LXVIII Reunión Anual de la Sociedad Argentina de Inmunología; Reunión Anual de la Sociedad Argentina de FisiologíaCiudad Autónoma de Buenos AiresArgentinaSociedad Argentina de Investigación ClínicaSociedad Argentina de InmunologíaSociedad Argentina de Fisiologí