Medullary thyroid carcinoma: from molecular studies to clinical decision

Praca omawia zasady postępowania w dziedzicznym raku rdzeniastym tarczycy, w którym rozpoznanie stawiane jest na podstawie badań DNA. Rozpoznanie nosicielstwa mutacji RET implikuje dalsze etapy postępowania, z których część – badania USG, BAC, oznaczanie kalcytoniny - są wspólne, część natomiast jest związana ze stwierdzonym typem mutacji. Jeżeli nosiciel mutacji nie wykazuje objawów raka, wskazana jest profilaktyczna operacja tarczycy. Dziedziczny rak tarczycy ujawnia się szybko i wykazuje szybką progresję w zespole MEN 2B, w zespole MEN 2A/ FMTC jego obraz kliniczny jest zróżnicowany – część chorych charakteryzuje się stosukowo łagodnym przebiegiem choroby, u części dochodzi jednak do progresji, a nawet zgonu pomimo prawidłowego leczenia. Niestety, nie ma jak dotąd żadnych pewnych markerów molekularnych choroby. Badania profilu ekspresji genów w raku dziedzicznym i sporadycznym wskazują na dość podobny obraz guza w przebiegu MEN2A i guza sporadycznego, ta grupa łącznie odróżnia się natomiast od MEN2B. W podsumowaniu warto uwypuklić, że jakkolwiek RRT jest rzadkim nowotworem, to dopracowano się w nim algorytmu dobrze skonstruowanego, który maksymalizuje szansę trwałego wyleczenia. Należy jednak podkreślić, że wynik badania DNA informuje nas nie tylko o konieczności włączenia tego algorytmu, ale w zależności od typu mutacji kierunkuje nas na nieco odrębne tory postępowania.The paper is focused on guidelines of practice in inherited medullary thyroid cancer, diagnosed on the basis of DNA analysis. Identification of RET mutation implies further steps of diagnostic procedure, some of them – USG, FNAB and calcitonin level tests – are common fro all types of mutation, other are related to ascertained type of mutation. In asymptomatic RET mutation carriers, prophylactic thyroidectomy is indicated. In MEN2B inherited cancer reveals its symptoms quickly and shows dynamic progress. In MEN2A/FMTC the clinical picture is diversified – in some patients the course of disease is mild, however in some other cases the progression of disease and even death occur regardless of the proper treatment. Unfortunately, there are no molecular prognostic markers in medullary thyroid carcinoma. Recent papers and also our own unpublished results show that gene expression profile, is similar in MEN2A and sporadic cancer. This group differs from MEN2B by its expression profile. In conclusion it is to be emphasized that although inherited medullary thyroid carcinoma is a rare disease, the diagnostic algorithm is well established and maximizes the chance for early diagnosis. Moreover, it needs to be stressed that DNA analysis results inform us not only about the necessity of further therapy, but also suggest different ways of proceeding in particular type of mutation

Transcriptional profiles of pilocytic astrocytoma are related to their three different locations, but not to radiological tumor features

List of genes differentiating between pilocytic astrocytomas by different clinical features (DOCX 117 kb

Rak rdzeniasty tarczycy: porównanie postaci dziedzicznej i sporadycznej

Introduction: The assessment of frequency and type of mutation and differences in prognosis between sporadic and hereditary type of medullary thyroid carcinoma (MTC), based on own DNA analysis, was performed. Material and methods: The group of 190 persons with hereditary MTC or asymptomatic mutation carriers was analyzed. Patients with sporadic MTC without RET gene mutation were included into control group (708 persons). The recognition of MTC type was based on assessment of family history, physical examination and genetic analysis. The family history consisted of information about MTC, pheochromocytoma and other neoplasms and hyperparathyroidism in relatives. Results: The mutations located in codon 634 of exon 11 were the most often (43% of all mutations and 49% of mutations in syndrome MEN 2A/FMTC). The age of diagnosis was ranged between 7 and 71 years (mean age: 39 ± 15.2 years, median age: 41 years). In hereditary MTC the mean age of diagnosis was 27 ± 13.9 years and was significantly lower than in sporadic one, where it was 45.7 ± 14.3 years. The relationship between diagnosis, age and subtypes of hereditary MTC was assessed - no significant differences in examined subgroups were observed. The mean age of diagnosis in MEN 2A/FMTC and MEN 2A syndrome was 28-29 years, in MEN 2B - 21 years. The overall survival in sporadic MTC after 5 years was 97%, in hereditary MTC - 79%. Analysis performed after excluding suprarenal causes of death revealed no statistically significant differences in overall survival between both subtypes of MTC. Conclusions: 1. Hereditary MTC is still diagnosed too late, besides of DNA analysis. 2. In hereditary and sporadic MTC the prognosis is comparable.Wstęp: W pracy podsumowano wyniki własnej analizy DNA pod kątem częstości występowania i typu mutacji oraz różnic w rokowaniu między postacią dziedziczną i sporadyczną raka rdzeniastego tarczycy (MTC, medullary thyroid carcinoma). Materiał i metody: Analizą objęto grupę 190 osób z rozpoznaniem dziedzicznego MTC lub bezobjawowego nosicielstwa mutacji. Grupę kontrolną stanowiło 708 osób z rozpoznaniem sporadycznego MTC, u których wykluczono mutację genu RET. Rozpoznanie postaci choroby opierano na łącznej interpretacji wywiadu rodzinnego, badania przedmiotowego i analizy DNA. U wszystkich chorych zebrano wywiad rodzinny dotyczący zachorowania u członków rodziny na MTC, gruczolaki chromochłonne nadnerczy, inne nowotwory oraz nadczynność przytarczyc. Wyniki: W badanej grupie najliczniejsze były mutacje w kodonie 634 eksonu 11 (43% wszystkich mutacji i 49% mutacji w zespole MEN 2A/FMTC). Wiek rozpoznania nowotworu wahał się w granicach 7-71 lat (średnia: 39 ± 15,2 roku, mediana: 41 lat). W postaci dziedzicznej średni wiek zachorowania wynosił 27 ± 13,9 roku i był znamiennie niższy niż w postaci sporadycznej, gdzie wynosił 45,7 ± 14,3 roku. Oceniano także zależność wieku zachorowania od typu dziedzicznego MTC - nie stwierdzono znamiennych różnic w obrębie badanych podgrup. Średni wiek zachorowania w wypadku MEN 2A/FMTC oraz MEN 2A wynosił 28-29 lat, natomiast w MEN 2B - 21 lat. Aktualizowane przeżycie całkowite w sporadycznym MTC wynosiło 97% po 5 latach, w postaci dziedzicznej - 79%. Dokonano powtórnej oceny aktualizowanego przeżycia 5- i 10-letniego po wyłączeniu nadnerczowych przyczyn zgonu; różnice w aktualizowanym przeżyciu całkowitym przestały być istotne statystycznie. Wnioski: 1. Mimo wdrożenia diagnostyki DNA dziedziczny MTC nadal rozpoznawany jest z opóźnieniem. 2. Rokowanie w MTC dziedzicznym i sporadycznym jest takie samo

A multi-gene approach to differentiate papillary thyroid carcinoma from benign lesions: gene selection using support vector machines with bootstrapping

Selection of novel molecular markers is an important goal of cancer genomics studies. The aim of our analysis was to apply the multivariate bioinformatical tools to rank the genes – potential markers of papillary thyroid cancer (PTC) according to their diagnostic usefulness. We also assessed the accuracy of benign/malignant classification, based on gene expression profiling, for PTC. We analyzed a 180-array dataset (90 HG-U95A and 90 HG-U133A oligonucleotide arrays), which included a collection of 57 PTCs, 61 benign thyroid tumors, and 62 apparently normal tissues. Gene selection was carried out by the support vector machines method with bootstrapping, which allowed us 1) ranking the genes that were most important for classification quality and appeared most frequently in the classifiers (bootstrap-based feature ranking, BBFR); 2) ranking the samples, and thus detecting cases that were most difficult to classify (bootstrap-based outlier detection). The accuracy of PTC diagnosis was 98.5% for a 20-gene classifier, its 95% confidence interval (CI) was 95.9–100%, with the lower limit of CI exceeding 95% already for five genes. Only 5 of 180 samples (2.8%) were misclassified in more than 10% of bootstrap iterations. We specified 43 genes which are most suitable as molecular markers of PTC, among them some well-known PTC markers (MET, fibronectin 1, dipeptidylpeptidase 4, or adenosine A1 receptor) and potential new ones (UDP-galactose-4-epimerase, cadherin 16, gap junction protein 3, sushi, nidogen, and EGF-like domains 1, inhibitor of DNA binding 3, RUNX1, leiomodin 1, F-box protein 9, and tripartite motif-containing 58). The highest ranking gene, metallophosphoesterase domain-containing protein 2, achieved 96.7% of the maximum BBFR score

Ekspresja genu DPP4 w raku brodawkowatym tarczycy

Introduction: DPP4 gene (dipeptidyl peptidase IV) is expressed in epithelial cells of many organs and cells of immune system. There is no expression of DPP4 in normal healthy thyroid, while it is highly expressed in papillary thyroid carcinoma (PTC), as shown by gene expression profiling. In this study we validated expression of DPP4 in papillary thyroid cancer and normal thyroid tissue and evaluated its usefulness for diagnostic purposes. Material and methods: The analysis was carried out on total RNA extracted from 102 PTCs and 77 normal thyroid fragments with use of Q-PCR reaction. Beta-glucuronidase was the reference gene. Results: We confirmed the distinct increase of DPP4 expression in papillary thyroid carcinoma. However, the ROC (relative operating characteristic) analysis revealed that the diagnostic efficiency of DPP4 estimation is limited. Conclusions: DPP4 is increased in papillary thyroid cancer, however, its diagnostic usefulness as a single PTC marker is doubtful.Wstęp: Ekspresja genu DPP4 (dipeptydylopeptydazy IV) zachodzi w komórkach nabłonkowych wielu niezmienionych nowotworowo narządów oraz w komórkach układu immunologicznego. W normalnej, zdrowej tarczycy nie stwierdza się obecności DPP4, ale gen ten ulega silnej ekspresji w brodawkowatym raku tarczycy, co wykazano w badaniach mikromacierzowych. W przedstawionej pracy przeprowadzono analizę ekspresji genu DPP4 w raku brodawkowatym tarczycy (PTC, papillary thyroid carcinoma) i utkaniu zdrowej tarczycy pod kątem jego wartości jako markera molekularnego. Materiał i metody: Materiał do badań stanowiło całkowite RNA wyizolowane ze 102 guzów raka brodawkowatego i z 77 fragmentów zdrowej tkanki tarczycy. Ekspresję genu DPP4 badano, wykorzystując reakcję Q-PCR, równocześnie z pomiarem beta-glukuronidazy jako genu odniesienia. Wyniki: Otrzymane metodą Q-PCR wyniki wskazują wyraźny wzrost ekspresji DPP4 w raku tarczycy i silnie znamienną statystycznie różnicę między ekspresją w PTC a tarczycą niezmienioną nowotworowo. Niemniej analiza krzywych ROC (relative operating characteristic) wykazała ograniczoną przydatność diagnostyczną tego markera molekularnego. Wnioski: Gen DPP4 wykazuje większą ekspresję w raku brodawkowatym tarczycy w porównaniu z tarczycą prawidłową, ale jako pojedynczy marker molekularny ma niewielką wartość diagnostyczną

Gene expression profile of medullary thyroid carcinoma - preliminary results

Wstęp: Rak rdzeniasty tarczycy (MTC, medullary thyroid carcinoma) jest nowotworem wywodzącym się z okołopęcherzykowych komórek C tarczycy. W około 20-30% przypadków rak ma charakter dziedziczny, a jego wystąpienie związane jest z mutacją germinalną w genie RET. Celem pracy była analiza profilu ekspresji genów charakterystycznego dla raka rdzeniastego tarczycy przy zastosowaniu mikromacierzy oligonukleotydowych wysokiej gęstości (HG U133A, Affymetrix) oraz porównanie profilu ekspresji pomiędzy postacią dziedziczną i sporadyczną tego nowotworu. Materiał i metody: Analizie poddano 24 próbki tkankowe, w tym 12 próbek MTC oraz 12 odpowiadających im tkanek zdrowych. Połowę grupy stanowiły przypadki dziedziczne (iMTC), a połowę sporadyczne (sMTC). Wyniki: Różnica w ekspresji genów pomiędzy tkanką zdrową a tkanką raka rdzeniastego była bardzo wyraźna i wynikała nie tylko z istnienia procesu nowotworowego, lecz również z odmiennego pochodzenia komórkowego. W analizie rozkładu na wartości osobliwe (SVD, singular value decomposition) dwie pierwsze składowe główne obrazowały różnicę guz/tkanka zdrowa, trzecia była związana przynajmniej częściowo z odpowiedzią immunologiczną. Głębsza analiza drugiej składowej głównej za pomocą testu ANOVA pozwoliła wyodrębnić dwie podgrupy w obrębie guzów nowotworowych, podział ten nie był jednak związany z różnicą iMTC/sMTC. Dopiero zastosowanie analizy wariancji w grupie genów wyodrębnionych za pomocą techniki maszyn podpierających (SVM, support vector machine) pozwoliło wskazać grupę genów różnicujących. Do genów o podwyższonej ekspresji w raku sporadycznym należy oksydaza monoaminowa B (MAOB, monoamine oxidase B) oraz receptor kwasu gamma-aminomasłowego (GABRR1, gamma-aminobutyric-acid receptor rho-1). W raku dziedzicznym podwyższoną ekspresję wykazywały: receptor opioidowego czynnika wzrostowego (OGFR, opioid growth factor receptor) i synaptotagmina V (SYT5, synaptotagmin V), zaangażowane w regulację cyklu komórkowego. Wnioski: Uzyskane dane nie pozwalają na wyodrębnienie istotnych różnic w profilu ekspresji genów pomiędzy sporadycznym i dziedzicznym rakiem rdzeniastym tarczycy, co przemawia za wspólnym torem transformacji nowotworowej.Introduction: Medullary thyroid carcinoma occurs both as a sporadic and a familial disease. Inherited MTC (iMTC) patients usually exhibit better prognosis than patients with sporadic form of MTC (sMTC), however, in both subtypes the outcome is unpredictable. No molecular markers contributing to the prognosis or predicting the type of therapy have been introduced to clinical practice until now. The aim of this study was to analyze gene expression pattern of MTC by high density oligonucleotide microarray. Material and methods: 24 samples were studied: 12 MTC and 12 corresponding normal tissues, (Affymetrix HG-U 133A). Among MTC patients there were half inherited cases and half sporadic ones. Results: First, the differences between MTC and thyroid tissue were analyzed by Singular Value Decomposition (SVD) which indicated three main modes determining the variability of gene expression profile: the first two were related to the tumor/normal tissue difference and the third one was related to the immune response. The characteristic expression pattern, beside of numerous changes within cancer- related genes, included many up-regulated genes specific for thyroid C cells. Further analysis of the second component revealed two subgroups of MTC, but the subdivision was not related to the iMTC/sMTC difference. Recursive Feature Replacement (RFR) confirmed the very similar expression profile in both forms of MTC. With subsequent ANOVA analysis some genes with differential expression could be specified, among them monoamine oxidase B (MAOB) and gamma-aminobutyric acid receptor (GABRR1) which were consistently up-regulated in sMTC. In contrary, some genes involved in regulation of cell proliferation: opioid growth factor receptor(OGFR) and synaptotagmin V (SYT 5) were up-regulated in iMTC. Conclusions: The obtained data indicate a very similar gene expression pattern in inherited and sporadic MTC. Minor differences in their molecular profile require further analysis

Occurrence of phaeochromocytoma tumours in RET mutation carriers — a single-centre study

  Wstęp: Zespół mnogich nowotworów gruczołów dokrewnych typu 2 (MEN 2) jest schorzeniem uwarunkowanym genetycznie, dziedziczonym w sposób autosomalny dominujący, spowodowanym mutacją germinalną protoonkogenu RET. W 80% przypadków mutacje zlokalizowane są w kodonie 634. Guz chromochłonny rozwinie się u 50% pacjentów z zidentyfikowaną mutacją w protoonkogenie RET. Materiał i metody: 228 nosicieli mutacji w protonkogenie RET poddano monitorowaniu w kierunku rozwoju guza chromochłonnego. Nadzór obejmował okresowo wykonywane ocenę stanu klinicznego, wydalania metoksykatecholamin w dobowej zbiórce moczu komplementarnie z diagnostyką obrazową (CT, MR, scyntygrafia MIBG). Wyniki: Guz chromochłonny rozwinął się u 41 pacjentów (18% wszystkich pacjentów z ustaloną mutacją w protoonkogenie RET). Średni wiek rozpoznania wynosił 43 lata. W 8 przypadkach guz chromochłonny był pierwszą kliniczną manifestacją MEN 2. Tylko u 8 pacjentów (20%) w chwili rozpoznania obserwowano objawy kliniczne typowe dla guza chromochłonnego. Średnia wielkość guza wynosiła 4,3 cm. Nie stwierdzono poza nadnerczowej lokalizacji. W obserwacji autorów potwierdzono tylko jeden przypadek złośliwego guza chromochłonnego. Wnioski: Guzy wywodzące się z tkanki chromochłonnej rozwijające się w przebiegu zespołu MEN 2 mają zwykle nadnerczową lokalizację i łagodny charakter jednak z dużą częstością zmian obustronnych. Biorąc pod uwagę powyższe ryzyko, a także niespecyficzny obraz kliniczny istotnym jest monitorowanie wszystkich pacjentów z potwierdzoną mutacją w protoonkogenie RET w kierunku rozwoju guza chromochłonnego. (Endokrynol Pol 2016; 67 (1): 54–58)    Introduction: Multiple endocrine neoplasia type 2 (MEN 2) is an autosomal dominant genetic syndrome caused by germline mutation in RET proto-oncogene. The most common mutations are in a cysteine rich domain. Phaeochromocytoma will develop in approximately 50% of RET proto-oncogene carriers. Material and methods: The studied population consisted of 228 RET proto-oncogene mutation carriers. Monitoring for the diagnosis of phaeochromocytoma was carried out in all patients with established genetic status. Mean time of follow up was 138 months. Surveillance consisted of periodically performed clinical evaluation, 24-hour urinary determinations of total metanephrines complementary with imaging (CT, MR, MIBG scintigraphy). Results: Phaeochromocytoma developed in 41 patients (18% of all RET proto-oncogene mutations carriers). The mean age of diagnosis for the whole cohort was 43 years. In eight cases phaeochromocytoma was the first manifestation of the MEN 2 syndrome. Only eight (20%) patients were symptomatic at diagnosis of phaeochromocytoma. The mean size of the tumour was 4.3 cm. There was no extra-adrenal localisation. We observed one case of malignant phaeochromocytoma. Conclusions: In patients with MEN 2 syndrome phaeochromocytomas are usually benign adrenal tumours with high risk of bilateral development. Taking to account the latter risk and non-specific clinical manifestation of the neoplasm it is mandatory to screen all RET proto-oncogene mutations carriers for phaeochromocytoma. (Endokrynol Pol 2016; 67 (1): 54–58)

Terapia radioizotopowa 131-MIBG złośliwych guzów chromochłonnych i przyzwojaków — badanie jednoośrodkowe

Introduction: Pheochromocytomas and paragangliomas are rare tumors deriving from chromaffin cells of adrenal medulla or paraganglia. They are usually benign but 10-35% of them present malignant behavior. The aim of the study was to evaluate the efficacy and safety of 131-I MIBG therapy in malignant pheochromocytoma /paraganglioma patients (MPPGL). Material and methods: 18 patients (7 women and 11 men) were included in this study. Between 2002 and 2016 they underwent 131-I MIBG therapy because of MPPGL and their medical data were analyzed retrospectively. Clinical indications for the treatment included progressive disease or massive tissue involvement independently from disease progression. Tumor response for the first time was assessed 3 months after the last treatment according to Response Evaluation Criteria in Solid Tumors criteria and by 131-I MIBG scans. Results: The mean single dose used was 7.25 GBq (196 mCi) and mean cumulative dose 33.08 GBq ( 894 mCi). In 2 (11%) patients complete tumor response was achieved. In 1 (6%) patient partial response was obtained. In 13 (72%) patients stable disease was observed. In 2 (11%) patients progression was diagnosed three months after treatment discontinuation. In the whole studied group the progression free survival time was 85 months and overall 5-year survival was 87%. Conclusions: Radionuclide treatment with use of 131-I MIBG may be effective form of palliative treatment for patients with inoperative neoplasm spread, progressive disease or patients requiring alleviation of symptoms. Wstęp: Guzy chromochłonne i przyzwojaki są rzadkimi guzami wywodzącymi się z tkanki chromochłonnej rdzenia nadnerczy i ciałek przyzwojowych. Zwykle są to nowotwory łagodne, jednak w 10–35% mogą prezentować potencjał złośliwy. Celem pracy była ocena skuteczności i bezpieczeństwa leczenia radioizotopowego 131-I MIBG w złośliwych guzach chromochłonnych i przyzwojakach poddawanych terapii w pojedynczym ośrodku onkologicznym. Materiał i metody: Do badania włączono 18 pacjentów (7 kobiet, 11 mężczyzn). Dokumentacja medyczna pacjentów ze złośliwymi guzami chromochłonnymi i przyzwojakami, którzy zostali poddani leczeniu radioizotopowemu 131-I MIBG w latach 2002–2016 została przeanalizowana retrospektywnie. Kliniczne wskazania do terapii obejmowały progresję choroby (5 pacjentów), dużą masę nowotworu niezależnie od dynamiki choroby (13 pacjentów). Odpowiedź na leczenie oceniano po raz pierwszy po 3 miesiącach przy użyciu tomografii komputerowej według kryteriów Response Evaluation Criteria in Solid Tumors oraz scyntygrafii 131-MIBG. Wyniki: Średnia pojedyncza dawka radiofarmaceutyku zastosowana podczas leczenia wynosiła 7,25 GBq (196 mCi), średnia skumulowana 33,08 GBq (894 mCi). Średni czas obserwacji pacjentów po leczeniu wynosił 78 miesięcy (zakres: 7–197 mies.). U 2 pacjentów (11%) uzyskano całkowitą remisję, u 1 pacjenta (6%) częściową remisję, a u 13 pacjentów (72%) obserwowano stabilną chorobę. U 2 pacjentów (11%) 3 miesiące po zakończeniu leczenia potwierdzono progresję choroby. W całej analizowanej grupie czas wolny do progresji wyniósł 85 miesięcy, a 5-letnie przeżycie 87%. Wnioski: Leczenie radioizotopowe z użyciem 131-I MIBG może być efektywną metodą leczenia paliatywnego złośliwych guzów chromochłonnych lub przyzwojaków w przypadku choroby nieoperacyjnej, rozsianej, z potwierdzoną progresją, czy też u pacjentów wymagających leczenia objawowego

Unsupervised analysis of follicular thyroid tumours transcriptome by oligonucleotide microarray gene expression profiling

Wstęp: Rak pęcherzykowy tarczycy (FTC) jest nowotworem którego podłoże molekularne jest mało zbadane. W podjętej analizie transkryptomuoceniono możliwość dyskryminacji raka i gruczolaka pęcherzykowego tarczycy (FTA) na podstawie badań profilu ekspresjigenów metodą tzw. nienadzorowaną (tzn. na podstawie dominujących źródeł zmienności). Analizę tę prowadzono by sprawdzić czyzłośliwość guza jest rzeczywiście czynnikiem dominującym dla profilu ekspresji genów w nowotworach pęcherzykowych.Materiał i metody: Podstawowy zbiór guzów pęcherzykowych obejmował 52 próbki (27 FTC i 25 FTA), z których wyizolowano całkowityRNA i poddano badaniu na mikromacierzach HG-U133 Plus 2.0. Otrzymany zbiór normalizowano za pomocą RMA i GC-RMA. Identyfikacjigłównych źródeł zmienności dokonano metodą analizy głównych składowych (PCA).Wyniki: Analizę funkcji biologicznej genów przeprowadzono dla pierwszych 6 składowych głównych. Geny skorelowane z pierwsząskładową pozwalały wyodrębnić 2 klastry próbek: jeden złożony głównie z gruczolaków, z wysoką ekspresją między innymi transkryptówtarczycowo-swoistych, drugi zaś, zawierający większość raków, wykazywał zwiększoną, ale heterogenną ekspresję genów związanychz odpowiedzią immunologiczną, a obniżoną ekspresję genów tarczycowych. Geny odpowiedzi immunologicznej stwierdzono wśród transkryptów skorelowanych przebiegiem pierwszej, trzeciej i szóstej głównej składowej; w istotny sposób wpływały one na rozróżnieniemiędzy FTC i FTA.Wnioski: W analizie nienadzorowanej stwierdzono, że złośliwość (inwazyjność) nowotworu pęcherzykowego może być jednymz głównych źródeł zmienności w transkryptomie tych guzów. Jednak, genomiczna odległość między grupami FTC i FTA jest niewielka,a wyodrębnione w analizie nienadzorowanej klastry nakładają się, stąd sama analiza nienadzorowana nie jest wystarczającym narzędziemdo celów klasyfikacji tych guzów.(Endokrynol Pol 2013; 64 (5): 329–334)Introduction: Mechanisms driving the invasiveness of follicular thyroid cancer (FTC) are not fully understood. In our study, we undertookan unsupervised analysis of the set of follicular thyroid tumours (adenomas (FTA) and carcinomas) to verify whether the malignantphenotype influences major sources of variability in our dataset.Material and methods: The core set of samples consisted of 52 tumours (27 FTC, 25 FTA). Total RNA was analysed by oligonucleotidemicroarray (HG-U133 Plus 2.0). Principal Component Analysis (PCA) was applied as a main method of unsupervised analysis.Results: An analysis of biological character of genes correlated to the first six PCs was performed. When genes correlated to the first PCwere used to cluster FTC and FTA, they appeared in two branches; one, relatively enriched in adenomas, with homogenous expressionof subset of genes, and the other containing mainly carcinomas, with down-regulation of these genes and heterogeneous up-regulationin a smaller cluster of transcripts. Genes highly up-regulated in adenomas included some thyroid-specific transcripts. The second clusterof genes, up-regulated in carcinomas, contained mainly immunity-related transcripts. Immune response genes were found in the first,third and sixth principal components, improving the discrimination between carcinomas and adenomas.Conclusions: Our unsupervised analysis indicates that invasiveness of follicular tumours might be considered as the major source of variabilityin transcriptome analysis. However, the distance between both groups is small and the clusters are overlapping, thus, unsupervisedanalysis is not sufficient to properly classify them. (Endokrynol Pol 2013; 64 (5): 328–334