Rate-limiting steps in yeast protein translation

SummaryDeep sequencing now provides detailed snapshots of ribosome occupancy on mRNAs. We leverage these data to parameterize a computational model of translation, keeping track of every ribosome, tRNA, and mRNA molecule in a yeast cell. We determine the parameter regimes in which fast initiation or high codon bias in a transgene increases protein yield and infer the initiation rates of endogenous Saccharomyces cerevisiae genes, which vary by several orders of magnitude and correlate with 5′ mRNA folding energies. Our model recapitulates the previously reported 5′-to-3′ ramp of decreasing ribosome densities, although our analysis shows that this ramp is caused by rapid initiation of short genes rather than slow codons at the start of transcripts. We conclude that protein production in healthy yeast cells is typically limited by the availability of free ribosomes, whereas protein production under periods of stress can sometimes be rescued by reducing initiation or elongation rates

Podłoże genetyczne i diagnostyka nefropatii IgA

Nefropatia IgA należy do najczęściej występujących pierwotnych chorób kłębuszków nerkowych. W Europie stanowi do 30% wszystkich pierwotnych glomerulopatii. Chorobę Bergera cechuje różne tempo rozwoju; w niektórych przypadkach doprowadza ona do skrajnej niewydolności nerek. Nefropatia IgA ma podłoże wieloczynnikowe, pewną rolę w jej powstawaniu przypisuje się różnym genom. Obecnie do ustalenia rozpoznania konieczne jest wykonanie badania histopatologicznego bioptatu nerki. W niniejszym artykule omówiono podłoże genetyczne oraz diagnostykę nefropatii IgA

The Rising Dragon and Wounded Bear: An Analysis of Modern Sino-Russian Political and Economic Relations

This article is an empirical analysis of modern Sino-Russian Economic and Political Relations based on past events and present data. This issue has recently been an important question for many scholars. Both countries became neighbours only in 17th century, but the history of their mutual relations is much deeper. At a time when China is rising and its position in world affairs is getting stronger, analysis of its foreign policy towards its neighbour is extremely interesting. On the other side of the fence, a former great power, is becoming less important on the world stage: its actions may be important for the worldwide community. This analysis covers political relations, connections and ties in present times. It also explains some cultural obstacles in a hard way to achieve equilibrium in the relations. The part which covers economic relations tries to prove, that the trade imbalance is in China’s favour and that common border issues are extremely significant for both countries. Last but not least the importance of energy cooperation and the obstacles in building common pipeline are covered

The glamour lady (Oksana Robski), the pregnant woman (Manuela Gretkowska), the artist (Dina Rubina) – three different personifications of the heroine in women literature in XXI century

Niniejsza praca składa się z trzech rozdziałów, wstępu, zakończenia oraz bibliografii. Staram się pokazać, że tak zwana proza kobieca może mieć wiele twarzy i że ciężko znaleźć cechy wspólne dla wszystkich tworzących pisarek. Dla analizy wziąłem trzy różniące się od siebie współczesne pisarki – Rosjankę, Polkę oraz Rosjankę – Żydówkę. Analiza pierwszych dwóch bazuje na kontraście, jaki można między nimi dostrzec, trzecia natomiast stanowi swego rodzaju pomost między życiorysami i twórczością dwóch pozostałych. Аnaliza utworów skupia się przede wszystkim na różnorakości bohaterek zarysowanych przez pisarki – kobiecie ze świata „glamur” u Robski, kobiecie „brzemiennej” u Gretkowskiej i kobiecie „artystce” u Rubiny. We wstępie zarysowana jest problematyka pracy, a także przedstawiona krótka historia problemu uznawania czy też nie uznawania przez krytyków takiego tworu jak proza kobieca. Ponadto pokrótce zostały tam opisane problemy poszczególnych rozdziałów.Pierwszy rozdział składa się z wielu pomniejszych części. Pierwszą z nich tworzy krótki zarys życia pierwszej z opisywanych tu autorek – Oksany Robski. Przedstawione pokrótce jej życie miało istotny wpływ na późniejszą twórczość W kolejnym podrozdziale dotykam problemu roli i pozycji kobiety w utworach Robski. Zaczynam od historii tejże problematyki, by później przejść do analizy postaw bohaterek dwóch flagowych utworów pisarki – Casual i Dzień szczęścia nadejdzie jutro. Po zanalizowaniu tychże zajmuję się tematyką z pogranicza socjologii i literaturoznawstwa – przenoszę teorię „pragnienia trójkątnego” wymyśloną przez francuskiego socjologa Rene Girarda na grunt utworów Robski. To działanie pozwala zrozumieć żądze, które kierują poszczególnymi bohaterami, a także dowiedzieć się więcej o powstaniu snobizmu, którym wypełniona jest owa lektura. W kolejnej części przyglądam się miastu zarysowanemu przez pisarkę. W załączonej do tego fragmentu mapie przedstawiam ścieżki wszystkich bohaterów i wykazuję, że bywają tylko w niektórych, ciągle powtarzających się miejscach, które na dodatek zajmują bardzo mały fragment całej stolicy. W kolejnym, drugim rozdziale przyglądam się życiu i twórczości innej pisarki – Polki Manueli Gretkowskiej . Zaczynając od jej pochodzenia i krótkiego życiorysu próbuję pokazać, że zarówno wychowanie, jak i wykształcenie mają znaczący wpływ na nasze dalsze życie, a w przypadku pisarzy na ich utwory. W przypadku Manueli Gretkowskiej zajmuję się analizą pozycji kobiety w jej utworach, a także problemem macierzyństwa, który zdaje się być w twórczości pisarki kluczowym. Analiza przebiega głównie na podstawie powieści Polka, chociaż niektóre mechanizmy wyjaśnione są na podstawie innych utworów pisarki – Kobieta i mężczyźni, Europejka czy Miłość po polsku. Podczas analizy problemu macierzyństwa zawartego w powieści Polka odniosłem się także do historii problemu tabu we współczesnej kulturze, a także porównałem obraz macierzyństwa i ciąży zawarty u Gretkowskiej z tym, który jest pokazany w pierwszej polskiej książce poruszającej problem macierzyństwa. Przymierze z dzieckiem Marii Kuncewiczowej, bo o nim mowa, zostało zanalizowane z punktu widzenia języka oraz przedstawienia problematyki ciążyW rozdziale trzecim i ostatnim przedstawiam sylwetkę znakomitej i bardzo popularnej rosyjskiej pisarki Diny Rubiny. Zaczynając od jej bogatego życiorysu , przechodzę do analizy jej równie bogatej i interesującej twórczości.The major subject of my research is women writers and their literature. The thesis consists of three chapters. The first one, entitled: “Oksana Robski”, is mainy focused on two most famous books written by Robski – Casual and The day of happiness and tomorrow. I am trying to show the relations between main characters in the books and to analize position of women in modern Russia. The second section (“Moscow by Oksana Robski”) refers to city shown by author. The last part of this chapter consists of Rene Girard’s concept the so called „mimetic desie”. The second chapter, titled „ Manuela Gretkowska” is an analisys of life and works of this famous Polish writer. The major study is focused on her book Polka and problem of pregnancy, which used to be forbidden for ages. In this chapter one can find also the history of taboo in modern culture as well as the history of pregnancy in Polish literature. The last, third chapter, enititled „ Dina Rubina” is based on life and works of this Russian – Jewish writer. The analysis of book „ On the Upper Maslovka” is focused on two things: the traingle relations between main characters and the portrait of the artist drawed by the author.Этот научный труд касается, в большой степени, «женской» прозы. Это тема в последнее время является очень популярной. Само определение уже имеет свою историю, данный вопрос в последнее десятилетия привлекал внимание многих исследователей. В первой главе я представляю самую современную русскую писательницу – Оксаны Робски. Ее творчество критики недооценивают, а тем самым, не хотят о нем писать или им заняться. Я сосредоточился на двух самых знаменитых ее произведениях – Casual и День счастья – завтра. Конечно, в работе отмечены и другие произведения, но только с целью подтвердить правила и черты, которые можно найти в этих книгах. Самым важным, по-моему, вопросом у Робски является роль и позиция женщины в современном обществе. Я начал этот труд с истории вопроса позиции женщины в обществе, с короткого обзора современных точек зрения на эту тему и перемен, которые происходят на наших глазах. Потом, я перешел к анализу героинь у Робски (к попытке названия их позиции и роли, которые гламурные женщины исполняют в современном писательнице обществе). Кроме того, я попытался подробно проанализировать интересы и чувства, которые управляют героями в этих произведениях. Ссылаясь на известного французского литературоведа и социолога Рене Жирара, я попробовал сопоставить теорию «миметического желания» с творчеством Робски. У Робски меня увлекло еще одно – способ показания города писательницей.Вторая глава показывает другой мир. Начиная с жизни Мануэлы Гретковской, я перешел к анализу творчества польской писательницы. Я хотел сосредоточиться на контрасте, который можно легко заметить, анализируя прозу обеих писательниц, контрасте языка, представления личности, выбранных ими тем. При анализе прозы Гретковской я сосредоточился на самом важном, по-моему, произведении – Полька. При анализе прозы Гретковской я сосредоточил свое внимание на проблеме беременности. Именно этот вопрос является самым оригинальным в творчестве польской писательницы. По ходу работы над проблемой беременности я попытался разработать проблему табу в современном обществе. Мною также была обнаружена первая в польской литературе книга, описывающая эту проблему и я решил включить ее анализ в свою работу. Поэтому я провел анализ книги Przymierze z dzieckiem Марии Кунцевич. Я разработал также вопрос разницы в языке представления проблемы беременности обеими писательницами.Глава третья касается Дины Рубинной. Эта известная современная писательница является своего рода мостом, соединяющим творчества двух остальных, выбранных мною, писательниц. В ее творчестве можно найти сходства с творчеством Гретковской – красивый, изысканный язык, ее произведения тоже представляют мир интеллигенции и возвышаются на уровень выше нашей ежедневности. Кроме того она русская и тоже показывает Москву – эти черты схожие с творчеством Робски.Для анализа творчества Дины Рубинной я избрал один из ее более известных романов – На верхней Масловке. Писательница показывает в своем произведении два мира: мир отношений и мир художников. Я провел детальный анализ отношений между главными героями романа и установил, что отношения между ними развиваются согласно теории «миметическго желания» Жирара. Также я попытался определить общественное положение русской интеллигенции после перестройки и понять, почему люди чувствуют так, а не иначе. В последней части я проанализировал портрет художника, написанный Рубинной

Ocena położenia elektrody implantu ślimakowego i uszkodzeń struktur ślimaka po implantacji przy zastosowaniu technik tomografii komputerowej

Objectives: The aim was to evaluate the position of the cochlear implant electrode inside the cochlea and damage to cochlear structures associated with the implantation itself using cone beam computed tomography technique (CBCT). Wkład autorów: A – projekt badań B – wykonanie badań C – analiza statystyczna D – interpretacja danych E – przygotowanie manuskryptu F – przegląd piśmiennictwa

Evaluation of the implant electrode inside the cochlea and damage to cochlear structures associated with implantation using cone beam computed tomography techniques (CBCT)

Objectives: The aim was to evaluate the position of the cochlear implant electrode inside the cochlea and damage to cochlear structures associated with the implantation itself using cone beam computed tomography technique (CBCT). Material and methods: Nine human cadaver temporal bones were used, five were implanted with round window approach and in other four anterior cochleostomy was used for insertion. After implantation the temporal boneswere scanned with CBCT scanner and the images were then analyzed. The degree of insertion damage was evaluated in two-tier scale, where the first degree included damage to basilar membrane, and the second degree covered damage associated with pushing up into the scala vestibuli. Results: The first degree of cochlear damage was noted in three temporal bones implanted with the round window approach and in two with cochleostomy, and the second degree of damage was noted in two and one temporal bones respectively. The analysis did not show any correlations between depth of insertion and degree and extend of damage in both analyzed groups, also no significant differences were found between the two groups. Conclusions: The good quality of the images presents CBCT as a good method for the evaluation of the cochlear implant electrode position in the inner ear structures. CBCT holds the promise for intraoperative imagining during cochlear implantation

Impact of Cardiovascular Organ Damage on Cortical Renal Perfusion in Patients with Chronic Renal Failure

Introduction. Properly preserved renal perfusion is the basic determinant of oxygenation, vitality, nutrition, and organ function and its structure. Perfusion disorders are functional changes and are ahead of the appearance of biochemical markers of organ damage. The aim of this study was to evaluate a relationship between the renal cortex perfusion and markers of cardiovascular organ damage in patients with stable chronic renal failure (CKD). Methods. Seventeen patients (2 F; 15 M; age 47±16) with stable CKD at 2–4 stages and hypertension or signs of heart failure were enrolled in this study. Blood tests with an estimation of renal and cardiac functions, echocardiographic parameters, intima-media thickness (IMT), renal resistance index (RRI), and total (TPI), proximal (PPI), and distal (DPI) renal cortical perfusion intensity measurements were collected. Results. DPI was significantly lower than PPI. TPI significantly correlated with age, Cys, CKD-EPI (cystatin), and IMT, whereas DPI significantly depended on Cystain, CKD-EPI (cystatin; cystatin-creatinine), IMT, NT-proBNP, and troponin I. In multiple stepwise regression analysis model only CKD-EPI (cystatin) independently influenced DPI. Conclusions. Cardiovascular and kidney damage significantly influences renal cortical perfusion. Ultrasound measurement of renal perfusion could be a sensitive method for early investigation of cardiovascular and renal injuries