EU Citizens and Homelessness

This chapter provides a description of the implementation of the European citizens’ survey, led by the French team from Aix Marseille University, as part of the HOME_EU project. The French team set out to use a telephone survey and quantitative research methods to investigate the opinions and experiences of European citizens in relation to homelessness, in addition to use a contingent valuation method to elicit the value respondents placed on the Housing First model as a potential solution to long-term homelessness. Data collection covered a 10-month period (March to December 2017). The survey produced results for European citizen’s knowledge, attitudes and practices (KAP) in relation to homelessness, willingness to pay (WTP) for the Housing First model, and the prevalence of homelessness among the ‘survey and the WP2 as a whole close the chapter.info:eu-repo/semantics/publishedVersio

Morbidity and mortality in a prospective cohort of people who were homeless during the COVID-19 pandemic

IntroductionCertain living conditions, such as homelessness, increase health risks in epidemic situations. We conducted a prospective observational cohort study to investigate the impact of the COVID-19 pandemic on morbidity and mortality in adult people who were homeless.MethodsThe study population comprised around 40% of the entire population experiencing homelessness in Marseille. They were enrolled at 48 different locations during the first pandemic wave (June to August 2020) and were followed up 3 and 6 months later. Rapid serological screening for SARS-CoV-2 was performed by community outreach teams at each follow-up, who also conducted interviews. Death registers and hospital administrative databases were consulted.ResultsA total of 1,332 participants [mean age 40.1 years [SD 14.2], women 339 (29.9%)] were enrolled in the cohort. Of these, 192 (14.4%) participants were found positive for COVID-19 and were propensity score matched (1:3) and compared with 553 non-COVID-19 cases. Living in emergency shelters was associated with COVID-19 infection. While 56.3% of the COVID-19-infected cohort reported no symptoms, 25.0% were hospitalized due to the severity of the disease. Presence of three or more pre-existing comorbidities was associated with all-cause hospitalization. Among COVID-19 cases, only older age was associated with COVID-19 hospitalization. Three deaths occurred in the cohort, two of which were among the COVID-19 cases.ConclusionThe study provides new evidence that the population experiencing homelessness faces higher risks of infection and hospitalization due to COVID-19 than the general population. Despite the efforts of public authorities, the health inequities experienced by people who are homeless remained major. More intensive and appropriate integrated care and earlier re-housing are needed

Staphylococcus aureus virulence and metabolism are dramatically affected by Lactococcus lactis in cheese matrix

International audienceIn complex environments such as cheeses, the lack of relevant information on the physiology and virulence expression of pathogenic bacteria and the impact of endogenous microbiota has hindered progress in risk assessment and control. Here, we investigated the behaviour of Staphylococcus aureus, a major foodborne pathogen, in a cheese matrix, either alone or in the presence of Lactococcus lactis, as a dominant species of cheese ecosystems. The dynamics of S. aureus was explored in situ by coupling a microbiological and, for the first time, a transcriptomic approach. Lactococcus lactis affected the carbohydrate and nitrogen metabolisms and the stress response of S. aureus by acidifying, proteolysing and decreasing the redox potential of the cheese matrix. Enterotoxin expression was positively or negatively modulated by both L. lactis and the cheese matrix itself, depending on the enterotoxin type. Among the main enterotoxins involved in staphylococcal food poisoning, sea expression was slightly favoured in the presence of L. lactis, whereas a strong repression of sec4 was observed in cheese matrix, even in the absence of L. lactis, and correlated with a reduced saeRS expression. Remarkably, the agr system was downregulated by the presence of L. lactis, in part because of the decrease in pH. This study highlights the intimate link between environment, metabolism and virulence, as illustrated by the influence of the cheese matrix context, including the presence of L. lactis, on two major virulence regulators, the agr system and saeRS

Analyse métabolique et énergétique de Lactobacillus bulgaricus sous contrainte d'extrèmophilie industrielle

Le procédé de fabrication du yaourt inflige aux bactéries lactiques une dynamique particulière de stress acide et thermique, qui aboutit à une phase de post-acidification durant laquelle le catabolisme se poursuit alors que la croissance est inhibée. Nos travaux de recherche, en partenariat avec un industriel, ont consisté à caractériser le phénotype et à étudier la régulation du métabolisme central, d'une bactérie lactique d'origine industrielle. Cette approche intègre l'étude du comportement macro- et micro-cinétique, dans le but d'identifier les niveaux de régulation et les mécanismes de contrôle de la glycolyse, en dynamique d'acidification et au cours de la phase de post-acidification. En condition de référence, à pH (6,4) et température (42ʿC) fixes, le profil de croissance de Lactobacillus bulgaricus, en milieu lait ou en milieu synthétique, est atypique, et caractérisé par deux phases de croissance. L'entrée en phase stationnaire transitoire est provoquée par l'accumulation de composés toxiques synthétisés durant la première phase de croissance. La croissance est limitée au niveau de l'anabolisme, et le flux catabolique est ajusté aux capacités anaboliques. En culture à pH libre, la baisse du pH inhibe les enzymes glycolytiques, et provoque un ralentissement du flux glycolytique de production d'énergie. Au pH interne de 4,7, la disponibilité en énergie devient insuffisante pour permettre la croissance. Lors de la dynamique d'apparition des stress acide et hypothermique au cours du procédé, c'est-à-dire en culture à pH libre et avec transferts de température, l'effet de la baisse de température inhibe la croissance à un pH modéré, qui permet au catabolisme de se poursuivre pendant des jours, jusqu'à ce qu'un pH interne de 4,7 soit atteint. D'après l'analyse physiologique globale, comme chez Lactococcus lactis, le contrôle de la glycolyse s'effectue principalement au niveau de la glycéraldéhyde 3-phosphate déshydrogénase en phase de croissance et de la phosphofructokinase en phase stationnaire, à pH régulé comme à pH libre à 42ʿC. Ces résultats permettent d'identifier les cibles d'action à privilégier dans le but de maîtriser la phase de post-acidificationTOULOUSE-INSA (315552106) / SudocSudocFranceF

Régulation métabolique et transcriptionnelle de l'autoacidification chez Lactococcus lactis

TOULOUSE-INSA (315552106) / SudocSudocFranceF

Transcriptome Analysis of the Progressive Adaptation of Lactococcus lactis to Carbon Starvation

Adaptation of Lactococcus lactis towards progressive carbon starvation is mediated by three different types of transcriptomic responses: (i) global responses, i.e., general decreases of functions linked to bacterial growth and lack of induction of the general stress response; (ii) specific responses functionally related to glucose exhaustion, i.e., underexpression of central metabolism genes, induction of alternative sugar transport and metabolism, and induction of the arginine deiminase pathway; and (iii) other responses never described previously during carbon starvation

Effect of pH on the Production of Exopolysaccharides by 3 strains of Bacillus sp

โครงการหนึ่งอาจารย์หนึ่งผลงาน ประจำปี 255

Interactions Staphylococcus aureus Lactococcus lactis in situ (Approche transcriptomique de leur physiologie, seuls et en interaction, dans la matrice fromagère)

Les écosystèmes microbiens associés aux produits fermentés, et en particulier les fromages sont complexes. Plusieurs espèces y interagissent entre elles et avec la matrice. Ces travaux de thèse ont eu pour objectif d appréhender la physiologie de deux bactéries, seules ou en interaction, in situ, dans la matrice fromagère, par une approche essentiellement transcriptomique, afin de comprendre les phénomènes mis en jeu lorsque les deux espèces interagissent. Les deux bactéries étudiées sont Lactococcus lactis, espèce modèle pour l étude des bactéries lactiques (BL), largement utilisée dans l industrie fromagère, et Staphylococcus aureus, bactérie pathogène opportuniste qui constitue, par sa capacité à produire des entérotoxines (SE), l une des principales causes de Toxi-Infections Alimentaires Collectives (TIAC) en France et la première cause de TIAC associées au lait et aux produits laitiers. Deux messages clairs ressortent des analyses des deux bactéries seules dans la matrice fromagère : d une part, la forte capacité d adaptation de L. lactis à la matrice fromagère et d autre part, la diminution de l expression de la virulence de S. aureus (dont certaines entérotoxines). L étude des interactions L. lactis-S. aureus a montré que S. aureus a très peu d effet sur le profil d expression génique de L. lactis en culture mixte alors que le transcriptome de S. aureus est modifié de façon significative en présence de L. lactis. En culture mixte, la réponse au stress et les métabolismes carboné et azoté de S. aureus sont altérés par les capacités acidifiantes, réductrices et protéolytiques de L. lactis. Ces effets conduisent S. aureus à entrer dans un mode de survie, similaire à celui du mode de croissance en biofilm. De façon marquante, en culture mixte, l expression du système agr, un système clé dans la régulation de la virulence chez de S. aureus, ainsi que l expression de certains gènes de virulence est fortement atténuée. Ces travaux donnent une vision mécanistique de la physiologie d un microorganisme en interaction avec un autre, qu il soit pathogène ou d intérêt technologique. Les mécanismes identifiés dans ce travail ouvrent des perspectives intéressantes quant la physiologie de S. aureus lors de croissance en colonie et en matrice fromagère et quant aux bases moléculaires de la régulation de la virulence chez S. aureus lors d interaction avec une flore compétitrice.The microbial ecosystems associated with fermented foods are often complex, with several species acting in interaction, between themselves and with the matrix. The objective of this work was to comprehend the physiology of two bacteria, alone or in interaction, in situ, in cheese matrix, and, using a transcriptomic approach, to understand the underlying phenomena intervening when they interact. The two studied bacteria are Lactococcus lactis, the model Lactic Acid Bacterium (LAB), widely used in the dairy industry and Staphylococcus aureus, an opportunistic pathogen, that is, by its enterotoxin (SE) production capacity, a major cause of food poisoning outbreaks in France in milk and milk products. Two main messages came out from the analyses of the two bacteria alone in the cheese matrix: on one hand, the high L. lactis capacity of adaptation to the cheese matrix and on the other hand, the diminution of S. aureus virulence expression (including some enterotoxins). The study of L. lactis - S. aureus interactions showed that S. aureus hardly affected L. lactis gene expression profile while S. aureus transcriptomic response was dramatically modified by L. lactis. In mixed culture, L. lactis modified S. aureus carbohydrate and nitrogen metabolisms as well as its stress response by acidifying, reducing and proteolysing the cheese matrix. Presence of L. lactis in the cheese matrix induced the entry of S. aureus into a survival mode, similar to a biofilm mode of growth. Strikingly, in mixed culture, the agr system expression, a key virulence regulator for S. aureus, and virulence gene expression were strongly attenuated. This work gives a mechanistic view of microorganism physiology in interaction with one another, for a pathogenic and/or technologic bacterium. Mechanisms identified in this work open interesting perspectives in the study of S. aureus physiology during growth in colony and in cheese matrix and also a molecular basis for S. aureus virulence regulation when interacting with a competitive flora.RENNES-Agrocampus-CRD (352382323) / SudocSudocFranceF

Compréhension du métabolisme cellulaire et de la synthèse du polyoside capsulaire chez Haemophilus influenzae de type b

Réalisé au sein du LISBP (Laboratoire d Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés, INSA Toulouse), ce travail porte sur l étude du germe pathogène Haemophilus influenzae de type b (Hib). L objectif du travail est l amélioration de la compréhension du métabolisme cellulaire et de la synthèse du polyoside capsulaire chez Hib, utilisé pour la fabrication du vaccin. Ainsi, une étude bibliographique associée à une analyse in silico et à une démarche expérimentale rationnelle a permis de développer un milieu chimiquement défini répondant aux critères de robustesse du procédé et de qualité du produit. Par ce travail, il a pu être défini les facteurs nutritionnels et environnementaux influents sur la production de biomasse et de PRP. Plus généralement, ce travail a permis une meilleure compréhension de la physiologie cellulaire. Une étude Bioinformatique et Transcriptomique a permis l établissement de cartes métaboliques spécifiques de la souche Hib de notre étude, et de mieux comprendre l influence du milieu de culture sur la production de polyoside capsulaire. En complément, une étude Fluxomique a permis de développer les connaissances sur le métabolisme général de la souche et plus particulièrement sur la voie de synthèse du polyoside.Sur un plan plus appliqué, une corrélation directe entre la consommation de glucose et la production de polyoside a pu être établie, et ce, dans un environnement maîtrisé de culture en fermenteur. La combinaison du travail développé tant sur le procédé que sur le milieu de culture chimiquement défini ou la sélection de souche, a permis, à l échelle laboratoire, une multiplication par 6,2 de la production de polyoside capsulaire (7,8 en spécifique) par rapport à la condition initiale de l étude en milieu complexe. Ce résultat a alors pu être validé chez Sanofi-pasteur à l échelle pré-industrielle (1000L), tout en conservant une qualité du produit conforme aux critères de production pharmaceutiqueThis work, undertaken at LISBP (Laboratoire d Ingénierie des Systèmes Biologiques et des Procédés, INSA Toulouse), concerns the study of the pathogen Haemophilus influenzae type b (Hib). The objective was to improve the understanding of cellular metabolism and the synthesis of the capsular polysaccharide in Hib, used for vaccine production. A literature review coupled with a rational experimental approach has enabled a chemically defined medium that meets the criteria of process robustness and product quality to be developed. This work has defined the key nutritional and environmental factors affecting biomass and PRP production. Bioinformatics and Transcriptomic studies have allowed the specific metabolic characteristics of the Hib strain to be mapped and enabled a better understanding of the influence of culture medium on capsular polysaccharide production to be obtained. A Fluxomics study points to specific organization of the central pathways and more specifically the interaction between the pentose phosphate pathway and the pathway of polysaccharide biosynthesis. On a more applied aspect, direct correlation between glucose consumption and production of polysaccharide was established in a batch culture. The combined knowledge obtained in this study enabled a 6.2-fold increase in production of capsular polysaccharide (7.8 in specific production) to be obtained in laboratory scale installations as compared to the initial fermentation process using complex media. This result was then validated at Sanofi-pasteur at the pilot-plant level (1000L), and shown to maintain product quality as defined by pharmaceutical production criteriaTOULOUSE-INSA-Bib. electronique (315559905) / SudocSudocFranceF