Colistin-resistant Escherichia coli belonging to different sequence types: genetic characterization of isolates responsible for colonization, community- and healthcareacquired infections

The plasmid-mediated colistin-resistance gene named mcr-1 has been recently described in different countries and it became a public health challenge. Of note, few studies have addressed the spread of Escherichia coli harboring the mcr-1 gene in both, community and hospital settings. A total of seven colistin-resistant E. coli carrying mcr-1, collected from 2016 to 2018, from community (n=4), healthcare-acquired infections (n=2) and colonization (n=1) were identified in three high complexity hospitals in Sao Paulo, Brazil. These colistin-resistant isolates were screened for mcr genes by PCR and all strains were submitted to Whole Genome Sequencing and the conjugation experiment. The seven strains belonged to seven distinct sequence types (ST744, ST131, ST69, ST48, ST354, ST57, ST10), and they differ regarding the resistance profiles. Transference of mcr-1 by conjugation to E. coli strain C600 was possible in five of the seven isolates. The mcr-1 gene was found in plasmid types IncX4 or IncI2. Three of the isolates have ESBL-encoding genes (blaCTX-M-2, n=2; blaCTX-M-8, n=1). We hereby report genetically distinct E. coli isolates, belonging to seven STs, harboring the mcr-1 gene, associated to community and healthcare-acquired infections, and colonization in patients from three hospitals in Sao Paulo. These findings point out for the potential spread of plasmid-mediated colistin-resistance mechanism in E. coli strains in Brazil

PERFIL EPIDEMIOLÓGICO E DE RESISTÊNCIA DOS S. PNEUMONIAE ISOLADOS EM UM HOSPITAL TERCIÁRIO DE SÃO PAULO ENTRE OS ANOS DE 2016-2022

Introdução: O Streptococcus pneumoniae é um agente etiológico importante, especialmente de pneumonia e meningite, podendo causar doença grave e invasiva. O aumento da resistência antimicrobiana é um fenômeno mundial, devido principalmente ao uso indiscriminado de antimicrobianos, fato agravado durante a pandemia da covid-19. Um exemplo é o aumento de cepas de Streptococcus pneumoniae resistente à penicilina. Objetivo: Descrever o perfil epidemiológico e de resistência dos Streptococcus pneumoniae isolados num hospital terciário de São Paulo. Metodologia: Revisão da base de dados do laboratório de microbiologia com seleção de todos os Streptococcus pneumoniae isolados nas culturas entre os anos de 2016 e 2022. Resultados: Foram isoladas 183 cepas no período do estudo (28;28;39;29;13;18;31). A mediana de idade foi de 38 anos (0-94), sendo 6 (3%) na faixa etária de 0-1 ano, 46 (25%) 1-4 anos, 25 (14%) 5-14 anos, 10 (5%) 15-29 anos, 30 (16%) 30-49 anos, 8 (4%) 50-59 anos e 58 (32%) com 60 anos ou mais. A razão entre os sexos (homem/mulher) foi de 2,3. Foram isoladas 111 (61%) cepas em amostras de sangue, 18 (10%) em lavado broncoalveolar, 18 (10%) em secreção ou aspirado traqueal, 3 (2%) em escarro, e 33 (18%) em outras amostras. A sensibilidade aos macrolídeos foi de 60%. A resistência dos Streptotoccus pneumoniae à cefriaxona, quando considerados os pontos de corte para meningite de acordo com o BrCast, foi de 8% em 2016 para 28% em 2022. A resistência à penicilina, considerando os pontos de corte para meningite foi de 39% considerando a média no período do estudo. Conclusão: A diminuição da sensibilidade do Streptococcus pneumoniae à ceftriaxona considerando os pontos de corte para meningite levou a mudança do tratamento empírico de meningite bacteriana na instituição