Studi Molekular Docking dan Prediksi ADME-T Senyawa Alkaloid Batang Songga (strychnos lucida) Terhadap Protein plasmodium falciparum sebagai Antimalaria

Malaria yang disebabkan oleh parasit plasmodium falciparum merupakan jenis malaria yang paling banyak menyebabkan kematian. Masalah resistensi parasit p. falciparum terhadap obat-obatan antimalaria yang saat ini digunakan mendorong kebutuhan untuk mencari kandidat obat baru yang lebih poten. Kandungan alkaloid pada batang songga diduga memiliki potensi penghambatan terhadap p. falciparum. Akan tetapi, mekanisme batang songga dalam menghambat pertumbuhan p. falciparum belum sepenuhnya diketahui. Penelitian ini bertujuan mengetahui potensi alkaloid batang songga dalam menghambat berbagai protein target p. falciparum dengan menganalisis drug-likeness nilai rerank score, ikatan hidrogen, interaksi sterik, interaksi elektrostatik, serta ADME�T secara in silico. Skrining drug-likeness ligan alkaloid batang songga dilakukan untuk memenuhi Lipinski’s rule of five. Tanimoto similarity dilakukan untuk menilai keserupaan struktur senyawa uji dengan senyawa pembanding. Molekular docking dilakukan dengan metode blind docking menggunakan Molegro Virtual Docker (MVD). Prediksi sifat farmakokinetik dan toksisitas dari semua ligan menggunakan webserver online pkCSM. Seluruh ligan alkaloid batang songga berpotensi menjadi obat aktif secara oral karena memenuhi 5 aturan Lipinski. Analisis docking menunjukkan bahwa brucine, beta-colubrine, loganin memiliki interaksi pengikatan terbaik dengan target protein FLN (-66.2766) yakni sebesar -67.7602, -67.7602, dan -70.0849. Sedangkan pada target protein DHFR, loganin memiliki nilai rerank score lebih kecil dibandingkan ligan kontrol (-101.358) yakni -109.369. Senyawa beta-colubrine (-97.0055), loganin (-103.268), akuammidine (-103.268), brucine (- 117.053) dan 4-Methyl-5-[3- trifluoromethylphenoxy]-6-methoxy-8-nitroquinoline (- 109.571) memiliki afinitas ikatan lebih baik dibandingkan ligan kontrol pada protein target ENR (95.5645). Pada protein target LDH, loganin (-82.361) diketahui memiliki afinitas ikatan lebih baik dibanding ligan kontrol (-79.6955). Prediksi ADME-T menunjukkan loganin dan brucine memiliki profil ADME-T paling baik dibandingkan senyawa lain yang memiliki rerank score lebih kecil terhadap pembanding. Berdasarkan hasil penelitian, disimpulkan bahwa senyawa loganin berpotensi sebagai antimalaria yang ditargetkan pada protein FLN, DHFR, ENR dan LDH

Studi Molekular Docking dan Prediksi ADME-T Senyawa Alkaloid Batang Songga (strychnos lucida) Terhadap Protein plasmodium falciparum sebagai Antimalaria.

Malaria yang disebabkan oleh parasit plasmodium falciparum merupakan jenis malaria yang paling banyak menyebabkan kematian. Masalah resistensi parasit p. falciparum terhadap obat-obatan antimalaria yang saat ini digunakan mendorong kebutuhan untuk mencari kandidat obat baru yang lebih poten. Kandungan alkaloid pada batang songga diduga memiliki potensi penghambatan terhadap p. falciparum. Akan tetapi, mekanisme batang songga dalam menghambat pertumbuhan p. falciparum belum sepenuhnya diketahui. Penelitian ini bertujuan mengetahui potensi alkaloid batang songga dalam menghambat berbagai protein target p. falciparum dengan menganalisis drug-likeness nilai rerank score, ikatan hidrogen, interaksi sterik, interaksi elektrostatik, serta ADME-T secara in silico. Skrining drug-likeness ligan alkaloid batang songga dilakukan untuk memenuhi Lipinski’s rule of five. Tanimoto similarity dilakukan untuk menilai keserupaan struktur senyawa uji dengan senyawa pembanding. Molekular docking dilakukan dengan metode blind docking menggunakan Molegro Virtual Docker (MVD). Prediksi sifat farmakokinetik dan toksisitas dari semua ligan menggunakan webserver online pkCSM. Seluruh ligan alkaloid batang songga berpotensi menjadi obat aktif secara oral karena memenuhi 5 aturan Lipinski. Analisis docking menunjukkan bahwa brucine, beta-colubrine, loganin memiliki interaksi pengikatan terbaik dengan target protein FLN (-66.2766) yakni sebesar -67.7602, -67.7602, dan -70.0849. Sedangkan pada target protein DHFR, loganin memiliki nilai rerank score lebih kecil dibandingkan ligan kontrol (-101.358) yakni -109.369. Senyawa beta-colubrine (-97.0055), loganin (-103.268), akuammidine (-103.268), brucine (-117.053) dan 4-Methyl-5-[3- trifluoromethylphenoxy]-6-methoxy-8-nitroquinoline (-109.571) memiliki afinitas ikatan lebih baik dibandingkan ligan kontrol pada protein target ENR (95.5645). Pada protein target LDH, loganin (-82.361) diketahui memiliki afinitas ikatan lebih baik dibanding ligan kontrol (-79.6955). Prediksi ADME-T menunjukkan loganin dan brucine memiliki profil ADME-T paling baik dibandingkan senyawa lain yang memiliki rerank score lebih kecil terhadap pembanding. Berdasarkan hasil penelitian, disimpulkan bahwa senyawa loganin berpotensi sebagai antimalaria yang ditargetkan pada protein FLN, DHFR, ENR dan LDH