The genus Serratia revisited by genomics

The genus Serratia has been studied for over a century and includes clinically-important and diverse environmental members. Despite this, there is a paucity of genomic information across the genus and a robust whole genome-based phylogenetic framework is lacking. Here, we have assembled and analysed a representative set of 664 genomes from across the genus, including 215 historic isolates originally used in defining the genus. Phylogenomic analysis of the genus reveals a clearly-defined population structure which displays deep divisions and aligns with ecological niche, as well as striking congruence between historical biochemical phenotyping data and contemporary genomics data. We highlight the genomic, phenotypic and plasmid diversity of Serratia, and provide evidence of different patterns of gene flow across the genus. Our work provides a framework for understanding the emergence of clinical and other lineages of Serratia

Identification of Major Streptococcal Species by rrn-Amplified Ribosomal DNA Restriction Analysis

Amplified ribosomal DNA restriction analysis (rrn-ARDRA) is based on PCR amplification and restriction of a fragment of rRNA genes including 16S and 23S genes and the intergenic spacer. rrn-ARDRA was evaluated for the identification of species within the genus Streptococcus. A total of 148 type and reference strains of pyogenic, oral, and group D streptococci were examined in order to construct a database for identification of streptococci. The amplified product was a single band approximately 4,500 bp long. This amplicon was digested separately with three (HhaI, MboII, and Sau3A) restriction endonucleases. Respectively, 27, 26, and 28 major patterns were observed after HhaI, MboII, and Sau3A restrictions. Streptococcal strains belonging to different species had different patterns or different combination of patterns. An identification system based upon a combination of the three restriction patterns in a single database was then proposed. rrn-ARDRA was successfully applied to 11 clinical isolates whose identification to the species level was difficult to obtain by phenotypic analysis. Using a database of well-characterized strains, rrn-ARDRA is a powerful method for the identification of streptococcal isolates

Pyrazines Responsible for the Potatolike Odor Produced by Some Serratia and Cedecea Strains

The pyrazines responsible for the potatolike odor produced by some Serratia and Cedecea cultures were identified by gas-liquid chromatography (with flame ionization and thermoionic ionization detectors) and mass spectrometry. Alkylpyrazines were produced by the six strains studied irrespective of their odors. The major alkyl-methoxypyrazine produced by Cedecea davisae was 3-sec-butyl-2-methoxypyrazine, and that produced by odoriferous Serratia strains (S. rubidaea, S. odorifera, and S. ficaria) was 3-isopropyl-2-methoxy-5-methyl-pyrazine. Other pyrazines produced by some strains were 3-isopropyl-2-methoxypyrazine, 3-isobutyl-2-methoxypyrazine, 3-sec-butyl-2-methoxy-5-methylpyrazine, and 3-isobutyl-2-methoxy-6-methylpyrazine. Some of these pyrazines had not previously been found as natural products or to be produced by bacteria

Salmonella

International audienceLa fièvre typhoïde, la plus grave des salmonelloses humaines, a constitué un modèle dans l’étude des maladies infectieuses. Elle fut individualisée avant l’ère bactériologique sur la base des signes cliniques et des lésions ulcéreuses de l’intestin (Petit et Serres 1813, Bretonneau). Pettenkoffer (1868) mit en évidence le rôle de l’eau de boisson dans sa dissémination. En 1880, Eberth observa le bacille de la typhoïde dans des coupes de rate et de ganglion lymphatique, mais c’est Gaffky qui en obtint la culture en 1884. En 1885, Salmon et Smith isolèrent chez des porcs atteints de « hog cholera » aux États-Unis un bacille que le vétérinaire français Joseph Lignières nommera « le microbe du Hog-choléra de Salmon » et le considérera comme l’organisme type d’un nouveau groupe d’affection les « Salmonelloses ». En 1896, Widal ayant eu l’idée d’agglutiner des souches de bacille typhique avec le sérum de malades atteints de typhoïde, découvre la diversité antigénique de ces bacilles. L’étude séparée des antigènes somatiques O, flagellaires H, et de surface Vi date des travaux de Weil, Felix, et Mitzemacher en 1918. L’inventaire de la diversité antigénique de ces bactéries, maintenant regroupées dans le genre Salmonella a été l’oeuvre successivement de White (1926), Kauffmann (1934-1965), puis Le Minor (1965-1989). La découverte des « îlots de pathogénicité » à l’ère de la génomique éclaire d’un jour nouveau l’évolution des bactéries pathogènes et fait des Salmonella un modèle d’étude

Persistent Endemicity of Salmonella bongori 48:z(35):− in Southern Italy: Molecular Characterization of Human, Animal, and Environmental Isolates

From 1984 to 1999, we collected 31 isolates of the rare serovar Salmonella bongori 48:z(35):− in southern Italy. Twenty-four of the isolates were from cases of acute enteritis in humans. Pulsed-field gel electrophoresis analysis showed that all but one of our isolates were at least 80% similar. Our findings suggest that genetically related S. bongori 48:z(35):− strains are endemically circulating in southern Italy

Salmonella

International audienceLa fièvre typhoïde, la plus grave des salmonelloses humaines, a constitué un modèle dans l’étude des maladies infectieuses. Elle fut individualisée avant l’ère bactériologique sur la base des signes cliniques et des lésions ulcéreuses de l’intestin (Petit et Serres 1813, Bretonneau). Pettenkoffer (1868) mit en évidence le rôle de l’eau de boisson dans sa dissémination. En 1880, Eberth observa le bacille de la typhoïde dans des coupes de rate et de ganglion lymphatique, mais c’est Gaffky qui en obtint la culture en 1884. En 1885, Salmon et Smith isolèrent chez des porcs atteints de « hog cholera » aux États-Unis un bacille que le vétérinaire français Joseph Lignières nommera « le microbe du Hog-choléra de Salmon » et le considérera comme l’organisme type d’un nouveau groupe d’affection les « Salmonelloses ». En 1896, Widal ayant eu l’idée d’agglutiner des souches de bacille typhique avec le sérum de malades atteints de typhoïde, découvre la diversité antigénique de ces bacilles. L’étude séparée des antigènes somatiques O, flagellaires H, et de surface Vi date des travaux de Weil, Felix, et Mitzemacher en 1918. L’inventaire de la diversité antigénique de ces bactéries, maintenant regroupées dans le genre Salmonella a été l’oeuvre successivement de White (1926), Kauffmann (1934-1965), puis Le Minor (1965-1989). La découverte des « îlots de pathogénicité » à l’ère de la génomique éclaire d’un jour nouveau l’évolution des bactéries pathogènes et fait des Salmonella un modèle d’étude

Extended-Spectrum-β-Lactamase (TEM-52)-Producing Strains of Salmonella enterica of Various Serotypes Isolated in France

From 2002 to 2003, four isolates of Salmonella enterica serotypes Typhimurium, Enteritidis, Blockley, and Panama, isolated in France from patients with gastroenteritis, were found to produce extended-spectrum β-lactamase TEM-52. The study showed the bla(TEM-52) gene to be located in a Tn3-like structure and carried by 100- or 32-kb conjugative plasmids