Long non-coding RNA as the newest perspective biomarkers in cancer

Long non-coding RNAs (lncRNAs) are a large group of non-coding RNAs (ncRNAs) which are more than 200 nucleotides in length. LncRNAs, as regulation factors, show an important role in complex cellular processes, such as apoptosis, growth, differentiation, proliferation, etc. Recently, the results of many studies have also shown their significant role in carcinogenesis. Endogenous lncRNAs are known to be secreted by tumor cells in human biological fluids in the form of microvesicles, exosomes, or protein complexes, thereby forming circulating lncRNAs that do not degrade under the influence of RNases and are in a stable state. Compared with traditional biomarkers, as proteins circulating lncRNA have several advantages that will allow to consider circulating  lncRNA as a new potential  biomarker for various diseases. Aberrant expression of lncRNAs was observed in cancer patients. In this context, endogenous lncRNAs can regulate the main characteristics  of cancer cells, controlling the expression of oncogenes associated with their suppressive and oncogenic functions. Consequently, circulating lncRNAs can be excellent biomarkers for cancer. Knowledge of the molecular mechanisms by which lncRNAs contribute to the development of cancer will improve our understanding of etiology, and open up horizons for the development of new biomarkers. In this paper, we will analyze current knowledge about the change in the expression profile of circulating lncRNAs in cancer, as well as methods for their detection

MicroRNA as therapeutic targets for neuroblastomas

Neuroblastoma is one of the most common extracranial solid tumors in children. One of the main causes of death from childhood cancer in children aged one to five years, and it accounts for about 15% of all deaths from cancer in children. They have characteristic features, such as an early age of onset, a high frequency of metastasis in the diagnosis of patients older than 1 year and a tendency to spontaneous regression of tumors in young children. Although several prognostic factors were identified (age, stage, histology, heredity), identifying non-invasive biomarkers for disease surveillance and monitoring therapy is indeed still a clinical necessity. In this review, we describe the latest miRNA data in neuroblastoma, with an emphasis on those involved in tumor progression, metastasis, and drug resistance. In addition, we will discuss their potential use in the treatment of this tumor

Экстракция малых РНК из биологических жидкостей человека для последующего секвенирования нового поколения

A number of questions arise when choosing methods for experiments related to next-generation sequencing. On the one hand, while working with RNA extraction, added reagents and their residues can often inhibit sensitive chemicals with which the sequential synthesis is carried out for the sequencing. On the other hand, processing the same data using different software for the analysis can also impact on the sequencing results. This paper will present the step by step procedure for the preparation of samples taken from human biological fluids for subsequent sequencing of small RNAs, small noncoding RNAs in particular. Regarding the methods of extraction or isolation of RNAs, we found that low RNA yield can be improved significantly by following the isolation method for total RNA and its fractions included in Ambion’s MirVana PARIS kit, but only if using a special approach and modifying the organic extraction step. Compared to others, the methods supplied with commercially available kits at the time of researching this paper require only one organic extraction. This simple but, as it turned out, very useful modification makes it possible to access previously unavailable material. Potential advantages of this modification include a more complete profiling of small non-coding RNAs and a broader access to small sample volumes, as a rule, access to human biological fluids which can be prepared for RNA sequencing on the Illumina platform.Существует ряд вопросов при выборе методик для экспериментов, связанных с секвенированием нового поколения (Next-Generation Sequencing). С одной стороны, во время работы с экстракцией РНК добавленные реагенты и их остатки часто могут ингибировать чувствительные химические вещества, с помощью которых осуществляется последовательный синтез для секвенирования. С другой, обработка данных с применением различного программного обеспечения для анализа результатов также может влиять на результаты секвенирования. Текущая работа будет описывать поэтапно, как готовятся образцы из биологических жидкостей человека для последующего секвенирования малых РНК, в частности некодирующих. Что касается способов экстракции или изоляции РНК, мы обнаружили, что малый выход РНК может быть значительно увеличен, по методу изоляции тотальной РНК и ее фракций, включенных в набор MirVana PARIS Kit от Ambion, при специальном подходе и модификации этапа органической экстракции. По сравнению с другими методиками поставляемые с имеющимися в продаже наборами на момент этой работы требуют только одной органической экстракции. Эта простая, но, как оказалось, весьма полезная модификация позволяет получить доступ к ранее недоступному материалу. Потенциальными преимуществами этой модификации являются более полное профилирование малых РНК, а также более широкий доступ к небольшим объемам образцов, как правило, доступ к биологическим жидкостям человека, которые могут быть приготовлены для секвенирования РНК на платформе Illumina

Микро-РНК как новые игроки в контроле функций гипоталамуса

Micro RNAs (miRNAs) are short non-coding RNAs (ncRNAs) of ~22 nucleotides in length involved in the post-transcriptional regulation of gene expression. They were discovered over 15 years ago and their functions are becoming clearer. They play an important role in all biological processes. MiRNAs are important modulators of the expression of eukaryotic genes. Focusing on transcripts encoding proteins they impact on the cellular transcriptome thus helping to determine the destiny of a cell. More and more data emerge to indicate an important functional role of miRNAs in the brain development. Since their discovery many miRNAs have been described as key factors in the development and function of the central nervous system. Some play a significant role in the genesis and differentiation of nerve cells (neurons and glial cells). Notably, it has recently been established that miRNAs play a vital role in the mechanisms underpinning the infantile increase of the gonadotropin-releasing hormone (GnRH) production by neurons in the hypothalamus. This phenomenon is necessary for the onset of puberty in mammals. In this review offers our attempt to describe miRNAs as new players in the control of hypothalamic functions, namely the onset of puberty.Микро-РНК (miRNA) представляют собой короткие некодирующие РНК (нкРНК) длиной ~22 нуклеотида, участвующие в посттранскрипционной регуляции экспрессии генов. Они были обнаружены более 15 лет назад, и их функции начинают раскрываться. Они играют важную роль во всех биологических процессах. Являются важными модуляторами экспрессии эукариотических генов. Ориентируясь на транскрипты, кодирующие белки, микро-РНК влияют на клеточный транскриптом, тем самым помогая определить судьбу клетки. Все больше данных указывают на важную функциональную роль микро-РНК в развитии мозга. С момента их открытия многие микро-РНК были описаны как ключевые факторы развития и функционирования центральной нервной системы. Некоторые играют существенную роль в генезе и дифференцировке нервных клеток (нейронов и глиальных клеток). В частности, недавно было установлено, что miRNAs играют жизненно важную роль в механизмах, лежащих в основе инфантильного роста продукции гонадотропин-рилизинг-гормонов (ГнРГ) нейронами в гипоталамусе. Этот феномен необходим для наступления половой зрелости у млекопитающих. В этом обзоре мы постараемся описать микро-РНК как новых игроков в контроле функции гипоталамуса, а именно наступления полового созревания

MicroRNAs as Biomarkers and Therapeutic Targets for Medulloblastomas

Medulloblastomas (MBs) are the most common malignant neoplasms of the central nervous system in children. MB is a persistent disease associated with a high level of morbidity and mortality, thus requiring aggressive therapeutical approaches. Clinical and histological features of tumours are used for their classification and prognosis. Despite significant progress in the study of MB, its molecular basis remains to be fully understood.  MicroRNAs (miRNAs) are short non­coding RNAs (ncRNAs) that function as key regulators of various biological processes, including the development, differentiation, metabolism, proliferation and apoptosis of cells. MiRNAs regulate genes at the post­transcriptional level. Aberrant expression of miRNAs correlates with various cancers. This altered expression may result from mutation, methylation, deletion and amplification of miRNA coding regions. In this review, we discuss the role of miRNAs in MB and their potential use in the diagnosis, prognosis and treatment of this malignant tumour. As a fast­growing field in biomedical sciences, miRNAs studies will revolutionize the treatment of MB

ИЗУЧЕНИЕ РОЛИ МИКРОРНК ПРИ АДЕНОМЕ ГИПОФИЗА

MicroRNAs are a new class of small non-coding RNAs, a length of 18–22 nucleotides that play a decisive role as posttranscriptional regulators of gene expression. Due to the large number of genes, regulated microRNAs, microRNAs are involved in many cellular processes. The study of the impairment of the expression of the target genes of microRNA, often associated with changes in important biological characteristics, provides a significant understanding of the role of microRNAs in oncogenesis. New evidence suggests that aberrant microRNA expression or dysregulation of endogenous microRNAs affects the onset and development of tumors, including adenomas of the pituitary gland. In this review, the significance of some microRNAs in the pathology of the pituitary adenoma will be assessed, as well as data on the study of microRNAs as therapeutic targets and new biomarkers.МикроРНК представляют собой новый класс малых некодирующих РНК длиной 18–22 нуклеотида, которые играют решающую роль в качестве посттранскрипционных регуляторов экспрессии генов. Из-за большого количества регулируемых генов микроРНК участвуют во многих клеточных процессах. Исследование нарушений экспрессии генов-мишеней микроРНК, часто связанных с изменениями важных биологических характеристик, дает представление о роли микроРНК в онкогенезе. Новые данные свидетельствуют о том, что аберрантная экспрессия микроРНК или дисрегуляция эндогенных микроРНК влияет на возникновение и развитие опухолей, в том числе аденом гипофиза. В настоящем обзоре оценена значимость некоторых микроРНК в патологии аденомы гипофиза, а также представлены данные, касающиеся изучения микроРНК в качестве терапевтических мишеней и новых биомаркеров

Компьютерная томография всего тела в диагностике политравмы. Анализ десятилетнего опыта

Introduction. A computed tomography (CT) scan of the entire body has become a standard practice for the diagnosis of patients with polytrauma in many trauma centres. Purpose: evaluation of diagnostic potential of full-body CT for patients with polytrauma.Materials and methods. In the period from January 2008 to December 2018, all hemodynamically stable patients (scoring 3 and above in the Abbreviated Injury Scale (AIS) and 15 and above in the Injury Severity Score (ISS)) admitted to the Main Republican Head Injury Centre CCH №21 in Ufa with injuries in two or more anatomical areas have undergone CT scanning of head, neck (including cervical spine), chest (including thoracic spine), abdominal cavity/pelvis (including lumbar spine).Results and discussion. In the period from January 2008 to December 2018, 1498 CT examinations were conducted. Out of these examinations, 1368 and 143 cases were polytrauma — (on average 2 cases per week) and monotrauma (10 % of the study group) patients. Only 17 patients failed to complete the examination for polytrauma due to deteriorating status. All of these 17 had been returned to the intensive care unit without delay.Conclusion. In a decade 1368 patients met the established criteria for an immediate CT scan for the diagnosis of polytrauma at a large hospital providing emergency healthcare. A broad range of significant injuries was diagnosed quickly, accurately and safely. These injuries included 31 cervical spine fractures and 56 pneumothoraxes not evidenced by conventional X-ray images.Введение. Компьютерная томография (КТ) всего тела стала стандартной практикой во многих травмцентрах для диагностики пациентов с политравмой. Цель: оценка диагностического потенциала КТ всего тела для пострадавших с политравмой.Материалы и методы. В период с января 2008 по декабрь 2018 г. все гемодинамически стабильные пациенты (сокращенная шкала повреждений (AIS) 3 или более; показатель тяжести травмы (ISS) 15 или более), поступившие в главный Республиканский головной травмцентр ГКБ № 21 г. Уфы с повреждениями двух или более анатомических областей, были обследованы с помощью КТ (голова; шея (включая шейный отдел позвоночника); грудная клетка (включая грудной отдел позвоночника); брюшная полость/таз (включая пояснично-крестцовый отдел позвоночника)).Результаты и обсуждение. В период с января 2008 по декабрь 2018 г. было проведено 1498 КТ-исследований, из которых в 1368 случаях были диагностированы политравмы (в среднем 2 случая в неделю); 143 (10 % из исследуемой группы) пациента имели травмы только одной области тела. Только у 17 пациентов не получилось завершить обследование на политравму из-за ухудшения состояния, и все они были немедленно возвращены в реанимационное отделение.Заключение. За 10-летний период в крупной больнице с неотложной медицинской помощью 1368 пациентов соответствовали установленным критериям для немедленного КТ-исследования в целях диагностики политравмы. Быстро, точно и безопасно был продемонстрирован широкий спектр значительных травм, в том числе 31 перелом шейного отдела позвоночника и 56 пневмотораксов, не обнаруженных на обычных рентгенограммах