Plantenziektes bestrijden met genetische vingerafdruk

Nederland speelt een belangrijke rol in een Europees project dat quarantaineorganismen wil voorzien van een DNA-streepjescode. Wageningen UR, de Plantenziektenkundige Dienst, en het Centraalbureau voor Schimmelcultures van de KNAW gaan samen met zeventien andere Europese onderzoeksinstituten op zoek naar de unieke streepjescode voor elke plantenplaa

Werkgroep Oömyceten : Doorstart

Jaarverslagen KNPV-Werkgroepen over 201

CSI ook in de Plantenwereld

In de land- en tuinbouw heeft de ontwikkeling van (moleculaire) detectiemethoden van plantenpathogenen de laatste jaren een hoge vlucht genomen. Inmiddels worden deze methoden al grootschalig toegepast in de praktijk. Werd in het begin alleen conventionele polymerase chain reaction (PCR) ingezet voor moleculaire detectie, momenteel vindt ook real-time PCR meer en meer ingang. Binnen het FES-programma ‘Versterking infrastructuur plantgezondheid’ zijn binnen het werkpakket ‘Identificatie- en Detectiemethoden’ vele projecten uitgevoerd om de ‘daders’ van aantastingen te kunnen identificeren. De focus was hierbij gericht op quarantaineorganismen

DNA-extractie zonder remming

Moleculaire technieken voor de detectie en identificatie van plantenpathogenen maken gebruik van het DNA of RNA van de ziekteverwekker. Voor een aantal substraten, zoals grond, is de extractie van amplificeerbaar nucleïnezuur een probleem. Tijdens de DNA-extractie uit sommige moeilijke substraten worden ook andere stoffen meegezuiverd, die vervolgens de PCR remmen en daarmee vals-negatieve reacties opleveren

Bodemindicatoren

Bij de zoektocht naar een geschikt bestrijdingsmiddel voor Erwinia amylovora in de fruitteelt is van 2006 t/m 2008 een Craft-onderzoeksproject uitgevoerd waarbij gekeken is of Bacillus sp. gebruikt kunnen worden voor het bestrijden van deze ziekteverwekker. De uitkomst was dat er inderdaad mogelijkheden waren, maar ook dat de gegevens welke verkregen werden, door dat ze niet eenduidig waren, lastig te interpreteren waren. Naar aanleiding van de resultaten van bovenstaand onderzoek is besloten één bacteriestam fundamenteel te onderzoeken. Doel was te achterhalen welke aspecten een rol spelen bij de aanwezigheid van deze bacterie op de groei / bescherming van plan

FES-project Detectie Phytophthora met behulp van padlock probes en micro-array

De laatste jaren heeft de ontwikkeling van (moleculaire) detectiemethoden van planten-pathogenen een hoge vlucht genomen en inmiddels vinden deze methoden hun weg naar toepassing in de praktij

Multiplex-detectie van Phytophthora: "padlock-based Universal Multiplex detection Array" (pUMA)

Plant Research International heeft een diagnostische methode ontwikkeld die toe te passen is 'in planta', en ook de meest recent beschreven (quarantaine-) soorten omvat. De methode omvat de ontwikkeling van een generieke Phytophthora-methode gevolgd door een Phytophthora-identificatie

AFLP and phylogenetic analyses of North American and European populations of Phytophthora ramorum

The genetic structure within and between USA and European populations of the emerging phytopathogen Phytophthora ramorum was examined. Four primer combinations were used for amplified fragment length polymorphism (AFLP) fingerprinting of 67 USA isolates from California and Oregon, and 18 European isolates from Belgium, Germany, The Netherlands, Spain and the UK. In addition, three DNA regions (ITS, cox II, and nad 5) of additional Phytophthora species were amplified by polymerase chain reaction, sequenced, and analysed to provide better phylogenetic understanding of P. ramorum within the genus Phytophthora. AFLP banding patterns indicate that the 85 isolates form two distinct lineages within a monophyletic group, distinct from the closely related outgroup species P. lateralis. With the exception of two isolates from an Oregon nursery, European and USA isolates clustered separately within individual clades. The AFLP profiles also indicate that a single clonal lineage dominates the North American population, while the European population consists of an array of mainly unique, closely related AFLP types. Sequences from the three DNA regions were identical among all P. ramorum isolates, and phylogenetic analysis indicates that P. ramorum is closely related to P. lateralis and P. hibernali

Levend of dood, dat is de vraag!

In de literatuur zijn voor de detectie van plantenpathogenen diverse methodieken beschreven. De biologische methodieken detecteren alleen levende organismen. Morfologische, serologische en moleculaire technieken maken mmestal geen onderscheid tussen dood en levend of infectieus en niet infectieus. Met name voor quarantaineorganismen is het onderscheid tussen levende en dode pathogenen van essentieel belang. Binnen het FES-programma 'Versterking infrastructuur plantgezondheid' is binnen werkpakket 3 'Ontwikkeling van methoden voor het aantonen van vitaliteit van plantenpathogenen' gewerkt aan de detectie van vitaliteit in nematoden, schimmels en bacteriën

Taxonomie van plant-pathogene schimmels als basis voor identificatie en detectie: resultaten van het Uitvoeringsconsortium Schimmels

Plant-pathogene schimmels worden traditioneel geïdentificeerd op basis van morfologische karakteristieken. Dit is over het algemeen tijdrovend, veel expertise en leidt vaak tot misidentificatie. Het doel van het werk uitgevoerd door het Uitvoeringsconsortium Schimmels was dan ook gericht op de verbetering van detectie- en identificatietechnieken van plant pathogene schimmels met de nadruk op quarantaineorganismen. Op grond van het economische, wetenschappelijke, en ecologische belang, de aanwezigheid van Q-organismen, en de wetenschappelijke startpositie binnen Nederland is in eerste instantie de keuze gevallen op de geslachten Colletotrichum, Phoma, en Phytophthora. De gegenereerde dat zijn opgenomen in de Q-bank