Replication data and scripts for: Ancient dolphin genomes reveal rapid repeated adaptation to coastal waters

This dataset includes the data and scripts supporting the replicability of the paper: Louis M.*, Korlević P.*, Nykänen M.*, Archer F., Berrow S., Brownload A., Lorenzen E. D., O’Brien J., Post K., Racimo F., Rogan E., Rosel P. E., Sinding M.-H. S., van der Es H., Wales N., Fontaine M. C.**, Gaggiotti O. E.**, Foote A. D.** Ancient dolphin genomes reveal rapid repeated adaptation to coastal waters. Nature Communications, in press. (*joint first author ; **joint senior author) Parallel evolution provides among the strongest evidence of the role of natural selection in shaping adaptation to the local environment. Yet, the chronology, mode and tempo of the process of parallel evolution remains broadly debated and discussed in the field of evolutionary biology. In this study, we harness the temporal resolution of paleogenomics to understand the tempo and independence of parallel coastal ecotype adaptation in common bottlenose dolphins (Tursiops truncatus). For this, we generated whole genome re-sequencing data from subfossil dolphins (8,610-5,626 years BP) originating from around the formation time of new coastal habitat and compared them with data from contemporary populations

Climate Warming as a Possible Trigger of Keystone Mussel Population Decline in Oligotrophic Rivers at the Continental Scale

The effects of climate change on oligotrophic rivers and their communities are almost unknown, albeit these ecosystems are the primary habitat of the critically endangered freshwater pearl mussel and its host fishes, salmonids. The distribution and abundance of pearl mussels have drastically decreased throughout Europe over the last century, particularly within the southern part of the range, but causes of this wide-scale extinction process are unclear. Here we estimate the effects of climate change on pearl mussels based on historical and recent samples from 50 rivers and 6 countries across Europe. We found that the shell convexity may be considered an indicator of the thermal effects on pearl mussel populations under warming climate because it reflects shifts in summer temperatures and is significantly different in viable and declining populations. Spatial and temporal modeling of the relationship between shell convexity and population status show that global climate change could have accelerated the population decline of pearl mussels over the last 100 years through rapidly decreasing suitable distribution areas. Simulation predicts future warming-induced range reduction, particularly in southern regions. These results highlight the importance of large-scale studies of keystone species, which can underscore the hidden effects of climate warming on freshwater ecosystems.© The Author(s) 201

Modelling spatial patterns of correlations between concentrations of heavy metals in mosses and atmospheric deposition in 2010 across Europe

Background: This paper aims to investigate the correlations between the concentrations of nine heavy metals in moss and atmospheric deposition within ecological land classes covering Europe. Additionally, it is examined to what extent the statistical relations are affected by the land use around the moss sampling sites. Based on moss data collected in 2010/2011 throughout Europe and data on total atmospheric deposition modelled by two chemical transport models (EMEP MSC-E, LOTOS-EUROS), correlation coefficients between concentrations of heavy metals in moss and in modelled atmospheric deposition were specified for spatial subsamples defined by ecological land classes of Europe (ELCE) as a spatial reference system. Linear discriminant analysis (LDA) and logistic regression (LR) were then used to separate moss sampling sites regarding their contribution to the strength of correlation considering the areal percentage of urban, agricultural and forestry land use around the sampling location. After verification LDA models by LR, LDA models were used to transform spatial information on the land use to maps of potential correlation levels, applicable for future network planning in the European Moss Survey. Results: Correlations between concentrations of heavy metals in moss and in modelled atmospheric deposition were found to be specific for elements and ELCE units. Land use around the sampling sites mainly influences the correlation level. Small radiuses around the sampling sites examined (5 km) are more relevant for Cd, Cu, Ni, and Zn, while the areal percentage of urban and agricultural land use within large radiuses (75–100 km) is more relevant for As, Cr, Hg, Pb, and V. Most valid LDA models pattern with error rates of < 40% were found for As, Cr, Cu, Hg, Pb, and V. Land use-dependent predictions of spatial patterns split up Europe into investigation areas revealing potentially high (= above-average) or low (= below-average) correlation coefficients. Conclusions: LDA is an eligible method identifying and ranking boundary conditions of correlations between atmospheric deposition and respective concentrations of heavy metals in moss and related mapping considering the influence of the land use around moss sampling sites.© The Author(s) 201

The extinct Sicilian wolf shows a complex history of isolation and admixture with ancient dogs

The Sicilian wolf remained isolated in Sicily from the end of the Pleistocene until its extermination in the 1930s-1960s. Given its long-term isolation on the island and distinctive morphology, the genetic origin of the Sicilian wolf remains debated. We sequenced four nuclear genomes and five mitogenomes from the seven existing museum specimens to investigate the Sicilian wolf ancestry, relationships with extant and extinct wolves and dogs, and diversity. Our results show that the Sicilian wolf is most closely related to the Italian wolf but carries ancestry from a lineage related to European Eneolithic and Bronze Age dogs. The average nucleotide diversity of the Sicilian wolf was half of the Italian wolf, with 37-50% of its genome contained in runs of homozygosity. Overall, we show that, by the time it went extinct, the Sicilian wolf had high inbreeding and low-genetic diversity, consistent with a population in an insular environment

International Social Survey Programme: Work Orientation III - ISSP 2005

Einstellung zur Arbeit. Arbeitsorientierung und Beschreibung der Arbeitsinhalte. Themen: Gewünschte Zeitaufteilung von Beruf, Hausarbeit, Familie, Freunde und Freizeit; Arbeitsorientierung; Wichtigkeit ausgewählter Ansprüche an einen Arbeitsplatz (Skala); Präferenz für die Arbeit in der Privatwirtschaft oder im öffentlichen Sektor; Präferenz für Arbeitnehmerstatus oder berufliche Selbständigkeit sowie für das Arbeiten in einem Großunternehmen oder in einem kleinen Unternehmen; Vorzüge des Arbeitnehmerstatus (größere Arbeitsplatzsicherheit und geringere Beeinträchtigung des Familienlebens); Bedeutung von Gewerkschaften für die Arbeitsplatzsicherheit und die Arbeitsbedingungen von Arbeitnehmern; Präferenz für Vollzeitbeschäftigung oder Teilzeitbeschäftigung; Präferenz für mehr Arbeit oder für Arbeitszeitverkürzung; Charakterisierung der eigenen Arbeit und Arbeitszufriedenheit (Skala); physische Erschöpfung nach der Arbeit; Häufigkeit gefährlicher und ungesunder Arbeitsplatzsituationen; flexible Arbeitszeitgestaltung; eigene Einflussmöglichkeit auf die Gestaltung des Arbeitstages bzw. die Arbeitsabläufe; Schwierigkeit der Erledigung privater Angelegenheiten während der Arbeitszeit; Häufigkeit der Beeinträchtigung des Familienlebens durch die Arbeitsanforderungen und umgekehrt; Nutzen der erlernten Fähigkeiten aus früheren Tätigkeiten für die derzeitige Arbeitsstelle; Einschätzung der derzeitigen Arbeitserfahrungen für eine Erfolg versprechende Jobsuche; berufliche Fortbildung im letzten Jahr; Beurteilung des Verhältnisses von Management zu Mitarbeitern (Betriebsklima); Arbeitszufriedenheit (Skalometer); Beschreibung des eigenen Engagements bei der Arbeit; Identifikation mit dem Unternehmen (Skala); erwartete Schwierigkeiten bei der Suche nach einem Job auf vergleichbarem Niveau; Selbsteinschätzung der Ersetzbarkeit des Befragten durch die Firma an seinem derzeitigen Arbeitsplatz; Suche nach neuer Arbeit in den nächsten 12 Monaten; Sorge um die Arbeitsplatzsicherheit; akzeptierte Zugeständnisse zur Vermeidung eigener Arbeitslosigkeit (Annahme einer Arbeitsstelle mit neuen Anforderungen, Akzeptanz einer geringer bezahlten Position, befristeter Arbeitsvertrag sowie längerer Arbeitswege); Existenz eines Nebenjobs; Selbsteinschätzung psychologischer Charakteristika der Persönlichkeit. Nichterwerbstätige wurden gefragt: Arbeit für mehr als ein Jahr und Beschäftigungsende der letzten bezahlten Arbeit; Gründe für das Ende der Beschäftigung; Interesse an einem bezahlten Job; erwartete Schwierigkeiten bei der Jobsuche; momentane Arbeitssuche; Aktivitäten zur Arbeitssuche; Fortbildungen im letzten Jahr; Haupteinkommensquelle. Demographie: Geschlecht; Alter; Familienstand; Zusammenleben mit einem Partner; Ausbildung und Ausbildungsdauer; momentaner Beschäftigungsstatus; Beruf (ISCO88); Beschäftigung im privaten oder öffentlichen Sektor; Selbständigkeit bzw. Arbeitsverhältnis; eigene Angestellte; Wochenarbeitszeit; Vorgesetztenfunktion und Kontrollspanne; Betriebsgröße; Einkommen; Konfession; Religiosität; Gewerkschaftsmitglied; Selbsteinschätzung der Schichtzugehörigkeit; Selbsteinschätzung auf einem Links-Rechts-Kontinuum; Parteipräferenz; Haushaltsgröße und Zusammensetzung; Ortsgröße; Region; ursprüngliches Herkunftsland bzw. ethnische Gruppenzugehörigkeit

International Social Survey Programme: National Identity III - ISSP 2013

Fragen zum Nationalbewusstsein und zur nationalen Identität. Themen: Identifikation mit der Stadt, der Region, dem Land und mit dem jeweiligen Kontinent; wichtigste Eigenschaften für die nationale Identität; Identifikation mit der eigenen Nation und Nationalstolz (Skala); Stolz auf die Funktionsweise der Demokratie im eigenen Land, den politischen Einfluss des Landes in der Welt, die wirtschaftlichen Errungenschaften des Landes, das soziale Sicherheitssystem, seine wissenschaftlichen und technologischen Errungenschaften, seine Errungenschaften im Sport, in Kunst und Literatur, die Streitkräfte, seine Geschichte und die Gleichbehandlung aller gesellschaftlichen Gruppen; Einstellung zu den Beziehungen zwischen dem eigenen Land und anderen Ländern (Skala: Beschränkung der Einfuhr ausländischer Produkte zum Schutz der nationalen Wirtschaft, des Rechts internationaler Institutionen zur Durchsetzung von Lösungen auf nationaler Ebene (z.B. im Bereich Umweltverschmutzung), die Durchsetzung nationaler Interessen unabhängig von evozierten Konflikten mit anderen Ländern, die Ablehnung von Grundstückskäufen durch Ausländer, Präferenz für nationale Filme in nationalen Fernsehsendern); Einstellung zu ausgewählten Aussagen: große internationale Unternehmen schaden den lokalen Unternehmen; Freihandel führt zum Angebot besserer Produkte im Land; im allgemeinen sollte das Land den Entscheidungen der internationalen Organisationen folgen, auch ohne Einverständnis der nationalen Regierung mit diesen Entscheidungen; international Organisationen ziehen zu viel Leistung aus dem Land; Identifikation eher als Weltbürger als Landesbürger; Einstellung gegenüber Minderheiten: volle Assimilation ist unmöglich für Menschen, die nicht die Landesbräuche und Traditionen teilen; ethnische Minderheiten sollten staatliche Unterstützung erhalten zur Bewahrung ihrer Bräuche und Traditionen; Präferenz für die Assimilation von Minderheiten oder für die Beibehaltung ihrer Identität; Einstellung gegenüber Einwanderern (Skala); Meinung zur Zahl der Einwanderer im Land; Einwanderer sollten ihre Herkunftskultur behalten und nicht die Landeskultur annehmen versus auch die Landeskultur annehmen, versus eigene Kultur aufgeben und Landeskultur annehmen; Nationalstolz; Einstellung zum Patriotismus (stärkt das eigene Land in der Welt, führt zu Intoleranz im Land, ist für die Einheit des Landes notwendig, führt zu negativer Haltung gegenüber Einwanderern); Staatsbürgerschaft des Befragten; Staatsbürgerschaft der Eltern zum Zeitpunkt der Geburt des Befragten. Optionale Fragen für Länder mit einem entsprechenden regionalen Zusammenschluss: Kenntnis des entsprechenden Bündnisses wie der EU oder des Wirtschaftsverbandes NAFTA; Vorteile aus der EU-Mitgliedschaft (NAFTA-Mitgliedschaft etc.); Land sollte EU (NAFTA, etc.) Entscheidungen folgen, auch im Falle von Meinungsverschiedenheiten; Meinung zu einer leistungsfähigen EU-Regierung; Präferenz für eine künftige EU-Mitgliedschaft des Landes (für zukünftige EU-Mitglieder) bzw. zum Fortbestand der EU- Mitgliedschaft des Landes (aktuelle EU-Mitglieder). Demographie: Geschlecht; Alter; Geburtsjahr; Jahre der Schulbildung; Bildung (länderspezifisch); höchster Abschluss; Erwerbsstatus; Wochenarbeitszeit; Arbeitsverhältnis; Zahl der Beschäftigten (Unternehmensgröße); Weisungsbefugnis; Anzahl der Mitarbeiter für die Weisungsbefugnis besteht; Art des Unternehmens: Profit vs. Non-Profit und öffentlich vs. privat; Beruf (ISCO-88); Hauptbeschäftigungsstatus; Zusammenleben mit einem Partner; Gewerkschaftsmitgliedschaft;Religionszugehörigkeit oder Konfession (länderspezifisch); Konfessionsgruppen; Kirchgangshäufigkeit; Oben-unten-Selbsteinstufung; Wahlbeteiligung bei der letzten allgemeinen Wahl und gewählte länderspezifische Partei; Links-rechts-Einstufung der gewählten Partei; Selbsteinschätzung der Zugehörigkeit zu einer ethnischen Gruppe 1 und 2 (länderspezifisch); Anzahl der Kinder; Anzahl der Kleinkinder; Haushaltsgröße; Einkommen des Befragten (länderspezifisch); Familieneinkommen (länderspezifisch); Geburtsland von Vater und Mutter; Familienstand; Urbanisierungsgrad; Region (länderspezifisch). Angaben zum Ehepartner bzw. Partner hinsichtlich: Erwerbsstatus; Wochenarbeitszeit; Arbeitsverhältnis; Weisungsbefugnis; Beruf (ISCO-88); Hauptbeschäftigungsstatus. Zusätzlich verkodet wurde: Interviewdatum; Case substitution flag; Erhebungsmethode; Gewicht

International Social Survey Programme: National Identity I-III ADD ON - ISSP 1995-2003-2013

The release of the cumulated ISSP ´National Identity´ modules for the years 1995, 2003 and 2013 consists of two separate datasets: ZA5960 and ZA5961. This documentation deals with the supplementary dataset ZA5961. This dataset contains all those national specific background variables that could not be cumulated for various reasons, or in case of the miscellaneous variables differ from the cumulation standard. However, the variables of this dataset can be matched easily to the cumulated file if necessary. A comprehensive overview on the contents, the structure and basic coding rules of both data files can be found in the following guide: Guide for the ISSP ´National Identity´ cumulation of the years 1995, 2003, and 2013 National Identity: 1. Country specific background variables on respondent´s occupation, occupation of spouse/ partner, respondent’s education, respondent’s personal income, household income, party voted for in last general election, racial-ethnic group of respondent if deviating from cumulation standard. 2. Miscellaneous variables including module specific background variables and country specific variables for cumulated substantial and background variables if deviating from cumulation standard: subjective social class (1995); type of organization: for profit/ non-profit (2013); number of children in the household between school age and 17 years of age (2013); number of toddlers in the household (2013); living in steady partnership (2013); language speak at home 1st and 2nd mention (1995); language speak at home 1st und 2nd mention (2003); country specific region: Czech Republic (1995); country specific size of community: Australia (1995 und 2003); country specific ethnic group 1 (2013); country specific ethnic group 2 (2013). Additonally encoded: respondent ID; unique cumulation ID; ISSP module, year, and study number; country; country/ sample (ISO 3166); country sample year